# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.21971 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.159 0.342 0.208 0.111 0.085 0.034 0.027 0.004 0.025 0.004 0.002 2 F 0.115 0.334 0.312 0.096 0.058 0.041 0.014 0.003 0.021 0.004 0.002 3 E 0.021 0.373 0.342 0.007 0.030 0.020 0.006 0.001 0.195 0.004 0.001 4 P 0.110 0.007 0.785 0.023 0.004 0.012 0.005 0.001 0.003 0.001 0.049 5 G 0.025 0.014 0.040 0.032 0.059 0.009 0.030 0.696 0.002 0.092 0.001 6 H 0.079 0.250 0.456 0.073 0.068 0.041 0.011 0.003 0.016 0.002 0.001 7 L 0.086 0.531 0.239 0.053 0.041 0.026 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 8 H 0.087 0.438 0.247 0.035 0.095 0.055 0.009 0.001 0.028 0.003 0.002 9 L 0.145 0.346 0.317 0.058 0.050 0.053 0.004 0.001 0.020 0.001 0.005 10 V 0.186 0.470 0.164 0.068 0.053 0.020 0.007 0.001 0.029 0.001 0.002 11 S 0.121 0.219 0.340 0.114 0.076 0.066 0.029 0.004 0.022 0.006 0.002 12 L 0.019 0.358 0.291 0.009 0.025 0.015 0.007 0.001 0.271 0.003 0.001 13 P 0.178 0.005 0.743 0.018 0.002 0.009 0.003 0.001 0.002 0.002 0.038 14 G 0.027 0.008 0.046 0.042 0.035 0.017 0.032 0.675 0.003 0.114 0.001 15 L 0.237 0.174 0.418 0.101 0.026 0.018 0.006 0.002 0.013 0.004 0.002 16 D 0.227 0.104 0.260 0.221 0.031 0.064 0.052 0.005 0.025 0.010 0.001 17 Q 0.180 0.125 0.163 0.304 0.063 0.040 0.060 0.019 0.027 0.014 0.004 18 Q 0.208 0.258 0.263 0.140 0.045 0.025 0.021 0.005 0.029 0.004 0.003 19 D 0.069 0.300 0.312 0.121 0.066 0.058 0.034 0.005 0.028 0.003 0.004 20 I 0.048 0.576 0.205 0.068 0.046 0.020 0.009 0.002 0.025 0.001 0.001 21 N 0.023 0.483 0.289 0.036 0.072 0.062 0.014 0.001 0.017 0.001 0.002 22 I 0.013 0.767 0.120 0.015 0.044 0.018 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 23 H 0.007 0.582 0.265 0.008 0.045 0.072 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 24 I 0.010 0.779 0.126 0.007 0.044 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 25 R 0.020 0.652 0.210 0.012 0.044 0.048 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 26 Y 0.015 0.705 0.085 0.011 0.140 0.018 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 27 E 0.018 0.661 0.191 0.008 0.056 0.042 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 28 V 0.067 0.425 0.347 0.020 0.025 0.093 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 29 R 0.164 0.461 0.190 0.051 0.051 0.041 0.008 0.001 0.031 0.001 0.002 30 Q 0.105 0.332 0.222 0.113 0.117 0.050 0.022 0.004 0.027 0.006 0.002 31 N 0.027 0.147 0.444 0.024 0.041 0.094 0.036 0.001 0.169 0.016 0.002 32 A 0.883 0.002 0.080 0.017 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 33 E 0.797 0.013 0.027 0.134 0.005 0.009 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 34 S 0.113 0.029 0.137 0.610 0.007 0.009 0.078 0.004 0.010 0.002 0.001 35 G 0.011 0.005 0.030 0.004 0.013 0.002 0.079 0.684 0.001 0.169 0.001 36 A 0.157 0.241 0.468 0.055 0.036 0.022 0.007 0.001 0.008 0.002 0.003 37 Y 0.062 0.473 0.212 0.069 0.113 0.034 0.007 0.002 0.025 0.002 0.001 38 V 0.024 0.667 0.201 0.019 0.050 0.022 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 39 H 0.016 0.737 0.146 0.011 0.035 0.043 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 40 F 0.007 0.787 0.088 0.010 0.054 0.027 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 41 D 0.010 0.412 0.356 0.012 0.034 0.143 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 42 M 0.089 0.466 0.221 0.055 0.054 0.056 0.011 0.001 0.041 0.002 0.003 43 D 0.070 0.323 0.220 0.134 0.112 0.027 0.072 0.004 0.031 0.005 0.002 44 G 0.023 0.085 0.063 0.033 0.297 0.017 0.055 0.245 0.011 0.171 0.001 45 E 0.068 0.463 0.351 0.040 0.032 0.031 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 46 I 0.094 0.661 0.130 0.034 0.018 0.030 0.003 0.001 0.026 0.002 0.002 47 D 0.085 0.058 0.295 0.219 0.028 0.032 0.261 0.001 0.014 0.006 0.003 48 G 0.003 0.002 0.005 0.015 0.018 0.002 0.077 0.823 0.001 0.053 0.001 49 K 0.006 0.327 0.569 0.002 0.016 0.003 0.002 0.001 0.072 0.002 0.001 50 P 0.020 0.006 0.889 0.002 0.001 0.038 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 51 F 0.177 0.309 0.332 0.086 0.035 0.026 0.004 0.003 0.025 0.001 0.003 52 S 0.176 0.222 0.323 0.063 0.134 0.030 0.011 0.003 0.028 0.007 0.002 53 D 0.411 0.099 0.217 0.119 0.074 0.027 0.021 0.003 0.019 0.004 0.006 54 S 0.315 0.261 0.151 0.173 0.044 0.017 0.017 0.004 0.015 0.001 0.001 55 F 0.122 0.358 0.197 0.191 0.059 0.028 0.021 0.002 0.019 0.002 0.001 56 E 0.066 0.438 0.360 0.033 0.024 0.043 0.014 0.001 0.019 0.001 0.002 57 L 0.009 0.229 0.593 0.003 0.018 0.032 0.002 0.001 0.111 0.002 0.001 58 P 0.261 0.004 0.654 0.010 0.003 0.024 0.001 0.001 0.005 0.002 0.037 59 R 0.817 0.018 0.074 0.064 0.009 0.009 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 60 D 0.672 0.036 0.075 0.147 0.016 0.025 0.017 0.003 0.007 0.002 0.001 61 T 0.726 0.075 0.057 0.097 0.016 0.011 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 62 A 0.870 0.042 0.029 0.036 0.009 0.007 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 63 F 0.820 0.071 0.034 0.046 0.011 0.007 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 64 N 0.834 0.024 0.048 0.044 0.020 0.013 0.009 0.001 0.006 0.001 0.001 65 F 0.877 0.036 0.019 0.045 0.010 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 66 A 0.955 0.010 0.012 0.015 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 67 S 0.961 0.003 0.007 0.021 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.951 0.004 0.007 0.029 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 69 A 0.981 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 T 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.987 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 A 0.987 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.958 0.008 0.005 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.955 0.004 0.005 0.028 0.003 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 76 H 0.068 0.003 0.022 0.868 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 77 G 0.008 0.002 0.013 0.004 0.007 0.001 0.294 0.596 0.001 0.074 0.001 78 L 0.071 0.170 0.660 0.033 0.014 0.042 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 79 H 0.021 0.106 0.703 0.007 0.009 0.052 0.004 0.001 0.095 0.003 0.001 80 P 0.548 0.005 0.366 0.026 0.004 0.013 0.001 0.001 0.003 0.002 0.031 81 K 0.445 0.115 0.115 0.202 0.051 0.027 0.016 0.010 0.017 0.002 0.001 82 F 0.159 0.159 0.246 0.317 0.038 0.019 0.037 0.004 0.017 0.003 0.002 83 G 0.097 0.080 0.153 0.033 0.179 0.016 0.076 0.197 0.018 0.151 0.001 84 A 0.260 0.216 0.382 0.051 0.036 0.036 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 85 I 0.254 0.349 0.250 0.055 0.027 0.042 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 86 T 0.339 0.278 0.181 0.061 0.082 0.025 0.007 0.001 0.024 0.002 0.001 87 R 0.327 0.222 0.165 0.081 0.106 0.043 0.024 0.003 0.025 0.003 0.001 88 V 0.439 0.191 0.174 0.103 0.032 0.035 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 89 H 0.524 0.121 0.133 0.111 0.046 0.029 0.012 0.002 0.019 0.003 0.001 90 K 0.754 0.040 0.062 0.052 0.036 0.021 0.019 0.003 0.009 0.003 0.001 91 E 0.847 0.020 0.031 0.080 0.006 0.010 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 92 Y 0.824 0.049 0.035 0.057 0.008 0.014 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 93 D 0.962 0.006 0.010 0.012 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.981 0.002 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 M 0.981 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 F 0.985 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.961 0.001 0.002 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.979 0.003 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.980 0.002 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.916 0.004 0.004 0.070 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.690 0.025 0.031 0.215 0.011 0.005 0.012 0.001 0.008 0.001 0.001 103 L 0.353 0.166 0.184 0.210 0.011 0.023 0.035 0.001 0.014 0.001 0.001 104 H 0.131 0.245 0.335 0.093 0.020 0.094 0.059 0.001 0.019 0.001 0.001 105 A 0.131 0.245 0.430 0.083 0.018 0.064 0.008 0.002 0.015 0.001 0.003 106 H 0.007 0.401 0.272 0.004 0.021 0.012 0.004 0.001 0.275 0.004 0.001 107 P 0.206 0.001 0.677 0.013 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.087 108 G 0.022 0.005 0.019 0.057 0.033 0.006 0.035 0.786 0.002 0.034 0.001 109 E 0.018 0.363 0.471 0.012 0.028 0.007 0.002 0.001 0.098 0.001 0.001 110 P 0.013 0.015 0.831 0.008 0.002 0.099 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 111 V 0.030 0.743 0.124 0.044 0.017 0.025 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 112 D 0.011 0.112 0.473 0.009 0.086 0.112 0.014 0.001 0.168 0.013 0.001 113 L 0.908 0.001 0.041 0.021 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 114 E 0.887 0.006 0.019 0.074 0.002 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 115 R 0.626 0.055 0.062 0.197 0.014 0.012 0.017 0.005 0.010 0.001 0.001 116 I 0.636 0.105 0.150 0.066 0.009 0.012 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 117 I 0.614 0.169 0.110 0.058 0.013 0.015 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 118 R 0.614 0.083 0.115 0.111 0.021 0.018 0.015 0.001 0.019 0.001 0.001 119 H 0.305 0.077 0.149 0.332 0.031 0.018 0.054 0.009 0.019 0.005 0.001 120 E 0.222 0.109 0.212 0.140 0.066 0.029 0.131 0.040 0.027 0.025 0.001