# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.21971 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.038 0.069 0.146 0.307 0.034 0.063 0.075 0.029 0.012 0.006 0.044 0.017 0.089 0.021 0.022 0.028 2 F 0.039 0.125 0.232 0.354 0.013 0.024 0.022 0.021 0.025 0.007 0.015 0.012 0.039 0.001 0.021 0.052 3 E 0.020 0.007 0.065 0.124 0.474 0.055 0.142 0.007 0.006 0.021 0.012 0.007 0.012 0.043 0.001 0.005 4 P 0.032 0.074 0.077 0.271 0.018 0.035 0.008 0.376 0.005 0.002 0.024 0.005 0.009 0.002 0.060 0.002 5 G 0.005 0.050 0.022 0.348 0.005 0.044 0.003 0.012 0.296 0.120 0.018 0.019 0.012 0.001 0.002 0.043 6 H 0.492 0.032 0.063 0.347 0.002 0.013 0.002 0.002 0.008 0.003 0.006 0.013 0.007 0.001 0.001 0.010 7 L 0.016 0.021 0.441 0.446 0.006 0.031 0.002 0.005 0.002 0.002 0.010 0.006 0.008 0.001 0.002 0.001 8 H 0.004 0.051 0.069 0.676 0.006 0.161 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 0.009 0.011 0.001 0.001 0.004 9 L 0.010 0.026 0.034 0.476 0.071 0.191 0.007 0.006 0.003 0.003 0.130 0.006 0.030 0.003 0.001 0.002 10 V 0.005 0.254 0.032 0.465 0.009 0.034 0.003 0.053 0.004 0.001 0.033 0.078 0.018 0.001 0.009 0.002 11 S 0.012 0.089 0.055 0.454 0.030 0.065 0.021 0.010 0.093 0.012 0.015 0.022 0.047 0.002 0.003 0.070 12 L 0.031 0.008 0.104 0.098 0.296 0.028 0.327 0.007 0.002 0.003 0.023 0.004 0.019 0.045 0.002 0.003 13 P 0.006 0.054 0.062 0.088 0.005 0.032 0.004 0.593 0.004 0.002 0.011 0.008 0.008 0.001 0.118 0.003 14 G 0.007 0.019 0.009 0.067 0.025 0.071 0.008 0.005 0.491 0.130 0.026 0.018 0.013 0.004 0.002 0.106 15 L 0.615 0.025 0.037 0.071 0.014 0.020 0.012 0.018 0.004 0.002 0.090 0.053 0.022 0.008 0.006 0.004 16 D 0.011 0.205 0.124 0.058 0.007 0.231 0.010 0.102 0.020 0.010 0.031 0.103 0.033 0.004 0.037 0.014 17 Q 0.047 0.078 0.099 0.167 0.026 0.078 0.022 0.012 0.088 0.019 0.149 0.036 0.061 0.008 0.016 0.093 18 Q 0.213 0.095 0.172 0.198 0.003 0.033 0.011 0.022 0.010 0.004 0.036 0.129 0.035 0.002 0.012 0.023 19 D 0.032 0.161 0.398 0.258 0.007 0.026 0.031 0.002 0.019 0.002 0.005 0.006 0.010 0.002 0.003 0.037 20 I 0.056 0.029 0.248 0.587 0.001 0.042 0.004 0.007 0.002 0.001 0.006 0.003 0.007 0.001 0.003 0.004 21 N 0.008 0.128 0.253 0.576 0.003 0.014 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 22 I 0.014 0.003 0.024 0.943 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 H 0.001 0.047 0.083 0.856 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.002 0.002 0.004 0.951 0.006 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.001 0.104 0.022 0.854 0.002 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Y 0.003 0.002 0.003 0.930 0.004 0.045 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.002 0.062 0.038 0.793 0.016 0.054 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 28 V 0.002 0.011 0.004 0.631 0.042 0.244 0.002 0.007 0.003 0.002 0.028 0.011 0.012 0.001 0.001 0.001 29 R 0.004 0.217 0.039 0.392 0.010 0.126 0.002 0.028 0.005 0.002 0.066 0.056 0.043 0.001 0.002 0.007 30 Q 0.009 0.200 0.047 0.541 0.002 0.023 0.003 0.007 0.017 0.008 0.027 0.032 0.043 0.001 0.003 0.037 31 N 0.013 0.013 0.094 0.072 0.004 0.598 0.010 0.002 0.004 0.002 0.010 0.027 0.137 0.002 0.003 0.008 32 A 0.004 0.041 0.022 0.011 0.011 0.074 0.005 0.003 0.001 0.001 0.684 0.009 0.121 0.003 0.003 0.007 33 E 0.003 0.086 0.006 0.014 0.055 0.007 0.042 0.009 0.001 0.001 0.064 0.271 0.018 0.416 0.006 0.002 34 S 0.003 0.017 0.054 0.013 0.001 0.002 0.006 0.038 0.005 0.001 0.002 0.007 0.026 0.001 0.812 0.014 35 G 0.011 0.008 0.123 0.028 0.001 0.011 0.011 0.001 0.066 0.026 0.004 0.002 0.051 0.001 0.003 0.653 36 A 0.850 0.020 0.057 0.053 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 37 Y 0.006 0.048 0.543 0.339 0.004 0.038 0.002 0.001 0.003 0.001 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 38 V 0.004 0.065 0.072 0.835 0.001 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 39 H 0.002 0.010 0.057 0.914 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 F 0.006 0.006 0.041 0.889 0.027 0.021 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.001 0.043 0.013 0.880 0.036 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 M 0.002 0.011 0.005 0.550 0.246 0.123 0.008 0.032 0.002 0.005 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 43 D 0.005 0.186 0.023 0.654 0.006 0.012 0.002 0.069 0.022 0.004 0.006 0.004 0.001 0.001 0.003 0.002 44 G 0.015 0.005 0.012 0.678 0.033 0.036 0.002 0.008 0.063 0.106 0.023 0.011 0.004 0.001 0.001 0.004 45 E 0.059 0.048 0.061 0.246 0.452 0.038 0.007 0.020 0.008 0.004 0.011 0.033 0.005 0.004 0.001 0.003 46 I 0.001 0.002 0.004 0.026 0.787 0.012 0.094 0.022 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 47 D 0.001 0.008 0.002 0.009 0.001 0.019 0.001 0.864 0.005 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.080 0.001 48 G 0.003 0.007 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.754 0.087 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 49 K 0.916 0.002 0.043 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 50 P 0.003 0.014 0.637 0.033 0.003 0.297 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 51 F 0.009 0.132 0.022 0.458 0.015 0.120 0.001 0.011 0.003 0.002 0.205 0.008 0.011 0.001 0.001 0.002 52 S 0.009 0.152 0.014 0.358 0.008 0.096 0.003 0.008 0.009 0.002 0.016 0.307 0.012 0.002 0.001 0.002 53 D 0.023 0.109 0.100 0.371 0.019 0.083 0.026 0.024 0.010 0.003 0.112 0.029 0.060 0.005 0.010 0.015 54 S 0.021 0.160 0.235 0.455 0.003 0.013 0.010 0.008 0.017 0.002 0.007 0.017 0.011 0.002 0.008 0.032 55 F 0.052 0.009 0.295 0.527 0.003 0.047 0.006 0.004 0.006 0.004 0.006 0.007 0.016 0.001 0.006 0.010 56 E 0.020 0.059 0.261 0.612 0.006 0.014 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.012 57 L 0.009 0.012 0.047 0.822 0.022 0.069 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 58 P 0.001 0.020 0.011 0.045 0.026 0.865 0.002 0.011 0.001 0.001 0.009 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 59 R 0.001 0.033 0.001 0.022 0.003 0.047 0.001 0.020 0.002 0.002 0.845 0.013 0.008 0.001 0.002 0.001 60 D 0.003 0.038 0.003 0.012 0.001 0.014 0.001 0.002 0.012 0.004 0.038 0.848 0.021 0.001 0.001 0.003 61 T 0.035 0.033 0.089 0.044 0.001 0.024 0.007 0.005 0.004 0.002 0.103 0.117 0.492 0.001 0.019 0.024 62 A 0.007 0.018 0.155 0.038 0.004 0.033 0.012 0.001 0.002 0.002 0.029 0.087 0.576 0.004 0.003 0.027 63 F 0.012 0.012 0.056 0.046 0.003 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 0.023 0.038 0.766 0.002 0.004 0.005 64 N 0.002 0.016 0.026 0.056 0.002 0.043 0.004 0.003 0.001 0.001 0.025 0.041 0.764 0.002 0.002 0.012 65 F 0.003 0.011 0.008 0.025 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.035 0.829 0.002 0.002 0.014 66 A 0.002 0.005 0.013 0.007 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.031 0.048 0.863 0.004 0.002 0.006 67 S 0.001 0.005 0.006 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.050 0.898 0.001 0.003 0.003 68 D 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.034 0.912 0.001 0.001 0.009 69 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.044 0.902 0.001 0.001 0.002 70 T 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.936 0.001 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.986 0.001 0.001 0.002 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.001 0.001 74 Q 0.001 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.935 0.016 0.015 0.009 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.933 0.002 0.005 76 H 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.943 0.005 77 G 0.005 0.008 0.018 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.030 0.016 0.002 0.002 0.019 0.004 0.002 0.884 78 L 0.909 0.006 0.038 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.002 0.003 79 H 0.002 0.007 0.209 0.020 0.006 0.706 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.025 0.002 0.001 0.002 80 P 0.005 0.061 0.010 0.053 0.011 0.055 0.002 0.011 0.001 0.001 0.757 0.006 0.026 0.001 0.002 0.001 81 K 0.002 0.075 0.006 0.046 0.019 0.036 0.013 0.010 0.008 0.005 0.038 0.704 0.016 0.017 0.003 0.003 82 F 0.033 0.045 0.193 0.108 0.003 0.014 0.026 0.038 0.018 0.003 0.055 0.044 0.217 0.002 0.164 0.038 83 G 0.025 0.021 0.194 0.102 0.003 0.069 0.012 0.004 0.030 0.027 0.024 0.063 0.285 0.002 0.004 0.136 84 A 0.175 0.047 0.112 0.120 0.005 0.096 0.005 0.005 0.003 0.002 0.091 0.045 0.276 0.003 0.003 0.013 85 I 0.007 0.062 0.118 0.189 0.009 0.090 0.009 0.004 0.003 0.002 0.079 0.137 0.275 0.006 0.004 0.007 86 T 0.008 0.079 0.085 0.251 0.005 0.037 0.008 0.007 0.003 0.001 0.020 0.057 0.416 0.002 0.005 0.019 87 R 0.008 0.017 0.067 0.158 0.011 0.105 0.022 0.004 0.003 0.003 0.036 0.025 0.503 0.006 0.003 0.029 88 V 0.016 0.065 0.081 0.080 0.007 0.080 0.014 0.020 0.003 0.002 0.092 0.070 0.423 0.012 0.014 0.021 89 H 0.006 0.025 0.026 0.041 0.005 0.141 0.011 0.006 0.010 0.005 0.067 0.114 0.506 0.007 0.014 0.016 90 K 0.013 0.023 0.023 0.020 0.001 0.020 0.002 0.004 0.001 0.001 0.171 0.092 0.603 0.002 0.006 0.018 91 E 0.009 0.050 0.026 0.021 0.001 0.034 0.005 0.002 0.003 0.001 0.033 0.223 0.557 0.007 0.004 0.025 92 Y 0.004 0.004 0.034 0.013 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 0.021 0.868 0.002 0.004 0.006 93 D 0.001 0.009 0.017 0.008 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.029 0.900 0.001 0.001 0.006 94 A 0.002 0.007 0.006 0.015 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.036 0.024 0.877 0.002 0.001 0.010 95 M 0.001 0.004 0.013 0.005 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.021 0.083 0.845 0.003 0.003 0.004 96 F 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.020 0.943 0.002 0.001 0.002 97 E 0.001 0.005 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.026 0.940 0.001 0.002 0.004 98 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.962 0.001 0.001 0.008 99 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.969 0.001 0.001 0.002 100 R 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.065 0.895 0.019 0.001 0.002 101 A 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.969 0.001 0.007 0.009 102 K 0.003 0.013 0.022 0.009 0.003 0.005 0.049 0.001 0.003 0.001 0.003 0.012 0.470 0.241 0.006 0.161 103 L 0.051 0.006 0.147 0.024 0.001 0.007 0.022 0.009 0.001 0.001 0.008 0.005 0.391 0.008 0.311 0.010 104 H 0.009 0.045 0.190 0.084 0.008 0.025 0.031 0.004 0.012 0.012 0.010 0.011 0.216 0.044 0.015 0.284 105 A 0.329 0.047 0.088 0.257 0.033 0.015 0.031 0.013 0.008 0.002 0.016 0.009 0.078 0.009 0.018 0.048 106 H 0.002 0.003 0.065 0.014 0.422 0.017 0.343 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.117 0.001 0.002 107 P 0.005 0.026 0.008 0.037 0.004 0.023 0.005 0.762 0.002 0.001 0.009 0.001 0.004 0.001 0.110 0.001 108 G 0.002 0.025 0.004 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.793 0.056 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.078 109 E 0.907 0.001 0.018 0.063 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 110 P 0.010 0.021 0.823 0.086 0.003 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 111 V 0.002 0.041 0.027 0.922 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.001 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.003 0.006 0.135 0.035 0.001 0.010 0.014 0.001 0.006 0.001 0.007 0.011 0.673 0.001 0.016 0.083 116 I 0.020 0.010 0.177 0.033 0.004 0.015 0.021 0.002 0.001 0.001 0.018 0.008 0.637 0.010 0.004 0.041 117 I 0.031 0.067 0.085 0.109 0.025 0.062 0.040 0.014 0.003 0.001 0.025 0.039 0.440 0.029 0.015 0.015 118 R 0.004 0.028 0.049 0.051 0.176 0.074 0.111 0.024 0.005 0.007 0.032 0.020 0.158 0.214 0.023 0.025 119 H 0.017 0.040 0.032 0.049 0.044 0.032 0.055 0.167 0.019 0.010 0.071 0.035 0.094 0.057 0.246 0.032 120 E 0.044 0.044 0.047 0.040 0.013 0.031 0.053 0.036 0.111 0.067 0.063 0.053 0.113 0.027 0.075 0.181