# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.095 0.049 0.182 0.219 0.021 0.142 0.030 0.010 0.016 0.017 0.044 0.033 0.095 0.007 0.007 0.033 2 R 0.055 0.136 0.165 0.256 0.010 0.092 0.013 0.025 0.006 0.005 0.086 0.060 0.063 0.005 0.011 0.013 3 D 0.021 0.089 0.107 0.277 0.007 0.191 0.006 0.016 0.018 0.010 0.048 0.097 0.081 0.003 0.008 0.021 4 M 0.034 0.087 0.134 0.239 0.013 0.102 0.018 0.008 0.007 0.005 0.135 0.063 0.125 0.007 0.005 0.018 5 T 0.023 0.112 0.142 0.220 0.005 0.122 0.009 0.020 0.005 0.003 0.049 0.124 0.135 0.003 0.015 0.012 6 E 0.017 0.073 0.161 0.265 0.005 0.072 0.010 0.008 0.013 0.007 0.089 0.042 0.186 0.005 0.007 0.040 7 E 0.043 0.087 0.169 0.284 0.009 0.087 0.017 0.006 0.005 0.003 0.038 0.071 0.151 0.006 0.007 0.018 8 T 0.013 0.063 0.155 0.201 0.009 0.167 0.014 0.012 0.003 0.003 0.057 0.050 0.216 0.009 0.013 0.015 9 R 0.011 0.065 0.074 0.155 0.015 0.153 0.030 0.009 0.006 0.004 0.124 0.057 0.237 0.024 0.012 0.022 10 K 0.023 0.099 0.071 0.169 0.004 0.040 0.023 0.020 0.006 0.004 0.112 0.140 0.230 0.007 0.028 0.023 11 D 0.025 0.136 0.181 0.179 0.003 0.038 0.014 0.004 0.023 0.004 0.014 0.039 0.130 0.006 0.012 0.191 12 L 0.033 0.058 0.511 0.312 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.006 0.038 0.001 0.005 0.016 13 P 0.002 0.001 0.010 0.005 0.001 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 14 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.972 0.013 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.017 0.004 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.931 0.001 0.006 0.008 17 L 0.001 0.006 0.074 0.009 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.846 0.001 0.006 0.014 18 R 0.003 0.002 0.005 0.008 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.016 0.917 0.001 0.002 0.004 19 A 0.001 0.003 0.004 0.004 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.041 0.022 0.889 0.006 0.001 0.004 20 L 0.001 0.008 0.005 0.006 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.059 0.883 0.004 0.008 0.005 21 A 0.001 0.002 0.012 0.005 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.922 0.006 0.008 0.020 22 E 0.005 0.003 0.029 0.007 0.001 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.855 0.019 0.011 0.030 23 A 0.005 0.009 0.046 0.008 0.001 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 0.031 0.018 0.804 0.010 0.020 0.020 24 E 0.006 0.015 0.034 0.013 0.001 0.025 0.016 0.002 0.001 0.001 0.029 0.038 0.748 0.022 0.011 0.038 25 E 0.011 0.022 0.046 0.019 0.001 0.021 0.013 0.003 0.001 0.001 0.037 0.042 0.722 0.010 0.022 0.029 26 R 0.007 0.021 0.069 0.018 0.001 0.036 0.017 0.003 0.002 0.001 0.046 0.040 0.672 0.011 0.013 0.042 27 R 0.020 0.047 0.088 0.045 0.001 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.055 0.055 0.576 0.010 0.019 0.033 28 R 0.010 0.022 0.063 0.033 0.002 0.101 0.013 0.005 0.002 0.002 0.038 0.076 0.595 0.008 0.011 0.020 29 R 0.006 0.022 0.038 0.019 0.002 0.070 0.013 0.004 0.001 0.001 0.127 0.041 0.626 0.009 0.008 0.013 30 A 0.006 0.041 0.037 0.043 0.001 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 0.073 0.141 0.572 0.009 0.018 0.018 31 K 0.010 0.024 0.070 0.042 0.002 0.018 0.019 0.003 0.003 0.001 0.018 0.051 0.635 0.019 0.021 0.063 32 A 0.026 0.020 0.181 0.046 0.005 0.024 0.075 0.005 0.003 0.001 0.026 0.015 0.397 0.073 0.029 0.075 33 L 0.017 0.046 0.236 0.072 0.004 0.058 0.054 0.015 0.003 0.003 0.032 0.027 0.313 0.010 0.067 0.043 34 D 0.027 0.169 0.181 0.177 0.002 0.023 0.011 0.006 0.013 0.005 0.021 0.021 0.156 0.004 0.007 0.175 35 L 0.095 0.042 0.161 0.247 0.014 0.171 0.040 0.003 0.005 0.006 0.021 0.038 0.122 0.014 0.003 0.017 36 P 0.010 0.087 0.188 0.114 0.007 0.283 0.011 0.022 0.002 0.002 0.081 0.028 0.138 0.002 0.021 0.005 37 K 0.006 0.085 0.028 0.195 0.008 0.050 0.003 0.009 0.017 0.006 0.360 0.073 0.133 0.003 0.002 0.023 38 E 0.037 0.021 0.035 0.060 0.192 0.021 0.137 0.004 0.006 0.002 0.018 0.073 0.054 0.331 0.002 0.008 39 I 0.002 0.026 0.163 0.050 0.022 0.011 0.081 0.146 0.002 0.001 0.008 0.007 0.056 0.012 0.406 0.007 40 G 0.005 0.029 0.067 0.111 0.004 0.011 0.009 0.038 0.165 0.104 0.007 0.006 0.041 0.003 0.016 0.384 41 G 0.665 0.010 0.026 0.080 0.022 0.053 0.016 0.003 0.018 0.033 0.015 0.015 0.029 0.003 0.001 0.011 42 R 0.055 0.091 0.139 0.078 0.169 0.103 0.064 0.036 0.003 0.004 0.137 0.034 0.031 0.041 0.008 0.006 43 N 0.006 0.205 0.071 0.306 0.006 0.020 0.004 0.168 0.025 0.010 0.020 0.058 0.015 0.003 0.073 0.011 44 G 0.035 0.027 0.075 0.299 0.011 0.140 0.017 0.006 0.140 0.104 0.022 0.024 0.050 0.002 0.005 0.043 45 P 0.181 0.174 0.230 0.326 0.001 0.009 0.003 0.005 0.005 0.001 0.021 0.014 0.016 0.001 0.002 0.011 46 E 0.019 0.021 0.188 0.694 0.003 0.033 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.017 0.006 0.001 0.001 0.004 47 P 0.012 0.015 0.214 0.582 0.043 0.085 0.007 0.003 0.001 0.001 0.013 0.003 0.018 0.001 0.001 0.002 48 V 0.003 0.078 0.029 0.601 0.045 0.172 0.002 0.013 0.003 0.003 0.020 0.015 0.013 0.001 0.001 0.002 49 R 0.004 0.021 0.010 0.125 0.615 0.041 0.045 0.011 0.005 0.004 0.048 0.011 0.009 0.048 0.001 0.003 50 F 0.007 0.067 0.048 0.139 0.010 0.015 0.003 0.526 0.008 0.002 0.015 0.012 0.014 0.001 0.126 0.005 51 G 0.009 0.020 0.038 0.135 0.004 0.029 0.004 0.015 0.217 0.402 0.013 0.012 0.019 0.001 0.002 0.079 52 D 0.365 0.059 0.025 0.084 0.005 0.292 0.004 0.008 0.008 0.004 0.041 0.053 0.044 0.001 0.003 0.004 53 W 0.010 0.036 0.138 0.079 0.022 0.069 0.006 0.011 0.005 0.004 0.488 0.061 0.060 0.003 0.002 0.007 54 E 0.013 0.122 0.070 0.128 0.127 0.081 0.030 0.009 0.005 0.002 0.018 0.295 0.052 0.032 0.011 0.005 55 K 0.006 0.041 0.056 0.096 0.125 0.033 0.220 0.046 0.008 0.005 0.034 0.008 0.083 0.143 0.059 0.037 56 K 0.015 0.111 0.161 0.164 0.001 0.007 0.007 0.137 0.075 0.008 0.007 0.012 0.027 0.001 0.211 0.055 57 G 0.248 0.016 0.171 0.201 0.001 0.009 0.003 0.001 0.107 0.045 0.003 0.004 0.015 0.001 0.001 0.175 58 I 0.282 0.010 0.295 0.396 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 59 A 0.003 0.005 0.095 0.512 0.156 0.206 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 60 I 0.001 0.104 0.011 0.683 0.073 0.044 0.002 0.051 0.001 0.001 0.018 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 61 D 0.002 0.058 0.004 0.185 0.106 0.447 0.008 0.025 0.050 0.038 0.019 0.036 0.013 0.002 0.002 0.004 62 F 0.027 0.075 0.063 0.085 0.051 0.048 0.019 0.117 0.017 0.013 0.390 0.036 0.033 0.006 0.014 0.008