# TARGET T0484 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0484.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 24.982 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.264 0.154 0.140 0.139 0.115 0.082 0.052 0.026 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 2 R 0.537 0.158 0.125 0.076 0.045 0.025 0.019 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 D 0.440 0.180 0.127 0.097 0.072 0.039 0.025 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 4 M 0.231 0.147 0.128 0.157 0.148 0.084 0.057 0.026 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 5 T 0.438 0.189 0.120 0.094 0.073 0.038 0.029 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 6 E 0.628 0.183 0.079 0.038 0.025 0.023 0.015 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 E 0.470 0.167 0.107 0.105 0.073 0.042 0.025 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 8 T 0.409 0.167 0.124 0.110 0.094 0.048 0.032 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.423 0.172 0.154 0.097 0.075 0.040 0.023 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 10 K 0.722 0.123 0.065 0.037 0.024 0.013 0.011 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 D 0.629 0.172 0.084 0.044 0.029 0.020 0.014 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 12 L 0.208 0.123 0.121 0.154 0.180 0.115 0.056 0.022 0.011 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 13 P 0.505 0.164 0.140 0.070 0.052 0.030 0.023 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 P 0.565 0.155 0.086 0.071 0.051 0.034 0.024 0.006 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 15 E 0.380 0.158 0.132 0.107 0.093 0.060 0.042 0.012 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.133 0.088 0.096 0.141 0.184 0.149 0.099 0.052 0.030 0.019 0.005 0.003 0.001 0.001 17 L 0.220 0.129 0.110 0.148 0.158 0.103 0.065 0.030 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 18 R 0.374 0.175 0.140 0.107 0.089 0.057 0.026 0.013 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 19 A 0.152 0.109 0.103 0.159 0.189 0.121 0.081 0.041 0.025 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 20 L 0.138 0.111 0.114 0.173 0.201 0.118 0.077 0.034 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 21 A 0.583 0.181 0.090 0.054 0.043 0.026 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 E 0.502 0.200 0.130 0.064 0.047 0.035 0.014 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.430 0.175 0.099 0.104 0.100 0.047 0.033 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 E 0.617 0.195 0.071 0.044 0.032 0.023 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 E 0.663 0.159 0.063 0.041 0.032 0.024 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 R 0.628 0.144 0.088 0.051 0.043 0.024 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.588 0.172 0.097 0.056 0.042 0.026 0.013 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 R 0.553 0.148 0.111 0.074 0.059 0.029 0.018 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 R 0.446 0.162 0.139 0.088 0.076 0.044 0.030 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 30 A 0.579 0.147 0.105 0.066 0.049 0.026 0.018 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 K 0.503 0.179 0.149 0.068 0.046 0.031 0.014 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.217 0.135 0.130 0.144 0.166 0.096 0.067 0.019 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 33 L 0.213 0.142 0.136 0.165 0.156 0.089 0.050 0.022 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 34 D 0.517 0.218 0.090 0.058 0.040 0.043 0.019 0.005 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 35 L 0.099 0.097 0.113 0.183 0.199 0.154 0.072 0.039 0.026 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 36 P 0.202 0.150 0.131 0.143 0.146 0.097 0.064 0.030 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 37 K 0.308 0.193 0.114 0.113 0.084 0.097 0.044 0.021 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 38 E 0.161 0.100 0.089 0.138 0.173 0.135 0.090 0.050 0.029 0.020 0.007 0.005 0.002 0.001 39 I 0.089 0.067 0.084 0.123 0.168 0.145 0.114 0.096 0.052 0.034 0.014 0.009 0.004 0.002 40 G 0.221 0.123 0.121 0.131 0.118 0.101 0.069 0.047 0.030 0.021 0.011 0.005 0.001 0.001 41 G 0.248 0.144 0.120 0.131 0.114 0.087 0.064 0.040 0.022 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 42 R 0.215 0.141 0.138 0.146 0.126 0.083 0.061 0.040 0.021 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 43 N 0.265 0.156 0.146 0.148 0.098 0.074 0.047 0.033 0.016 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 44 G 0.299 0.145 0.109 0.126 0.106 0.074 0.065 0.029 0.021 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 45 P 0.149 0.115 0.119 0.136 0.132 0.117 0.086 0.060 0.039 0.024 0.014 0.005 0.002 0.001 46 E 0.148 0.119 0.127 0.138 0.126 0.111 0.076 0.063 0.039 0.028 0.015 0.007 0.002 0.002 47 P 0.067 0.055 0.062 0.102 0.136 0.127 0.113 0.108 0.086 0.066 0.034 0.027 0.012 0.006 48 V 0.041 0.028 0.038 0.050 0.078 0.098 0.117 0.128 0.129 0.109 0.099 0.052 0.024 0.010 49 R 0.055 0.039 0.057 0.073 0.109 0.100 0.114 0.128 0.098 0.086 0.077 0.036 0.016 0.012 50 F 0.032 0.023 0.026 0.042 0.060 0.079 0.085 0.112 0.140 0.139 0.106 0.088 0.050 0.019 51 G 0.048 0.038 0.042 0.065 0.091 0.110 0.127 0.127 0.112 0.103 0.065 0.042 0.019 0.010 52 D 0.051 0.052 0.070 0.092 0.125 0.120 0.131 0.123 0.088 0.061 0.052 0.020 0.007 0.007 53 W 0.047 0.042 0.049 0.070 0.111 0.125 0.123 0.129 0.106 0.084 0.060 0.029 0.016 0.007 54 E 0.061 0.078 0.082 0.126 0.140 0.136 0.119 0.093 0.071 0.048 0.027 0.011 0.005 0.004 55 K 0.065 0.067 0.081 0.120 0.129 0.132 0.115 0.106 0.073 0.056 0.034 0.015 0.005 0.003 56 K 0.075 0.085 0.099 0.130 0.149 0.128 0.104 0.086 0.064 0.039 0.024 0.010 0.004 0.004 57 G 0.027 0.025 0.035 0.052 0.077 0.110 0.113 0.122 0.143 0.121 0.078 0.056 0.030 0.011 58 I 0.020 0.021 0.029 0.056 0.096 0.109 0.157 0.175 0.114 0.103 0.057 0.037 0.016 0.011 59 A 0.009 0.006 0.009 0.012 0.023 0.040 0.064 0.088 0.157 0.156 0.189 0.140 0.076 0.031 60 I 0.019 0.016 0.020 0.028 0.044 0.069 0.097 0.125 0.143 0.147 0.133 0.091 0.047 0.023 61 D 0.028 0.029 0.038 0.054 0.081 0.086 0.120 0.123 0.115 0.101 0.112 0.061 0.026 0.026 62 F 0.023 0.019 0.022 0.037 0.059 0.092 0.098 0.126 0.157 0.142 0.100 0.068 0.043 0.015