# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.002 0.021 0.709 0.003 0.025 0.020 0.001 0.001 0.016 0.119 0.027 0.019 0.038 2 R 0.002 0.016 0.681 0.004 0.040 0.032 0.001 0.001 0.015 0.110 0.032 0.032 0.034 3 D 0.002 0.022 0.538 0.004 0.118 0.076 0.001 0.001 0.016 0.077 0.073 0.013 0.061 4 M 0.001 0.021 0.472 0.007 0.153 0.103 0.001 0.001 0.014 0.088 0.093 0.017 0.029 5 T 0.001 0.009 0.516 0.003 0.123 0.086 0.001 0.001 0.011 0.111 0.093 0.017 0.029 6 E 0.001 0.015 0.236 0.003 0.172 0.200 0.001 0.001 0.007 0.114 0.222 0.006 0.024 7 E 0.002 0.036 0.347 0.004 0.131 0.147 0.001 0.001 0.010 0.155 0.117 0.027 0.024 8 T 0.001 0.018 0.463 0.003 0.091 0.175 0.001 0.001 0.011 0.095 0.096 0.010 0.036 9 R 0.001 0.013 0.287 0.004 0.308 0.139 0.001 0.001 0.006 0.065 0.153 0.009 0.015 10 K 0.001 0.009 0.245 0.003 0.191 0.123 0.001 0.001 0.009 0.103 0.282 0.014 0.019 11 D 0.001 0.020 0.374 0.002 0.074 0.081 0.001 0.001 0.009 0.136 0.268 0.007 0.029 12 L 0.001 0.040 0.573 0.001 0.011 0.036 0.001 0.001 0.006 0.287 0.028 0.012 0.006 13 P 0.001 0.002 0.910 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.001 0.056 0.003 0.001 0.004 14 P 0.001 0.002 0.051 0.001 0.304 0.563 0.001 0.001 0.001 0.016 0.061 0.001 0.001 15 E 0.001 0.001 0.028 0.001 0.286 0.579 0.001 0.001 0.001 0.010 0.093 0.001 0.001 16 A 0.001 0.002 0.026 0.001 0.236 0.705 0.001 0.001 0.001 0.007 0.020 0.001 0.002 17 L 0.001 0.002 0.024 0.001 0.026 0.907 0.001 0.001 0.001 0.013 0.023 0.001 0.002 18 R 0.001 0.001 0.027 0.001 0.024 0.893 0.001 0.001 0.001 0.015 0.037 0.001 0.002 19 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.014 0.951 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 21 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 22 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 24 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 25 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.020 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 26 R 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.946 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 27 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.023 0.911 0.001 0.001 0.001 0.008 0.033 0.001 0.002 28 R 0.001 0.001 0.050 0.001 0.033 0.856 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.001 0.005 29 R 0.001 0.001 0.044 0.001 0.059 0.833 0.001 0.001 0.001 0.010 0.045 0.001 0.004 30 A 0.001 0.001 0.030 0.001 0.152 0.710 0.001 0.001 0.002 0.011 0.087 0.001 0.004 31 K 0.001 0.002 0.071 0.001 0.159 0.591 0.001 0.001 0.003 0.023 0.139 0.003 0.007 32 A 0.001 0.010 0.171 0.002 0.169 0.398 0.001 0.001 0.008 0.055 0.167 0.006 0.013 33 L 0.001 0.012 0.447 0.002 0.041 0.143 0.001 0.001 0.016 0.142 0.158 0.022 0.015 34 D 0.001 0.018 0.579 0.003 0.022 0.068 0.001 0.001 0.016 0.141 0.125 0.007 0.019 35 L 0.001 0.012 0.724 0.003 0.009 0.020 0.001 0.001 0.014 0.152 0.035 0.019 0.011 36 P 0.001 0.010 0.698 0.006 0.033 0.039 0.001 0.001 0.017 0.078 0.073 0.006 0.038 37 K 0.002 0.017 0.342 0.009 0.162 0.168 0.002 0.002 0.029 0.091 0.121 0.032 0.024 38 E 0.009 0.032 0.250 0.010 0.182 0.159 0.006 0.008 0.069 0.058 0.073 0.026 0.119 39 I 0.007 0.032 0.248 0.017 0.119 0.139 0.006 0.004 0.037 0.096 0.175 0.056 0.064 40 G 0.005 0.023 0.343 0.013 0.037 0.072 0.002 0.002 0.020 0.173 0.240 0.036 0.033 41 G 0.006 0.044 0.405 0.005 0.040 0.034 0.001 0.002 0.020 0.257 0.103 0.033 0.050 42 R 0.003 0.021 0.336 0.005 0.034 0.033 0.001 0.001 0.010 0.154 0.347 0.022 0.034 43 N 0.002 0.041 0.202 0.009 0.038 0.019 0.001 0.001 0.006 0.168 0.479 0.016 0.018 44 G 0.002 0.030 0.590 0.004 0.025 0.007 0.001 0.001 0.006 0.206 0.071 0.026 0.033 45 P 0.001 0.019 0.506 0.011 0.025 0.017 0.001 0.001 0.009 0.168 0.183 0.012 0.049 46 E 0.003 0.023 0.364 0.014 0.037 0.014 0.001 0.001 0.014 0.299 0.096 0.120 0.014 47 P 0.006 0.029 0.475 0.011 0.039 0.021 0.003 0.001 0.015 0.135 0.098 0.007 0.161 48 V 0.012 0.025 0.623 0.013 0.017 0.012 0.004 0.004 0.031 0.087 0.027 0.111 0.033 49 R 0.029 0.036 0.337 0.006 0.046 0.050 0.011 0.010 0.091 0.108 0.066 0.090 0.122 50 F 0.011 0.041 0.248 0.015 0.031 0.052 0.010 0.005 0.025 0.082 0.262 0.029 0.189 51 G 0.018 0.031 0.245 0.044 0.018 0.048 0.002 0.001 0.011 0.275 0.151 0.133 0.022 52 D 0.014 0.015 0.483 0.005 0.022 0.027 0.001 0.001 0.009 0.164 0.031 0.033 0.196 53 W 0.010 0.019 0.178 0.016 0.110 0.181 0.002 0.001 0.009 0.047 0.247 0.023 0.159 54 E 0.041 0.028 0.133 0.047 0.131 0.119 0.005 0.002 0.010 0.049 0.152 0.192 0.092 55 K 0.066 0.017 0.148 0.040 0.108 0.065 0.006 0.002 0.014 0.114 0.098 0.111 0.211 56 K 0.028 0.005 0.173 0.065 0.014 0.020 0.003 0.001 0.013 0.104 0.440 0.050 0.086 57 G 0.042 0.010 0.283 0.051 0.016 0.018 0.009 0.004 0.021 0.200 0.162 0.105 0.079 58 I 0.206 0.013 0.191 0.012 0.007 0.015 0.048 0.030 0.094 0.049 0.023 0.145 0.166 59 A 0.303 0.016 0.077 0.012 0.008 0.011 0.106 0.053 0.077 0.014 0.009 0.089 0.225 60 I 0.152 0.012 0.116 0.072 0.009 0.015 0.073 0.055 0.113 0.028 0.019 0.263 0.073 61 D 0.064 0.015 0.264 0.019 0.009 0.011 0.030 0.022 0.111 0.080 0.026 0.057 0.293 62 F 0.019 0.009 0.595 0.017 0.010 0.011 0.006 0.004 0.058 0.103 0.025 0.056 0.086