# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.171 0.059 0.012 0.020 0.035 0.091 0.080 0.531 2 R 0.053 0.079 0.016 0.039 0.051 0.133 0.089 0.541 3 D 0.100 0.121 0.013 0.013 0.036 0.104 0.056 0.556 4 M 0.123 0.069 0.015 0.023 0.025 0.109 0.256 0.380 5 T 0.054 0.135 0.014 0.031 0.025 0.107 0.115 0.520 6 E 0.178 0.078 0.012 0.013 0.022 0.073 0.041 0.584 7 E 0.119 0.048 0.038 0.042 0.027 0.090 0.089 0.547 8 T 0.246 0.020 0.027 0.019 0.018 0.081 0.025 0.565 9 R 0.447 0.015 0.017 0.004 0.010 0.037 0.049 0.422 10 K 0.011 0.002 0.032 0.008 0.010 0.107 0.018 0.811 11 D 0.002 0.005 0.010 0.005 0.010 0.114 0.009 0.845 12 L 0.011 0.087 0.030 0.009 0.009 0.114 0.028 0.712 13 P 0.209 0.691 0.002 0.001 0.001 0.008 0.052 0.036 14 P 0.077 0.817 0.003 0.001 0.001 0.008 0.042 0.053 15 E 0.061 0.753 0.014 0.001 0.001 0.009 0.073 0.088 16 A 0.041 0.787 0.011 0.002 0.004 0.013 0.085 0.058 17 L 0.042 0.802 0.008 0.004 0.005 0.018 0.054 0.068 18 R 0.049 0.803 0.003 0.003 0.005 0.012 0.061 0.063 19 A 0.039 0.823 0.004 0.003 0.005 0.013 0.048 0.065 20 L 0.058 0.730 0.010 0.007 0.008 0.019 0.109 0.059 21 A 0.072 0.654 0.009 0.007 0.010 0.029 0.074 0.143 22 E 0.066 0.710 0.008 0.005 0.007 0.026 0.053 0.126 23 A 0.065 0.664 0.011 0.007 0.008 0.032 0.083 0.130 24 E 0.121 0.603 0.008 0.004 0.006 0.025 0.108 0.124 25 E 0.081 0.613 0.007 0.004 0.006 0.033 0.069 0.188 26 R 0.061 0.653 0.007 0.006 0.008 0.031 0.056 0.180 27 R 0.071 0.640 0.006 0.006 0.008 0.029 0.058 0.182 28 R 0.144 0.471 0.008 0.007 0.009 0.037 0.086 0.238 29 R 0.314 0.275 0.011 0.010 0.011 0.040 0.080 0.259 30 A 0.318 0.067 0.021 0.008 0.011 0.057 0.074 0.445 31 K 0.252 0.029 0.015 0.008 0.010 0.060 0.044 0.583 32 A 0.099 0.009 0.019 0.005 0.010 0.089 0.044 0.725 33 L 0.011 0.004 0.031 0.009 0.012 0.132 0.023 0.778 34 D 0.016 0.006 0.014 0.006 0.009 0.127 0.015 0.809 35 L 0.078 0.025 0.048 0.020 0.017 0.155 0.067 0.588 36 P 0.147 0.032 0.042 0.011 0.014 0.121 0.080 0.552 37 K 0.083 0.023 0.080 0.010 0.021 0.112 0.135 0.536 38 E 0.032 0.012 0.081 0.022 0.031 0.136 0.052 0.634 39 I 0.052 0.013 0.068 0.034 0.072 0.132 0.050 0.580 40 G 0.035 0.007 0.037 0.036 0.055 0.136 0.045 0.649 41 G 0.095 0.010 0.030 0.033 0.061 0.134 0.080 0.556 42 R 0.054 0.004 0.025 0.037 0.050 0.135 0.051 0.643 43 N 0.023 0.001 0.015 0.014 0.026 0.123 0.021 0.777 44 G 0.024 0.003 0.012 0.026 0.031 0.145 0.038 0.721 45 P 0.029 0.003 0.018 0.021 0.038 0.125 0.035 0.731 46 E 0.037 0.011 0.059 0.096 0.104 0.135 0.082 0.476 47 P 0.010 0.002 0.017 0.027 0.038 0.120 0.022 0.765 48 V 0.018 0.009 0.102 0.118 0.210 0.093 0.076 0.375 49 R 0.047 0.010 0.057 0.068 0.128 0.112 0.049 0.529 50 F 0.007 0.005 0.026 0.058 0.079 0.144 0.028 0.652 51 G 0.012 0.021 0.035 0.066 0.151 0.120 0.043 0.551 52 D 0.123 0.069 0.046 0.101 0.136 0.062 0.303 0.160 53 W 0.054 0.019 0.044 0.082 0.077 0.114 0.186 0.424 54 E 0.098 0.016 0.054 0.058 0.128 0.101 0.085 0.460 55 K 0.074 0.011 0.040 0.046 0.131 0.113 0.067 0.518 56 K 0.006 0.008 0.036 0.088 0.136 0.127 0.029 0.570 57 G 0.007 0.012 0.062 0.134 0.338 0.084 0.052 0.311 58 I 0.006 0.007 0.093 0.290 0.330 0.053 0.044 0.177 59 A 0.011 0.003 0.072 0.198 0.267 0.068 0.032 0.349 60 I 0.026 0.007 0.149 0.169 0.286 0.063 0.066 0.234 61 D 0.050 0.011 0.059 0.080 0.127 0.097 0.057 0.520 62 F 0.066 0.017 0.051 0.069 0.119 0.116 0.073 0.489