# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.003 0.027 0.024 0.084 0.004 0.109 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.047 0.042 0.152 0.081 0.157 0.207 0.001 2 R 0.003 0.003 0.050 0.036 0.053 0.010 0.107 0.057 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.049 0.022 0.214 0.076 0.121 0.188 0.001 3 D 0.002 0.002 0.014 0.020 0.086 0.009 0.119 0.055 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.038 0.161 0.102 0.188 0.173 0.001 4 M 0.001 0.001 0.023 0.019 0.041 0.003 0.076 0.052 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.023 0.177 0.060 0.168 0.298 0.001 5 T 0.001 0.001 0.012 0.012 0.042 0.007 0.101 0.084 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.019 0.240 0.068 0.152 0.240 0.001 6 E 0.001 0.001 0.010 0.010 0.039 0.025 0.184 0.118 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.397 0.065 0.062 0.054 0.001 7 E 0.001 0.001 0.015 0.014 0.020 0.017 0.253 0.250 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.146 0.044 0.087 0.125 0.001 8 T 0.001 0.001 0.005 0.007 0.074 0.003 0.152 0.130 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.143 0.091 0.131 0.227 0.001 9 R 0.001 0.001 0.008 0.014 0.019 0.006 0.180 0.035 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.016 0.314 0.069 0.181 0.102 0.001 10 K 0.001 0.001 0.009 0.009 0.018 0.010 0.402 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.296 0.070 0.055 0.100 0.001 11 D 0.001 0.001 0.003 0.003 0.017 0.005 0.368 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.063 0.289 0.128 0.088 0.001 12 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.022 0.089 0.228 0.622 0.001 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.002 0.198 0.785 0.001 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 15 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.214 0.728 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.004 0.001 16 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.111 0.854 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.012 0.003 0.004 0.001 17 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.027 0.005 0.003 0.008 0.001 18 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.030 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.003 0.003 0.007 0.001 19 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.913 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.004 0.001 0.004 0.001 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.005 0.002 0.005 0.001 21 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.005 0.002 0.004 0.001 22 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.005 0.002 0.002 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.006 0.001 24 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.004 0.002 0.004 0.001 25 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.925 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.004 0.002 0.003 0.001 26 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.004 0.001 27 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.007 0.002 0.004 0.001 28 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.003 0.009 0.001 29 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.887 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.005 0.005 0.007 0.001 30 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.056 0.871 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.004 0.002 0.006 0.001 31 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.215 0.677 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.021 0.009 0.008 0.001 32 A 0.001 0.001 0.005 0.008 0.020 0.017 0.201 0.233 0.040 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.259 0.082 0.060 0.036 0.001 33 L 0.001 0.001 0.008 0.011 0.032 0.006 0.387 0.056 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.153 0.062 0.095 0.160 0.001 34 D 0.001 0.001 0.009 0.008 0.043 0.005 0.221 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.013 0.151 0.237 0.127 0.164 0.001 35 L 0.001 0.001 0.011 0.008 0.012 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.028 0.027 0.235 0.659 0.001 36 P 0.001 0.001 0.005 0.003 0.107 0.001 0.016 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.024 0.185 0.047 0.184 0.412 0.001 37 K 0.001 0.001 0.052 0.037 0.014 0.012 0.242 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.013 0.209 0.052 0.135 0.124 0.001 38 E 0.001 0.001 0.016 0.020 0.154 0.008 0.230 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 0.046 0.088 0.132 0.147 0.106 0.001 39 I 0.002 0.002 0.077 0.093 0.050 0.002 0.084 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.075 0.024 0.102 0.046 0.239 0.186 0.001 40 G 0.002 0.002 0.024 0.032 0.174 0.002 0.090 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.021 0.237 0.062 0.069 0.255 0.001 41 G 0.002 0.002 0.052 0.056 0.069 0.007 0.139 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.011 0.055 0.072 0.183 0.321 0.001 42 R 0.002 0.002 0.045 0.053 0.116 0.002 0.040 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.010 0.337 0.062 0.126 0.178 0.001 43 N 0.003 0.003 0.056 0.040 0.096 0.005 0.300 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.012 0.171 0.045 0.096 0.136 0.001 44 G 0.004 0.005 0.072 0.109 0.065 0.002 0.077 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.010 0.072 0.101 0.188 0.260 0.001 45 P 0.006 0.006 0.036 0.031 0.324 0.001 0.026 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.052 0.172 0.035 0.100 0.172 0.001 46 E 0.010 0.009 0.268 0.249 0.039 0.005 0.045 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.048 0.007 0.062 0.017 0.059 0.165 0.002 47 P 0.005 0.007 0.005 0.006 0.750 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.061 0.013 0.039 0.030 0.046 0.001 48 V 0.009 0.006 0.348 0.245 0.016 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.133 0.008 0.013 0.008 0.082 0.110 0.001 49 R 0.010 0.009 0.019 0.029 0.500 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.009 0.042 0.080 0.023 0.077 0.173 0.001 50 F 0.013 0.012 0.118 0.130 0.085 0.003 0.114 0.017 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.004 0.131 0.031 0.123 0.033 0.065 0.108 0.001 51 G 0.015 0.017 0.054 0.051 0.199 0.002 0.148 0.039 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.002 0.027 0.018 0.162 0.092 0.047 0.114 0.002 52 D 0.021 0.022 0.086 0.089 0.155 0.008 0.101 0.123 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.001 0.020 0.012 0.053 0.056 0.124 0.115 0.002 53 W 0.017 0.019 0.087 0.078 0.076 0.006 0.044 0.202 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.043 0.005 0.297 0.034 0.024 0.054 0.001 54 E 0.032 0.059 0.043 0.107 0.156 0.030 0.194 0.207 0.014 0.010 0.004 0.002 0.007 0.001 0.006 0.005 0.050 0.021 0.031 0.018 0.001 55 K 0.025 0.016 0.058 0.153 0.130 0.016 0.160 0.026 0.045 0.040 0.004 0.002 0.007 0.001 0.017 0.005 0.197 0.044 0.031 0.022 0.001 56 K 0.017 0.046 0.027 0.043 0.166 0.003 0.334 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.010 0.063 0.040 0.037 0.181 0.002 57 G 0.018 0.029 0.040 0.028 0.235 0.003 0.081 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.023 0.035 0.039 0.278 0.078 0.088 0.003 58 I 0.039 0.037 0.334 0.129 0.063 0.004 0.009 0.010 0.003 0.001 0.007 0.005 0.016 0.009 0.106 0.012 0.050 0.017 0.073 0.067 0.009 59 A 0.059 0.069 0.057 0.042 0.290 0.002 0.015 0.025 0.001 0.001 0.023 0.022 0.042 0.049 0.060 0.049 0.034 0.014 0.060 0.040 0.045 60 I 0.053 0.056 0.113 0.097 0.048 0.002 0.015 0.009 0.001 0.001 0.023 0.024 0.050 0.096 0.279 0.039 0.030 0.013 0.018 0.018 0.017 61 D 0.048 0.073 0.044 0.083 0.160 0.002 0.015 0.010 0.003 0.001 0.022 0.024 0.039 0.093 0.075 0.119 0.026 0.019 0.055 0.080 0.010 62 F 0.028 0.032 0.048 0.068 0.145 0.003 0.019 0.012 0.003 0.001 0.008 0.010 0.020 0.048 0.183 0.068 0.162 0.030 0.044 0.063 0.006