# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.234 0.179 0.248 0.161 0.053 0.044 0.039 0.007 0.027 0.006 0.002 2 R 0.250 0.212 0.290 0.089 0.064 0.029 0.024 0.005 0.028 0.006 0.001 3 D 0.230 0.113 0.378 0.109 0.028 0.071 0.028 0.005 0.031 0.003 0.004 4 M 0.349 0.173 0.232 0.130 0.041 0.034 0.014 0.005 0.015 0.006 0.001 5 T 0.313 0.211 0.239 0.116 0.060 0.026 0.012 0.002 0.015 0.005 0.001 6 E 0.324 0.126 0.235 0.106 0.057 0.054 0.051 0.012 0.023 0.009 0.003 7 E 0.304 0.190 0.293 0.086 0.035 0.033 0.017 0.004 0.034 0.004 0.001 8 T 0.346 0.112 0.330 0.089 0.023 0.052 0.017 0.003 0.022 0.003 0.003 9 R 0.424 0.106 0.235 0.132 0.026 0.029 0.021 0.005 0.015 0.004 0.003 10 K 0.498 0.125 0.155 0.131 0.032 0.017 0.019 0.007 0.009 0.005 0.002 11 D 0.154 0.103 0.212 0.255 0.028 0.108 0.083 0.009 0.039 0.003 0.006 12 L 0.035 0.185 0.577 0.016 0.016 0.021 0.004 0.001 0.144 0.002 0.001 13 P 0.024 0.006 0.935 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.014 0.001 0.006 14 P 0.778 0.001 0.187 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 15 E 0.936 0.007 0.017 0.029 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.777 0.026 0.035 0.122 0.009 0.014 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 17 L 0.809 0.032 0.073 0.050 0.005 0.014 0.008 0.001 0.008 0.001 0.001 18 R 0.812 0.027 0.083 0.028 0.007 0.025 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 19 A 0.905 0.006 0.029 0.045 0.002 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.877 0.015 0.024 0.070 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 21 A 0.871 0.019 0.032 0.051 0.008 0.007 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 22 E 0.824 0.022 0.041 0.081 0.007 0.011 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 23 A 0.718 0.044 0.086 0.107 0.012 0.015 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 24 E 0.670 0.046 0.121 0.080 0.015 0.031 0.019 0.003 0.012 0.001 0.001 25 E 0.678 0.043 0.143 0.072 0.009 0.029 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 26 R 0.684 0.035 0.119 0.097 0.010 0.025 0.014 0.002 0.011 0.001 0.001 27 R 0.605 0.045 0.135 0.135 0.015 0.031 0.016 0.004 0.012 0.002 0.001 28 R 0.534 0.089 0.186 0.106 0.023 0.030 0.010 0.001 0.019 0.002 0.001 29 R 0.684 0.033 0.157 0.069 0.013 0.021 0.008 0.001 0.010 0.002 0.002 30 A 0.772 0.028 0.092 0.073 0.009 0.010 0.007 0.002 0.004 0.002 0.001 31 K 0.561 0.065 0.103 0.173 0.019 0.027 0.032 0.006 0.012 0.002 0.001 32 A 0.319 0.144 0.282 0.179 0.017 0.018 0.014 0.003 0.020 0.002 0.002 33 L 0.259 0.164 0.409 0.072 0.023 0.022 0.020 0.002 0.024 0.002 0.003 34 D 0.195 0.061 0.440 0.127 0.017 0.083 0.030 0.010 0.026 0.003 0.008 35 L 0.025 0.282 0.481 0.006 0.029 0.010 0.002 0.001 0.162 0.002 0.001 36 P 0.108 0.003 0.827 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 37 K 0.512 0.050 0.286 0.062 0.022 0.022 0.011 0.022 0.006 0.006 0.002 38 E 0.335 0.178 0.259 0.126 0.027 0.029 0.008 0.003 0.030 0.004 0.001 39 I 0.158 0.204 0.305 0.238 0.023 0.025 0.018 0.001 0.026 0.001 0.002 40 G 0.040 0.009 0.075 0.025 0.089 0.011 0.104 0.276 0.005 0.366 0.001 41 G 0.120 0.037 0.224 0.036 0.135 0.011 0.014 0.066 0.011 0.346 0.001 42 R 0.299 0.092 0.332 0.149 0.032 0.034 0.029 0.003 0.015 0.009 0.007 43 N 0.082 0.048 0.150 0.339 0.039 0.038 0.148 0.101 0.021 0.031 0.002 44 G 0.023 0.133 0.345 0.014 0.197 0.011 0.034 0.037 0.060 0.146 0.001 45 P 0.130 0.009 0.677 0.028 0.003 0.025 0.002 0.001 0.003 0.001 0.122 46 E 0.018 0.227 0.478 0.008 0.063 0.014 0.008 0.003 0.176 0.005 0.001 47 P 0.090 0.006 0.828 0.011 0.001 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.036 48 V 0.077 0.567 0.225 0.054 0.052 0.011 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 49 R 0.057 0.638 0.149 0.030 0.088 0.023 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 50 F 0.059 0.249 0.335 0.116 0.111 0.051 0.033 0.003 0.037 0.006 0.001 51 G 0.058 0.030 0.063 0.024 0.174 0.013 0.047 0.213 0.007 0.370 0.001 52 D 0.137 0.152 0.333 0.159 0.057 0.062 0.025 0.002 0.067 0.005 0.002 53 W 0.575 0.091 0.147 0.083 0.031 0.035 0.015 0.009 0.006 0.006 0.003 54 E 0.509 0.194 0.124 0.111 0.027 0.015 0.008 0.002 0.008 0.002 0.001 55 K 0.399 0.205 0.164 0.156 0.026 0.022 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 56 K 0.107 0.080 0.131 0.412 0.036 0.013 0.195 0.005 0.017 0.002 0.001 57 G 0.013 0.015 0.045 0.010 0.127 0.004 0.074 0.571 0.005 0.136 0.001 58 I 0.044 0.571 0.300 0.011 0.034 0.023 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 59 A 0.049 0.366 0.466 0.019 0.019 0.062 0.002 0.001 0.015 0.001 0.002 60 I 0.093 0.630 0.135 0.037 0.071 0.021 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 61 D 0.105 0.240 0.223 0.082 0.106 0.100 0.044 0.008 0.085 0.005 0.002 62 F 0.256 0.223 0.154 0.132 0.097 0.046 0.042 0.017 0.022 0.010 0.001