# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.107 0.033 0.002 0.028 0.016 0.029 0.117 0.006 0.001 0.122 0.539 2 R 0.030 0.035 0.004 0.030 0.027 0.037 0.124 0.004 0.001 0.072 0.635 3 D 0.096 0.050 0.002 0.026 0.023 0.033 0.102 0.007 0.001 0.042 0.618 4 M 0.086 0.032 0.003 0.022 0.032 0.035 0.117 0.005 0.001 0.106 0.562 5 T 0.037 0.058 0.003 0.022 0.020 0.031 0.115 0.006 0.001 0.064 0.644 6 E 0.150 0.109 0.003 0.015 0.016 0.024 0.097 0.012 0.001 0.048 0.525 7 E 0.141 0.060 0.018 0.018 0.025 0.023 0.103 0.014 0.007 0.065 0.524 8 T 0.231 0.038 0.005 0.018 0.009 0.018 0.095 0.010 0.002 0.031 0.545 9 R 0.285 0.012 0.002 0.010 0.008 0.016 0.072 0.010 0.001 0.043 0.541 10 K 0.030 0.003 0.001 0.023 0.009 0.015 0.094 0.001 0.001 0.020 0.804 11 D 0.004 0.004 0.001 0.019 0.006 0.016 0.123 0.001 0.001 0.014 0.813 12 L 0.004 0.018 0.001 0.018 0.020 0.008 0.127 0.001 0.001 0.014 0.788 13 P 0.307 0.553 0.001 0.003 0.002 0.001 0.018 0.029 0.001 0.028 0.058 14 P 0.093 0.782 0.001 0.002 0.001 0.001 0.016 0.008 0.001 0.014 0.083 15 E 0.023 0.806 0.003 0.003 0.002 0.002 0.012 0.001 0.001 0.022 0.126 16 A 0.054 0.807 0.003 0.006 0.004 0.004 0.015 0.007 0.001 0.012 0.087 17 L 0.046 0.836 0.003 0.004 0.002 0.003 0.013 0.006 0.001 0.010 0.077 18 R 0.032 0.845 0.003 0.002 0.004 0.003 0.008 0.003 0.001 0.007 0.094 19 A 0.037 0.842 0.002 0.003 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.007 0.092 20 L 0.062 0.840 0.005 0.003 0.002 0.003 0.010 0.011 0.001 0.012 0.052 21 A 0.072 0.756 0.007 0.004 0.003 0.003 0.018 0.007 0.001 0.015 0.113 22 E 0.086 0.661 0.008 0.005 0.004 0.004 0.025 0.008 0.001 0.025 0.173 23 A 0.105 0.603 0.010 0.006 0.005 0.005 0.031 0.014 0.002 0.026 0.194 24 E 0.123 0.589 0.006 0.006 0.004 0.005 0.029 0.011 0.001 0.020 0.205 25 E 0.109 0.411 0.006 0.007 0.006 0.007 0.043 0.008 0.001 0.027 0.375 26 R 0.084 0.422 0.007 0.010 0.007 0.009 0.054 0.011 0.001 0.019 0.376 27 R 0.120 0.441 0.007 0.008 0.008 0.009 0.042 0.015 0.002 0.018 0.330 28 R 0.174 0.441 0.009 0.007 0.008 0.008 0.033 0.018 0.002 0.017 0.283 29 R 0.270 0.335 0.004 0.011 0.005 0.008 0.038 0.019 0.002 0.019 0.287 30 A 0.196 0.064 0.038 0.017 0.011 0.014 0.062 0.014 0.012 0.054 0.518 31 K 0.245 0.016 0.002 0.019 0.010 0.019 0.073 0.006 0.001 0.028 0.580 32 A 0.095 0.004 0.001 0.013 0.006 0.011 0.071 0.002 0.001 0.034 0.763 33 L 0.011 0.003 0.001 0.028 0.012 0.014 0.104 0.001 0.001 0.019 0.809 34 D 0.014 0.008 0.001 0.012 0.007 0.013 0.092 0.001 0.001 0.024 0.828 35 L 0.062 0.018 0.001 0.012 0.026 0.012 0.132 0.005 0.001 0.023 0.710 36 P 0.237 0.054 0.007 0.028 0.010 0.014 0.105 0.021 0.004 0.067 0.453 37 K 0.185 0.024 0.002 0.017 0.009 0.026 0.115 0.011 0.001 0.052 0.558 38 E 0.167 0.010 0.001 0.024 0.015 0.026 0.098 0.004 0.001 0.058 0.596 39 I 0.017 0.004 0.001 0.032 0.021 0.034 0.148 0.002 0.001 0.047 0.694 40 G 0.015 0.005 0.001 0.030 0.016 0.040 0.121 0.002 0.001 0.041 0.730 41 G 0.232 0.004 0.001 0.009 0.042 0.034 0.091 0.004 0.001 0.083 0.500 42 R 0.020 0.002 0.001 0.020 0.015 0.024 0.136 0.001 0.001 0.032 0.750 43 N 0.024 0.003 0.001 0.013 0.009 0.025 0.120 0.001 0.001 0.037 0.766 44 G 0.045 0.005 0.001 0.014 0.038 0.036 0.160 0.003 0.001 0.057 0.642 45 P 0.028 0.005 0.001 0.011 0.014 0.024 0.144 0.003 0.001 0.041 0.727 46 E 0.030 0.005 0.001 0.026 0.050 0.076 0.145 0.002 0.001 0.062 0.602 47 P 0.015 0.005 0.001 0.022 0.033 0.070 0.149 0.001 0.001 0.060 0.643 48 V 0.018 0.008 0.001 0.052 0.068 0.093 0.142 0.002 0.001 0.041 0.575 49 R 0.219 0.025 0.001 0.042 0.054 0.096 0.097 0.005 0.001 0.092 0.368 50 F 0.017 0.020 0.001 0.022 0.036 0.057 0.133 0.002 0.001 0.035 0.678 51 G 0.020 0.065 0.002 0.029 0.040 0.075 0.110 0.005 0.001 0.028 0.624 52 D 0.192 0.114 0.007 0.021 0.077 0.079 0.083 0.014 0.005 0.133 0.276 53 W 0.132 0.043 0.010 0.022 0.044 0.061 0.127 0.010 0.005 0.111 0.435 54 E 0.198 0.022 0.003 0.023 0.032 0.065 0.079 0.006 0.001 0.060 0.510 55 K 0.068 0.013 0.002 0.030 0.027 0.061 0.118 0.003 0.001 0.049 0.628 56 K 0.009 0.013 0.001 0.046 0.038 0.116 0.116 0.002 0.001 0.037 0.622 57 G 0.008 0.012 0.001 0.056 0.145 0.265 0.065 0.002 0.001 0.051 0.395 58 I 0.010 0.008 0.001 0.087 0.300 0.246 0.046 0.001 0.001 0.042 0.258 59 A 0.026 0.008 0.002 0.104 0.162 0.174 0.063 0.003 0.001 0.067 0.391 60 I 0.019 0.007 0.002 0.136 0.179 0.215 0.075 0.002 0.001 0.052 0.314 61 D 0.038 0.017 0.002 0.080 0.073 0.146 0.098 0.004 0.001 0.058 0.481 62 F 0.052 0.017 0.002 0.054 0.062 0.078 0.127 0.005 0.001 0.062 0.540