# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.012 0.003 0.025 0.025 0.061 0.077 0.002 0.001 0.003 0.736 2 R 0.030 0.008 0.002 0.020 0.018 0.030 0.115 0.001 0.001 0.003 0.774 3 D 0.024 0.006 0.001 0.009 0.008 0.016 0.099 0.001 0.001 0.002 0.834 4 M 0.110 0.039 0.003 0.038 0.029 0.070 0.106 0.001 0.001 0.007 0.596 5 T 0.072 0.083 0.003 0.029 0.028 0.046 0.225 0.002 0.001 0.009 0.503 6 E 0.132 0.103 0.003 0.015 0.019 0.036 0.130 0.004 0.001 0.010 0.548 7 E 0.132 0.131 0.005 0.014 0.016 0.032 0.123 0.006 0.001 0.005 0.537 8 T 0.087 0.116 0.006 0.012 0.021 0.036 0.111 0.007 0.001 0.006 0.599 9 R 0.112 0.136 0.009 0.013 0.025 0.037 0.058 0.005 0.001 0.006 0.598 10 K 0.133 0.195 0.006 0.014 0.034 0.042 0.097 0.007 0.001 0.006 0.466 11 D 0.235 0.069 0.007 0.009 0.006 0.014 0.050 0.015 0.001 0.005 0.590 12 L 0.332 0.065 0.042 0.021 0.012 0.033 0.059 0.005 0.001 0.003 0.428 13 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.963 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.996 15 E 0.014 0.015 0.001 0.007 0.006 0.015 0.199 0.001 0.001 0.002 0.743 16 A 0.303 0.162 0.001 0.006 0.003 0.006 0.118 0.001 0.001 0.006 0.395 17 L 0.103 0.668 0.001 0.004 0.003 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.189 18 R 0.031 0.782 0.002 0.003 0.003 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.154 19 A 0.016 0.774 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.193 20 L 0.014 0.918 0.002 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.001 0.053 21 A 0.016 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.029 22 E 0.012 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.018 23 A 0.013 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.022 24 E 0.008 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.027 25 E 0.015 0.934 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.038 26 R 0.016 0.941 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.033 27 R 0.021 0.919 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.046 28 R 0.014 0.943 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.029 29 R 0.009 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.046 30 A 0.023 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.055 31 K 0.054 0.890 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.034 32 A 0.112 0.784 0.006 0.002 0.002 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 0.061 33 L 0.111 0.697 0.022 0.002 0.002 0.003 0.011 0.041 0.001 0.001 0.111 34 D 0.295 0.152 0.025 0.008 0.002 0.003 0.010 0.081 0.001 0.008 0.415 35 L 0.157 0.091 0.296 0.016 0.007 0.007 0.083 0.015 0.001 0.001 0.327 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.989 37 K 0.008 0.008 0.002 0.024 0.012 0.021 0.088 0.001 0.001 0.001 0.835 38 E 0.103 0.043 0.002 0.056 0.026 0.019 0.117 0.001 0.001 0.003 0.628 39 I 0.193 0.080 0.001 0.052 0.032 0.058 0.073 0.004 0.001 0.003 0.504 40 G 0.190 0.087 0.003 0.098 0.036 0.060 0.046 0.007 0.001 0.015 0.458 41 G 0.146 0.018 0.010 0.042 0.021 0.028 0.053 0.007 0.001 0.003 0.672 42 R 0.043 0.005 0.003 0.015 0.016 0.021 0.087 0.001 0.001 0.001 0.809 43 N 0.013 0.005 0.001 0.020 0.022 0.034 0.123 0.001 0.001 0.006 0.775 44 G 0.125 0.005 0.006 0.033 0.027 0.041 0.088 0.001 0.001 0.012 0.661 45 P 0.026 0.001 0.001 0.005 0.003 0.007 0.055 0.001 0.001 0.001 0.902 46 E 0.018 0.001 0.001 0.034 0.036 0.044 0.152 0.001 0.001 0.002 0.712 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.985 48 V 0.031 0.003 0.001 0.096 0.155 0.328 0.038 0.001 0.001 0.002 0.346 49 R 0.047 0.016 0.001 0.110 0.135 0.102 0.120 0.001 0.001 0.007 0.463 50 F 0.059 0.017 0.001 0.054 0.108 0.178 0.057 0.001 0.001 0.004 0.521 51 G 0.128 0.019 0.002 0.062 0.078 0.153 0.098 0.001 0.001 0.010 0.449 52 D 0.060 0.015 0.003 0.037 0.092 0.116 0.211 0.001 0.001 0.005 0.460 53 W 0.011 0.010 0.001 0.014 0.044 0.070 0.080 0.001 0.001 0.003 0.767 54 E 0.046 0.027 0.002 0.035 0.159 0.243 0.206 0.001 0.001 0.010 0.272 55 K 0.143 0.089 0.002 0.026 0.176 0.152 0.201 0.003 0.001 0.010 0.196 56 K 0.129 0.089 0.003 0.025 0.086 0.159 0.094 0.007 0.001 0.010 0.398 57 G 0.160 0.042 0.016 0.049 0.178 0.226 0.045 0.009 0.001 0.040 0.234 58 I 0.137 0.012 0.086 0.070 0.157 0.112 0.137 0.005 0.001 0.005 0.279 59 A 0.025 0.005 0.005 0.063 0.253 0.356 0.046 0.001 0.001 0.002 0.244 60 I 0.011 0.006 0.001 0.097 0.215 0.545 0.028 0.001 0.001 0.001 0.095 61 D 0.014 0.008 0.001 0.116 0.146 0.223 0.098 0.002 0.001 0.004 0.387 62 F 0.041 0.007 0.002 0.127 0.102 0.211 0.072 0.001 0.001 0.007 0.430