# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 23.0267 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.286 0.147 0.153 0.138 0.112 0.071 0.041 0.023 0.014 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 2 R 0.517 0.186 0.115 0.079 0.054 0.025 0.012 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 3 D 0.363 0.180 0.148 0.128 0.094 0.042 0.023 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 M 0.217 0.107 0.117 0.157 0.157 0.110 0.068 0.037 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 5 T 0.388 0.197 0.148 0.122 0.075 0.037 0.018 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.670 0.160 0.083 0.043 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.467 0.186 0.133 0.104 0.066 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.458 0.170 0.125 0.101 0.075 0.039 0.017 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.322 0.142 0.139 0.159 0.129 0.058 0.026 0.013 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.657 0.155 0.079 0.057 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.524 0.192 0.127 0.076 0.049 0.018 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.174 0.086 0.105 0.173 0.179 0.135 0.075 0.046 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 13 P 0.405 0.194 0.134 0.110 0.080 0.041 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 P 0.574 0.176 0.106 0.070 0.038 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.404 0.208 0.153 0.101 0.067 0.035 0.018 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.120 0.080 0.120 0.129 0.167 0.159 0.110 0.068 0.027 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 17 L 0.172 0.124 0.118 0.159 0.175 0.116 0.064 0.041 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 18 R 0.362 0.202 0.142 0.121 0.084 0.041 0.023 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 19 A 0.129 0.084 0.110 0.160 0.180 0.137 0.089 0.061 0.031 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 20 L 0.096 0.081 0.127 0.196 0.203 0.128 0.077 0.051 0.025 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 21 A 0.530 0.191 0.119 0.080 0.041 0.020 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.521 0.196 0.113 0.091 0.048 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.473 0.190 0.115 0.116 0.065 0.024 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.609 0.211 0.089 0.056 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.692 0.174 0.072 0.037 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.639 0.169 0.091 0.054 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.645 0.148 0.091 0.059 0.039 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.511 0.144 0.121 0.108 0.071 0.028 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.545 0.135 0.095 0.097 0.079 0.029 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.536 0.158 0.094 0.113 0.061 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.629 0.194 0.094 0.047 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.279 0.115 0.152 0.144 0.165 0.084 0.032 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.271 0.122 0.108 0.189 0.159 0.077 0.038 0.021 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 34 D 0.572 0.206 0.095 0.059 0.037 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.126 0.094 0.138 0.205 0.196 0.111 0.062 0.034 0.018 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 36 P 0.220 0.122 0.149 0.145 0.134 0.099 0.059 0.036 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 37 K 0.319 0.156 0.121 0.133 0.108 0.070 0.035 0.026 0.015 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 38 E 0.170 0.121 0.102 0.160 0.156 0.097 0.068 0.059 0.036 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 39 I 0.080 0.062 0.082 0.127 0.154 0.168 0.115 0.102 0.052 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 40 G 0.253 0.155 0.148 0.144 0.114 0.078 0.047 0.027 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 41 G 0.245 0.113 0.122 0.141 0.140 0.097 0.057 0.030 0.028 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 42 R 0.264 0.150 0.137 0.145 0.121 0.076 0.044 0.025 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 43 N 0.416 0.182 0.144 0.094 0.060 0.044 0.026 0.015 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 44 G 0.336 0.143 0.129 0.106 0.107 0.072 0.044 0.029 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 45 P 0.160 0.108 0.099 0.136 0.157 0.112 0.081 0.067 0.035 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 46 E 0.229 0.167 0.128 0.131 0.107 0.081 0.060 0.041 0.025 0.015 0.011 0.004 0.002 0.001 47 P 0.108 0.079 0.101 0.111 0.133 0.137 0.114 0.073 0.056 0.038 0.027 0.014 0.005 0.003 48 V 0.061 0.035 0.048 0.075 0.102 0.132 0.140 0.114 0.094 0.080 0.064 0.035 0.015 0.005 49 R 0.066 0.070 0.078 0.119 0.120 0.124 0.115 0.100 0.074 0.051 0.045 0.022 0.009 0.006 50 F 0.048 0.029 0.039 0.055 0.086 0.122 0.115 0.128 0.123 0.103 0.071 0.051 0.020 0.009 51 G 0.076 0.061 0.071 0.110 0.128 0.107 0.100 0.119 0.086 0.064 0.040 0.022 0.012 0.004 52 D 0.083 0.088 0.094 0.147 0.142 0.121 0.089 0.070 0.070 0.045 0.029 0.014 0.005 0.003 53 W 0.071 0.064 0.077 0.126 0.132 0.140 0.119 0.082 0.086 0.052 0.031 0.013 0.005 0.002 54 E 0.100 0.119 0.124 0.143 0.119 0.114 0.104 0.076 0.050 0.024 0.019 0.005 0.002 0.001 55 K 0.116 0.118 0.135 0.121 0.123 0.117 0.085 0.073 0.047 0.027 0.025 0.007 0.003 0.002 56 K 0.065 0.073 0.095 0.114 0.161 0.123 0.107 0.091 0.072 0.048 0.027 0.014 0.006 0.004 57 G 0.029 0.023 0.031 0.051 0.072 0.094 0.133 0.184 0.149 0.106 0.063 0.036 0.020 0.008 58 I 0.018 0.019 0.030 0.055 0.090 0.113 0.122 0.176 0.129 0.104 0.067 0.041 0.022 0.014 59 A 0.016 0.008 0.010 0.016 0.030 0.049 0.065 0.097 0.135 0.160 0.148 0.153 0.080 0.032 60 I 0.031 0.021 0.029 0.058 0.070 0.096 0.134 0.119 0.134 0.116 0.087 0.059 0.030 0.018 61 D 0.033 0.033 0.045 0.077 0.106 0.127 0.133 0.109 0.110 0.082 0.078 0.039 0.016 0.013 62 F 0.036 0.022 0.030 0.047 0.075 0.130 0.140 0.144 0.129 0.100 0.074 0.042 0.022 0.009