# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.096 0.060 0.002 0.015 0.019 0.025 0.087 0.009 0.001 0.095 0.590 2 R 0.062 0.089 0.004 0.016 0.026 0.027 0.089 0.007 0.002 0.073 0.606 3 D 0.088 0.177 0.002 0.010 0.017 0.022 0.059 0.007 0.001 0.041 0.575 4 M 0.111 0.085 0.002 0.012 0.021 0.023 0.076 0.011 0.001 0.111 0.547 5 T 0.096 0.223 0.003 0.015 0.017 0.024 0.104 0.005 0.001 0.075 0.438 6 E 0.088 0.188 0.002 0.014 0.014 0.020 0.083 0.004 0.001 0.072 0.512 7 E 0.088 0.101 0.008 0.013 0.022 0.025 0.105 0.007 0.003 0.090 0.538 8 T 0.271 0.079 0.005 0.006 0.009 0.019 0.070 0.013 0.003 0.059 0.466 9 R 0.470 0.015 0.001 0.005 0.008 0.010 0.039 0.009 0.001 0.041 0.400 10 K 0.046 0.006 0.001 0.015 0.009 0.011 0.086 0.002 0.001 0.017 0.807 11 D 0.005 0.011 0.001 0.010 0.005 0.009 0.114 0.001 0.001 0.011 0.833 12 L 0.017 0.101 0.001 0.006 0.010 0.007 0.143 0.006 0.001 0.027 0.682 13 P 0.215 0.611 0.002 0.003 0.003 0.003 0.023 0.013 0.001 0.025 0.101 14 P 0.164 0.683 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.006 0.001 0.018 0.112 15 E 0.069 0.708 0.002 0.004 0.002 0.002 0.019 0.006 0.001 0.043 0.143 16 A 0.035 0.830 0.004 0.002 0.001 0.001 0.014 0.006 0.003 0.023 0.080 17 L 0.044 0.846 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.003 0.019 0.063 18 R 0.049 0.841 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.003 0.022 0.061 19 A 0.038 0.868 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.002 0.018 0.055 20 L 0.060 0.814 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.005 0.034 0.063 21 A 0.049 0.790 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.005 0.035 0.091 22 E 0.044 0.766 0.007 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 0.005 0.039 0.114 23 A 0.072 0.714 0.009 0.002 0.001 0.001 0.015 0.013 0.007 0.048 0.118 24 E 0.062 0.760 0.006 0.002 0.001 0.001 0.014 0.008 0.005 0.030 0.111 25 E 0.054 0.734 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.009 0.004 0.030 0.148 26 R 0.043 0.776 0.006 0.002 0.001 0.001 0.017 0.007 0.005 0.030 0.113 27 R 0.060 0.716 0.010 0.003 0.001 0.002 0.021 0.009 0.006 0.043 0.129 28 R 0.119 0.637 0.010 0.002 0.001 0.001 0.027 0.014 0.006 0.043 0.140 29 R 0.260 0.476 0.010 0.003 0.002 0.002 0.021 0.016 0.008 0.039 0.165 30 A 0.294 0.147 0.010 0.005 0.003 0.004 0.048 0.015 0.009 0.059 0.406 31 K 0.186 0.063 0.007 0.006 0.004 0.008 0.061 0.015 0.005 0.048 0.597 32 A 0.150 0.011 0.002 0.005 0.004 0.006 0.075 0.007 0.002 0.045 0.693 33 L 0.051 0.006 0.002 0.018 0.009 0.010 0.117 0.003 0.001 0.035 0.748 34 D 0.008 0.005 0.001 0.006 0.004 0.005 0.127 0.001 0.001 0.010 0.833 35 L 0.069 0.023 0.001 0.010 0.008 0.009 0.107 0.006 0.001 0.038 0.729 36 P 0.333 0.030 0.002 0.018 0.009 0.011 0.100 0.007 0.001 0.084 0.407 37 K 0.101 0.024 0.001 0.025 0.007 0.014 0.099 0.003 0.001 0.042 0.685 38 E 0.053 0.008 0.001 0.040 0.008 0.016 0.097 0.002 0.001 0.069 0.707 39 I 0.027 0.008 0.001 0.062 0.020 0.028 0.185 0.002 0.001 0.109 0.555 40 G 0.025 0.006 0.001 0.040 0.031 0.038 0.089 0.003 0.001 0.065 0.703 41 G 0.183 0.004 0.001 0.041 0.036 0.044 0.088 0.005 0.001 0.124 0.473 42 R 0.037 0.002 0.001 0.034 0.026 0.034 0.108 0.001 0.001 0.029 0.728 43 N 0.017 0.002 0.001 0.019 0.010 0.016 0.119 0.001 0.001 0.024 0.792 44 G 0.114 0.012 0.001 0.021 0.029 0.051 0.128 0.004 0.001 0.064 0.576 45 P 0.033 0.009 0.001 0.013 0.021 0.021 0.150 0.001 0.001 0.044 0.707 46 E 0.020 0.009 0.001 0.053 0.041 0.059 0.136 0.001 0.001 0.126 0.554 47 P 0.008 0.009 0.001 0.036 0.043 0.054 0.189 0.001 0.001 0.082 0.575 48 V 0.049 0.025 0.003 0.065 0.061 0.111 0.117 0.005 0.001 0.100 0.466 49 R 0.161 0.035 0.001 0.139 0.084 0.104 0.068 0.005 0.001 0.067 0.334 50 F 0.024 0.057 0.001 0.080 0.073 0.101 0.108 0.003 0.001 0.039 0.512 51 G 0.020 0.143 0.002 0.055 0.062 0.078 0.087 0.004 0.001 0.034 0.516 52 D 0.144 0.104 0.007 0.055 0.082 0.161 0.064 0.011 0.003 0.165 0.204 53 W 0.065 0.033 0.019 0.023 0.100 0.098 0.118 0.007 0.003 0.104 0.431 54 E 0.171 0.015 0.007 0.023 0.068 0.096 0.072 0.007 0.002 0.065 0.474 55 K 0.171 0.009 0.001 0.027 0.063 0.084 0.116 0.004 0.001 0.035 0.489 56 K 0.003 0.004 0.001 0.021 0.059 0.126 0.118 0.001 0.001 0.014 0.653 57 G 0.004 0.006 0.001 0.044 0.196 0.378 0.070 0.001 0.001 0.022 0.279 58 I 0.008 0.002 0.001 0.053 0.275 0.528 0.025 0.001 0.001 0.017 0.089 59 A 0.007 0.002 0.001 0.049 0.233 0.230 0.075 0.001 0.001 0.035 0.367 60 I 0.015 0.005 0.001 0.131 0.230 0.228 0.069 0.001 0.001 0.030 0.289 61 D 0.043 0.010 0.001 0.066 0.122 0.238 0.066 0.002 0.001 0.037 0.415 62 F 0.047 0.018 0.001 0.029 0.093 0.113 0.082 0.002 0.001 0.034 0.581