# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.21971 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.158 0.113 0.074 0.143 0.117 0.091 0.119 0.079 0.053 0.033 0.020 2 F 0.030 0.026 0.025 0.048 0.058 0.084 0.146 0.134 0.175 0.156 0.118 3 E 0.104 0.138 0.088 0.175 0.137 0.100 0.107 0.065 0.046 0.027 0.013 4 P 0.060 0.049 0.044 0.113 0.116 0.117 0.153 0.130 0.106 0.071 0.041 5 G 0.055 0.048 0.034 0.078 0.082 0.095 0.158 0.140 0.139 0.107 0.065 6 H 0.014 0.021 0.019 0.068 0.082 0.112 0.169 0.146 0.163 0.128 0.079 7 L 0.008 0.008 0.012 0.021 0.033 0.051 0.087 0.121 0.211 0.230 0.218 8 H 0.029 0.046 0.052 0.137 0.161 0.118 0.162 0.115 0.091 0.058 0.033 9 L 0.013 0.014 0.022 0.050 0.066 0.087 0.165 0.151 0.180 0.155 0.095 10 V 0.059 0.062 0.064 0.140 0.137 0.139 0.156 0.092 0.075 0.050 0.025 11 S 0.105 0.145 0.099 0.199 0.123 0.098 0.106 0.056 0.036 0.022 0.010 12 L 0.037 0.045 0.025 0.054 0.061 0.105 0.158 0.120 0.151 0.143 0.102 13 P 0.330 0.216 0.064 0.131 0.089 0.053 0.053 0.029 0.018 0.010 0.006 14 G 0.480 0.228 0.063 0.115 0.049 0.024 0.019 0.010 0.006 0.003 0.002 15 L 0.129 0.072 0.027 0.077 0.086 0.099 0.140 0.110 0.103 0.089 0.068 16 D 0.267 0.291 0.049 0.148 0.091 0.054 0.048 0.028 0.013 0.008 0.003 17 Q 0.174 0.180 0.069 0.183 0.129 0.096 0.071 0.046 0.025 0.017 0.009 18 Q 0.186 0.097 0.044 0.113 0.109 0.108 0.145 0.093 0.054 0.034 0.018 19 D 0.178 0.196 0.077 0.229 0.125 0.070 0.058 0.033 0.018 0.012 0.005 20 I 0.006 0.007 0.007 0.016 0.026 0.097 0.162 0.129 0.228 0.207 0.117 21 N 0.091 0.185 0.102 0.278 0.170 0.072 0.049 0.026 0.014 0.008 0.005 22 I 0.005 0.004 0.009 0.013 0.024 0.062 0.141 0.147 0.231 0.210 0.154 23 H 0.051 0.114 0.089 0.263 0.214 0.099 0.077 0.044 0.025 0.014 0.009 24 I 0.002 0.003 0.005 0.009 0.017 0.034 0.094 0.150 0.233 0.244 0.210 25 R 0.044 0.094 0.099 0.261 0.221 0.114 0.077 0.043 0.024 0.014 0.008 26 Y 0.009 0.005 0.014 0.022 0.035 0.067 0.183 0.197 0.202 0.164 0.102 27 E 0.047 0.119 0.120 0.294 0.194 0.096 0.066 0.033 0.017 0.008 0.005 28 V 0.005 0.004 0.008 0.010 0.017 0.025 0.085 0.109 0.219 0.239 0.279 29 R 0.051 0.061 0.090 0.202 0.205 0.136 0.127 0.063 0.035 0.022 0.009 30 Q 0.123 0.200 0.229 0.183 0.086 0.067 0.060 0.024 0.016 0.009 0.003 31 N 0.115 0.207 0.082 0.170 0.122 0.100 0.097 0.053 0.028 0.017 0.010 32 A 0.378 0.157 0.042 0.091 0.067 0.057 0.083 0.054 0.036 0.024 0.012 33 E 0.515 0.220 0.078 0.104 0.039 0.019 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 34 S 0.126 0.194 0.084 0.208 0.141 0.095 0.077 0.041 0.019 0.011 0.005 35 G 0.089 0.050 0.025 0.054 0.071 0.093 0.145 0.140 0.135 0.121 0.078 36 A 0.062 0.106 0.096 0.213 0.162 0.134 0.112 0.062 0.032 0.016 0.006 37 Y 0.015 0.022 0.051 0.099 0.106 0.162 0.185 0.126 0.109 0.082 0.043 38 V 0.003 0.005 0.008 0.016 0.026 0.051 0.106 0.127 0.222 0.222 0.215 39 H 0.010 0.018 0.028 0.086 0.131 0.119 0.169 0.148 0.132 0.097 0.063 40 F 0.006 0.005 0.014 0.019 0.031 0.054 0.113 0.141 0.215 0.217 0.185 41 D 0.028 0.062 0.067 0.210 0.221 0.118 0.122 0.077 0.047 0.027 0.021 42 M 0.009 0.009 0.010 0.017 0.027 0.043 0.120 0.156 0.207 0.212 0.189 43 D 0.130 0.186 0.071 0.248 0.174 0.077 0.051 0.029 0.017 0.010 0.007 44 G 0.224 0.064 0.034 0.065 0.064 0.076 0.149 0.116 0.100 0.065 0.043 45 E 0.238 0.236 0.062 0.233 0.120 0.046 0.034 0.016 0.008 0.004 0.003 46 I 0.018 0.018 0.009 0.013 0.019 0.031 0.077 0.093 0.188 0.230 0.305 47 D 0.168 0.368 0.076 0.236 0.107 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 48 G 0.493 0.133 0.035 0.073 0.051 0.050 0.063 0.039 0.030 0.022 0.011 49 K 0.324 0.170 0.055 0.181 0.106 0.062 0.047 0.027 0.015 0.008 0.004 50 P 0.213 0.320 0.059 0.158 0.084 0.057 0.052 0.028 0.015 0.008 0.004 51 F 0.034 0.034 0.020 0.053 0.073 0.099 0.160 0.145 0.157 0.122 0.104 52 S 0.429 0.232 0.086 0.129 0.060 0.025 0.020 0.010 0.005 0.003 0.001 53 D 0.122 0.109 0.106 0.202 0.124 0.116 0.109 0.056 0.033 0.018 0.006 54 S 0.135 0.217 0.096 0.202 0.124 0.077 0.069 0.041 0.021 0.012 0.005 55 F 0.062 0.032 0.025 0.058 0.066 0.104 0.189 0.177 0.141 0.099 0.047 56 E 0.169 0.251 0.195 0.216 0.086 0.041 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 57 L 0.018 0.014 0.024 0.042 0.074 0.062 0.148 0.208 0.158 0.130 0.123 58 P 0.097 0.131 0.105 0.160 0.131 0.090 0.099 0.076 0.054 0.039 0.016 59 R 0.081 0.101 0.112 0.182 0.133 0.117 0.132 0.066 0.044 0.022 0.010 60 D 0.128 0.077 0.115 0.177 0.132 0.106 0.109 0.076 0.041 0.025 0.013 61 T 0.054 0.081 0.068 0.134 0.120 0.126 0.181 0.104 0.075 0.040 0.018 62 A 0.012 0.014 0.025 0.039 0.052 0.061 0.126 0.154 0.195 0.178 0.144 63 F 0.012 0.013 0.030 0.053 0.077 0.122 0.196 0.156 0.153 0.125 0.062 64 N 0.038 0.078 0.156 0.207 0.154 0.112 0.109 0.063 0.044 0.025 0.013 65 F 0.006 0.007 0.017 0.027 0.053 0.060 0.147 0.193 0.185 0.157 0.147 66 A 0.010 0.010 0.020 0.040 0.061 0.083 0.154 0.146 0.189 0.164 0.124 67 S 0.075 0.069 0.136 0.175 0.160 0.116 0.134 0.064 0.039 0.020 0.011 68 D 0.045 0.087 0.100 0.185 0.172 0.119 0.141 0.075 0.041 0.023 0.012 69 A 0.008 0.008 0.011 0.019 0.030 0.051 0.127 0.130 0.218 0.223 0.173 70 T 0.083 0.086 0.127 0.205 0.158 0.116 0.114 0.055 0.031 0.017 0.007 71 R 0.024 0.049 0.184 0.201 0.157 0.151 0.122 0.053 0.031 0.018 0.009 72 V 0.004 0.005 0.013 0.015 0.027 0.044 0.101 0.119 0.205 0.225 0.242 73 A 0.006 0.011 0.023 0.050 0.076 0.094 0.180 0.155 0.171 0.156 0.079 74 Q 0.015 0.044 0.192 0.183 0.147 0.134 0.124 0.066 0.049 0.033 0.013 75 K 0.041 0.089 0.170 0.194 0.141 0.134 0.114 0.057 0.031 0.020 0.010 76 H 0.079 0.054 0.042 0.082 0.087 0.127 0.195 0.139 0.099 0.061 0.036 77 G 0.336 0.149 0.050 0.105 0.080 0.058 0.077 0.055 0.041 0.029 0.020 78 L 0.032 0.028 0.023 0.039 0.051 0.085 0.144 0.116 0.181 0.167 0.135 79 H 0.183 0.230 0.092 0.181 0.125 0.068 0.057 0.029 0.018 0.011 0.006 80 P 0.261 0.160 0.070 0.148 0.102 0.079 0.077 0.049 0.028 0.017 0.010 81 K 0.246 0.239 0.054 0.165 0.101 0.061 0.058 0.038 0.020 0.012 0.006 82 F 0.038 0.032 0.015 0.061 0.074 0.113 0.177 0.158 0.146 0.115 0.071 83 G 0.226 0.163 0.115 0.203 0.124 0.066 0.047 0.028 0.014 0.008 0.004 84 A 0.075 0.077 0.065 0.144 0.130 0.139 0.158 0.090 0.063 0.038 0.020 85 I 0.010 0.014 0.013 0.026 0.036 0.052 0.111 0.126 0.215 0.207 0.190 86 T 0.056 0.053 0.054 0.134 0.160 0.137 0.165 0.100 0.073 0.046 0.023 87 R 0.107 0.111 0.214 0.226 0.137 0.081 0.058 0.032 0.018 0.010 0.005 88 V 0.037 0.052 0.045 0.103 0.114 0.126 0.200 0.136 0.095 0.061 0.032 89 H 0.015 0.020 0.017 0.041 0.055 0.090 0.191 0.160 0.177 0.147 0.088 90 K 0.157 0.167 0.255 0.230 0.104 0.041 0.025 0.012 0.006 0.003 0.002 91 E 0.143 0.111 0.142 0.194 0.137 0.097 0.096 0.044 0.021 0.011 0.005 92 Y 0.012 0.015 0.017 0.028 0.037 0.064 0.154 0.156 0.206 0.192 0.119 93 D 0.051 0.055 0.081 0.145 0.151 0.161 0.161 0.089 0.056 0.034 0.016 94 A 0.098 0.093 0.275 0.202 0.129 0.082 0.064 0.031 0.015 0.008 0.003 95 M 0.012 0.030 0.039 0.056 0.079 0.089 0.217 0.184 0.141 0.102 0.051 96 F 0.008 0.010 0.013 0.032 0.049 0.108 0.240 0.172 0.184 0.128 0.055 97 E 0.315 0.146 0.303 0.154 0.047 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 98 D 0.034 0.031 0.080 0.120 0.186 0.131 0.213 0.125 0.042 0.023 0.014 99 I 0.005 0.014 0.019 0.023 0.033 0.048 0.126 0.145 0.233 0.243 0.110 100 R 0.023 0.018 0.055 0.106 0.148 0.199 0.238 0.104 0.061 0.038 0.011 101 A 0.013 0.057 0.648 0.165 0.053 0.032 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 102 K 0.007 0.018 0.056 0.122 0.164 0.172 0.239 0.131 0.052 0.027 0.011 103 L 0.004 0.002 0.004 0.003 0.005 0.017 0.063 0.100 0.231 0.329 0.242 104 H 0.030 0.123 0.286 0.346 0.156 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 105 A 0.021 0.012 0.047 0.025 0.043 0.055 0.135 0.142 0.154 0.183 0.184 106 H 0.097 0.301 0.106 0.185 0.125 0.076 0.056 0.025 0.016 0.008 0.004 107 P 0.542 0.211 0.033 0.081 0.040 0.025 0.031 0.019 0.010 0.005 0.003 108 G 0.533 0.096 0.030 0.080 0.062 0.046 0.047 0.038 0.028 0.023 0.017 109 E 0.198 0.204 0.044 0.151 0.106 0.096 0.100 0.052 0.030 0.014 0.006 110 P 0.062 0.107 0.040 0.126 0.130 0.136 0.142 0.104 0.071 0.051 0.032 111 V 0.039 0.022 0.015 0.037 0.061 0.087 0.165 0.166 0.173 0.129 0.107 112 D 0.220 0.476 0.078 0.148 0.043 0.015 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 113 L 0.018 0.012 0.010 0.043 0.074 0.095 0.167 0.154 0.182 0.128 0.115 114 E 0.629 0.173 0.054 0.085 0.031 0.012 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 115 R 0.036 0.049 0.063 0.183 0.164 0.166 0.179 0.085 0.045 0.021 0.010 116 I 0.025 0.022 0.033 0.044 0.062 0.079 0.133 0.154 0.170 0.155 0.122 117 I 0.038 0.062 0.085 0.164 0.151 0.123 0.177 0.098 0.058 0.033 0.011 118 R 0.034 0.130 0.338 0.198 0.107 0.074 0.058 0.031 0.017 0.010 0.004 119 H 0.230 0.233 0.141 0.181 0.094 0.046 0.040 0.020 0.008 0.004 0.002 120 E 0.642 0.138 0.042 0.067 0.036 0.022 0.025 0.016 0.007 0.003 0.002