# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.174 0.052 0.018 0.205 0.019 0.034 0.127 0.098 0.095 0.053 2 R 0.076 0.211 0.093 0.028 0.189 0.034 0.058 0.128 0.074 0.065 0.044 3 D 0.155 0.150 0.065 0.014 0.224 0.015 0.037 0.115 0.061 0.099 0.064 4 M 0.096 0.159 0.064 0.025 0.140 0.024 0.035 0.150 0.133 0.127 0.047 5 T 0.057 0.212 0.096 0.039 0.139 0.037 0.054 0.195 0.096 0.049 0.026 6 E 0.078 0.073 0.033 0.017 0.097 0.023 0.051 0.247 0.136 0.190 0.055 7 E 0.073 0.235 0.092 0.017 0.202 0.015 0.044 0.127 0.055 0.095 0.044 8 T 0.119 0.293 0.112 0.018 0.199 0.012 0.017 0.082 0.043 0.052 0.051 9 R 0.072 0.138 0.044 0.027 0.118 0.039 0.056 0.245 0.175 0.054 0.032 10 K 0.039 0.103 0.049 0.025 0.087 0.047 0.101 0.250 0.171 0.099 0.029 11 D 0.082 0.065 0.036 0.011 0.094 0.011 0.059 0.106 0.056 0.412 0.067 12 L 0.017 0.436 0.377 0.019 0.053 0.006 0.010 0.016 0.008 0.038 0.021 13 P 0.022 0.590 0.275 0.008 0.073 0.001 0.001 0.014 0.004 0.004 0.007 14 P 0.005 0.028 0.006 0.001 0.010 0.003 0.010 0.590 0.338 0.008 0.002 15 E 0.002 0.006 0.003 0.001 0.002 0.003 0.020 0.734 0.200 0.026 0.002 16 A 0.004 0.008 0.003 0.001 0.006 0.003 0.010 0.716 0.130 0.116 0.004 17 L 0.007 0.020 0.010 0.003 0.011 0.015 0.022 0.640 0.152 0.112 0.008 18 R 0.012 0.059 0.023 0.004 0.023 0.008 0.028 0.691 0.101 0.044 0.007 19 A 0.008 0.023 0.009 0.001 0.012 0.003 0.012 0.755 0.131 0.043 0.004 20 L 0.008 0.009 0.004 0.001 0.008 0.003 0.010 0.793 0.130 0.030 0.004 21 A 0.004 0.011 0.004 0.001 0.006 0.004 0.020 0.826 0.100 0.022 0.003 22 E 0.005 0.010 0.004 0.001 0.007 0.004 0.028 0.765 0.096 0.073 0.004 23 A 0.011 0.037 0.011 0.003 0.023 0.006 0.025 0.724 0.113 0.042 0.006 24 E 0.015 0.026 0.011 0.004 0.019 0.009 0.029 0.690 0.139 0.050 0.009 25 E 0.014 0.025 0.011 0.003 0.022 0.008 0.041 0.660 0.146 0.061 0.008 26 R 0.025 0.052 0.021 0.006 0.037 0.016 0.049 0.532 0.131 0.114 0.017 27 R 0.034 0.066 0.029 0.010 0.044 0.016 0.066 0.464 0.115 0.128 0.028 28 R 0.046 0.167 0.066 0.012 0.088 0.014 0.033 0.357 0.091 0.096 0.029 29 R 0.046 0.081 0.029 0.010 0.065 0.015 0.029 0.456 0.175 0.069 0.024 30 A 0.025 0.055 0.023 0.009 0.046 0.021 0.056 0.471 0.224 0.055 0.015 31 K 0.052 0.064 0.028 0.011 0.082 0.020 0.071 0.284 0.161 0.197 0.031 32 A 0.080 0.117 0.042 0.019 0.121 0.024 0.061 0.138 0.133 0.214 0.051 33 L 0.050 0.335 0.142 0.038 0.151 0.023 0.050 0.066 0.055 0.059 0.031 34 D 0.106 0.157 0.162 0.048 0.126 0.017 0.052 0.073 0.053 0.153 0.052 35 L 0.041 0.370 0.317 0.035 0.113 0.009 0.016 0.027 0.023 0.029 0.021 36 P 0.035 0.406 0.192 0.028 0.134 0.011 0.020 0.089 0.062 0.011 0.012 37 K 0.046 0.057 0.031 0.011 0.079 0.018 0.093 0.337 0.250 0.052 0.025 38 E 0.081 0.065 0.041 0.014 0.117 0.025 0.069 0.141 0.097 0.284 0.066 39 I 0.066 0.277 0.106 0.023 0.153 0.032 0.078 0.069 0.044 0.094 0.058 40 G 0.040 0.079 0.074 0.243 0.051 0.043 0.039 0.051 0.051 0.257 0.071 41 G 0.019 0.119 0.577 0.181 0.035 0.007 0.004 0.010 0.014 0.025 0.010 42 R 0.066 0.088 0.040 0.015 0.102 0.033 0.205 0.196 0.176 0.055 0.025 43 N 0.024 0.087 0.090 0.164 0.035 0.087 0.124 0.059 0.066 0.224 0.039 44 G 0.032 0.158 0.380 0.237 0.073 0.011 0.008 0.011 0.015 0.051 0.023 45 P 0.124 0.161 0.125 0.032 0.165 0.028 0.063 0.082 0.115 0.070 0.036 46 E 0.059 0.340 0.200 0.022 0.206 0.018 0.028 0.037 0.033 0.023 0.034 47 P 0.215 0.169 0.033 0.009 0.335 0.008 0.018 0.043 0.047 0.059 0.065 48 V 0.162 0.200 0.050 0.009 0.351 0.017 0.040 0.045 0.036 0.045 0.045 49 R 0.197 0.141 0.085 0.019 0.308 0.029 0.031 0.034 0.021 0.041 0.094 50 F 0.140 0.150 0.048 0.064 0.195 0.052 0.056 0.075 0.052 0.116 0.051 51 G 0.049 0.070 0.142 0.222 0.064 0.098 0.051 0.044 0.051 0.159 0.050 52 D 0.120 0.236 0.092 0.007 0.412 0.005 0.006 0.038 0.023 0.022 0.038 53 W 0.083 0.070 0.010 0.005 0.176 0.008 0.018 0.261 0.272 0.075 0.023 54 E 0.116 0.043 0.042 0.016 0.100 0.026 0.080 0.327 0.119 0.083 0.047 55 K 0.079 0.063 0.057 0.051 0.085 0.087 0.083 0.293 0.063 0.095 0.044 56 K 0.025 0.237 0.141 0.221 0.047 0.087 0.083 0.070 0.030 0.040 0.019 57 G 0.027 0.036 0.074 0.209 0.020 0.036 0.012 0.035 0.038 0.379 0.133 58 I 0.062 0.400 0.055 0.009 0.286 0.010 0.026 0.060 0.036 0.030 0.027 59 A 0.349 0.105 0.015 0.004 0.354 0.006 0.012 0.034 0.020 0.035 0.065 60 I 0.114 0.276 0.073 0.021 0.329 0.032 0.035 0.041 0.024 0.018 0.037 61 D 0.226 0.137 0.055 0.014 0.303 0.016 0.019 0.066 0.032 0.055 0.077 62 F 0.131 0.135 0.026 0.011 0.233 0.015 0.021 0.165 0.136 0.082 0.044