# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.103 0.039 0.008 0.030 0.024 0.047 0.108 0.002 0.001 0.005 0.635 2 R 0.043 0.023 0.002 0.024 0.020 0.031 0.091 0.001 0.001 0.002 0.764 3 D 0.048 0.022 0.002 0.017 0.013 0.021 0.082 0.001 0.001 0.002 0.793 4 M 0.141 0.083 0.005 0.032 0.020 0.043 0.110 0.003 0.001 0.005 0.557 5 T 0.080 0.073 0.005 0.024 0.021 0.033 0.276 0.003 0.001 0.007 0.478 6 E 0.085 0.060 0.006 0.012 0.007 0.014 0.086 0.002 0.001 0.005 0.724 7 E 0.081 0.128 0.012 0.020 0.015 0.033 0.259 0.004 0.001 0.010 0.439 8 T 0.113 0.084 0.004 0.013 0.010 0.014 0.211 0.004 0.001 0.005 0.542 9 R 0.101 0.189 0.020 0.014 0.017 0.027 0.056 0.005 0.001 0.004 0.566 10 K 0.091 0.134 0.010 0.020 0.016 0.022 0.127 0.008 0.001 0.005 0.567 11 D 0.289 0.061 0.018 0.015 0.006 0.010 0.046 0.011 0.001 0.005 0.539 12 L 0.303 0.102 0.089 0.026 0.010 0.016 0.061 0.010 0.001 0.004 0.377 13 P 0.004 0.004 0.001 0.003 0.003 0.002 0.059 0.001 0.001 0.001 0.924 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 E 0.012 0.013 0.001 0.006 0.003 0.018 0.287 0.001 0.001 0.001 0.661 16 A 0.489 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.147 0.001 0.001 0.005 0.273 17 L 0.171 0.715 0.004 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.087 18 R 0.022 0.902 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.056 19 A 0.014 0.825 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.148 20 L 0.026 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.064 21 A 0.017 0.925 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.001 0.001 0.038 22 E 0.011 0.948 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.026 23 A 0.014 0.951 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.023 24 E 0.010 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.028 25 E 0.009 0.955 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.024 26 R 0.014 0.946 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.026 27 R 0.015 0.947 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.023 28 R 0.013 0.939 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.030 29 R 0.020 0.912 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.046 30 A 0.031 0.879 0.008 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.061 31 K 0.074 0.811 0.014 0.001 0.001 0.002 0.008 0.020 0.001 0.001 0.068 32 A 0.121 0.742 0.025 0.001 0.002 0.002 0.005 0.034 0.001 0.001 0.067 33 L 0.165 0.552 0.049 0.005 0.007 0.009 0.014 0.057 0.001 0.002 0.141 34 D 0.128 0.121 0.057 0.008 0.007 0.011 0.019 0.035 0.001 0.002 0.614 35 L 0.139 0.065 0.057 0.019 0.029 0.025 0.069 0.014 0.001 0.003 0.580 36 P 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.987 37 K 0.018 0.004 0.004 0.022 0.026 0.055 0.071 0.001 0.001 0.001 0.798 38 E 0.102 0.009 0.003 0.038 0.016 0.032 0.160 0.001 0.001 0.009 0.630 39 I 0.185 0.036 0.004 0.081 0.054 0.083 0.103 0.002 0.001 0.008 0.443 40 G 0.090 0.046 0.009 0.073 0.084 0.131 0.089 0.003 0.001 0.009 0.466 41 G 0.069 0.025 0.007 0.097 0.073 0.159 0.070 0.003 0.001 0.007 0.491 42 R 0.034 0.009 0.003 0.070 0.059 0.083 0.074 0.001 0.001 0.002 0.663 43 N 0.026 0.004 0.002 0.024 0.026 0.039 0.075 0.001 0.001 0.004 0.798 44 G 0.279 0.006 0.020 0.038 0.097 0.083 0.095 0.003 0.001 0.023 0.357 45 P 0.008 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.975 46 E 0.010 0.001 0.002 0.049 0.243 0.157 0.230 0.001 0.001 0.003 0.305 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 48 V 0.005 0.001 0.001 0.042 0.293 0.541 0.016 0.001 0.001 0.001 0.101 49 R 0.008 0.001 0.001 0.034 0.051 0.090 0.060 0.001 0.001 0.003 0.753 50 F 0.029 0.007 0.001 0.080 0.156 0.327 0.041 0.001 0.001 0.003 0.355 51 G 0.036 0.007 0.001 0.076 0.131 0.199 0.154 0.001 0.001 0.013 0.383 52 D 0.057 0.008 0.003 0.037 0.103 0.090 0.172 0.001 0.001 0.017 0.512 53 W 0.020 0.018 0.003 0.020 0.052 0.084 0.121 0.001 0.001 0.006 0.675 54 E 0.017 0.011 0.005 0.025 0.088 0.187 0.424 0.001 0.001 0.015 0.227 55 K 0.122 0.044 0.004 0.029 0.085 0.072 0.198 0.003 0.001 0.019 0.423 56 K 0.094 0.190 0.023 0.044 0.153 0.156 0.068 0.004 0.001 0.020 0.249 57 G 0.127 0.028 0.007 0.066 0.139 0.200 0.088 0.004 0.001 0.016 0.325 58 I 0.163 0.030 0.026 0.112 0.192 0.131 0.107 0.003 0.001 0.006 0.229 59 A 0.009 0.005 0.001 0.085 0.199 0.419 0.017 0.001 0.001 0.001 0.264 60 I 0.008 0.006 0.002 0.135 0.272 0.357 0.047 0.001 0.001 0.002 0.169 61 D 0.038 0.009 0.003 0.139 0.147 0.270 0.051 0.002 0.001 0.006 0.335 62 F 0.032 0.011 0.004 0.153 0.083 0.192 0.105 0.001 0.001 0.006 0.413