# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.661 0.197 0.087 0.040 0.013 0.002 0.001 2 R 0.712 0.200 0.061 0.022 0.005 0.001 0.001 3 D 0.723 0.216 0.047 0.012 0.002 0.001 0.001 4 M 0.529 0.240 0.139 0.075 0.015 0.002 0.001 5 T 0.666 0.235 0.069 0.023 0.007 0.001 0.001 6 E 0.699 0.235 0.048 0.014 0.003 0.001 0.001 7 E 0.646 0.269 0.064 0.017 0.004 0.001 0.001 8 T 0.359 0.300 0.201 0.110 0.026 0.004 0.001 9 R 0.227 0.209 0.301 0.195 0.060 0.009 0.001 10 K 0.582 0.292 0.092 0.027 0.006 0.001 0.001 11 D 0.442 0.383 0.126 0.039 0.008 0.001 0.001 12 L 0.082 0.087 0.191 0.351 0.235 0.053 0.002 13 P 0.313 0.333 0.210 0.103 0.034 0.007 0.001 14 P 0.631 0.291 0.055 0.017 0.005 0.001 0.001 15 E 0.430 0.365 0.130 0.054 0.017 0.004 0.001 16 A 0.040 0.078 0.142 0.265 0.326 0.140 0.009 17 L 0.066 0.206 0.326 0.231 0.128 0.040 0.002 18 R 0.076 0.168 0.258 0.271 0.166 0.056 0.005 19 A 0.022 0.055 0.123 0.189 0.308 0.275 0.028 20 L 0.027 0.058 0.147 0.267 0.311 0.177 0.012 21 A 0.333 0.499 0.116 0.035 0.014 0.003 0.001 22 E 0.077 0.220 0.268 0.307 0.105 0.021 0.001 23 A 0.031 0.049 0.142 0.275 0.369 0.131 0.003 24 E 0.420 0.438 0.105 0.028 0.008 0.001 0.001 25 E 0.536 0.401 0.049 0.012 0.002 0.001 0.001 26 R 0.070 0.149 0.317 0.326 0.126 0.012 0.001 27 R 0.189 0.254 0.329 0.183 0.042 0.004 0.001 28 R 0.665 0.266 0.054 0.012 0.002 0.001 0.001 29 R 0.626 0.263 0.079 0.027 0.004 0.001 0.001 30 A 0.627 0.231 0.101 0.034 0.007 0.001 0.001 31 K 0.761 0.207 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 32 A 0.648 0.256 0.072 0.020 0.004 0.001 0.001 33 L 0.379 0.238 0.220 0.127 0.031 0.003 0.001 34 D 0.660 0.284 0.043 0.010 0.003 0.001 0.001 35 L 0.167 0.192 0.254 0.259 0.105 0.022 0.001 36 P 0.256 0.261 0.232 0.147 0.084 0.019 0.001 37 K 0.334 0.341 0.185 0.096 0.035 0.008 0.001 38 E 0.208 0.190 0.214 0.210 0.137 0.039 0.002 39 I 0.220 0.201 0.253 0.193 0.103 0.029 0.001 40 G 0.510 0.292 0.125 0.055 0.014 0.004 0.001 41 G 0.648 0.217 0.075 0.041 0.015 0.004 0.001 42 R 0.656 0.209 0.079 0.040 0.014 0.003 0.001 43 N 0.702 0.232 0.045 0.015 0.004 0.001 0.001 44 G 0.293 0.201 0.198 0.180 0.092 0.031 0.004 45 P 0.275 0.260 0.199 0.144 0.082 0.035 0.005 46 E 0.123 0.144 0.163 0.194 0.187 0.154 0.035 47 P 0.100 0.103 0.117 0.159 0.208 0.222 0.092 48 V 0.067 0.063 0.077 0.124 0.192 0.288 0.189 49 R 0.055 0.071 0.089 0.128 0.184 0.262 0.212 50 F 0.054 0.064 0.072 0.113 0.191 0.289 0.217 51 G 0.111 0.138 0.130 0.158 0.170 0.188 0.106 52 D 0.123 0.146 0.143 0.174 0.163 0.170 0.081 53 W 0.100 0.083 0.111 0.187 0.217 0.211 0.091 54 E 0.213 0.198 0.165 0.168 0.129 0.098 0.030 55 K 0.259 0.232 0.205 0.152 0.088 0.051 0.013 56 K 0.318 0.257 0.185 0.137 0.061 0.034 0.009 57 G 0.276 0.159 0.127 0.156 0.149 0.105 0.028 58 I 0.173 0.157 0.152 0.187 0.164 0.131 0.035 59 A 0.204 0.142 0.145 0.163 0.156 0.148 0.043 60 I 0.271 0.205 0.168 0.162 0.106 0.069 0.019 61 D 0.382 0.208 0.136 0.117 0.084 0.057 0.017 62 F 0.355 0.155 0.137 0.152 0.103 0.075 0.024