# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.21971 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.171 0.121 0.048 0.013 0.286 0.013 0.030 0.057 0.043 0.118 0.100 2 F 0.160 0.218 0.105 0.024 0.246 0.022 0.031 0.031 0.022 0.080 0.061 3 E 0.069 0.317 0.270 0.050 0.166 0.018 0.020 0.027 0.018 0.021 0.025 4 P 0.086 0.131 0.066 0.052 0.113 0.052 0.109 0.152 0.137 0.069 0.034 5 G 0.035 0.204 0.173 0.100 0.091 0.052 0.046 0.067 0.064 0.132 0.036 6 H 0.205 0.140 0.037 0.008 0.327 0.007 0.016 0.062 0.045 0.090 0.064 7 L 0.133 0.232 0.049 0.013 0.356 0.017 0.024 0.067 0.038 0.038 0.033 8 H 0.203 0.180 0.042 0.009 0.413 0.009 0.013 0.040 0.020 0.029 0.041 9 L 0.200 0.084 0.024 0.008 0.254 0.014 0.025 0.133 0.109 0.068 0.081 10 V 0.076 0.176 0.064 0.028 0.198 0.039 0.099 0.151 0.074 0.054 0.040 11 S 0.197 0.099 0.072 0.016 0.188 0.012 0.035 0.043 0.031 0.202 0.106 12 L 0.053 0.336 0.288 0.040 0.124 0.022 0.015 0.035 0.027 0.031 0.029 13 P 0.021 0.212 0.098 0.101 0.045 0.091 0.213 0.094 0.080 0.031 0.014 14 G 0.070 0.052 0.073 0.078 0.071 0.019 0.016 0.033 0.056 0.427 0.106 15 L 0.076 0.215 0.109 0.032 0.170 0.033 0.050 0.095 0.113 0.074 0.034 16 D 0.091 0.116 0.099 0.073 0.142 0.054 0.087 0.072 0.077 0.130 0.059 17 Q 0.254 0.086 0.055 0.028 0.267 0.020 0.020 0.047 0.056 0.106 0.062 18 Q 0.072 0.207 0.129 0.036 0.221 0.054 0.057 0.081 0.064 0.053 0.027 19 D 0.321 0.075 0.024 0.011 0.328 0.011 0.018 0.023 0.017 0.081 0.091 20 I 0.156 0.216 0.036 0.004 0.534 0.007 0.011 0.006 0.005 0.008 0.017 21 N 0.315 0.045 0.004 0.002 0.605 0.004 0.003 0.002 0.001 0.004 0.015 22 I 0.177 0.118 0.008 0.001 0.683 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 23 H 0.336 0.020 0.001 0.001 0.627 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 24 I 0.231 0.132 0.008 0.001 0.595 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 25 R 0.412 0.033 0.003 0.002 0.486 0.007 0.006 0.003 0.001 0.006 0.041 26 Y 0.155 0.280 0.041 0.008 0.455 0.008 0.006 0.009 0.006 0.008 0.023 27 E 0.304 0.084 0.007 0.001 0.533 0.003 0.006 0.017 0.007 0.013 0.025 28 V 0.247 0.112 0.014 0.005 0.365 0.008 0.012 0.072 0.045 0.037 0.084 29 R 0.155 0.078 0.024 0.019 0.191 0.041 0.084 0.180 0.049 0.083 0.096 30 Q 0.082 0.180 0.068 0.057 0.153 0.054 0.053 0.114 0.038 0.162 0.040 31 N 0.170 0.159 0.093 0.009 0.406 0.005 0.007 0.054 0.026 0.051 0.021 32 A 0.025 0.028 0.026 0.005 0.032 0.008 0.026 0.370 0.453 0.015 0.012 33 E 0.022 0.017 0.016 0.014 0.018 0.039 0.323 0.352 0.114 0.073 0.012 34 S 0.027 0.508 0.157 0.036 0.073 0.026 0.042 0.036 0.019 0.058 0.019 35 G 0.052 0.038 0.040 0.107 0.040 0.038 0.014 0.034 0.033 0.361 0.242 36 A 0.100 0.363 0.090 0.011 0.324 0.009 0.013 0.026 0.015 0.029 0.020 37 Y 0.314 0.091 0.008 0.003 0.527 0.004 0.009 0.009 0.005 0.009 0.021 38 V 0.288 0.083 0.009 0.002 0.571 0.005 0.010 0.005 0.004 0.003 0.020 39 H 0.296 0.062 0.007 0.003 0.575 0.007 0.006 0.004 0.002 0.005 0.034 40 F 0.254 0.125 0.018 0.003 0.552 0.003 0.004 0.003 0.002 0.005 0.030 41 D 0.310 0.095 0.031 0.008 0.416 0.007 0.009 0.007 0.004 0.021 0.092 42 M 0.197 0.164 0.074 0.053 0.268 0.045 0.026 0.029 0.022 0.036 0.085 43 D 0.075 0.148 0.079 0.134 0.107 0.103 0.130 0.040 0.026 0.082 0.076 44 G 0.042 0.241 0.208 0.145 0.117 0.038 0.021 0.029 0.018 0.099 0.041 45 E 0.313 0.107 0.057 0.005 0.410 0.003 0.008 0.017 0.011 0.028 0.042 46 I 0.056 0.121 0.148 0.178 0.078 0.163 0.027 0.085 0.049 0.041 0.055 47 D 0.009 0.171 0.067 0.185 0.024 0.144 0.361 0.016 0.010 0.007 0.006 48 G 0.015 0.005 0.016 0.063 0.007 0.007 0.002 0.002 0.010 0.711 0.162 49 K 0.004 0.593 0.332 0.012 0.042 0.003 0.004 0.002 0.003 0.003 0.002 50 P 0.131 0.404 0.088 0.009 0.261 0.006 0.016 0.022 0.023 0.017 0.025 51 F 0.098 0.237 0.094 0.017 0.155 0.016 0.030 0.093 0.145 0.066 0.047 52 S 0.052 0.115 0.047 0.028 0.118 0.067 0.081 0.231 0.172 0.063 0.026 53 D 0.076 0.116 0.046 0.011 0.127 0.014 0.044 0.226 0.205 0.101 0.034 54 S 0.065 0.075 0.026 0.007 0.127 0.015 0.062 0.179 0.212 0.186 0.046 55 F 0.112 0.264 0.050 0.005 0.361 0.011 0.020 0.049 0.048 0.046 0.035 56 E 0.165 0.140 0.059 0.014 0.241 0.017 0.044 0.039 0.026 0.146 0.109 57 L 0.020 0.579 0.278 0.011 0.078 0.004 0.005 0.004 0.002 0.010 0.007 58 P 0.048 0.455 0.222 0.009 0.158 0.004 0.008 0.041 0.032 0.010 0.012 59 R 0.005 0.017 0.006 0.003 0.009 0.005 0.019 0.417 0.496 0.018 0.005 60 D 0.011 0.023 0.011 0.006 0.019 0.009 0.034 0.584 0.190 0.102 0.012 61 T 0.022 0.047 0.012 0.002 0.037 0.003 0.013 0.619 0.161 0.070 0.015 62 A 0.028 0.031 0.003 0.001 0.039 0.003 0.010 0.698 0.075 0.098 0.013 63 F 0.029 0.037 0.009 0.005 0.047 0.006 0.010 0.732 0.096 0.019 0.012 64 N 0.010 0.011 0.005 0.002 0.014 0.004 0.014 0.846 0.079 0.011 0.004 65 F 0.009 0.020 0.002 0.001 0.011 0.001 0.006 0.842 0.050 0.054 0.004 66 A 0.013 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.006 0.847 0.077 0.026 0.008 67 S 0.001 0.004 0.002 0.002 0.002 0.005 0.012 0.880 0.087 0.004 0.001 68 D 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.914 0.044 0.026 0.002 69 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.889 0.086 0.010 0.002 70 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.950 0.038 0.002 0.001 71 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.958 0.028 0.007 0.001 72 V 0.002 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.931 0.042 0.011 0.001 73 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.877 0.093 0.012 0.001 74 Q 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.024 0.801 0.153 0.009 0.001 75 K 0.008 0.011 0.013 0.006 0.008 0.012 0.190 0.566 0.113 0.068 0.005 76 H 0.013 0.589 0.150 0.018 0.047 0.017 0.042 0.047 0.022 0.041 0.012 77 G 0.034 0.029 0.029 0.050 0.026 0.019 0.016 0.041 0.044 0.448 0.263 78 L 0.073 0.338 0.132 0.024 0.186 0.018 0.032 0.037 0.027 0.104 0.029 79 H 0.093 0.355 0.189 0.016 0.274 0.005 0.007 0.016 0.015 0.013 0.016 80 P 0.029 0.085 0.046 0.016 0.051 0.030 0.087 0.312 0.301 0.025 0.018 81 K 0.047 0.084 0.059 0.024 0.071 0.029 0.083 0.196 0.137 0.222 0.049 82 F 0.072 0.133 0.052 0.018 0.100 0.014 0.022 0.217 0.133 0.166 0.071 83 G 0.026 0.090 0.083 0.062 0.054 0.052 0.052 0.346 0.131 0.075 0.031 84 A 0.095 0.135 0.030 0.005 0.166 0.006 0.018 0.331 0.087 0.104 0.025 85 I 0.111 0.057 0.007 0.002 0.131 0.005 0.023 0.419 0.145 0.068 0.031 86 T 0.036 0.054 0.023 0.022 0.072 0.048 0.068 0.480 0.137 0.034 0.025 87 R 0.063 0.068 0.026 0.006 0.096 0.009 0.033 0.531 0.099 0.050 0.019 88 V 0.052 0.062 0.014 0.003 0.071 0.007 0.054 0.441 0.118 0.154 0.024 89 H 0.058 0.177 0.066 0.016 0.126 0.013 0.018 0.326 0.100 0.068 0.032 90 K 0.007 0.022 0.008 0.004 0.014 0.007 0.022 0.705 0.187 0.016 0.007 91 E 0.012 0.014 0.006 0.001 0.015 0.003 0.042 0.688 0.097 0.111 0.010 92 Y 0.030 0.098 0.017 0.002 0.056 0.004 0.012 0.551 0.140 0.074 0.017 93 D 0.008 0.011 0.004 0.002 0.012 0.004 0.010 0.768 0.161 0.015 0.006 94 A 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.877 0.097 0.008 0.001 95 M 0.003 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.025 0.818 0.085 0.048 0.003 96 F 0.010 0.013 0.004 0.001 0.011 0.001 0.005 0.808 0.108 0.032 0.007 97 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.897 0.077 0.007 0.001 98 D 0.005 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.013 0.853 0.053 0.058 0.003 99 I 0.006 0.009 0.001 0.001 0.006 0.001 0.007 0.650 0.298 0.017 0.005 100 R 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.050 0.733 0.194 0.011 0.002 101 A 0.003 0.010 0.003 0.001 0.006 0.002 0.039 0.768 0.150 0.017 0.001 102 K 0.024 0.019 0.009 0.002 0.026 0.005 0.188 0.433 0.163 0.116 0.016 103 L 0.098 0.277 0.057 0.003 0.231 0.009 0.021 0.165 0.057 0.049 0.031 104 H 0.138 0.114 0.037 0.008 0.293 0.012 0.048 0.132 0.035 0.090 0.091 105 A 0.219 0.161 0.126 0.008 0.235 0.008 0.025 0.033 0.018 0.100 0.066 106 H 0.012 0.311 0.535 0.048 0.045 0.015 0.004 0.012 0.005 0.006 0.008 107 P 0.011 0.221 0.049 0.050 0.027 0.055 0.343 0.119 0.106 0.011 0.006 108 G 0.007 0.007 0.011 0.058 0.006 0.015 0.006 0.008 0.020 0.797 0.066 109 E 0.014 0.585 0.213 0.014 0.119 0.008 0.008 0.007 0.010 0.015 0.007 110 P 0.326 0.081 0.022 0.004 0.477 0.003 0.008 0.010 0.013 0.024 0.033 111 V 0.031 0.523 0.233 0.022 0.124 0.016 0.013 0.005 0.007 0.015 0.011 112 D 0.024 0.577 0.257 0.005 0.107 0.002 0.003 0.006 0.005 0.003 0.010 113 L 0.027 0.026 0.006 0.001 0.028 0.002 0.012 0.350 0.507 0.022 0.018 114 E 0.012 0.039 0.012 0.008 0.029 0.025 0.059 0.572 0.171 0.064 0.009 115 R 0.085 0.119 0.020 0.003 0.150 0.004 0.010 0.367 0.117 0.106 0.019 116 I 0.051 0.049 0.004 0.001 0.098 0.002 0.011 0.598 0.134 0.042 0.010 117 I 0.059 0.034 0.015 0.007 0.079 0.014 0.088 0.511 0.121 0.052 0.021 118 R 0.078 0.121 0.061 0.025 0.100 0.036 0.078 0.296 0.078 0.091 0.037 119 H 0.041 0.224 0.143 0.075 0.080 0.050 0.078 0.127 0.056 0.091 0.035 120 E 0.063 0.072 0.074 0.068 0.076 0.029 0.028 0.099 0.098 0.291 0.102