# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.060 0.018 0.020 0.024 0.092 0.120 0.552 2 R 0.056 0.096 0.018 0.030 0.038 0.108 0.110 0.545 3 D 0.117 0.115 0.013 0.012 0.025 0.085 0.048 0.585 4 M 0.056 0.045 0.022 0.033 0.034 0.123 0.113 0.575 5 T 0.052 0.109 0.025 0.019 0.029 0.097 0.124 0.545 6 E 0.148 0.147 0.013 0.012 0.019 0.085 0.066 0.509 7 E 0.071 0.045 0.046 0.031 0.027 0.124 0.083 0.573 8 T 0.195 0.055 0.015 0.014 0.023 0.082 0.067 0.550 9 R 0.255 0.022 0.015 0.009 0.014 0.087 0.062 0.537 10 K 0.026 0.024 0.014 0.012 0.017 0.135 0.032 0.739 11 D 0.010 0.029 0.006 0.004 0.008 0.089 0.012 0.842 12 L 0.041 0.180 0.015 0.010 0.008 0.110 0.035 0.602 13 P 0.101 0.774 0.006 0.003 0.002 0.015 0.035 0.064 14 P 0.109 0.792 0.005 0.001 0.002 0.010 0.026 0.055 15 E 0.054 0.796 0.008 0.002 0.003 0.019 0.024 0.093 16 A 0.038 0.816 0.009 0.002 0.002 0.015 0.035 0.083 17 L 0.033 0.850 0.005 0.001 0.002 0.013 0.025 0.070 18 R 0.040 0.817 0.011 0.002 0.002 0.013 0.046 0.070 19 A 0.028 0.874 0.005 0.001 0.001 0.009 0.020 0.061 20 L 0.056 0.820 0.010 0.001 0.001 0.011 0.028 0.072 21 A 0.029 0.847 0.006 0.002 0.001 0.011 0.021 0.083 22 E 0.041 0.785 0.008 0.001 0.001 0.013 0.038 0.113 23 A 0.053 0.767 0.009 0.002 0.001 0.017 0.059 0.093 24 E 0.056 0.758 0.007 0.002 0.001 0.015 0.047 0.114 25 E 0.071 0.671 0.008 0.001 0.001 0.020 0.059 0.170 26 R 0.038 0.723 0.009 0.002 0.002 0.024 0.042 0.160 27 R 0.055 0.560 0.014 0.003 0.003 0.037 0.049 0.280 28 R 0.066 0.681 0.013 0.003 0.002 0.025 0.044 0.166 29 R 0.180 0.547 0.011 0.002 0.003 0.026 0.057 0.174 30 A 0.181 0.126 0.056 0.010 0.006 0.061 0.154 0.406 31 K 0.156 0.082 0.015 0.008 0.007 0.068 0.050 0.615 32 A 0.208 0.018 0.013 0.002 0.004 0.072 0.032 0.651 33 L 0.023 0.012 0.011 0.007 0.009 0.161 0.023 0.754 34 D 0.011 0.011 0.005 0.002 0.004 0.072 0.011 0.884 35 L 0.110 0.055 0.012 0.012 0.010 0.125 0.060 0.617 36 P 0.164 0.073 0.041 0.020 0.022 0.121 0.142 0.417 37 K 0.175 0.046 0.032 0.017 0.028 0.099 0.057 0.547 38 E 0.140 0.013 0.042 0.019 0.029 0.118 0.047 0.592 39 I 0.020 0.004 0.042 0.031 0.053 0.139 0.052 0.660 40 G 0.029 0.003 0.027 0.020 0.044 0.100 0.027 0.751 41 G 0.256 0.005 0.023 0.050 0.041 0.102 0.065 0.460 42 R 0.017 0.001 0.011 0.015 0.023 0.126 0.016 0.791 43 N 0.017 0.001 0.010 0.008 0.018 0.113 0.012 0.822 44 G 0.078 0.006 0.013 0.024 0.026 0.151 0.054 0.649 45 P 0.040 0.008 0.015 0.012 0.018 0.131 0.042 0.733 46 E 0.051 0.014 0.082 0.075 0.161 0.142 0.119 0.357 47 P 0.016 0.005 0.059 0.046 0.091 0.072 0.055 0.657 48 V 0.045 0.009 0.151 0.157 0.181 0.091 0.036 0.331 49 R 0.055 0.015 0.076 0.057 0.106 0.133 0.036 0.522 50 F 0.013 0.015 0.041 0.057 0.095 0.154 0.019 0.607 51 G 0.025 0.024 0.023 0.024 0.032 0.087 0.025 0.759 52 D 0.410 0.219 0.009 0.043 0.032 0.045 0.131 0.110 53 W 0.078 0.081 0.038 0.063 0.094 0.100 0.091 0.455 54 E 0.176 0.015 0.015 0.033 0.071 0.102 0.054 0.533 55 K 0.283 0.015 0.010 0.055 0.051 0.090 0.076 0.420 56 K 0.011 0.005 0.013 0.029 0.173 0.174 0.016 0.579 57 G 0.005 0.003 0.029 0.067 0.420 0.058 0.033 0.386 58 I 0.003 0.001 0.040 0.486 0.348 0.032 0.018 0.071 59 A 0.006 0.002 0.095 0.170 0.275 0.046 0.033 0.374 60 I 0.017 0.004 0.071 0.403 0.287 0.036 0.039 0.143 61 D 0.046 0.010 0.092 0.081 0.130 0.090 0.072 0.479 62 F 0.056 0.017 0.055 0.081 0.112 0.100 0.069 0.510