# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.244 0.202 0.269 0.111 0.066 0.032 0.034 0.008 0.026 0.007 0.002 2 R 0.316 0.195 0.284 0.084 0.044 0.025 0.020 0.005 0.018 0.006 0.003 3 D 0.275 0.153 0.252 0.145 0.045 0.062 0.030 0.007 0.023 0.005 0.003 4 M 0.409 0.173 0.203 0.118 0.035 0.021 0.014 0.003 0.020 0.003 0.001 5 T 0.452 0.144 0.223 0.090 0.023 0.024 0.019 0.004 0.016 0.003 0.002 6 E 0.542 0.088 0.128 0.156 0.023 0.021 0.024 0.004 0.010 0.002 0.002 7 E 0.405 0.191 0.201 0.085 0.053 0.020 0.012 0.003 0.026 0.002 0.001 8 T 0.528 0.106 0.242 0.063 0.010 0.025 0.007 0.001 0.014 0.001 0.003 9 R 0.511 0.110 0.173 0.120 0.021 0.020 0.019 0.004 0.017 0.003 0.003 10 K 0.567 0.116 0.116 0.118 0.026 0.010 0.025 0.007 0.009 0.004 0.003 11 D 0.106 0.066 0.137 0.435 0.031 0.064 0.126 0.017 0.012 0.003 0.004 12 L 0.033 0.282 0.493 0.023 0.055 0.014 0.006 0.001 0.088 0.003 0.001 13 P 0.007 0.006 0.909 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.031 0.004 0.003 14 P 0.779 0.001 0.190 0.014 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 15 E 0.848 0.031 0.053 0.048 0.002 0.005 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 16 A 0.834 0.029 0.047 0.067 0.010 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 17 L 0.802 0.029 0.062 0.089 0.003 0.007 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 18 R 0.820 0.056 0.050 0.034 0.009 0.007 0.011 0.002 0.008 0.001 0.001 19 A 0.880 0.016 0.060 0.028 0.004 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 20 L 0.787 0.016 0.047 0.138 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 21 A 0.810 0.040 0.067 0.048 0.010 0.007 0.008 0.002 0.006 0.001 0.001 22 E 0.738 0.040 0.070 0.125 0.004 0.012 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 23 A 0.717 0.056 0.096 0.083 0.014 0.012 0.008 0.003 0.009 0.001 0.001 24 E 0.687 0.064 0.141 0.063 0.008 0.018 0.007 0.001 0.011 0.001 0.001 25 E 0.805 0.034 0.067 0.073 0.005 0.008 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 26 R 0.726 0.037 0.072 0.131 0.008 0.010 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 27 R 0.662 0.060 0.097 0.127 0.012 0.011 0.019 0.003 0.009 0.001 0.001 28 R 0.551 0.088 0.177 0.088 0.025 0.023 0.019 0.004 0.021 0.003 0.001 29 R 0.660 0.054 0.181 0.063 0.008 0.014 0.006 0.001 0.011 0.002 0.002 30 A 0.763 0.036 0.104 0.060 0.009 0.009 0.007 0.002 0.006 0.002 0.001 31 K 0.672 0.060 0.101 0.121 0.010 0.011 0.012 0.002 0.009 0.001 0.001 32 A 0.495 0.094 0.168 0.145 0.018 0.017 0.032 0.006 0.020 0.002 0.002 33 L 0.311 0.134 0.334 0.110 0.030 0.021 0.028 0.005 0.018 0.006 0.003 34 D 0.207 0.097 0.370 0.155 0.025 0.063 0.044 0.010 0.018 0.006 0.006 35 L 0.042 0.245 0.510 0.010 0.044 0.020 0.005 0.001 0.121 0.004 0.001 36 P 0.241 0.010 0.666 0.014 0.003 0.030 0.002 0.001 0.003 0.003 0.029 37 K 0.380 0.124 0.288 0.072 0.046 0.033 0.017 0.021 0.013 0.005 0.002 38 E 0.353 0.247 0.231 0.097 0.014 0.032 0.003 0.001 0.021 0.001 0.001 39 I 0.166 0.247 0.172 0.319 0.015 0.018 0.027 0.001 0.032 0.001 0.002 40 G 0.026 0.011 0.054 0.026 0.088 0.012 0.094 0.341 0.007 0.336 0.004 41 G 0.049 0.047 0.331 0.037 0.156 0.014 0.020 0.078 0.030 0.232 0.006 42 R 0.342 0.051 0.410 0.064 0.009 0.015 0.008 0.002 0.010 0.008 0.081 43 N 0.127 0.096 0.191 0.437 0.023 0.014 0.064 0.011 0.026 0.003 0.006 44 G 0.004 0.019 0.252 0.004 0.148 0.007 0.032 0.050 0.072 0.410 0.002 45 P 0.131 0.004 0.685 0.021 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.144 46 E 0.007 0.302 0.471 0.003 0.065 0.010 0.002 0.001 0.139 0.001 0.001 47 P 0.060 0.003 0.831 0.006 0.001 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 48 V 0.094 0.434 0.283 0.086 0.042 0.025 0.005 0.002 0.027 0.001 0.001 49 R 0.082 0.464 0.271 0.041 0.031 0.064 0.008 0.001 0.034 0.002 0.002 50 F 0.059 0.270 0.252 0.237 0.068 0.042 0.034 0.003 0.030 0.003 0.002 51 G 0.080 0.049 0.113 0.036 0.207 0.019 0.045 0.187 0.010 0.249 0.002 52 D 0.198 0.199 0.327 0.095 0.052 0.053 0.028 0.004 0.037 0.003 0.003 53 W 0.487 0.141 0.190 0.078 0.052 0.029 0.005 0.002 0.011 0.003 0.002 54 E 0.503 0.233 0.123 0.085 0.015 0.016 0.008 0.001 0.015 0.001 0.001 55 K 0.437 0.260 0.125 0.080 0.033 0.015 0.013 0.001 0.034 0.001 0.001 56 K 0.147 0.076 0.137 0.416 0.030 0.011 0.155 0.006 0.017 0.003 0.003 57 G 0.013 0.012 0.036 0.009 0.093 0.005 0.135 0.611 0.003 0.083 0.001 58 I 0.057 0.540 0.331 0.015 0.016 0.021 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 59 A 0.038 0.339 0.462 0.025 0.035 0.083 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 60 I 0.046 0.667 0.121 0.034 0.081 0.031 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 61 D 0.049 0.214 0.349 0.039 0.066 0.200 0.031 0.004 0.039 0.005 0.004 62 F 0.236 0.212 0.186 0.136 0.115 0.053 0.018 0.008 0.026 0.009 0.002