# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.005 0.052 0.047 0.072 0.004 0.073 0.040 0.004 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.051 0.024 0.160 0.083 0.156 0.214 0.001 2 R 0.003 0.004 0.050 0.047 0.069 0.013 0.079 0.060 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.021 0.165 0.064 0.116 0.261 0.001 3 D 0.002 0.004 0.023 0.035 0.110 0.010 0.109 0.058 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 0.039 0.135 0.090 0.168 0.183 0.001 4 M 0.002 0.003 0.060 0.045 0.050 0.007 0.085 0.060 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 0.017 0.210 0.073 0.115 0.209 0.001 5 T 0.002 0.003 0.028 0.039 0.070 0.010 0.098 0.073 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.024 0.095 0.060 0.200 0.266 0.001 6 E 0.002 0.002 0.029 0.032 0.089 0.004 0.072 0.052 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.029 0.252 0.088 0.160 0.141 0.001 7 E 0.002 0.003 0.049 0.038 0.048 0.011 0.136 0.111 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.018 0.162 0.049 0.141 0.185 0.001 8 T 0.001 0.002 0.017 0.029 0.096 0.010 0.133 0.092 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.032 0.144 0.115 0.146 0.157 0.001 9 R 0.001 0.002 0.036 0.028 0.049 0.008 0.107 0.053 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.022 0.249 0.090 0.146 0.140 0.001 10 K 0.001 0.002 0.028 0.031 0.024 0.055 0.176 0.052 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.015 0.235 0.038 0.080 0.228 0.001 11 D 0.001 0.001 0.007 0.010 0.064 0.008 0.344 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.028 0.123 0.142 0.150 0.092 0.001 12 L 0.001 0.001 0.035 0.027 0.005 0.001 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.006 0.040 0.046 0.175 0.611 0.001 13 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.007 0.196 0.759 0.001 14 P 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.913 0.033 0.011 0.015 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.342 0.541 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.004 0.003 0.013 0.001 16 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.006 0.165 0.674 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.060 0.021 0.037 0.020 0.001 17 L 0.001 0.001 0.004 0.003 0.005 0.002 0.030 0.707 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.131 0.041 0.030 0.028 0.001 18 R 0.001 0.001 0.003 0.003 0.002 0.004 0.072 0.773 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.092 0.006 0.015 0.019 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.040 0.849 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.070 0.009 0.008 0.009 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.039 0.863 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.056 0.010 0.008 0.008 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.052 0.836 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.058 0.007 0.012 0.012 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.073 0.787 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.061 0.018 0.014 0.015 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.008 0.105 0.653 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.113 0.023 0.036 0.032 0.001 24 E 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.013 0.093 0.584 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.127 0.042 0.056 0.049 0.001 25 E 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.014 0.139 0.474 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.152 0.044 0.081 0.059 0.001 26 R 0.001 0.001 0.004 0.007 0.006 0.016 0.098 0.499 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.132 0.041 0.086 0.090 0.001 27 R 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.011 0.084 0.432 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.011 0.156 0.059 0.104 0.103 0.001 28 R 0.001 0.001 0.010 0.013 0.013 0.008 0.059 0.363 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.012 0.139 0.026 0.190 0.149 0.001 29 R 0.001 0.001 0.008 0.009 0.021 0.008 0.081 0.340 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.012 0.247 0.054 0.088 0.104 0.001 30 A 0.001 0.001 0.007 0.008 0.009 0.014 0.183 0.355 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.013 0.220 0.031 0.069 0.070 0.001 31 K 0.001 0.001 0.008 0.009 0.012 0.034 0.247 0.323 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.113 0.084 0.070 0.071 0.001 32 A 0.001 0.001 0.008 0.016 0.022 0.014 0.241 0.079 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.026 0.215 0.111 0.129 0.097 0.001 33 L 0.001 0.001 0.024 0.027 0.013 0.014 0.137 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.012 0.141 0.033 0.178 0.354 0.001 34 D 0.001 0.001 0.008 0.008 0.048 0.005 0.141 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.028 0.074 0.248 0.183 0.231 0.001 35 L 0.001 0.001 0.055 0.022 0.012 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.017 0.084 0.041 0.195 0.515 0.001 36 P 0.001 0.001 0.019 0.014 0.100 0.004 0.032 0.032 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.031 0.092 0.049 0.252 0.341 0.001 37 K 0.001 0.002 0.086 0.059 0.036 0.014 0.065 0.085 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.054 0.042 0.225 0.055 0.161 0.102 0.001 38 E 0.004 0.006 0.031 0.035 0.121 0.038 0.180 0.097 0.006 0.003 0.001 0.002 0.005 0.008 0.066 0.049 0.160 0.042 0.053 0.092 0.001 39 I 0.005 0.006 0.054 0.073 0.085 0.008 0.171 0.039 0.002 0.001 0.003 0.004 0.006 0.009 0.067 0.052 0.112 0.037 0.129 0.134 0.002 40 G 0.006 0.007 0.050 0.056 0.178 0.004 0.076 0.014 0.003 0.001 0.003 0.003 0.007 0.007 0.058 0.041 0.077 0.174 0.076 0.159 0.002 41 G 0.006 0.006 0.092 0.082 0.101 0.003 0.025 0.008 0.003 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.037 0.030 0.053 0.045 0.173 0.321 0.002 42 R 0.005 0.004 0.052 0.054 0.213 0.004 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.030 0.022 0.233 0.044 0.121 0.184 0.001 43 N 0.005 0.005 0.049 0.050 0.111 0.011 0.156 0.007 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.058 0.025 0.158 0.077 0.083 0.191 0.001 44 G 0.002 0.004 0.049 0.071 0.043 0.002 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.031 0.016 0.043 0.039 0.242 0.413 0.001 45 P 0.003 0.005 0.017 0.021 0.278 0.001 0.024 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.017 0.053 0.106 0.090 0.133 0.237 0.001 46 E 0.007 0.010 0.213 0.130 0.037 0.009 0.028 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.098 0.012 0.078 0.026 0.081 0.248 0.002 47 P 0.010 0.013 0.012 0.026 0.463 0.003 0.042 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.006 0.003 0.017 0.083 0.070 0.048 0.131 0.052 0.003 48 V 0.016 0.020 0.203 0.200 0.031 0.003 0.025 0.007 0.001 0.001 0.004 0.005 0.016 0.006 0.158 0.018 0.031 0.026 0.080 0.149 0.002 49 R 0.009 0.012 0.024 0.048 0.305 0.002 0.015 0.008 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.004 0.017 0.072 0.034 0.043 0.143 0.244 0.003 50 F 0.008 0.009 0.078 0.087 0.081 0.002 0.027 0.016 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.004 0.109 0.035 0.210 0.060 0.135 0.122 0.002 51 G 0.009 0.013 0.051 0.054 0.139 0.007 0.136 0.040 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.057 0.023 0.106 0.087 0.061 0.204 0.001 52 D 0.007 0.006 0.063 0.058 0.104 0.002 0.016 0.034 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.013 0.016 0.042 0.033 0.298 0.298 0.002 53 W 0.003 0.003 0.013 0.008 0.114 0.002 0.017 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.685 0.039 0.011 0.015 0.001 54 E 0.009 0.013 0.040 0.042 0.040 0.027 0.390 0.319 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.004 0.042 0.010 0.018 0.016 0.001 55 K 0.030 0.031 0.052 0.067 0.163 0.010 0.107 0.152 0.028 0.008 0.003 0.003 0.009 0.007 0.033 0.016 0.146 0.056 0.038 0.039 0.002 56 K 0.037 0.046 0.056 0.083 0.171 0.004 0.147 0.051 0.007 0.003 0.006 0.006 0.017 0.015 0.057 0.021 0.128 0.020 0.038 0.082 0.005 57 G 0.055 0.100 0.032 0.049 0.296 0.003 0.118 0.024 0.003 0.001 0.010 0.012 0.023 0.028 0.034 0.042 0.026 0.063 0.034 0.038 0.009 58 I 0.127 0.100 0.239 0.118 0.091 0.003 0.012 0.021 0.002 0.001 0.014 0.010 0.035 0.037 0.068 0.017 0.030 0.018 0.023 0.022 0.013 59 A 0.137 0.130 0.040 0.055 0.231 0.002 0.011 0.013 0.003 0.001 0.028 0.029 0.068 0.065 0.035 0.029 0.017 0.009 0.035 0.014 0.047 60 I 0.097 0.116 0.090 0.090 0.074 0.002 0.011 0.009 0.002 0.001 0.020 0.022 0.074 0.086 0.197 0.024 0.018 0.008 0.018 0.018 0.022 61 D 0.069 0.089 0.048 0.121 0.132 0.001 0.013 0.009 0.002 0.001 0.044 0.031 0.066 0.105 0.049 0.058 0.023 0.022 0.050 0.041 0.025 62 F 0.034 0.053 0.066 0.070 0.159 0.003 0.022 0.017 0.003 0.001 0.012 0.015 0.024 0.049 0.114 0.093 0.094 0.044 0.050 0.071 0.007