# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.091 0.079 0.188 0.197 0.012 0.094 0.018 0.013 0.012 0.005 0.070 0.057 0.117 0.006 0.013 0.026 2 R 0.038 0.112 0.147 0.270 0.008 0.109 0.009 0.015 0.011 0.006 0.058 0.071 0.107 0.004 0.010 0.025 3 D 0.030 0.096 0.122 0.275 0.008 0.143 0.007 0.007 0.014 0.003 0.066 0.059 0.125 0.003 0.005 0.037 4 M 0.030 0.094 0.140 0.244 0.011 0.107 0.015 0.009 0.006 0.003 0.082 0.092 0.137 0.007 0.006 0.016 5 T 0.015 0.097 0.092 0.142 0.005 0.204 0.011 0.012 0.005 0.002 0.067 0.110 0.205 0.003 0.015 0.014 6 E 0.016 0.086 0.100 0.284 0.005 0.038 0.010 0.006 0.010 0.001 0.155 0.050 0.183 0.004 0.006 0.044 7 E 0.035 0.057 0.238 0.235 0.010 0.059 0.021 0.006 0.004 0.002 0.031 0.113 0.144 0.011 0.013 0.021 8 T 0.010 0.040 0.130 0.098 0.015 0.207 0.029 0.009 0.005 0.002 0.036 0.038 0.324 0.014 0.015 0.028 9 R 0.018 0.073 0.043 0.126 0.019 0.144 0.030 0.024 0.011 0.003 0.165 0.056 0.211 0.027 0.022 0.029 10 K 0.033 0.122 0.081 0.186 0.004 0.039 0.010 0.033 0.020 0.006 0.094 0.118 0.128 0.009 0.055 0.063 11 D 0.032 0.085 0.286 0.202 0.003 0.026 0.005 0.002 0.028 0.002 0.007 0.023 0.045 0.002 0.006 0.246 12 L 0.074 0.033 0.601 0.222 0.001 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.022 0.001 0.002 0.021 13 P 0.002 0.001 0.011 0.006 0.001 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 14 P 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 15 E 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.968 0.008 0.001 0.001 0.001 16 A 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.018 0.063 0.876 0.001 0.007 0.009 17 L 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.944 0.001 0.001 0.006 18 R 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.951 0.001 0.001 0.003 19 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 0.965 0.001 0.001 0.002 20 L 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.945 0.001 0.001 0.003 21 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.976 0.001 0.002 0.003 22 E 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.966 0.002 0.001 0.007 23 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.966 0.001 0.003 0.002 24 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.959 0.002 0.001 0.004 25 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 0.958 0.003 0.002 0.003 26 R 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.031 0.935 0.002 0.004 0.005 27 R 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 0.952 0.001 0.003 0.008 28 R 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.013 0.948 0.004 0.003 0.005 29 R 0.001 0.003 0.006 0.006 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.014 0.933 0.004 0.005 0.007 30 A 0.001 0.004 0.009 0.014 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 0.016 0.910 0.004 0.009 0.011 31 K 0.004 0.009 0.019 0.017 0.001 0.019 0.013 0.001 0.002 0.001 0.010 0.020 0.818 0.020 0.010 0.036 32 A 0.014 0.022 0.054 0.035 0.003 0.015 0.037 0.004 0.002 0.001 0.028 0.021 0.622 0.056 0.033 0.051 33 L 0.018 0.054 0.152 0.099 0.003 0.034 0.020 0.015 0.007 0.002 0.013 0.026 0.342 0.013 0.108 0.093 34 D 0.034 0.069 0.259 0.192 0.003 0.016 0.008 0.003 0.017 0.002 0.011 0.005 0.089 0.004 0.007 0.280 35 L 0.150 0.032 0.208 0.202 0.030 0.145 0.041 0.006 0.004 0.005 0.022 0.020 0.087 0.026 0.006 0.017 36 P 0.017 0.073 0.204 0.159 0.010 0.188 0.007 0.058 0.003 0.002 0.099 0.029 0.117 0.004 0.023 0.009 37 K 0.010 0.088 0.036 0.424 0.023 0.066 0.007 0.019 0.033 0.009 0.113 0.065 0.068 0.003 0.007 0.029 38 E 0.029 0.037 0.082 0.137 0.278 0.043 0.134 0.010 0.006 0.006 0.035 0.061 0.039 0.088 0.005 0.012 39 I 0.008 0.038 0.119 0.079 0.144 0.046 0.113 0.179 0.004 0.004 0.022 0.020 0.062 0.045 0.106 0.011 40 G 0.009 0.098 0.087 0.191 0.008 0.024 0.008 0.159 0.121 0.050 0.019 0.014 0.041 0.002 0.053 0.118 41 G 0.222 0.008 0.018 0.032 0.047 0.183 0.027 0.004 0.087 0.236 0.030 0.023 0.050 0.013 0.002 0.019 42 R 0.065 0.049 0.030 0.023 0.072 0.033 0.021 0.057 0.004 0.002 0.503 0.031 0.046 0.050 0.013 0.002 43 N 0.004 0.461 0.043 0.234 0.001 0.003 0.001 0.038 0.039 0.002 0.003 0.102 0.004 0.001 0.028 0.037 44 G 0.190 0.004 0.240 0.119 0.003 0.089 0.038 0.001 0.065 0.082 0.005 0.007 0.069 0.003 0.004 0.080 45 P 0.091 0.279 0.334 0.187 0.002 0.015 0.002 0.008 0.001 0.001 0.035 0.004 0.033 0.001 0.002 0.005 46 E 0.003 0.024 0.029 0.922 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.002 47 P 0.011 0.004 0.444 0.444 0.016 0.057 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.002 48 V 0.002 0.029 0.035 0.734 0.030 0.119 0.004 0.010 0.001 0.001 0.019 0.003 0.010 0.001 0.001 0.002 49 R 0.002 0.032 0.005 0.215 0.563 0.058 0.042 0.013 0.003 0.004 0.019 0.015 0.007 0.020 0.001 0.001 50 F 0.005 0.078 0.020 0.331 0.012 0.046 0.002 0.398 0.007 0.002 0.029 0.011 0.010 0.001 0.043 0.004 51 G 0.011 0.038 0.055 0.194 0.004 0.044 0.003 0.005 0.269 0.253 0.022 0.032 0.021 0.001 0.001 0.049 52 D 0.323 0.037 0.033 0.092 0.014 0.191 0.005 0.003 0.004 0.004 0.082 0.063 0.141 0.003 0.003 0.003 53 W 0.011 0.111 0.104 0.231 0.009 0.026 0.004 0.016 0.004 0.001 0.311 0.072 0.082 0.004 0.004 0.010 54 E 0.007 0.052 0.085 0.142 0.109 0.068 0.092 0.006 0.012 0.005 0.013 0.201 0.103 0.074 0.012 0.020 55 K 0.004 0.014 0.065 0.049 0.083 0.021 0.349 0.034 0.002 0.001 0.041 0.007 0.120 0.148 0.043 0.018 56 K 0.008 0.079 0.047 0.156 0.001 0.016 0.006 0.262 0.049 0.011 0.012 0.019 0.053 0.002 0.209 0.069 57 G 0.085 0.029 0.155 0.189 0.003 0.010 0.005 0.001 0.226 0.028 0.007 0.006 0.015 0.003 0.001 0.237 58 I 0.608 0.013 0.210 0.135 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.001 0.002 0.003 59 A 0.004 0.020 0.413 0.284 0.030 0.201 0.005 0.003 0.001 0.003 0.013 0.004 0.011 0.002 0.001 0.005 60 I 0.004 0.144 0.034 0.635 0.049 0.066 0.005 0.021 0.001 0.001 0.015 0.012 0.009 0.001 0.002 0.001 61 D 0.004 0.039 0.017 0.287 0.098 0.364 0.019 0.035 0.016 0.014 0.037 0.031 0.027 0.004 0.004 0.004 62 F 0.021 0.089 0.079 0.176 0.029 0.066 0.011 0.066 0.023 0.007 0.321 0.055 0.034 0.003 0.008 0.011