# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.068 0.041 0.035 0.033 0.064 0.056 0.010 0.694 2 R 0.032 0.020 0.017 0.019 0.033 0.131 0.005 0.742 3 D 0.054 0.020 0.012 0.012 0.023 0.078 0.006 0.795 4 M 0.142 0.079 0.040 0.023 0.048 0.124 0.014 0.530 5 T 0.074 0.075 0.013 0.012 0.015 0.372 0.010 0.429 6 E 0.148 0.092 0.011 0.007 0.014 0.103 0.020 0.604 7 E 0.208 0.138 0.030 0.010 0.018 0.111 0.021 0.464 8 T 0.109 0.159 0.021 0.014 0.015 0.183 0.017 0.481 9 R 0.136 0.226 0.024 0.018 0.032 0.056 0.021 0.486 10 K 0.180 0.177 0.027 0.011 0.013 0.109 0.025 0.458 11 D 0.284 0.083 0.019 0.008 0.010 0.066 0.039 0.491 12 L 0.243 0.098 0.072 0.012 0.022 0.056 0.029 0.468 13 P 0.005 0.003 0.004 0.001 0.002 0.035 0.001 0.950 14 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 15 E 0.022 0.027 0.024 0.005 0.012 0.177 0.001 0.733 16 A 0.208 0.102 0.009 0.002 0.004 0.192 0.003 0.479 17 L 0.162 0.546 0.010 0.002 0.007 0.045 0.005 0.223 18 R 0.118 0.732 0.014 0.002 0.003 0.024 0.005 0.101 19 A 0.037 0.801 0.009 0.001 0.001 0.008 0.006 0.138 20 L 0.029 0.812 0.005 0.001 0.001 0.021 0.008 0.123 21 A 0.038 0.809 0.004 0.001 0.001 0.039 0.009 0.099 22 E 0.050 0.845 0.007 0.001 0.001 0.017 0.012 0.068 23 A 0.043 0.848 0.010 0.001 0.001 0.013 0.008 0.077 24 E 0.022 0.891 0.008 0.001 0.001 0.011 0.005 0.062 25 E 0.045 0.803 0.005 0.001 0.001 0.015 0.010 0.119 26 R 0.043 0.865 0.008 0.001 0.001 0.014 0.008 0.059 27 R 0.045 0.832 0.010 0.001 0.001 0.013 0.012 0.086 28 R 0.048 0.812 0.013 0.001 0.001 0.012 0.010 0.103 29 R 0.041 0.803 0.015 0.001 0.002 0.013 0.009 0.114 30 A 0.050 0.731 0.011 0.002 0.003 0.024 0.014 0.166 31 K 0.108 0.675 0.014 0.004 0.005 0.027 0.024 0.143 32 A 0.178 0.625 0.023 0.004 0.005 0.013 0.029 0.123 33 L 0.137 0.555 0.039 0.013 0.011 0.021 0.034 0.189 34 D 0.127 0.193 0.024 0.008 0.011 0.026 0.038 0.573 35 L 0.192 0.106 0.069 0.027 0.030 0.082 0.035 0.460 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 37 K 0.019 0.009 0.034 0.034 0.049 0.063 0.003 0.790 38 E 0.214 0.022 0.038 0.028 0.036 0.083 0.006 0.571 39 I 0.192 0.073 0.046 0.053 0.089 0.056 0.009 0.481 40 G 0.164 0.051 0.058 0.054 0.103 0.071 0.016 0.483 41 G 0.133 0.033 0.054 0.058 0.066 0.078 0.013 0.565 42 R 0.050 0.021 0.042 0.055 0.060 0.066 0.009 0.697 43 N 0.043 0.015 0.029 0.020 0.030 0.159 0.013 0.692 44 G 0.211 0.006 0.024 0.020 0.026 0.129 0.022 0.561 45 P 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.984 46 E 0.036 0.002 0.051 0.066 0.109 0.240 0.003 0.493 47 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 48 V 0.023 0.003 0.061 0.144 0.276 0.116 0.001 0.376 49 R 0.104 0.006 0.056 0.105 0.114 0.101 0.003 0.510 50 F 0.046 0.017 0.080 0.139 0.228 0.050 0.006 0.433 51 G 0.099 0.014 0.059 0.164 0.216 0.109 0.013 0.325 52 D 0.069 0.013 0.044 0.112 0.075 0.277 0.007 0.403 53 W 0.008 0.009 0.011 0.042 0.070 0.020 0.003 0.837 54 E 0.016 0.026 0.011 0.044 0.100 0.628 0.004 0.170 55 K 0.216 0.062 0.018 0.069 0.089 0.354 0.013 0.178 56 K 0.233 0.143 0.050 0.064 0.111 0.051 0.049 0.299 57 G 0.171 0.053 0.139 0.152 0.145 0.056 0.039 0.244 58 I 0.098 0.015 0.197 0.172 0.165 0.091 0.012 0.251 59 A 0.004 0.003 0.093 0.118 0.226 0.012 0.001 0.543 60 I 0.012 0.003 0.233 0.196 0.309 0.121 0.001 0.124 61 D 0.012 0.003 0.122 0.126 0.115 0.073 0.001 0.548 62 F 0.009 0.005 0.191 0.083 0.159 0.141 0.002 0.409