# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.099 0.070 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.194 0.091 0.487 2 R 0.053 0.082 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.067 0.145 0.104 0.521 3 D 0.090 0.092 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.060 0.067 0.107 0.566 4 M 0.063 0.083 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.065 0.139 0.102 0.531 5 T 0.047 0.141 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.070 0.093 0.107 0.525 6 E 0.083 0.130 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.059 0.090 0.588 7 E 0.092 0.061 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.078 0.115 0.586 8 T 0.164 0.081 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.075 0.094 0.547 9 R 0.376 0.024 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.049 0.081 0.443 10 K 0.023 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.015 0.131 0.786 11 D 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.008 0.152 0.798 12 L 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.065 0.028 0.216 0.638 13 P 0.196 0.609 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.096 0.016 0.080 14 P 0.287 0.593 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.009 0.057 15 E 0.044 0.662 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.077 0.019 0.188 16 A 0.018 0.829 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.028 0.015 0.103 17 L 0.018 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.013 0.047 18 R 0.045 0.836 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.009 0.063 19 A 0.032 0.891 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.005 0.048 20 L 0.047 0.809 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.058 0.012 0.067 21 A 0.033 0.739 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.051 0.024 0.142 22 E 0.037 0.621 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.070 0.030 0.230 23 A 0.071 0.671 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.073 0.021 0.147 24 E 0.101 0.649 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.054 0.026 0.161 25 E 0.042 0.674 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.021 0.216 26 R 0.046 0.713 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.024 0.166 27 R 0.046 0.654 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.041 0.026 0.212 28 R 0.128 0.623 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.017 0.155 29 R 0.265 0.425 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.048 0.026 0.222 30 A 0.138 0.113 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.060 0.051 0.607 31 K 0.139 0.050 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.051 0.091 0.627 32 A 0.097 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.038 0.098 0.728 33 L 0.027 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.023 0.154 0.734 34 D 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.008 0.118 0.827 35 L 0.069 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.074 0.164 0.591 36 P 0.236 0.036 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.110 0.096 0.487 37 K 0.139 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.057 0.118 0.608 38 E 0.054 0.010 0.001 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.048 0.132 0.658 39 I 0.019 0.005 0.002 0.001 0.011 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.102 0.037 0.113 0.693 40 G 0.062 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.051 0.134 0.653 41 G 0.274 0.010 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.110 0.103 0.432 42 R 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.025 0.118 0.788 43 N 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.020 0.125 0.796 44 G 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.085 0.034 0.166 0.649 45 P 0.012 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.017 0.140 0.746 46 E 0.027 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.001 0.007 0.003 0.007 0.002 0.170 0.034 0.130 0.583 47 P 0.040 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.008 0.009 0.004 0.131 0.047 0.120 0.608 48 V 0.051 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.005 0.310 0.060 0.119 0.416 49 R 0.109 0.025 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.323 0.053 0.082 0.382 50 F 0.035 0.043 0.002 0.001 0.005 0.003 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.282 0.047 0.109 0.447 51 G 0.023 0.039 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.249 0.027 0.100 0.548 52 D 0.325 0.167 0.006 0.001 0.006 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.213 0.036 0.144 53 W 0.033 0.023 0.082 0.003 0.066 0.003 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.100 0.120 0.485 54 E 0.363 0.021 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.048 0.064 0.442 55 K 0.193 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.035 0.129 0.573 56 K 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.199 0.022 0.129 0.631 57 G 0.009 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.183 0.083 0.095 0.587 58 I 0.020 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.062 0.051 0.019 0.003 0.002 0.007 0.003 0.002 0.397 0.075 0.061 0.281 59 A 0.018 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.002 0.002 0.376 0.087 0.069 0.407 60 I 0.016 0.004 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.032 0.011 0.005 0.369 0.059 0.081 0.383 61 D 0.053 0.009 0.001 0.001 0.004 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.004 0.235 0.087 0.107 0.480 62 F 0.032 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.050 0.144 0.611