# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.21971 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.011 0.026 0.424 0.008 0.037 0.060 0.003 0.002 0.033 0.139 0.123 0.085 0.048 2 F 0.006 0.026 0.561 0.004 0.018 0.029 0.002 0.001 0.018 0.157 0.083 0.017 0.077 3 E 0.004 0.016 0.540 0.008 0.024 0.032 0.001 0.001 0.008 0.199 0.081 0.056 0.030 4 P 0.004 0.010 0.353 0.007 0.090 0.076 0.001 0.001 0.010 0.140 0.237 0.010 0.060 5 G 0.011 0.008 0.250 0.027 0.069 0.085 0.005 0.002 0.013 0.186 0.283 0.040 0.022 6 H 0.036 0.016 0.238 0.016 0.080 0.132 0.010 0.006 0.040 0.128 0.111 0.063 0.122 7 L 0.125 0.030 0.194 0.024 0.036 0.095 0.030 0.009 0.042 0.051 0.039 0.101 0.224 8 H 0.135 0.018 0.140 0.034 0.027 0.065 0.020 0.008 0.040 0.029 0.025 0.337 0.122 9 L 0.107 0.007 0.107 0.011 0.053 0.110 0.015 0.005 0.038 0.020 0.041 0.044 0.442 10 V 0.098 0.016 0.121 0.031 0.041 0.084 0.014 0.007 0.040 0.048 0.068 0.361 0.070 11 S 0.047 0.030 0.299 0.009 0.036 0.046 0.007 0.002 0.028 0.092 0.110 0.035 0.259 12 L 0.004 0.011 0.678 0.002 0.011 0.011 0.001 0.001 0.006 0.147 0.042 0.062 0.025 13 P 0.001 0.010 0.369 0.003 0.031 0.015 0.001 0.001 0.003 0.104 0.446 0.003 0.014 14 G 0.001 0.011 0.269 0.002 0.041 0.013 0.001 0.001 0.002 0.243 0.409 0.005 0.005 15 L 0.001 0.017 0.426 0.001 0.057 0.014 0.001 0.001 0.002 0.338 0.117 0.015 0.012 16 D 0.001 0.027 0.459 0.003 0.048 0.018 0.001 0.001 0.004 0.213 0.198 0.008 0.021 17 Q 0.003 0.023 0.396 0.008 0.063 0.019 0.001 0.001 0.005 0.258 0.173 0.024 0.027 18 Q 0.005 0.010 0.365 0.022 0.053 0.021 0.001 0.001 0.008 0.217 0.231 0.032 0.033 19 D 0.023 0.022 0.420 0.017 0.054 0.019 0.004 0.001 0.023 0.162 0.124 0.033 0.098 20 I 0.059 0.016 0.381 0.030 0.021 0.013 0.012 0.004 0.047 0.135 0.046 0.152 0.084 21 N 0.197 0.011 0.169 0.027 0.008 0.006 0.035 0.008 0.056 0.051 0.025 0.085 0.322 22 I 0.339 0.006 0.098 0.042 0.003 0.003 0.053 0.012 0.043 0.023 0.007 0.212 0.159 23 H 0.315 0.002 0.104 0.030 0.001 0.002 0.048 0.009 0.074 0.015 0.004 0.149 0.245 24 I 0.392 0.001 0.056 0.021 0.002 0.003 0.068 0.014 0.080 0.010 0.005 0.102 0.246 25 R 0.368 0.001 0.027 0.035 0.001 0.004 0.064 0.027 0.131 0.009 0.005 0.215 0.112 26 Y 0.415 0.002 0.018 0.015 0.002 0.004 0.103 0.027 0.074 0.005 0.002 0.082 0.251 27 E 0.306 0.002 0.032 0.020 0.002 0.006 0.057 0.024 0.057 0.006 0.003 0.404 0.081 28 V 0.238 0.003 0.036 0.013 0.008 0.013 0.039 0.011 0.064 0.006 0.014 0.050 0.504 29 R 0.167 0.007 0.074 0.026 0.008 0.018 0.017 0.005 0.046 0.023 0.041 0.490 0.077 30 Q 0.089 0.035 0.166 0.011 0.017 0.019 0.005 0.001 0.017 0.080 0.063 0.049 0.445 31 N 0.007 0.014 0.513 0.003 0.011 0.009 0.001 0.001 0.005 0.165 0.028 0.205 0.040 32 A 0.002 0.008 0.117 0.004 0.152 0.064 0.001 0.001 0.003 0.058 0.532 0.004 0.057 33 E 0.002 0.005 0.043 0.009 0.117 0.045 0.001 0.001 0.001 0.065 0.689 0.015 0.007 34 S 0.005 0.008 0.070 0.011 0.079 0.019 0.001 0.001 0.002 0.213 0.554 0.018 0.020 35 G 0.008 0.007 0.245 0.020 0.008 0.007 0.001 0.001 0.006 0.187 0.453 0.016 0.042 36 A 0.087 0.028 0.359 0.038 0.006 0.008 0.007 0.001 0.021 0.096 0.050 0.163 0.134 37 Y 0.340 0.009 0.030 0.016 0.004 0.001 0.016 0.003 0.019 0.016 0.004 0.051 0.492 38 V 0.592 0.002 0.009 0.043 0.001 0.001 0.028 0.005 0.011 0.004 0.001 0.252 0.051 39 H 0.697 0.001 0.004 0.014 0.001 0.001 0.036 0.008 0.006 0.001 0.001 0.062 0.171 40 F 0.660 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 0.046 0.009 0.008 0.001 0.001 0.150 0.110 41 D 0.589 0.001 0.009 0.028 0.001 0.001 0.014 0.002 0.008 0.002 0.001 0.072 0.274 42 M 0.419 0.001 0.027 0.032 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.012 0.008 0.297 0.184 43 D 0.288 0.004 0.093 0.069 0.005 0.002 0.023 0.002 0.028 0.056 0.074 0.126 0.231 44 G 0.243 0.011 0.043 0.020 0.009 0.002 0.029 0.004 0.019 0.050 0.033 0.333 0.204 45 E 0.256 0.033 0.069 0.021 0.017 0.003 0.015 0.004 0.019 0.021 0.026 0.195 0.321 46 I 0.102 0.017 0.179 0.026 0.014 0.003 0.010 0.001 0.013 0.030 0.014 0.250 0.339 47 D 0.014 0.005 0.123 0.046 0.019 0.004 0.006 0.001 0.024 0.094 0.462 0.141 0.063 48 G 0.004 0.009 0.111 0.017 0.007 0.001 0.001 0.001 0.007 0.230 0.539 0.010 0.064 49 K 0.001 0.009 0.582 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.126 0.001 0.271 0.006 50 P 0.001 0.065 0.483 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.012 0.033 0.013 0.004 0.376 51 F 0.002 0.059 0.402 0.026 0.060 0.011 0.001 0.001 0.016 0.157 0.053 0.180 0.031 52 S 0.002 0.015 0.446 0.035 0.215 0.014 0.002 0.001 0.015 0.095 0.030 0.025 0.105 53 D 0.002 0.008 0.191 0.011 0.427 0.051 0.002 0.001 0.020 0.087 0.112 0.056 0.032 54 S 0.008 0.021 0.187 0.015 0.308 0.069 0.004 0.002 0.032 0.063 0.115 0.028 0.149 55 F 0.020 0.021 0.345 0.009 0.051 0.034 0.009 0.002 0.035 0.101 0.042 0.293 0.040 56 E 0.015 0.086 0.403 0.005 0.025 0.035 0.011 0.003 0.041 0.117 0.051 0.019 0.189 57 L 0.002 0.028 0.591 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.007 0.143 0.008 0.187 0.015 58 P 0.001 0.010 0.785 0.001 0.025 0.057 0.001 0.001 0.008 0.035 0.025 0.003 0.048 59 R 0.001 0.002 0.090 0.004 0.223 0.588 0.001 0.001 0.002 0.040 0.042 0.004 0.004 60 D 0.001 0.001 0.015 0.001 0.458 0.483 0.001 0.001 0.001 0.013 0.026 0.001 0.002 61 T 0.001 0.001 0.016 0.001 0.192 0.738 0.001 0.001 0.003 0.009 0.037 0.001 0.001 62 A 0.001 0.002 0.016 0.001 0.025 0.910 0.001 0.002 0.007 0.006 0.031 0.001 0.001 63 F 0.001 0.002 0.020 0.001 0.026 0.904 0.001 0.001 0.002 0.013 0.025 0.002 0.001 64 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.020 0.894 0.001 0.001 0.001 0.009 0.063 0.001 0.001 65 F 0.001 0.001 0.018 0.001 0.020 0.851 0.001 0.001 0.001 0.009 0.100 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.029 0.001 0.019 0.893 0.001 0.001 0.001 0.010 0.047 0.001 0.001 67 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.027 0.886 0.001 0.001 0.001 0.020 0.045 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.018 0.001 0.014 0.922 0.001 0.001 0.001 0.014 0.030 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 70 T 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.015 0.001 0.024 0.857 0.001 0.001 0.001 0.008 0.091 0.001 0.001 76 H 0.001 0.001 0.064 0.002 0.024 0.284 0.001 0.001 0.002 0.073 0.545 0.002 0.001 77 G 0.001 0.004 0.209 0.001 0.006 0.031 0.001 0.001 0.003 0.126 0.616 0.003 0.002 78 L 0.001 0.024 0.751 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 0.004 0.165 0.031 0.003 0.008 79 H 0.001 0.015 0.839 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.005 0.106 0.009 0.009 0.005 80 P 0.001 0.009 0.297 0.003 0.248 0.100 0.001 0.001 0.011 0.079 0.234 0.002 0.015 81 K 0.001 0.005 0.150 0.005 0.254 0.107 0.001 0.001 0.009 0.105 0.357 0.005 0.002 82 F 0.001 0.010 0.277 0.002 0.198 0.155 0.001 0.002 0.025 0.207 0.106 0.004 0.012 83 G 0.001 0.024 0.374 0.006 0.047 0.186 0.001 0.002 0.025 0.175 0.125 0.019 0.014 84 A 0.004 0.037 0.281 0.003 0.078 0.334 0.003 0.003 0.028 0.065 0.110 0.017 0.038 85 I 0.004 0.016 0.219 0.005 0.071 0.444 0.003 0.004 0.037 0.055 0.101 0.014 0.027 86 T 0.005 0.014 0.149 0.012 0.090 0.514 0.002 0.004 0.025 0.066 0.072 0.026 0.022 87 R 0.004 0.009 0.100 0.003 0.083 0.610 0.002 0.002 0.010 0.037 0.096 0.019 0.024 88 V 0.004 0.012 0.116 0.003 0.057 0.586 0.002 0.002 0.009 0.038 0.139 0.008 0.024 89 H 0.003 0.006 0.204 0.006 0.040 0.564 0.001 0.001 0.006 0.075 0.071 0.014 0.011 90 K 0.001 0.002 0.052 0.001 0.065 0.745 0.001 0.001 0.002 0.042 0.078 0.004 0.007 91 E 0.001 0.003 0.039 0.001 0.055 0.803 0.001 0.001 0.002 0.019 0.070 0.002 0.004 92 Y 0.001 0.001 0.022 0.001 0.021 0.912 0.001 0.001 0.003 0.016 0.019 0.002 0.002 93 D 0.001 0.001 0.017 0.001 0.025 0.919 0.001 0.001 0.002 0.008 0.019 0.002 0.004 94 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.031 0.912 0.001 0.001 0.001 0.004 0.038 0.001 0.002 95 M 0.001 0.002 0.037 0.001 0.036 0.815 0.001 0.001 0.003 0.011 0.090 0.001 0.003 96 F 0.001 0.001 0.023 0.001 0.014 0.931 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.014 0.960 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 99 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.008 0.001 0.033 0.935 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.047 0.919 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.001 0.001 102 K 0.001 0.001 0.022 0.001 0.068 0.846 0.001 0.001 0.003 0.008 0.041 0.005 0.004 103 L 0.004 0.004 0.082 0.003 0.046 0.625 0.001 0.001 0.020 0.031 0.164 0.009 0.011 104 H 0.007 0.013 0.296 0.002 0.016 0.096 0.004 0.003 0.029 0.146 0.316 0.039 0.034 105 A 0.002 0.046 0.652 0.001 0.012 0.026 0.001 0.002 0.021 0.134 0.070 0.008 0.026 106 H 0.001 0.006 0.871 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.081 0.016 0.008 0.004 107 P 0.001 0.004 0.150 0.004 0.109 0.011 0.001 0.001 0.009 0.087 0.617 0.002 0.007 108 G 0.001 0.003 0.116 0.005 0.055 0.003 0.001 0.001 0.002 0.171 0.643 0.001 0.001 109 E 0.001 0.006 0.502 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.012 0.403 0.015 0.028 0.005 110 P 0.001 0.056 0.625 0.001 0.021 0.004 0.001 0.001 0.049 0.089 0.027 0.005 0.120 111 V 0.001 0.217 0.456 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.007 0.168 0.004 0.127 0.013 112 D 0.001 0.004 0.936 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.007 0.024 113 L 0.001 0.003 0.062 0.005 0.387 0.442 0.001 0.001 0.002 0.008 0.056 0.003 0.031 114 E 0.001 0.001 0.010 0.011 0.525 0.369 0.001 0.001 0.002 0.006 0.063 0.007 0.004 115 R 0.007 0.003 0.029 0.002 0.414 0.420 0.001 0.001 0.008 0.014 0.031 0.029 0.041 116 I 0.013 0.010 0.087 0.003 0.065 0.605 0.002 0.003 0.035 0.011 0.059 0.029 0.079 117 I 0.079 0.052 0.109 0.017 0.041 0.358 0.008 0.003 0.017 0.029 0.097 0.095 0.095 118 R 0.032 0.014 0.205 0.006 0.033 0.273 0.003 0.001 0.008 0.075 0.228 0.054 0.067 119 H 0.006 0.012 0.297 0.004 0.014 0.075 0.001 0.001 0.003 0.178 0.349 0.022 0.038 120 E 0.001 0.005 0.667 0.002 0.007 0.020 0.001 0.001 0.002 0.151 0.131 0.010 0.005