# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.21971 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.047 0.008 0.003 0.035 0.024 0.054 0.029 0.003 0.001 0.003 0.794 2 F 0.043 0.008 0.004 0.033 0.043 0.101 0.030 0.002 0.001 0.004 0.734 3 E 0.033 0.007 0.007 0.060 0.111 0.144 0.096 0.001 0.001 0.004 0.539 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 G 0.019 0.002 0.001 0.072 0.145 0.468 0.050 0.001 0.001 0.004 0.239 6 H 0.177 0.008 0.003 0.085 0.071 0.116 0.067 0.001 0.001 0.005 0.467 7 L 0.041 0.014 0.002 0.102 0.284 0.280 0.029 0.001 0.001 0.002 0.246 8 H 0.020 0.014 0.001 0.128 0.182 0.312 0.060 0.001 0.001 0.004 0.278 9 L 0.035 0.018 0.001 0.082 0.188 0.253 0.039 0.001 0.001 0.002 0.384 10 V 0.024 0.021 0.001 0.093 0.178 0.314 0.059 0.001 0.001 0.004 0.306 11 S 0.054 0.017 0.004 0.051 0.068 0.133 0.126 0.007 0.001 0.010 0.532 12 L 0.152 0.024 0.004 0.042 0.057 0.111 0.065 0.002 0.001 0.005 0.537 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 14 G 0.028 0.003 0.001 0.015 0.035 0.079 0.133 0.002 0.001 0.010 0.694 15 L 0.438 0.016 0.020 0.029 0.022 0.040 0.053 0.001 0.001 0.009 0.374 16 D 0.052 0.018 0.002 0.020 0.042 0.045 0.166 0.002 0.001 0.004 0.650 17 Q 0.089 0.011 0.008 0.020 0.017 0.027 0.065 0.001 0.001 0.016 0.745 18 Q 0.098 0.022 0.003 0.036 0.022 0.025 0.257 0.002 0.001 0.006 0.529 19 D 0.142 0.009 0.004 0.033 0.020 0.034 0.178 0.003 0.001 0.022 0.555 20 I 0.164 0.028 0.020 0.147 0.123 0.159 0.071 0.002 0.001 0.012 0.274 21 N 0.021 0.012 0.005 0.094 0.180 0.228 0.088 0.001 0.001 0.006 0.366 22 I 0.024 0.008 0.007 0.142 0.239 0.308 0.045 0.001 0.001 0.003 0.223 23 H 0.006 0.009 0.001 0.137 0.247 0.409 0.047 0.001 0.001 0.003 0.141 24 I 0.013 0.007 0.001 0.106 0.297 0.423 0.022 0.001 0.001 0.002 0.129 25 R 0.007 0.011 0.001 0.159 0.230 0.466 0.021 0.001 0.001 0.002 0.104 26 Y 0.012 0.009 0.002 0.072 0.356 0.403 0.019 0.001 0.001 0.001 0.127 27 E 0.008 0.014 0.001 0.089 0.289 0.414 0.027 0.001 0.001 0.002 0.156 28 V 0.016 0.010 0.001 0.059 0.210 0.398 0.020 0.001 0.001 0.001 0.284 29 R 0.027 0.026 0.001 0.059 0.184 0.427 0.044 0.001 0.001 0.003 0.227 30 Q 0.075 0.028 0.009 0.046 0.113 0.214 0.110 0.005 0.001 0.008 0.391 31 N 0.083 0.041 0.003 0.018 0.137 0.160 0.107 0.008 0.001 0.008 0.435 32 A 0.022 0.014 0.004 0.008 0.012 0.028 0.017 0.001 0.001 0.003 0.892 33 E 0.006 0.015 0.001 0.004 0.009 0.011 0.650 0.002 0.001 0.003 0.299 34 S 0.442 0.011 0.003 0.007 0.006 0.014 0.222 0.007 0.001 0.038 0.250 35 G 0.556 0.045 0.006 0.016 0.022 0.022 0.030 0.007 0.001 0.019 0.277 36 A 0.163 0.008 0.262 0.060 0.102 0.072 0.117 0.001 0.001 0.014 0.200 37 Y 0.007 0.004 0.008 0.116 0.067 0.102 0.087 0.001 0.001 0.005 0.603 38 V 0.005 0.002 0.001 0.124 0.319 0.499 0.009 0.001 0.001 0.002 0.040 39 H 0.005 0.006 0.001 0.116 0.224 0.447 0.028 0.001 0.001 0.002 0.171 40 F 0.006 0.001 0.001 0.092 0.310 0.523 0.006 0.001 0.001 0.001 0.061 41 D 0.003 0.001 0.001 0.071 0.268 0.503 0.019 0.001 0.001 0.002 0.132 42 M 0.008 0.002 0.003 0.082 0.274 0.377 0.031 0.001 0.001 0.003 0.221 43 D 0.007 0.001 0.001 0.066 0.216 0.312 0.148 0.001 0.001 0.005 0.244 44 G 0.057 0.001 0.002 0.032 0.193 0.351 0.076 0.001 0.001 0.014 0.274 45 E 0.040 0.004 0.001 0.042 0.185 0.222 0.089 0.001 0.001 0.004 0.414 46 I 0.017 0.010 0.002 0.044 0.261 0.243 0.091 0.001 0.001 0.008 0.323 47 D 0.018 0.016 0.001 0.052 0.088 0.188 0.104 0.002 0.001 0.006 0.525 48 G 0.072 0.009 0.011 0.023 0.062 0.112 0.069 0.004 0.001 0.050 0.589 49 K 0.396 0.004 0.055 0.015 0.037 0.026 0.224 0.001 0.001 0.020 0.224 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 51 F 0.009 0.001 0.001 0.023 0.136 0.609 0.031 0.001 0.001 0.005 0.187 52 S 0.031 0.009 0.001 0.018 0.117 0.183 0.093 0.001 0.001 0.004 0.542 53 D 0.100 0.012 0.001 0.014 0.071 0.088 0.044 0.001 0.001 0.003 0.667 54 S 0.091 0.024 0.001 0.020 0.043 0.074 0.174 0.001 0.001 0.004 0.568 55 F 0.266 0.022 0.003 0.034 0.124 0.172 0.062 0.003 0.001 0.011 0.304 56 E 0.124 0.036 0.015 0.047 0.086 0.165 0.098 0.006 0.001 0.009 0.413 57 L 0.031 0.018 0.023 0.044 0.138 0.246 0.088 0.001 0.001 0.003 0.407 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 59 R 0.004 0.002 0.001 0.008 0.012 0.044 0.055 0.001 0.001 0.001 0.873 60 D 0.071 0.014 0.001 0.012 0.011 0.021 0.052 0.001 0.001 0.003 0.816 61 T 0.203 0.122 0.004 0.030 0.023 0.027 0.163 0.001 0.001 0.004 0.423 62 A 0.236 0.310 0.006 0.026 0.017 0.038 0.124 0.002 0.001 0.004 0.236 63 F 0.172 0.498 0.005 0.038 0.028 0.058 0.055 0.003 0.001 0.003 0.141 64 N 0.040 0.530 0.004 0.011 0.013 0.014 0.038 0.005 0.001 0.002 0.344 65 F 0.070 0.516 0.011 0.012 0.006 0.013 0.056 0.013 0.001 0.003 0.301 66 A 0.095 0.568 0.003 0.005 0.003 0.008 0.126 0.018 0.001 0.002 0.171 67 S 0.069 0.606 0.003 0.003 0.003 0.006 0.104 0.008 0.001 0.002 0.196 68 D 0.038 0.652 0.002 0.001 0.001 0.001 0.042 0.006 0.001 0.001 0.257 69 A 0.040 0.783 0.004 0.001 0.001 0.001 0.038 0.008 0.001 0.001 0.123 70 T 0.026 0.809 0.004 0.002 0.001 0.002 0.033 0.004 0.001 0.001 0.118 71 R 0.024 0.847 0.013 0.002 0.004 0.003 0.033 0.002 0.001 0.001 0.072 72 V 0.016 0.948 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.024 73 A 0.004 0.980 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 74 Q 0.016 0.933 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.035 75 K 0.082 0.825 0.003 0.002 0.001 0.002 0.007 0.036 0.001 0.001 0.042 76 H 0.280 0.534 0.020 0.004 0.003 0.003 0.003 0.075 0.001 0.002 0.078 77 G 0.295 0.119 0.177 0.017 0.008 0.010 0.021 0.083 0.001 0.003 0.267 78 L 0.047 0.035 0.588 0.018 0.006 0.010 0.030 0.007 0.001 0.003 0.258 79 H 0.019 0.014 0.006 0.037 0.014 0.024 0.043 0.002 0.001 0.002 0.840 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 81 K 0.032 0.014 0.001 0.049 0.014 0.049 0.320 0.002 0.001 0.005 0.513 82 F 0.589 0.016 0.004 0.024 0.005 0.012 0.047 0.001 0.001 0.004 0.298 83 G 0.205 0.087 0.004 0.100 0.045 0.051 0.057 0.001 0.001 0.006 0.445 84 A 0.049 0.035 0.021 0.041 0.017 0.022 0.073 0.001 0.001 0.003 0.738 85 I 0.068 0.114 0.004 0.166 0.055 0.122 0.083 0.001 0.001 0.005 0.382 86 T 0.053 0.149 0.004 0.109 0.057 0.101 0.109 0.003 0.001 0.006 0.408 87 R 0.065 0.238 0.006 0.070 0.035 0.046 0.116 0.003 0.001 0.005 0.416 88 V 0.102 0.296 0.008 0.035 0.018 0.042 0.121 0.004 0.001 0.005 0.368 89 H 0.082 0.475 0.003 0.024 0.014 0.042 0.079 0.007 0.001 0.005 0.268 90 K 0.047 0.419 0.004 0.010 0.007 0.011 0.074 0.004 0.001 0.002 0.422 91 E 0.090 0.478 0.008 0.007 0.002 0.005 0.115 0.008 0.001 0.003 0.285 92 Y 0.110 0.741 0.009 0.005 0.005 0.009 0.027 0.006 0.001 0.002 0.087 93 D 0.011 0.876 0.003 0.002 0.005 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.085 94 A 0.008 0.879 0.005 0.002 0.002 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.079 95 M 0.031 0.899 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.039 96 F 0.037 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.013 97 E 0.014 0.923 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.050 98 D 0.013 0.855 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.109 99 I 0.012 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.004 0.001 0.001 0.050 100 R 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.035 101 A 0.015 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.021 102 K 0.042 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 103 L 0.021 0.949 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 104 H 0.111 0.559 0.036 0.008 0.019 0.022 0.006 0.058 0.001 0.001 0.181 105 A 0.112 0.353 0.106 0.016 0.022 0.034 0.009 0.030 0.001 0.002 0.317 106 H 0.076 0.131 0.017 0.034 0.076 0.060 0.107 0.033 0.001 0.003 0.463 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 108 G 0.023 0.008 0.004 0.051 0.039 0.116 0.063 0.002 0.001 0.011 0.682 109 E 0.624 0.003 0.016 0.032 0.013 0.011 0.080 0.001 0.001 0.005 0.217 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 111 V 0.044 0.004 0.003 0.154 0.128 0.365 0.048 0.001 0.001 0.006 0.248 112 D 0.025 0.006 0.001 0.016 0.031 0.040 0.135 0.001 0.001 0.003 0.742 113 L 0.022 0.022 0.013 0.062 0.046 0.106 0.070 0.001 0.001 0.002 0.657 114 E 0.002 0.013 0.001 0.014 0.010 0.015 0.654 0.001 0.001 0.002 0.289 115 R 0.141 0.017 0.001 0.013 0.005 0.007 0.622 0.001 0.001 0.014 0.179 116 I 0.404 0.439 0.001 0.016 0.014 0.013 0.014 0.001 0.001 0.002 0.098 117 I 0.013 0.851 0.006 0.011 0.028 0.017 0.013 0.002 0.001 0.002 0.056 118 R 0.070 0.554 0.011 0.026 0.018 0.025 0.048 0.015 0.001 0.003 0.230 119 H 0.148 0.494 0.013 0.016 0.022 0.044 0.025 0.027 0.001 0.006 0.204 120 E 0.224 0.087 0.010 0.008 0.012 0.015 0.038 0.031 0.001 0.008 0.568