# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.183 0.105 0.052 0.106 0.099 0.092 0.134 0.088 0.067 0.047 0.027 2 R 0.303 0.157 0.094 0.158 0.108 0.061 0.056 0.030 0.018 0.010 0.006 3 D 0.260 0.152 0.083 0.154 0.110 0.074 0.077 0.043 0.025 0.014 0.008 4 M 0.056 0.078 0.038 0.086 0.091 0.102 0.166 0.129 0.114 0.087 0.053 5 T 0.144 0.224 0.100 0.183 0.127 0.082 0.073 0.034 0.019 0.010 0.005 6 E 0.450 0.189 0.116 0.145 0.055 0.021 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 7 E 0.304 0.108 0.065 0.120 0.098 0.091 0.097 0.054 0.032 0.021 0.010 8 T 0.113 0.184 0.072 0.180 0.125 0.094 0.102 0.064 0.035 0.022 0.008 9 R 0.040 0.072 0.061 0.108 0.113 0.187 0.196 0.099 0.064 0.047 0.014 10 K 0.219 0.186 0.238 0.191 0.086 0.039 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 11 D 0.348 0.199 0.105 0.175 0.080 0.040 0.031 0.014 0.005 0.002 0.001 12 L 0.017 0.021 0.014 0.022 0.032 0.062 0.140 0.143 0.203 0.194 0.155 13 P 0.177 0.286 0.112 0.192 0.122 0.052 0.034 0.015 0.006 0.003 0.001 14 P 0.399 0.134 0.173 0.147 0.071 0.036 0.024 0.010 0.004 0.002 0.001 15 E 0.272 0.138 0.102 0.146 0.106 0.078 0.087 0.040 0.018 0.009 0.004 16 A 0.045 0.043 0.040 0.106 0.115 0.125 0.216 0.150 0.092 0.049 0.020 17 L 0.034 0.052 0.190 0.150 0.134 0.149 0.150 0.071 0.038 0.023 0.008 18 R 0.024 0.059 0.391 0.217 0.138 0.081 0.055 0.021 0.009 0.004 0.002 19 A 0.043 0.048 0.188 0.145 0.131 0.115 0.167 0.093 0.039 0.023 0.008 20 L 0.024 0.027 0.117 0.108 0.118 0.149 0.227 0.112 0.067 0.039 0.012 21 A 0.057 0.070 0.417 0.174 0.109 0.071 0.061 0.024 0.010 0.005 0.002 22 E 0.028 0.075 0.426 0.179 0.112 0.076 0.065 0.023 0.009 0.005 0.001 23 A 0.053 0.059 0.184 0.095 0.101 0.126 0.208 0.092 0.047 0.026 0.009 24 E 0.197 0.153 0.355 0.162 0.070 0.029 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 25 E 0.136 0.099 0.375 0.171 0.096 0.051 0.044 0.019 0.006 0.003 0.001 26 R 0.060 0.063 0.192 0.128 0.117 0.131 0.174 0.075 0.035 0.020 0.006 27 R 0.069 0.117 0.364 0.190 0.107 0.067 0.050 0.022 0.009 0.004 0.001 28 R 0.050 0.085 0.349 0.157 0.112 0.104 0.083 0.037 0.014 0.008 0.002 29 R 0.096 0.136 0.247 0.189 0.115 0.075 0.077 0.038 0.015 0.008 0.003 30 A 0.181 0.096 0.143 0.123 0.102 0.108 0.129 0.064 0.030 0.018 0.006 31 K 0.242 0.201 0.239 0.185 0.076 0.028 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 32 A 0.111 0.103 0.094 0.100 0.094 0.113 0.168 0.099 0.059 0.041 0.017 33 L 0.112 0.098 0.087 0.133 0.138 0.129 0.144 0.076 0.046 0.025 0.013 34 D 0.365 0.290 0.155 0.120 0.039 0.015 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 35 L 0.056 0.046 0.039 0.086 0.095 0.129 0.181 0.128 0.111 0.083 0.047 36 P 0.310 0.198 0.054 0.136 0.093 0.059 0.061 0.042 0.025 0.015 0.007 37 K 0.166 0.137 0.114 0.228 0.142 0.088 0.061 0.033 0.017 0.009 0.004 38 E 0.054 0.057 0.060 0.094 0.099 0.138 0.173 0.121 0.089 0.076 0.039 39 I 0.047 0.066 0.030 0.095 0.098 0.143 0.190 0.125 0.103 0.072 0.030 40 G 0.341 0.188 0.064 0.140 0.085 0.056 0.055 0.034 0.021 0.012 0.006 41 G 0.244 0.114 0.044 0.101 0.078 0.073 0.112 0.080 0.068 0.054 0.033 42 R 0.239 0.300 0.050 0.154 0.091 0.058 0.047 0.026 0.017 0.011 0.006 43 N 0.474 0.290 0.032 0.093 0.047 0.025 0.017 0.011 0.006 0.003 0.002 44 G 0.529 0.163 0.024 0.081 0.055 0.039 0.037 0.029 0.020 0.013 0.010 45 P 0.247 0.131 0.032 0.114 0.091 0.082 0.095 0.075 0.062 0.044 0.027 46 E 0.105 0.124 0.051 0.170 0.129 0.133 0.115 0.068 0.056 0.032 0.016 47 P 0.035 0.038 0.028 0.069 0.076 0.092 0.147 0.145 0.152 0.112 0.106 48 V 0.032 0.032 0.029 0.081 0.094 0.087 0.134 0.155 0.148 0.114 0.095 49 R 0.052 0.067 0.052 0.122 0.117 0.116 0.151 0.117 0.100 0.070 0.038 50 F 0.038 0.032 0.036 0.099 0.110 0.094 0.145 0.160 0.126 0.095 0.066 51 G 0.166 0.093 0.050 0.113 0.088 0.084 0.115 0.096 0.088 0.067 0.039 52 D 0.082 0.063 0.044 0.118 0.118 0.089 0.140 0.119 0.106 0.071 0.050 53 W 0.046 0.038 0.035 0.076 0.094 0.093 0.154 0.151 0.134 0.103 0.077 54 E 0.057 0.061 0.080 0.162 0.150 0.106 0.133 0.094 0.072 0.050 0.034 55 K 0.047 0.081 0.090 0.112 0.107 0.132 0.184 0.092 0.077 0.053 0.024 56 K 0.064 0.105 0.086 0.219 0.171 0.102 0.102 0.061 0.046 0.027 0.017 57 G 0.187 0.075 0.053 0.076 0.060 0.070 0.124 0.098 0.111 0.097 0.048 58 I 0.038 0.081 0.058 0.172 0.140 0.133 0.147 0.082 0.077 0.046 0.027 59 A 0.007 0.008 0.014 0.017 0.025 0.034 0.075 0.133 0.203 0.226 0.258 60 I 0.014 0.019 0.037 0.066 0.095 0.101 0.149 0.161 0.148 0.116 0.096 61 D 0.017 0.027 0.050 0.070 0.083 0.089 0.166 0.154 0.153 0.115 0.075 62 F 0.018 0.014 0.024 0.058 0.079 0.093 0.168 0.163 0.168 0.125 0.091