# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.690 0.195 0.071 0.031 0.011 0.002 0.001 2 R 0.746 0.197 0.043 0.011 0.003 0.001 0.001 3 D 0.536 0.279 0.130 0.046 0.008 0.001 0.001 4 M 0.347 0.210 0.242 0.154 0.043 0.005 0.001 5 T 0.674 0.233 0.065 0.021 0.006 0.001 0.001 6 E 0.776 0.193 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 7 E 0.630 0.259 0.079 0.026 0.006 0.001 0.001 8 T 0.568 0.289 0.101 0.034 0.007 0.001 0.001 9 R 0.329 0.228 0.267 0.139 0.033 0.004 0.001 10 K 0.631 0.262 0.079 0.022 0.005 0.001 0.001 11 D 0.567 0.321 0.082 0.024 0.005 0.001 0.001 12 L 0.167 0.147 0.256 0.288 0.121 0.020 0.001 13 P 0.552 0.293 0.105 0.037 0.011 0.002 0.001 14 P 0.669 0.244 0.062 0.020 0.005 0.001 0.001 15 E 0.531 0.274 0.118 0.056 0.018 0.004 0.001 16 A 0.203 0.190 0.223 0.219 0.125 0.037 0.002 17 L 0.228 0.242 0.243 0.166 0.092 0.028 0.002 18 R 0.317 0.300 0.196 0.115 0.055 0.017 0.001 19 A 0.217 0.213 0.211 0.195 0.123 0.039 0.002 20 L 0.219 0.208 0.244 0.193 0.107 0.028 0.001 21 A 0.466 0.300 0.141 0.063 0.025 0.005 0.001 22 E 0.477 0.290 0.139 0.068 0.022 0.004 0.001 23 A 0.461 0.256 0.164 0.087 0.029 0.004 0.001 24 E 0.627 0.259 0.079 0.027 0.007 0.001 0.001 25 E 0.666 0.233 0.072 0.024 0.005 0.001 0.001 26 R 0.536 0.278 0.127 0.047 0.011 0.001 0.001 27 R 0.552 0.280 0.122 0.037 0.008 0.001 0.001 28 R 0.526 0.252 0.145 0.063 0.013 0.001 0.001 29 R 0.675 0.229 0.069 0.020 0.005 0.001 0.001 30 A 0.582 0.230 0.127 0.049 0.010 0.001 0.001 31 K 0.751 0.208 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 32 A 0.489 0.265 0.154 0.071 0.018 0.003 0.001 33 L 0.416 0.225 0.199 0.116 0.038 0.006 0.001 34 D 0.711 0.239 0.037 0.009 0.003 0.001 0.001 35 L 0.296 0.215 0.216 0.184 0.072 0.017 0.001 36 P 0.463 0.266 0.150 0.073 0.038 0.010 0.001 37 K 0.446 0.295 0.145 0.078 0.028 0.008 0.001 38 E 0.342 0.203 0.182 0.149 0.090 0.031 0.002 39 I 0.304 0.207 0.221 0.162 0.077 0.027 0.002 40 G 0.595 0.240 0.100 0.044 0.015 0.005 0.001 41 G 0.600 0.213 0.091 0.060 0.027 0.008 0.001 42 R 0.655 0.194 0.082 0.043 0.020 0.006 0.001 43 N 0.654 0.233 0.068 0.029 0.011 0.005 0.001 44 G 0.328 0.200 0.169 0.146 0.094 0.049 0.012 45 P 0.226 0.186 0.177 0.172 0.130 0.084 0.025 46 E 0.128 0.118 0.125 0.148 0.179 0.214 0.089 47 P 0.105 0.088 0.097 0.128 0.174 0.241 0.167 48 V 0.067 0.051 0.057 0.095 0.152 0.286 0.292 49 R 0.063 0.065 0.077 0.107 0.156 0.252 0.280 50 F 0.051 0.054 0.056 0.085 0.155 0.286 0.313 51 G 0.085 0.086 0.075 0.105 0.143 0.243 0.262 52 D 0.098 0.089 0.084 0.127 0.144 0.232 0.225 53 W 0.087 0.069 0.081 0.133 0.179 0.249 0.202 54 E 0.135 0.132 0.125 0.158 0.160 0.179 0.111 55 K 0.149 0.169 0.185 0.178 0.145 0.118 0.056 56 K 0.172 0.204 0.197 0.182 0.112 0.089 0.045 57 G 0.142 0.088 0.082 0.139 0.202 0.231 0.115 58 I 0.103 0.117 0.123 0.178 0.183 0.203 0.094 59 A 0.099 0.070 0.082 0.132 0.169 0.282 0.165 60 I 0.145 0.138 0.137 0.170 0.164 0.165 0.081 61 D 0.221 0.163 0.137 0.148 0.139 0.130 0.063 62 F 0.225 0.128 0.129 0.166 0.141 0.142 0.070