# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.012 0.026 0.018 0.036 0.067 0.005 0.799 2 R 0.023 0.015 0.021 0.017 0.027 0.077 0.004 0.816 3 D 0.018 0.011 0.008 0.007 0.013 0.041 0.003 0.899 4 M 0.095 0.035 0.020 0.016 0.032 0.084 0.006 0.711 5 T 0.076 0.044 0.019 0.018 0.036 0.263 0.009 0.535 6 E 0.079 0.053 0.013 0.011 0.022 0.098 0.008 0.716 7 E 0.097 0.141 0.017 0.015 0.025 0.178 0.009 0.518 8 T 0.097 0.121 0.010 0.010 0.017 0.118 0.013 0.613 9 R 0.116 0.213 0.018 0.013 0.025 0.063 0.011 0.540 10 K 0.115 0.207 0.019 0.016 0.024 0.103 0.025 0.492 11 D 0.168 0.075 0.012 0.006 0.010 0.067 0.046 0.616 12 L 0.502 0.104 0.029 0.011 0.017 0.036 0.031 0.270 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 E 0.016 0.010 0.005 0.005 0.016 0.208 0.002 0.738 16 A 0.524 0.035 0.004 0.001 0.003 0.166 0.006 0.259 17 L 0.201 0.588 0.008 0.003 0.004 0.028 0.002 0.165 18 R 0.054 0.746 0.009 0.002 0.003 0.037 0.003 0.146 19 A 0.044 0.778 0.008 0.002 0.003 0.024 0.005 0.136 20 L 0.032 0.886 0.003 0.001 0.004 0.012 0.005 0.059 21 A 0.034 0.853 0.003 0.001 0.003 0.030 0.008 0.067 22 E 0.021 0.930 0.002 0.001 0.001 0.011 0.004 0.032 23 A 0.021 0.934 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.036 24 E 0.033 0.853 0.004 0.001 0.001 0.013 0.008 0.087 25 E 0.042 0.830 0.006 0.001 0.002 0.016 0.009 0.094 26 R 0.049 0.847 0.004 0.001 0.002 0.012 0.009 0.078 27 R 0.041 0.809 0.006 0.002 0.002 0.019 0.009 0.112 28 R 0.045 0.773 0.010 0.002 0.003 0.025 0.009 0.133 29 R 0.049 0.657 0.009 0.003 0.006 0.036 0.010 0.232 30 A 0.054 0.689 0.008 0.004 0.006 0.035 0.011 0.193 31 K 0.094 0.692 0.005 0.003 0.004 0.043 0.015 0.143 32 A 0.140 0.652 0.010 0.005 0.007 0.019 0.017 0.150 33 L 0.159 0.529 0.013 0.013 0.014 0.027 0.035 0.211 34 D 0.164 0.206 0.032 0.013 0.015 0.026 0.084 0.460 35 L 0.315 0.076 0.050 0.030 0.036 0.061 0.023 0.409 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 37 K 0.008 0.011 0.026 0.044 0.086 0.095 0.006 0.724 38 E 0.263 0.020 0.053 0.033 0.041 0.131 0.013 0.446 39 I 0.107 0.044 0.047 0.089 0.081 0.060 0.007 0.565 40 G 0.118 0.028 0.071 0.120 0.114 0.058 0.013 0.477 41 G 0.085 0.015 0.110 0.094 0.097 0.071 0.015 0.513 42 R 0.037 0.007 0.037 0.047 0.088 0.092 0.007 0.685 43 N 0.008 0.003 0.009 0.021 0.029 0.043 0.005 0.883 44 G 0.120 0.004 0.024 0.034 0.048 0.116 0.025 0.629 45 P 0.006 0.001 0.004 0.002 0.002 0.016 0.001 0.968 46 E 0.027 0.001 0.107 0.245 0.200 0.124 0.004 0.291 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 48 V 0.005 0.001 0.182 0.182 0.397 0.040 0.002 0.192 49 R 0.046 0.005 0.053 0.138 0.138 0.103 0.003 0.513 50 F 0.019 0.010 0.087 0.115 0.327 0.045 0.003 0.395 51 G 0.027 0.019 0.055 0.167 0.215 0.110 0.005 0.402 52 D 0.132 0.010 0.025 0.076 0.106 0.123 0.016 0.513 53 W 0.063 0.017 0.033 0.103 0.137 0.073 0.006 0.569 54 E 0.066 0.021 0.017 0.112 0.263 0.317 0.013 0.191 55 K 0.099 0.055 0.031 0.132 0.151 0.150 0.018 0.363 56 K 0.031 0.110 0.039 0.104 0.121 0.070 0.016 0.509 57 G 0.152 0.046 0.075 0.176 0.150 0.073 0.060 0.270 58 I 0.281 0.009 0.124 0.107 0.148 0.104 0.023 0.205 59 A 0.013 0.005 0.126 0.154 0.226 0.039 0.003 0.433 60 I 0.011 0.006 0.146 0.243 0.407 0.049 0.003 0.136 61 D 0.011 0.008 0.100 0.134 0.214 0.074 0.005 0.455 62 F 0.019 0.013 0.129 0.113 0.233 0.064 0.005 0.424