# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.020 0.801 0.003 0.007 0.023 0.001 0.001 0.013 0.075 0.011 0.026 0.018 2 R 0.001 0.016 0.725 0.004 0.020 0.058 0.001 0.001 0.016 0.080 0.034 0.015 0.028 3 D 0.001 0.022 0.458 0.005 0.090 0.174 0.001 0.001 0.015 0.082 0.117 0.010 0.024 4 M 0.002 0.015 0.393 0.007 0.133 0.221 0.001 0.001 0.017 0.085 0.085 0.018 0.022 5 T 0.002 0.017 0.416 0.003 0.100 0.204 0.001 0.001 0.015 0.084 0.116 0.015 0.027 6 E 0.002 0.024 0.399 0.004 0.096 0.211 0.001 0.001 0.012 0.091 0.123 0.012 0.024 7 E 0.002 0.025 0.463 0.005 0.065 0.150 0.001 0.001 0.011 0.149 0.075 0.029 0.025 8 T 0.001 0.019 0.620 0.003 0.048 0.083 0.001 0.001 0.007 0.088 0.093 0.006 0.031 9 R 0.001 0.014 0.457 0.004 0.146 0.122 0.001 0.001 0.006 0.089 0.138 0.010 0.012 10 K 0.001 0.008 0.333 0.001 0.109 0.121 0.001 0.001 0.006 0.110 0.295 0.007 0.009 11 D 0.001 0.023 0.345 0.001 0.072 0.092 0.001 0.001 0.004 0.122 0.326 0.004 0.009 12 L 0.001 0.034 0.519 0.001 0.011 0.046 0.001 0.001 0.007 0.329 0.037 0.010 0.006 13 P 0.001 0.007 0.897 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 0.002 0.066 0.005 0.001 0.004 14 P 0.001 0.004 0.091 0.001 0.258 0.516 0.001 0.001 0.001 0.023 0.103 0.001 0.002 15 E 0.001 0.002 0.032 0.001 0.225 0.568 0.001 0.001 0.001 0.012 0.158 0.001 0.001 16 A 0.001 0.003 0.048 0.001 0.189 0.700 0.001 0.001 0.001 0.012 0.043 0.001 0.003 17 L 0.001 0.005 0.063 0.001 0.032 0.863 0.001 0.001 0.002 0.012 0.018 0.002 0.003 18 R 0.001 0.003 0.054 0.001 0.025 0.876 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 0.002 0.003 19 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.021 0.929 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.002 20 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.021 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.021 0.944 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.014 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.017 0.001 0.012 0.920 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.040 0.001 0.017 0.867 0.001 0.001 0.001 0.011 0.061 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.069 0.001 0.023 0.825 0.001 0.001 0.001 0.016 0.062 0.001 0.002 26 R 0.001 0.002 0.120 0.001 0.021 0.740 0.001 0.001 0.001 0.025 0.086 0.001 0.002 27 R 0.001 0.004 0.205 0.001 0.036 0.648 0.001 0.001 0.003 0.028 0.070 0.002 0.004 28 R 0.001 0.005 0.228 0.001 0.042 0.630 0.001 0.001 0.005 0.034 0.047 0.003 0.005 29 R 0.001 0.005 0.146 0.001 0.063 0.663 0.001 0.001 0.005 0.031 0.076 0.003 0.006 30 A 0.001 0.005 0.126 0.002 0.119 0.579 0.001 0.001 0.004 0.028 0.130 0.002 0.006 31 K 0.001 0.006 0.160 0.002 0.118 0.464 0.001 0.001 0.006 0.041 0.191 0.005 0.006 32 A 0.001 0.010 0.290 0.001 0.099 0.311 0.001 0.001 0.008 0.068 0.188 0.004 0.017 33 L 0.001 0.013 0.464 0.002 0.047 0.112 0.001 0.001 0.011 0.120 0.205 0.016 0.009 34 D 0.001 0.025 0.492 0.001 0.021 0.062 0.001 0.001 0.010 0.196 0.175 0.004 0.012 35 L 0.001 0.014 0.756 0.001 0.005 0.016 0.001 0.001 0.010 0.161 0.027 0.006 0.003 36 P 0.001 0.012 0.700 0.003 0.058 0.048 0.001 0.001 0.012 0.063 0.080 0.002 0.019 37 K 0.001 0.018 0.310 0.007 0.208 0.112 0.001 0.001 0.021 0.093 0.203 0.019 0.007 38 E 0.005 0.021 0.178 0.007 0.334 0.169 0.003 0.004 0.041 0.074 0.102 0.011 0.051 39 I 0.006 0.047 0.230 0.011 0.141 0.129 0.003 0.003 0.039 0.103 0.222 0.035 0.031 40 G 0.006 0.046 0.380 0.007 0.048 0.037 0.003 0.004 0.029 0.194 0.173 0.022 0.052 41 G 0.003 0.024 0.656 0.004 0.018 0.015 0.001 0.001 0.015 0.159 0.046 0.030 0.029 42 R 0.002 0.022 0.472 0.004 0.042 0.015 0.001 0.001 0.009 0.169 0.216 0.012 0.035 43 N 0.001 0.022 0.448 0.004 0.028 0.008 0.001 0.001 0.006 0.260 0.202 0.012 0.009 44 G 0.001 0.013 0.639 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.005 0.255 0.052 0.007 0.009 45 P 0.001 0.024 0.587 0.004 0.028 0.012 0.001 0.001 0.005 0.212 0.106 0.005 0.015 46 E 0.002 0.038 0.480 0.006 0.037 0.018 0.001 0.001 0.011 0.241 0.118 0.037 0.009 47 P 0.004 0.055 0.564 0.004 0.064 0.027 0.002 0.002 0.017 0.094 0.077 0.007 0.084 48 V 0.005 0.038 0.661 0.008 0.041 0.015 0.002 0.002 0.020 0.109 0.031 0.047 0.021 49 R 0.010 0.033 0.545 0.005 0.039 0.025 0.003 0.002 0.035 0.102 0.053 0.045 0.102 50 F 0.010 0.055 0.356 0.007 0.066 0.049 0.003 0.002 0.019 0.125 0.204 0.025 0.078 51 G 0.004 0.016 0.366 0.013 0.021 0.021 0.001 0.001 0.009 0.351 0.100 0.078 0.017 52 D 0.007 0.024 0.544 0.007 0.040 0.039 0.001 0.001 0.009 0.137 0.071 0.031 0.088 53 W 0.016 0.040 0.213 0.007 0.148 0.109 0.003 0.002 0.005 0.052 0.248 0.025 0.133 54 E 0.022 0.024 0.225 0.025 0.161 0.085 0.003 0.001 0.006 0.068 0.256 0.078 0.045 55 K 0.017 0.011 0.161 0.041 0.092 0.050 0.002 0.001 0.007 0.176 0.301 0.059 0.081 56 K 0.009 0.006 0.135 0.038 0.018 0.009 0.002 0.001 0.005 0.147 0.554 0.022 0.053 57 G 0.035 0.007 0.334 0.024 0.003 0.003 0.005 0.006 0.013 0.280 0.085 0.143 0.063 58 I 0.165 0.011 0.153 0.012 0.001 0.003 0.033 0.014 0.048 0.043 0.007 0.330 0.180 59 A 0.267 0.011 0.027 0.003 0.001 0.002 0.109 0.070 0.100 0.005 0.003 0.061 0.342 60 I 0.252 0.015 0.072 0.111 0.003 0.004 0.158 0.079 0.096 0.016 0.006 0.120 0.069 61 D 0.072 0.015 0.269 0.013 0.003 0.004 0.024 0.015 0.080 0.064 0.022 0.140 0.278 62 F 0.024 0.013 0.401 0.015 0.009 0.008 0.007 0.005 0.027 0.187 0.124 0.053 0.126