# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.21971 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.006 0.005 0.002 0.056 0.062 0.111 0.154 0.001 0.001 0.048 0.555 2 F 0.021 0.014 0.002 0.049 0.051 0.075 0.121 0.002 0.001 0.059 0.605 3 E 0.262 0.057 0.002 0.061 0.075 0.072 0.086 0.008 0.001 0.065 0.311 4 P 0.021 0.038 0.002 0.039 0.025 0.048 0.120 0.003 0.001 0.056 0.646 5 G 0.019 0.048 0.002 0.084 0.114 0.242 0.085 0.003 0.001 0.042 0.361 6 H 0.052 0.058 0.002 0.140 0.098 0.212 0.069 0.004 0.001 0.073 0.289 7 L 0.010 0.010 0.003 0.086 0.212 0.205 0.073 0.002 0.001 0.068 0.331 8 H 0.036 0.017 0.002 0.123 0.183 0.328 0.041 0.004 0.001 0.046 0.218 9 L 0.158 0.006 0.002 0.064 0.082 0.093 0.079 0.003 0.001 0.070 0.441 10 V 0.003 0.001 0.002 0.043 0.147 0.180 0.127 0.001 0.001 0.025 0.471 11 S 0.065 0.009 0.001 0.025 0.026 0.057 0.080 0.003 0.001 0.021 0.714 12 L 0.478 0.005 0.002 0.015 0.020 0.013 0.074 0.005 0.001 0.048 0.339 13 P 0.014 0.006 0.001 0.008 0.009 0.012 0.135 0.001 0.001 0.015 0.798 14 G 0.130 0.013 0.002 0.015 0.012 0.022 0.069 0.002 0.001 0.029 0.705 15 L 0.082 0.008 0.002 0.014 0.020 0.024 0.144 0.003 0.001 0.042 0.660 16 D 0.106 0.022 0.002 0.015 0.017 0.032 0.111 0.004 0.001 0.041 0.649 17 Q 0.140 0.010 0.003 0.011 0.022 0.037 0.092 0.003 0.001 0.076 0.606 18 Q 0.022 0.013 0.001 0.061 0.064 0.111 0.148 0.001 0.001 0.041 0.536 19 D 0.016 0.012 0.002 0.039 0.056 0.154 0.095 0.002 0.001 0.058 0.567 20 I 0.004 0.006 0.001 0.092 0.254 0.276 0.086 0.001 0.001 0.026 0.256 21 N 0.012 0.031 0.002 0.157 0.121 0.274 0.050 0.001 0.001 0.064 0.288 22 I 0.005 0.013 0.001 0.100 0.296 0.298 0.065 0.001 0.001 0.029 0.192 23 H 0.020 0.045 0.002 0.198 0.154 0.316 0.042 0.003 0.001 0.063 0.156 24 I 0.013 0.032 0.001 0.129 0.220 0.310 0.060 0.002 0.001 0.038 0.195 25 R 0.010 0.029 0.002 0.161 0.139 0.339 0.050 0.002 0.001 0.089 0.178 26 Y 0.013 0.026 0.003 0.172 0.224 0.258 0.050 0.002 0.001 0.057 0.194 27 E 0.029 0.029 0.004 0.147 0.190 0.290 0.044 0.007 0.001 0.095 0.164 28 V 0.060 0.022 0.003 0.065 0.156 0.166 0.073 0.005 0.001 0.086 0.365 29 R 0.025 0.017 0.002 0.039 0.125 0.165 0.088 0.002 0.001 0.058 0.478 30 Q 0.021 0.014 0.007 0.026 0.057 0.076 0.102 0.003 0.001 0.098 0.597 31 N 0.213 0.018 0.021 0.019 0.034 0.034 0.094 0.013 0.007 0.179 0.369 32 A 0.356 0.019 0.004 0.005 0.015 0.015 0.080 0.006 0.001 0.033 0.465 33 E 0.086 0.012 0.002 0.006 0.011 0.020 0.079 0.003 0.001 0.030 0.750 34 S 0.019 0.012 0.003 0.016 0.014 0.046 0.117 0.001 0.001 0.037 0.735 35 G 0.014 0.012 0.002 0.037 0.051 0.087 0.108 0.002 0.001 0.082 0.605 36 A 0.007 0.006 0.001 0.083 0.331 0.315 0.048 0.001 0.001 0.037 0.171 37 Y 0.003 0.004 0.001 0.102 0.196 0.418 0.039 0.001 0.001 0.045 0.192 38 V 0.002 0.002 0.001 0.131 0.332 0.392 0.021 0.001 0.001 0.016 0.104 39 H 0.003 0.002 0.001 0.173 0.273 0.469 0.012 0.001 0.001 0.014 0.055 40 F 0.002 0.001 0.001 0.063 0.393 0.351 0.029 0.001 0.001 0.023 0.137 41 D 0.006 0.001 0.001 0.029 0.424 0.425 0.021 0.001 0.001 0.015 0.079 42 M 0.066 0.005 0.001 0.061 0.140 0.277 0.067 0.002 0.001 0.020 0.361 43 D 0.016 0.001 0.001 0.019 0.152 0.209 0.078 0.001 0.001 0.025 0.497 44 G 0.004 0.001 0.003 0.026 0.201 0.362 0.051 0.001 0.001 0.019 0.333 45 E 0.052 0.001 0.001 0.016 0.285 0.187 0.027 0.001 0.001 0.029 0.401 46 I 0.579 0.001 0.001 0.013 0.073 0.037 0.035 0.002 0.001 0.040 0.221 47 D 0.002 0.001 0.001 0.009 0.045 0.050 0.071 0.001 0.001 0.005 0.817 48 G 0.009 0.001 0.001 0.004 0.024 0.026 0.031 0.001 0.001 0.007 0.899 49 K 0.004 0.001 0.001 0.007 0.409 0.131 0.070 0.001 0.001 0.011 0.368 50 P 0.016 0.001 0.001 0.011 0.060 0.073 0.075 0.001 0.001 0.042 0.719 51 F 0.019 0.001 0.001 0.015 0.180 0.141 0.095 0.001 0.001 0.036 0.512 52 S 0.243 0.009 0.001 0.011 0.015 0.027 0.054 0.002 0.001 0.020 0.618 53 D 0.095 0.006 0.001 0.016 0.070 0.083 0.077 0.002 0.001 0.022 0.628 54 S 0.013 0.002 0.001 0.021 0.023 0.047 0.117 0.001 0.001 0.033 0.744 55 F 0.003 0.002 0.001 0.078 0.120 0.213 0.139 0.001 0.001 0.017 0.427 56 E 0.009 0.007 0.001 0.048 0.042 0.066 0.092 0.001 0.001 0.028 0.707 57 L 0.038 0.008 0.002 0.033 0.080 0.052 0.130 0.002 0.001 0.151 0.503 58 P 0.164 0.143 0.002 0.030 0.016 0.016 0.089 0.007 0.001 0.074 0.457 59 R 0.115 0.356 0.001 0.020 0.008 0.014 0.067 0.012 0.001 0.040 0.365 60 D 0.065 0.260 0.005 0.022 0.005 0.016 0.085 0.008 0.001 0.145 0.387 61 T 0.028 0.571 0.003 0.031 0.013 0.026 0.046 0.004 0.001 0.065 0.211 62 A 0.024 0.692 0.002 0.010 0.008 0.020 0.026 0.009 0.001 0.047 0.162 63 F 0.075 0.269 0.007 0.016 0.019 0.026 0.056 0.007 0.002 0.379 0.143 64 N 0.025 0.406 0.010 0.026 0.017 0.030 0.049 0.004 0.003 0.202 0.228 65 F 0.081 0.649 0.004 0.006 0.005 0.009 0.030 0.018 0.001 0.054 0.142 66 A 0.107 0.170 0.018 0.011 0.008 0.008 0.055 0.013 0.006 0.493 0.112 67 S 0.028 0.483 0.011 0.010 0.006 0.010 0.055 0.005 0.003 0.094 0.297 68 D 0.022 0.796 0.001 0.005 0.002 0.004 0.018 0.006 0.001 0.028 0.118 69 A 0.010 0.899 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 0.001 0.012 0.052 70 T 0.008 0.863 0.002 0.001 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.053 0.051 71 R 0.017 0.907 0.003 0.002 0.001 0.004 0.005 0.004 0.001 0.017 0.041 72 V 0.145 0.482 0.028 0.013 0.009 0.013 0.041 0.024 0.013 0.150 0.082 73 A 0.204 0.054 0.189 0.015 0.014 0.029 0.037 0.047 0.118 0.108 0.184 74 Q 0.603 0.016 0.006 0.013 0.007 0.012 0.034 0.006 0.004 0.028 0.273 75 K 0.061 0.005 0.003 0.006 0.004 0.006 0.059 0.004 0.001 0.014 0.838 76 H 0.013 0.003 0.001 0.008 0.011 0.013 0.156 0.001 0.001 0.019 0.774 77 G 0.005 0.004 0.001 0.009 0.008 0.013 0.110 0.001 0.001 0.012 0.837 78 L 0.014 0.006 0.001 0.012 0.018 0.015 0.134 0.001 0.001 0.017 0.782 79 H 0.305 0.027 0.004 0.028 0.010 0.014 0.079 0.012 0.002 0.080 0.440 80 P 0.129 0.027 0.001 0.020 0.004 0.008 0.108 0.003 0.001 0.037 0.663 81 K 0.048 0.056 0.001 0.043 0.003 0.012 0.085 0.003 0.001 0.024 0.724 82 F 0.022 0.024 0.002 0.038 0.009 0.019 0.125 0.001 0.001 0.122 0.638 83 G 0.017 0.075 0.003 0.141 0.041 0.061 0.119 0.003 0.001 0.124 0.416 84 A 0.056 0.243 0.003 0.059 0.033 0.053 0.070 0.010 0.001 0.081 0.391 85 I 0.074 0.199 0.005 0.062 0.043 0.065 0.081 0.018 0.002 0.097 0.354 86 T 0.060 0.222 0.004 0.044 0.036 0.069 0.060 0.004 0.001 0.105 0.395 87 R 0.039 0.221 0.004 0.079 0.035 0.058 0.069 0.004 0.001 0.080 0.411 88 V 0.041 0.322 0.010 0.034 0.026 0.037 0.101 0.013 0.002 0.077 0.334 89 H 0.246 0.334 0.007 0.013 0.012 0.017 0.051 0.019 0.004 0.107 0.190 90 K 0.106 0.511 0.003 0.014 0.007 0.013 0.043 0.007 0.001 0.054 0.241 91 E 0.019 0.595 0.003 0.007 0.004 0.010 0.042 0.006 0.001 0.046 0.268 92 Y 0.039 0.683 0.005 0.011 0.006 0.014 0.037 0.017 0.002 0.057 0.129 93 D 0.092 0.591 0.003 0.010 0.005 0.008 0.024 0.011 0.002 0.128 0.126 94 A 0.020 0.625 0.006 0.018 0.007 0.010 0.027 0.010 0.002 0.124 0.152 95 M 0.017 0.810 0.004 0.003 0.002 0.003 0.014 0.010 0.001 0.068 0.068 96 F 0.040 0.900 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.022 0.016 97 E 0.014 0.882 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.002 0.036 0.046 98 D 0.048 0.806 0.013 0.001 0.001 0.002 0.010 0.017 0.009 0.033 0.059 99 I 0.138 0.605 0.049 0.002 0.003 0.005 0.023 0.034 0.014 0.033 0.093 100 R 0.300 0.122 0.050 0.003 0.005 0.011 0.043 0.033 0.036 0.101 0.296 101 A 0.306 0.071 0.015 0.007 0.010 0.014 0.074 0.009 0.007 0.041 0.447 102 K 0.050 0.021 0.006 0.008 0.008 0.020 0.108 0.005 0.003 0.035 0.736 103 L 0.023 0.005 0.002 0.019 0.031 0.049 0.170 0.002 0.001 0.040 0.657 104 H 0.008 0.003 0.002 0.045 0.047 0.096 0.136 0.001 0.001 0.042 0.618 105 A 0.013 0.002 0.001 0.037 0.051 0.044 0.092 0.001 0.001 0.030 0.729 106 H 0.289 0.003 0.002 0.065 0.065 0.051 0.080 0.004 0.001 0.092 0.348 107 P 0.012 0.002 0.001 0.050 0.017 0.018 0.105 0.001 0.001 0.020 0.775 108 G 0.024 0.004 0.001 0.035 0.015 0.016 0.074 0.001 0.001 0.024 0.807 109 E 0.017 0.005 0.001 0.044 0.062 0.085 0.156 0.001 0.001 0.021 0.608 110 P 0.007 0.008 0.001 0.047 0.012 0.025 0.105 0.001 0.001 0.046 0.748 111 V 0.004 0.019 0.002 0.051 0.081 0.074 0.137 0.001 0.001 0.029 0.601 112 D 0.266 0.473 0.001 0.011 0.009 0.016 0.022 0.015 0.001 0.026 0.161 113 L 0.331 0.444 0.001 0.002 0.006 0.006 0.022 0.010 0.001 0.029 0.148 114 E 0.032 0.437 0.006 0.006 0.011 0.033 0.062 0.004 0.001 0.044 0.364 115 R 0.136 0.184 0.018 0.032 0.025 0.125 0.061 0.017 0.006 0.112 0.283 116 I 0.234 0.024 0.023 0.024 0.065 0.084 0.085 0.016 0.016 0.112 0.318 117 I 0.119 0.007 0.010 0.008 0.102 0.108 0.064 0.003 0.003 0.036 0.539 118 R 0.078 0.004 0.002 0.005 0.028 0.048 0.068 0.002 0.001 0.020 0.744 119 H 0.063 0.004 0.001 0.008 0.013 0.017 0.108 0.001 0.001 0.018 0.766 120 E 0.016 0.003 0.001 0.009 0.022 0.022 0.115 0.001 0.001 0.013 0.798