# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.284 0.118 0.036 0.103 0.102 0.102 0.113 0.067 0.041 0.023 0.012 2 R 0.533 0.208 0.062 0.094 0.048 0.020 0.015 0.008 0.006 0.004 0.002 3 D 0.207 0.141 0.056 0.154 0.130 0.092 0.108 0.055 0.031 0.017 0.009 4 M 0.068 0.107 0.042 0.094 0.096 0.098 0.156 0.116 0.105 0.076 0.043 5 T 0.093 0.178 0.083 0.174 0.143 0.132 0.111 0.045 0.023 0.012 0.005 6 E 0.547 0.173 0.104 0.105 0.035 0.015 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 7 E 0.311 0.100 0.050 0.122 0.106 0.102 0.098 0.050 0.031 0.019 0.010 8 T 0.217 0.291 0.068 0.176 0.108 0.048 0.047 0.020 0.013 0.008 0.003 9 R 0.036 0.057 0.047 0.109 0.121 0.179 0.216 0.101 0.075 0.038 0.022 10 K 0.368 0.159 0.190 0.136 0.072 0.032 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 11 D 0.320 0.179 0.120 0.182 0.093 0.048 0.035 0.012 0.005 0.003 0.001 12 L 0.018 0.029 0.018 0.035 0.042 0.078 0.161 0.185 0.177 0.146 0.111 13 P 0.092 0.257 0.093 0.165 0.141 0.098 0.092 0.035 0.015 0.009 0.003 14 P 0.596 0.114 0.156 0.068 0.026 0.016 0.011 0.007 0.003 0.002 0.001 15 E 0.439 0.156 0.121 0.128 0.069 0.043 0.026 0.009 0.005 0.003 0.001 16 A 0.047 0.063 0.042 0.098 0.098 0.118 0.224 0.122 0.096 0.063 0.028 17 L 0.023 0.038 0.084 0.105 0.141 0.172 0.216 0.112 0.062 0.035 0.014 18 R 0.079 0.065 0.554 0.155 0.066 0.038 0.025 0.010 0.005 0.003 0.001 19 A 0.037 0.050 0.226 0.140 0.108 0.140 0.186 0.054 0.033 0.020 0.006 20 L 0.020 0.027 0.073 0.083 0.104 0.137 0.272 0.129 0.085 0.051 0.020 21 A 0.066 0.049 0.392 0.143 0.108 0.083 0.092 0.037 0.017 0.011 0.003 22 E 0.041 0.059 0.568 0.134 0.077 0.049 0.048 0.014 0.006 0.004 0.001 23 A 0.039 0.046 0.177 0.092 0.095 0.152 0.253 0.088 0.035 0.018 0.006 24 E 0.305 0.092 0.364 0.099 0.040 0.037 0.038 0.015 0.005 0.004 0.001 25 E 0.137 0.073 0.445 0.125 0.065 0.071 0.057 0.017 0.006 0.003 0.001 26 R 0.139 0.096 0.362 0.107 0.067 0.084 0.090 0.031 0.013 0.007 0.003 27 R 0.166 0.083 0.341 0.120 0.072 0.093 0.082 0.025 0.010 0.006 0.002 28 R 0.094 0.074 0.501 0.098 0.063 0.076 0.058 0.021 0.009 0.005 0.002 29 R 0.121 0.150 0.381 0.133 0.081 0.062 0.049 0.013 0.006 0.003 0.001 30 A 0.176 0.062 0.229 0.106 0.091 0.117 0.123 0.052 0.024 0.013 0.007 31 K 0.272 0.147 0.339 0.132 0.064 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 32 A 0.036 0.065 0.131 0.106 0.094 0.149 0.206 0.081 0.066 0.041 0.025 33 L 0.097 0.082 0.121 0.132 0.142 0.143 0.150 0.065 0.039 0.020 0.010 34 D 0.507 0.186 0.181 0.077 0.022 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 35 L 0.063 0.047 0.061 0.105 0.112 0.164 0.176 0.108 0.075 0.051 0.037 36 P 0.234 0.129 0.052 0.092 0.093 0.087 0.116 0.072 0.057 0.041 0.028 37 K 0.163 0.157 0.129 0.207 0.154 0.085 0.053 0.024 0.015 0.009 0.004 38 E 0.091 0.048 0.084 0.090 0.081 0.093 0.133 0.129 0.111 0.083 0.058 39 I 0.045 0.053 0.032 0.079 0.083 0.107 0.184 0.137 0.129 0.095 0.056 40 G 0.152 0.140 0.068 0.135 0.105 0.106 0.112 0.072 0.054 0.037 0.021 41 G 0.164 0.061 0.044 0.099 0.099 0.108 0.133 0.094 0.083 0.070 0.046 42 R 0.232 0.149 0.042 0.114 0.098 0.084 0.089 0.059 0.060 0.043 0.029 43 N 0.399 0.289 0.037 0.101 0.073 0.032 0.028 0.016 0.012 0.008 0.005 44 G 0.505 0.108 0.027 0.072 0.073 0.053 0.052 0.042 0.030 0.022 0.016 45 P 0.188 0.151 0.044 0.134 0.141 0.115 0.092 0.055 0.038 0.028 0.015 46 E 0.127 0.125 0.055 0.187 0.149 0.108 0.116 0.065 0.038 0.020 0.009 47 P 0.091 0.040 0.030 0.064 0.080 0.083 0.148 0.176 0.135 0.092 0.060 48 V 0.037 0.036 0.038 0.083 0.084 0.114 0.146 0.130 0.142 0.124 0.066 49 R 0.045 0.052 0.058 0.113 0.096 0.123 0.154 0.110 0.114 0.089 0.046 50 F 0.053 0.043 0.041 0.075 0.087 0.097 0.144 0.140 0.139 0.117 0.066 51 G 0.129 0.078 0.052 0.090 0.095 0.094 0.127 0.100 0.101 0.088 0.047 52 D 0.096 0.084 0.053 0.118 0.125 0.105 0.126 0.100 0.090 0.065 0.038 53 W 0.067 0.046 0.044 0.087 0.095 0.099 0.151 0.128 0.124 0.095 0.064 54 E 0.078 0.066 0.067 0.164 0.151 0.115 0.120 0.079 0.073 0.057 0.030 55 K 0.094 0.103 0.079 0.153 0.122 0.123 0.121 0.071 0.065 0.040 0.027 56 K 0.116 0.116 0.068 0.220 0.182 0.113 0.086 0.042 0.031 0.018 0.009 57 G 0.127 0.057 0.048 0.079 0.082 0.084 0.139 0.116 0.125 0.090 0.054 58 I 0.038 0.073 0.058 0.176 0.199 0.125 0.136 0.083 0.062 0.035 0.016 59 A 0.013 0.012 0.022 0.024 0.018 0.037 0.095 0.110 0.230 0.238 0.201 60 I 0.033 0.043 0.054 0.121 0.145 0.112 0.173 0.113 0.101 0.067 0.038 61 D 0.036 0.066 0.059 0.091 0.088 0.092 0.138 0.132 0.133 0.098 0.067 62 F 0.072 0.042 0.039 0.088 0.102 0.118 0.154 0.120 0.112 0.094 0.060