# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.669 0.169 0.109 0.041 0.010 0.002 0.001 2 R 0.800 0.144 0.045 0.009 0.001 0.001 0.001 3 D 0.601 0.250 0.112 0.029 0.007 0.001 0.001 4 M 0.396 0.231 0.198 0.130 0.040 0.004 0.001 5 T 0.681 0.221 0.072 0.022 0.003 0.001 0.001 6 E 0.856 0.115 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 7 E 0.662 0.221 0.086 0.026 0.005 0.001 0.001 8 T 0.580 0.293 0.098 0.024 0.005 0.001 0.001 9 R 0.345 0.337 0.178 0.112 0.026 0.002 0.001 10 K 0.685 0.236 0.054 0.021 0.003 0.001 0.001 11 D 0.597 0.289 0.084 0.023 0.006 0.001 0.001 12 L 0.176 0.162 0.260 0.284 0.107 0.011 0.001 13 P 0.514 0.279 0.148 0.048 0.009 0.001 0.001 14 P 0.681 0.225 0.067 0.021 0.005 0.001 0.001 15 E 0.600 0.231 0.116 0.038 0.012 0.002 0.001 16 A 0.332 0.231 0.215 0.137 0.068 0.016 0.001 17 L 0.387 0.231 0.195 0.130 0.047 0.010 0.001 18 R 0.502 0.263 0.143 0.062 0.024 0.005 0.001 19 A 0.383 0.268 0.186 0.098 0.051 0.014 0.001 20 L 0.311 0.218 0.200 0.162 0.086 0.022 0.001 21 A 0.498 0.322 0.111 0.053 0.013 0.003 0.001 22 E 0.491 0.269 0.140 0.071 0.026 0.004 0.001 23 A 0.493 0.261 0.142 0.081 0.020 0.002 0.001 24 E 0.719 0.205 0.055 0.018 0.003 0.001 0.001 25 E 0.685 0.203 0.085 0.022 0.005 0.001 0.001 26 R 0.548 0.276 0.123 0.043 0.008 0.001 0.001 27 R 0.564 0.286 0.106 0.036 0.007 0.001 0.001 28 R 0.542 0.260 0.137 0.048 0.011 0.001 0.001 29 R 0.585 0.264 0.109 0.034 0.007 0.001 0.001 30 A 0.680 0.216 0.076 0.024 0.004 0.001 0.001 31 K 0.770 0.178 0.043 0.008 0.001 0.001 0.001 32 A 0.452 0.285 0.169 0.073 0.020 0.002 0.001 33 L 0.595 0.259 0.100 0.039 0.006 0.001 0.001 34 D 0.719 0.219 0.049 0.010 0.002 0.001 0.001 35 L 0.297 0.292 0.194 0.156 0.055 0.006 0.001 36 P 0.406 0.267 0.186 0.105 0.030 0.005 0.001 37 K 0.435 0.310 0.156 0.072 0.022 0.004 0.001 38 E 0.188 0.200 0.245 0.200 0.132 0.034 0.001 39 I 0.181 0.221 0.227 0.230 0.108 0.032 0.002 40 G 0.361 0.283 0.200 0.103 0.041 0.011 0.001 41 G 0.301 0.209 0.205 0.171 0.088 0.024 0.002 42 R 0.509 0.241 0.148 0.072 0.023 0.007 0.001 43 N 0.707 0.202 0.064 0.020 0.005 0.002 0.001 44 G 0.377 0.255 0.174 0.107 0.062 0.022 0.003 45 P 0.172 0.187 0.192 0.206 0.144 0.085 0.014 46 E 0.101 0.118 0.173 0.216 0.216 0.145 0.032 47 P 0.096 0.111 0.158 0.184 0.192 0.192 0.067 48 V 0.047 0.064 0.104 0.146 0.228 0.281 0.130 49 R 0.045 0.051 0.071 0.112 0.186 0.300 0.236 50 F 0.054 0.067 0.096 0.152 0.198 0.257 0.176 51 G 0.071 0.113 0.134 0.184 0.195 0.206 0.097 52 D 0.091 0.120 0.170 0.199 0.190 0.173 0.056 53 W 0.089 0.088 0.115 0.182 0.242 0.218 0.066 54 E 0.139 0.150 0.183 0.197 0.182 0.122 0.028 55 K 0.289 0.236 0.187 0.151 0.082 0.043 0.012 56 K 0.470 0.243 0.151 0.082 0.031 0.019 0.005 57 G 0.232 0.198 0.173 0.159 0.143 0.080 0.015 58 I 0.161 0.183 0.190 0.197 0.143 0.102 0.023 59 A 0.125 0.087 0.117 0.168 0.214 0.232 0.058 60 I 0.190 0.191 0.183 0.203 0.131 0.084 0.018 61 D 0.243 0.198 0.175 0.163 0.129 0.076 0.016 62 F 0.215 0.133 0.145 0.189 0.181 0.112 0.024