# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.143 0.071 0.035 0.196 0.022 0.027 0.109 0.085 0.110 0.071 2 R 0.068 0.225 0.116 0.032 0.176 0.042 0.047 0.141 0.075 0.051 0.028 3 D 0.133 0.152 0.062 0.016 0.223 0.014 0.039 0.137 0.078 0.090 0.056 4 M 0.116 0.123 0.047 0.018 0.171 0.020 0.033 0.187 0.129 0.101 0.055 5 T 0.056 0.188 0.079 0.024 0.168 0.032 0.053 0.219 0.102 0.057 0.023 6 E 0.076 0.108 0.061 0.021 0.121 0.021 0.048 0.213 0.150 0.135 0.047 7 E 0.060 0.204 0.110 0.016 0.141 0.021 0.041 0.202 0.110 0.072 0.024 8 T 0.079 0.237 0.060 0.009 0.145 0.011 0.034 0.186 0.128 0.068 0.043 9 R 0.054 0.077 0.033 0.012 0.073 0.015 0.031 0.212 0.337 0.111 0.044 10 K 0.015 0.130 0.056 0.020 0.055 0.037 0.124 0.262 0.214 0.072 0.013 11 D 0.045 0.075 0.043 0.010 0.081 0.008 0.039 0.070 0.083 0.495 0.051 12 L 0.025 0.463 0.307 0.006 0.117 0.003 0.005 0.015 0.015 0.033 0.010 13 P 0.025 0.579 0.249 0.001 0.108 0.001 0.001 0.022 0.009 0.002 0.004 14 P 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.002 0.018 0.572 0.388 0.004 0.001 15 E 0.003 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.022 0.759 0.147 0.047 0.004 16 A 0.007 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.764 0.102 0.099 0.009 17 L 0.006 0.009 0.003 0.001 0.010 0.001 0.005 0.857 0.087 0.018 0.003 18 R 0.003 0.007 0.003 0.001 0.006 0.002 0.006 0.895 0.069 0.008 0.001 19 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.891 0.073 0.010 0.001 20 L 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.847 0.120 0.013 0.002 21 A 0.003 0.006 0.002 0.001 0.006 0.002 0.011 0.860 0.095 0.011 0.002 22 E 0.005 0.008 0.003 0.001 0.007 0.002 0.023 0.821 0.101 0.026 0.004 23 A 0.010 0.019 0.008 0.002 0.018 0.004 0.024 0.730 0.132 0.046 0.008 24 E 0.013 0.025 0.009 0.003 0.023 0.005 0.022 0.712 0.129 0.049 0.011 25 E 0.019 0.035 0.012 0.003 0.035 0.005 0.027 0.654 0.141 0.057 0.013 26 R 0.032 0.065 0.024 0.005 0.066 0.009 0.036 0.576 0.122 0.048 0.017 27 R 0.041 0.053 0.020 0.006 0.068 0.011 0.041 0.533 0.134 0.071 0.022 28 R 0.040 0.090 0.035 0.009 0.082 0.013 0.043 0.462 0.132 0.075 0.021 29 R 0.049 0.059 0.028 0.009 0.080 0.013 0.037 0.440 0.173 0.083 0.029 30 A 0.027 0.075 0.029 0.008 0.060 0.019 0.051 0.421 0.217 0.076 0.015 31 K 0.042 0.071 0.028 0.008 0.075 0.010 0.049 0.380 0.193 0.112 0.032 32 A 0.046 0.064 0.030 0.011 0.076 0.015 0.047 0.236 0.221 0.213 0.042 33 L 0.039 0.331 0.130 0.020 0.146 0.018 0.048 0.120 0.068 0.059 0.021 34 D 0.048 0.127 0.093 0.019 0.100 0.016 0.040 0.083 0.105 0.316 0.052 35 L 0.028 0.428 0.334 0.007 0.121 0.003 0.008 0.027 0.020 0.015 0.008 36 P 0.071 0.319 0.075 0.008 0.163 0.014 0.027 0.149 0.123 0.029 0.023 37 K 0.027 0.120 0.052 0.009 0.059 0.020 0.105 0.300 0.233 0.057 0.017 38 E 0.119 0.045 0.033 0.012 0.108 0.016 0.052 0.200 0.091 0.220 0.104 39 I 0.043 0.377 0.124 0.045 0.131 0.036 0.060 0.065 0.037 0.061 0.022 40 G 0.042 0.047 0.074 0.256 0.038 0.061 0.038 0.035 0.031 0.294 0.083 41 G 0.041 0.222 0.330 0.122 0.123 0.014 0.011 0.032 0.023 0.056 0.027 42 R 0.067 0.129 0.097 0.075 0.106 0.060 0.075 0.171 0.125 0.051 0.043 43 N 0.044 0.099 0.106 0.117 0.061 0.074 0.103 0.080 0.087 0.188 0.041 44 G 0.088 0.167 0.158 0.112 0.137 0.030 0.023 0.055 0.044 0.112 0.074 45 P 0.090 0.165 0.104 0.046 0.139 0.033 0.039 0.064 0.090 0.154 0.076 46 E 0.086 0.300 0.189 0.031 0.214 0.018 0.022 0.035 0.030 0.035 0.041 47 P 0.238 0.180 0.038 0.013 0.323 0.009 0.015 0.038 0.025 0.046 0.076 48 V 0.129 0.239 0.110 0.022 0.281 0.027 0.026 0.058 0.034 0.031 0.043 49 R 0.195 0.131 0.116 0.034 0.234 0.041 0.047 0.093 0.029 0.026 0.054 50 F 0.040 0.087 0.051 0.092 0.062 0.062 0.123 0.230 0.135 0.087 0.032 51 G 0.035 0.095 0.144 0.239 0.047 0.049 0.026 0.081 0.051 0.190 0.044 52 D 0.117 0.202 0.063 0.015 0.355 0.006 0.009 0.069 0.043 0.068 0.055 53 W 0.110 0.120 0.026 0.005 0.199 0.014 0.031 0.252 0.170 0.038 0.034 54 E 0.117 0.071 0.066 0.021 0.108 0.038 0.121 0.280 0.086 0.054 0.038 55 K 0.095 0.112 0.084 0.076 0.121 0.071 0.154 0.130 0.053 0.070 0.033 56 K 0.038 0.083 0.077 0.426 0.035 0.087 0.054 0.041 0.030 0.087 0.042 57 G 0.050 0.099 0.125 0.245 0.072 0.032 0.018 0.047 0.036 0.195 0.082 58 I 0.118 0.258 0.058 0.012 0.393 0.007 0.015 0.049 0.028 0.032 0.032 59 A 0.352 0.097 0.014 0.005 0.368 0.009 0.010 0.045 0.025 0.015 0.059 60 I 0.133 0.192 0.061 0.020 0.328 0.055 0.049 0.074 0.027 0.022 0.038 61 D 0.257 0.136 0.066 0.017 0.304 0.016 0.024 0.050 0.022 0.046 0.061 62 F 0.125 0.130 0.062 0.033 0.182 0.030 0.033 0.157 0.109 0.082 0.057