# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.42061 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.268 0.123 0.135 0.147 0.128 0.092 0.058 0.026 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 2 R 0.462 0.178 0.125 0.099 0.063 0.035 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 D 0.550 0.196 0.098 0.068 0.045 0.021 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 M 0.246 0.128 0.151 0.181 0.132 0.087 0.046 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 5 T 0.401 0.162 0.150 0.117 0.079 0.044 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.596 0.198 0.090 0.056 0.033 0.014 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.557 0.218 0.103 0.061 0.034 0.015 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.298 0.177 0.167 0.145 0.108 0.056 0.032 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.303 0.173 0.164 0.142 0.115 0.055 0.028 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.716 0.156 0.059 0.035 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.467 0.280 0.127 0.062 0.032 0.015 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.073 0.049 0.084 0.155 0.230 0.183 0.121 0.063 0.027 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 13 P 0.181 0.183 0.198 0.183 0.126 0.072 0.036 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 P 0.592 0.166 0.093 0.058 0.040 0.024 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.158 0.169 0.141 0.184 0.143 0.099 0.056 0.029 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 16 A 0.042 0.020 0.030 0.065 0.138 0.213 0.203 0.159 0.085 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 17 L 0.137 0.164 0.177 0.193 0.159 0.095 0.043 0.019 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 18 R 0.353 0.204 0.160 0.124 0.073 0.045 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 A 0.022 0.015 0.030 0.085 0.156 0.241 0.213 0.150 0.062 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 20 L 0.021 0.028 0.052 0.122 0.203 0.194 0.198 0.113 0.050 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 21 A 0.667 0.199 0.082 0.030 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.126 0.135 0.195 0.258 0.158 0.083 0.029 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.027 0.014 0.035 0.094 0.201 0.228 0.182 0.157 0.045 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 24 E 0.159 0.211 0.212 0.283 0.085 0.036 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.886 0.064 0.029 0.012 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.153 0.101 0.187 0.271 0.146 0.086 0.043 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.404 0.150 0.163 0.133 0.081 0.039 0.022 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.830 0.098 0.035 0.019 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.710 0.113 0.068 0.063 0.027 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.644 0.120 0.097 0.071 0.035 0.016 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.768 0.113 0.058 0.033 0.016 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.596 0.171 0.100 0.060 0.036 0.018 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.268 0.126 0.169 0.177 0.119 0.076 0.043 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.651 0.156 0.082 0.043 0.032 0.014 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.165 0.099 0.137 0.183 0.173 0.124 0.057 0.034 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 36 P 0.228 0.118 0.126 0.150 0.142 0.096 0.068 0.036 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 37 K 0.234 0.112 0.116 0.129 0.128 0.100 0.068 0.048 0.032 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 38 E 0.156 0.085 0.096 0.128 0.138 0.128 0.087 0.071 0.051 0.029 0.016 0.007 0.004 0.002 39 I 0.086 0.056 0.085 0.106 0.144 0.140 0.121 0.100 0.063 0.053 0.026 0.013 0.006 0.002 40 G 0.183 0.138 0.133 0.164 0.120 0.094 0.060 0.041 0.032 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 41 G 0.175 0.088 0.104 0.115 0.136 0.126 0.103 0.062 0.042 0.024 0.013 0.008 0.003 0.002 42 R 0.257 0.156 0.136 0.131 0.106 0.080 0.062 0.031 0.021 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 43 N 0.372 0.195 0.127 0.098 0.078 0.047 0.034 0.019 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 44 G 0.271 0.144 0.124 0.127 0.108 0.087 0.064 0.032 0.024 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 45 P 0.182 0.120 0.129 0.154 0.140 0.102 0.080 0.043 0.025 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 46 E 0.139 0.130 0.137 0.149 0.137 0.107 0.074 0.052 0.041 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 47 P 0.061 0.043 0.062 0.092 0.144 0.161 0.132 0.119 0.085 0.044 0.030 0.016 0.008 0.003 48 V 0.036 0.028 0.035 0.052 0.081 0.107 0.133 0.136 0.122 0.109 0.087 0.045 0.020 0.008 49 R 0.053 0.047 0.061 0.096 0.120 0.111 0.106 0.119 0.094 0.077 0.056 0.035 0.017 0.009 50 F 0.023 0.018 0.023 0.024 0.044 0.058 0.068 0.099 0.139 0.176 0.145 0.103 0.055 0.024 51 G 0.073 0.074 0.083 0.111 0.116 0.118 0.110 0.100 0.079 0.059 0.039 0.021 0.011 0.005 52 D 0.124 0.089 0.092 0.120 0.118 0.103 0.091 0.079 0.073 0.051 0.031 0.015 0.008 0.005 53 W 0.057 0.045 0.067 0.108 0.161 0.155 0.132 0.108 0.070 0.045 0.028 0.016 0.006 0.004 54 E 0.119 0.131 0.147 0.169 0.134 0.107 0.076 0.048 0.031 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 55 K 0.138 0.092 0.113 0.132 0.140 0.118 0.094 0.068 0.054 0.029 0.013 0.006 0.002 0.001 56 K 0.245 0.172 0.142 0.141 0.095 0.077 0.054 0.029 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 57 G 0.169 0.080 0.098 0.114 0.136 0.126 0.103 0.067 0.050 0.026 0.015 0.010 0.004 0.002 58 I 0.073 0.051 0.073 0.100 0.133 0.148 0.140 0.108 0.067 0.049 0.031 0.016 0.007 0.003 59 A 0.097 0.052 0.058 0.068 0.108 0.112 0.102 0.119 0.097 0.078 0.057 0.031 0.014 0.007 60 I 0.101 0.059 0.064 0.089 0.121 0.119 0.107 0.107 0.086 0.060 0.047 0.025 0.011 0.005 61 D 0.122 0.075 0.087 0.127 0.151 0.121 0.097 0.079 0.058 0.037 0.024 0.013 0.006 0.003 62 F 0.094 0.061 0.067 0.082 0.121 0.125 0.118 0.104 0.087 0.068 0.040 0.020 0.009 0.005