# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.21971 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.615 0.204 0.087 0.056 0.026 0.010 0.002 2 F 0.344 0.185 0.161 0.154 0.104 0.045 0.007 3 E 0.387 0.255 0.159 0.111 0.053 0.029 0.006 4 P 0.363 0.208 0.165 0.142 0.069 0.042 0.010 5 G 0.318 0.199 0.145 0.141 0.104 0.074 0.020 6 H 0.192 0.125 0.132 0.164 0.173 0.154 0.060 7 L 0.114 0.091 0.111 0.163 0.207 0.219 0.094 8 H 0.134 0.190 0.199 0.193 0.164 0.097 0.023 9 L 0.089 0.121 0.155 0.203 0.243 0.165 0.024 10 V 0.243 0.308 0.207 0.140 0.077 0.024 0.002 11 S 0.221 0.291 0.233 0.168 0.064 0.022 0.001 12 L 0.158 0.147 0.255 0.265 0.141 0.033 0.001 13 P 0.600 0.272 0.085 0.032 0.009 0.001 0.001 14 G 0.695 0.234 0.051 0.016 0.004 0.001 0.001 15 L 0.517 0.231 0.143 0.083 0.024 0.003 0.001 16 D 0.668 0.256 0.053 0.017 0.005 0.001 0.001 17 Q 0.536 0.302 0.110 0.040 0.010 0.002 0.001 18 Q 0.288 0.264 0.214 0.156 0.063 0.014 0.001 19 D 0.168 0.313 0.270 0.156 0.069 0.022 0.002 20 I 0.031 0.053 0.117 0.236 0.316 0.218 0.030 21 N 0.051 0.191 0.290 0.251 0.139 0.069 0.009 22 I 0.011 0.028 0.055 0.144 0.296 0.386 0.080 23 H 0.027 0.121 0.238 0.288 0.209 0.099 0.017 24 I 0.005 0.017 0.034 0.104 0.260 0.476 0.105 25 R 0.026 0.148 0.273 0.293 0.179 0.073 0.008 26 Y 0.010 0.040 0.087 0.182 0.340 0.315 0.027 27 E 0.028 0.163 0.293 0.296 0.171 0.047 0.003 28 V 0.016 0.037 0.084 0.208 0.360 0.281 0.013 29 R 0.093 0.263 0.329 0.213 0.089 0.013 0.001 30 Q 0.467 0.374 0.106 0.041 0.010 0.002 0.001 31 N 0.311 0.277 0.224 0.145 0.038 0.005 0.001 32 A 0.604 0.249 0.092 0.042 0.012 0.001 0.001 33 E 0.737 0.220 0.032 0.008 0.002 0.001 0.001 34 S 0.586 0.302 0.078 0.027 0.006 0.001 0.001 35 G 0.256 0.237 0.220 0.176 0.089 0.020 0.001 36 A 0.216 0.305 0.238 0.152 0.067 0.020 0.001 37 Y 0.092 0.148 0.237 0.251 0.174 0.085 0.013 38 V 0.039 0.051 0.077 0.139 0.264 0.336 0.095 39 H 0.049 0.100 0.155 0.216 0.215 0.203 0.063 40 F 0.035 0.059 0.097 0.172 0.266 0.287 0.084 41 D 0.097 0.208 0.249 0.228 0.134 0.069 0.016 42 M 0.033 0.049 0.081 0.175 0.321 0.294 0.047 43 D 0.204 0.302 0.228 0.147 0.082 0.033 0.003 44 G 0.260 0.250 0.186 0.170 0.096 0.036 0.002 45 E 0.301 0.333 0.210 0.106 0.039 0.011 0.001 46 I 0.182 0.130 0.214 0.271 0.159 0.042 0.002 47 D 0.595 0.307 0.066 0.021 0.008 0.002 0.001 48 G 0.694 0.231 0.052 0.018 0.004 0.001 0.001 49 K 0.571 0.280 0.097 0.040 0.011 0.001 0.001 50 P 0.490 0.344 0.121 0.036 0.007 0.001 0.001 51 F 0.107 0.095 0.256 0.346 0.169 0.026 0.001 52 S 0.664 0.279 0.045 0.010 0.003 0.001 0.001 53 D 0.509 0.306 0.105 0.059 0.017 0.003 0.001 54 S 0.438 0.356 0.137 0.052 0.014 0.003 0.001 55 F 0.101 0.097 0.196 0.319 0.218 0.066 0.004 56 E 0.356 0.378 0.168 0.063 0.028 0.007 0.001 57 L 0.101 0.108 0.171 0.271 0.227 0.110 0.013 58 P 0.187 0.227 0.195 0.168 0.149 0.064 0.009 59 R 0.151 0.227 0.235 0.210 0.114 0.054 0.010 60 D 0.200 0.187 0.204 0.195 0.137 0.064 0.014 61 T 0.096 0.145 0.200 0.235 0.173 0.118 0.032 62 A 0.039 0.040 0.053 0.113 0.186 0.347 0.222 63 F 0.038 0.053 0.088 0.164 0.241 0.283 0.133 64 N 0.066 0.143 0.228 0.252 0.165 0.107 0.039 65 F 0.024 0.039 0.061 0.118 0.235 0.348 0.175 66 A 0.027 0.041 0.059 0.149 0.213 0.336 0.175 67 S 0.069 0.154 0.250 0.248 0.167 0.092 0.020 68 D 0.050 0.147 0.258 0.282 0.150 0.091 0.023 69 A 0.033 0.048 0.074 0.172 0.297 0.310 0.066 70 T 0.065 0.154 0.206 0.257 0.205 0.102 0.011 71 R 0.069 0.200 0.272 0.254 0.135 0.062 0.007 72 V 0.039 0.056 0.092 0.206 0.325 0.246 0.034 73 A 0.062 0.108 0.169 0.271 0.248 0.127 0.016 74 Q 0.207 0.299 0.218 0.149 0.087 0.036 0.004 75 K 0.214 0.273 0.247 0.180 0.062 0.022 0.002 76 H 0.179 0.192 0.215 0.226 0.133 0.050 0.004 77 G 0.280 0.260 0.184 0.143 0.087 0.041 0.004 78 L 0.136 0.120 0.162 0.234 0.221 0.114 0.014 79 H 0.301 0.296 0.202 0.120 0.058 0.020 0.002 80 P 0.319 0.281 0.191 0.128 0.060 0.019 0.002 81 K 0.362 0.307 0.157 0.100 0.052 0.019 0.003 82 F 0.135 0.158 0.205 0.249 0.170 0.075 0.008 83 G 0.277 0.290 0.212 0.133 0.061 0.024 0.003 84 A 0.137 0.206 0.234 0.223 0.131 0.059 0.009 85 I 0.077 0.074 0.099 0.191 0.285 0.234 0.041 86 T 0.105 0.174 0.228 0.245 0.162 0.079 0.008 87 R 0.258 0.305 0.210 0.132 0.065 0.027 0.003 88 V 0.155 0.187 0.177 0.216 0.163 0.089 0.013 89 H 0.095 0.117 0.184 0.250 0.229 0.112 0.013 90 K 0.335 0.296 0.199 0.106 0.044 0.017 0.002 91 E 0.282 0.260 0.205 0.148 0.072 0.028 0.005 92 Y 0.103 0.096 0.112 0.191 0.260 0.203 0.035 93 D 0.166 0.207 0.223 0.195 0.134 0.067 0.008 94 A 0.264 0.273 0.207 0.151 0.069 0.030 0.005 95 M 0.116 0.113 0.139 0.189 0.213 0.183 0.047 96 F 0.088 0.085 0.126 0.207 0.266 0.191 0.037 97 E 0.400 0.364 0.138 0.059 0.028 0.010 0.001 98 D 0.228 0.256 0.206 0.178 0.092 0.033 0.005 99 I 0.062 0.069 0.094 0.168 0.279 0.279 0.049 100 R 0.094 0.140 0.242 0.283 0.174 0.062 0.006 101 A 0.400 0.365 0.135 0.063 0.026 0.010 0.001 102 K 0.209 0.234 0.235 0.202 0.086 0.031 0.003 103 L 0.132 0.109 0.165 0.239 0.235 0.112 0.010 104 H 0.268 0.367 0.212 0.099 0.041 0.013 0.001 105 A 0.167 0.121 0.177 0.261 0.188 0.077 0.008 106 H 0.271 0.251 0.202 0.146 0.094 0.033 0.003 107 P 0.430 0.280 0.129 0.091 0.047 0.021 0.002 108 G 0.422 0.252 0.149 0.104 0.052 0.018 0.003 109 E 0.329 0.313 0.162 0.114 0.058 0.023 0.002 110 P 0.219 0.219 0.216 0.175 0.114 0.051 0.007 111 V 0.148 0.113 0.187 0.268 0.199 0.076 0.009 112 D 0.384 0.361 0.157 0.062 0.027 0.009 0.001 113 L 0.159 0.138 0.187 0.273 0.170 0.068 0.006 114 E 0.486 0.340 0.100 0.045 0.023 0.006 0.001 115 R 0.223 0.291 0.237 0.168 0.060 0.019 0.001 116 I 0.171 0.140 0.234 0.243 0.164 0.046 0.002 117 I 0.427 0.286 0.170 0.084 0.028 0.005 0.001 118 R 0.683 0.214 0.067 0.027 0.007 0.001 0.001 119 H 0.823 0.140 0.026 0.009 0.002 0.001 0.001 120 E 0.843 0.133 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001