# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.21971 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.221 0.111 0.111 0.133 0.128 0.109 0.070 0.048 0.035 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 2 F 0.084 0.048 0.067 0.098 0.134 0.149 0.138 0.107 0.070 0.048 0.030 0.017 0.007 0.003 3 E 0.107 0.077 0.092 0.117 0.125 0.120 0.100 0.088 0.068 0.048 0.030 0.014 0.007 0.005 4 P 0.050 0.029 0.035 0.047 0.082 0.101 0.110 0.123 0.125 0.108 0.087 0.063 0.027 0.014 5 G 0.038 0.037 0.042 0.058 0.078 0.096 0.116 0.116 0.113 0.116 0.092 0.058 0.027 0.014 6 H 0.046 0.033 0.040 0.066 0.091 0.100 0.109 0.131 0.114 0.097 0.081 0.052 0.025 0.016 7 L 0.021 0.016 0.020 0.025 0.045 0.067 0.093 0.119 0.140 0.142 0.139 0.102 0.046 0.024 8 H 0.043 0.039 0.058 0.100 0.130 0.130 0.125 0.131 0.093 0.064 0.046 0.025 0.011 0.006 9 L 0.021 0.020 0.031 0.053 0.083 0.104 0.132 0.156 0.128 0.130 0.079 0.038 0.016 0.008 10 V 0.091 0.102 0.124 0.149 0.136 0.123 0.083 0.070 0.055 0.034 0.019 0.009 0.004 0.002 11 S 0.162 0.139 0.141 0.145 0.127 0.100 0.076 0.047 0.032 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 12 L 0.061 0.067 0.110 0.148 0.166 0.163 0.126 0.080 0.043 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 13 P 0.338 0.205 0.156 0.119 0.084 0.046 0.026 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 G 0.525 0.217 0.100 0.068 0.044 0.021 0.014 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.262 0.150 0.161 0.160 0.118 0.074 0.046 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 16 D 0.528 0.203 0.114 0.072 0.043 0.019 0.013 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.408 0.247 0.128 0.091 0.060 0.031 0.019 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.163 0.113 0.145 0.164 0.151 0.122 0.071 0.036 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 19 D 0.113 0.151 0.140 0.158 0.164 0.103 0.089 0.043 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 20 I 0.018 0.016 0.031 0.059 0.118 0.158 0.144 0.170 0.123 0.073 0.049 0.027 0.012 0.003 21 N 0.025 0.035 0.050 0.119 0.192 0.154 0.143 0.130 0.071 0.037 0.024 0.012 0.005 0.003 22 I 0.005 0.004 0.006 0.010 0.020 0.038 0.062 0.108 0.149 0.190 0.194 0.136 0.059 0.017 23 H 0.016 0.017 0.026 0.078 0.137 0.126 0.135 0.161 0.127 0.067 0.057 0.034 0.012 0.007 24 I 0.002 0.002 0.004 0.006 0.012 0.025 0.054 0.083 0.133 0.213 0.215 0.152 0.071 0.027 25 R 0.012 0.016 0.026 0.074 0.151 0.131 0.147 0.185 0.119 0.061 0.043 0.021 0.008 0.006 26 Y 0.006 0.007 0.009 0.016 0.030 0.046 0.079 0.117 0.150 0.205 0.179 0.101 0.040 0.015 27 E 0.021 0.035 0.061 0.131 0.182 0.145 0.127 0.139 0.082 0.041 0.021 0.008 0.004 0.002 28 V 0.012 0.014 0.026 0.042 0.075 0.106 0.135 0.166 0.138 0.142 0.078 0.043 0.018 0.006 29 R 0.085 0.098 0.125 0.172 0.153 0.136 0.109 0.062 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 30 Q 0.318 0.203 0.157 0.117 0.082 0.048 0.037 0.016 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 31 N 0.296 0.195 0.138 0.140 0.108 0.059 0.034 0.015 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 32 A 0.329 0.184 0.159 0.133 0.088 0.052 0.033 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.483 0.200 0.126 0.085 0.049 0.025 0.019 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.290 0.184 0.151 0.133 0.102 0.062 0.038 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 35 G 0.069 0.061 0.094 0.138 0.173 0.171 0.140 0.075 0.040 0.019 0.010 0.005 0.002 0.001 36 A 0.052 0.063 0.081 0.108 0.145 0.139 0.124 0.106 0.077 0.053 0.029 0.013 0.007 0.004 37 Y 0.026 0.021 0.031 0.054 0.097 0.117 0.112 0.149 0.130 0.098 0.079 0.051 0.024 0.011 38 V 0.007 0.007 0.009 0.012 0.024 0.042 0.069 0.098 0.139 0.188 0.185 0.127 0.068 0.026 39 H 0.015 0.013 0.020 0.043 0.075 0.082 0.097 0.149 0.153 0.127 0.108 0.069 0.032 0.018 40 F 0.008 0.006 0.007 0.010 0.020 0.031 0.056 0.079 0.134 0.199 0.201 0.137 0.070 0.041 41 D 0.026 0.031 0.045 0.073 0.097 0.107 0.113 0.140 0.124 0.093 0.071 0.043 0.023 0.014 42 M 0.010 0.009 0.014 0.025 0.047 0.070 0.106 0.134 0.152 0.176 0.124 0.080 0.036 0.017 43 D 0.036 0.053 0.080 0.127 0.142 0.143 0.122 0.118 0.082 0.050 0.028 0.012 0.005 0.003 44 G 0.076 0.054 0.066 0.092 0.140 0.127 0.116 0.102 0.089 0.064 0.039 0.022 0.009 0.004 45 E 0.166 0.149 0.137 0.155 0.132 0.094 0.075 0.041 0.028 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 46 I 0.085 0.047 0.089 0.126 0.176 0.160 0.119 0.088 0.057 0.028 0.013 0.007 0.003 0.001 47 D 0.328 0.182 0.139 0.135 0.082 0.057 0.044 0.016 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 48 G 0.452 0.193 0.130 0.087 0.056 0.034 0.025 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 K 0.402 0.176 0.136 0.111 0.082 0.046 0.027 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 P 0.268 0.202 0.182 0.136 0.104 0.054 0.031 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 F 0.086 0.054 0.097 0.147 0.204 0.175 0.126 0.065 0.028 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 52 S 0.508 0.193 0.112 0.083 0.050 0.023 0.017 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.513 0.166 0.115 0.093 0.051 0.030 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.296 0.173 0.133 0.126 0.104 0.071 0.056 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 55 F 0.088 0.053 0.078 0.109 0.177 0.164 0.140 0.091 0.048 0.028 0.012 0.007 0.003 0.001 56 E 0.331 0.172 0.151 0.129 0.088 0.052 0.039 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 57 L 0.142 0.054 0.073 0.130 0.174 0.141 0.090 0.082 0.056 0.027 0.015 0.010 0.004 0.001 58 P 0.077 0.056 0.074 0.128 0.151 0.167 0.162 0.093 0.047 0.026 0.013 0.004 0.001 0.001 59 R 0.064 0.054 0.080 0.134 0.158 0.167 0.130 0.096 0.058 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 60 D 0.322 0.185 0.135 0.103 0.086 0.068 0.047 0.026 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 61 T 0.076 0.066 0.097 0.137 0.155 0.165 0.125 0.083 0.047 0.024 0.013 0.007 0.004 0.001 62 A 0.029 0.016 0.021 0.045 0.089 0.165 0.214 0.213 0.124 0.054 0.020 0.006 0.002 0.001 63 F 0.071 0.092 0.107 0.128 0.184 0.143 0.124 0.073 0.041 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 64 N 0.271 0.193 0.193 0.143 0.087 0.051 0.032 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 65 F 0.030 0.024 0.047 0.114 0.194 0.208 0.173 0.113 0.057 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 66 A 0.046 0.037 0.054 0.099 0.169 0.214 0.167 0.123 0.062 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 67 S 0.239 0.264 0.198 0.124 0.077 0.048 0.029 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.133 0.168 0.191 0.191 0.148 0.085 0.043 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 69 A 0.045 0.033 0.055 0.109 0.197 0.207 0.168 0.100 0.053 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 70 T 0.170 0.184 0.179 0.157 0.131 0.082 0.050 0.025 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 71 R 0.258 0.194 0.153 0.139 0.110 0.066 0.035 0.024 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 72 V 0.054 0.037 0.057 0.099 0.178 0.181 0.151 0.112 0.066 0.034 0.016 0.009 0.004 0.001 73 A 0.105 0.092 0.134 0.183 0.170 0.136 0.082 0.052 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 74 Q 0.393 0.202 0.121 0.103 0.067 0.044 0.034 0.017 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 75 K 0.289 0.175 0.136 0.137 0.109 0.067 0.041 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 76 H 0.191 0.112 0.137 0.159 0.147 0.110 0.068 0.035 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 77 G 0.294 0.187 0.149 0.129 0.092 0.062 0.044 0.021 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 78 L 0.142 0.072 0.100 0.132 0.181 0.147 0.100 0.065 0.032 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 79 H 0.317 0.184 0.136 0.130 0.095 0.057 0.041 0.018 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 80 P 0.279 0.129 0.137 0.135 0.114 0.084 0.051 0.033 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 81 K 0.259 0.164 0.129 0.137 0.117 0.080 0.057 0.027 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 82 F 0.135 0.081 0.106 0.128 0.164 0.141 0.099 0.065 0.039 0.022 0.010 0.005 0.003 0.001 83 G 0.360 0.204 0.129 0.104 0.072 0.050 0.034 0.019 0.015 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 84 A 0.195 0.108 0.121 0.143 0.141 0.104 0.067 0.050 0.035 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 85 I 0.059 0.044 0.062 0.096 0.161 0.165 0.146 0.112 0.069 0.044 0.024 0.012 0.005 0.002 86 T 0.156 0.118 0.127 0.140 0.144 0.114 0.072 0.056 0.034 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 87 R 0.367 0.186 0.131 0.105 0.073 0.050 0.039 0.020 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 88 V 0.106 0.076 0.100 0.152 0.190 0.150 0.092 0.063 0.036 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001 89 H 0.129 0.108 0.125 0.164 0.171 0.131 0.082 0.044 0.024 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 90 K 0.442 0.235 0.136 0.083 0.044 0.027 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.285 0.175 0.139 0.135 0.117 0.067 0.040 0.021 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 92 Y 0.064 0.041 0.064 0.123 0.183 0.194 0.156 0.092 0.047 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 93 D 0.214 0.156 0.161 0.157 0.138 0.087 0.045 0.023 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 94 A 0.345 0.186 0.140 0.114 0.085 0.059 0.033 0.019 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 95 M 0.052 0.035 0.049 0.112 0.177 0.203 0.161 0.114 0.060 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 96 F 0.046 0.048 0.072 0.119 0.206 0.182 0.145 0.098 0.051 0.022 0.007 0.002 0.001 0.001 97 E 0.481 0.268 0.127 0.067 0.028 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.142 0.139 0.180 0.197 0.162 0.100 0.045 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.029 0.018 0.032 0.076 0.161 0.217 0.201 0.162 0.072 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 100 R 0.076 0.181 0.221 0.252 0.146 0.075 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.580 0.198 0.109 0.053 0.026 0.017 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.084 0.127 0.157 0.203 0.196 0.115 0.067 0.030 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 103 L 0.058 0.035 0.054 0.093 0.186 0.167 0.150 0.129 0.075 0.029 0.012 0.007 0.003 0.001 104 H 0.221 0.185 0.143 0.150 0.119 0.077 0.051 0.029 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 105 A 0.149 0.047 0.066 0.103 0.132 0.125 0.094 0.095 0.084 0.048 0.029 0.018 0.007 0.003 106 H 0.132 0.106 0.125 0.167 0.140 0.117 0.089 0.051 0.035 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 107 P 0.148 0.089 0.104 0.130 0.126 0.123 0.103 0.067 0.051 0.028 0.017 0.009 0.004 0.002 108 G 0.150 0.123 0.123 0.129 0.146 0.121 0.087 0.053 0.033 0.017 0.010 0.005 0.002 0.001 109 E 0.256 0.216 0.155 0.118 0.094 0.060 0.043 0.024 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 110 P 0.118 0.093 0.111 0.135 0.155 0.132 0.093 0.074 0.050 0.020 0.011 0.004 0.003 0.001 111 V 0.124 0.071 0.085 0.123 0.166 0.144 0.123 0.077 0.044 0.020 0.013 0.007 0.003 0.001 112 D 0.252 0.189 0.155 0.129 0.103 0.061 0.058 0.025 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 113 L 0.069 0.046 0.072 0.115 0.170 0.151 0.117 0.108 0.076 0.041 0.019 0.010 0.005 0.001 114 E 0.441 0.209 0.126 0.099 0.049 0.031 0.023 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.254 0.138 0.144 0.147 0.117 0.083 0.045 0.032 0.021 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 116 I 0.071 0.056 0.092 0.149 0.187 0.176 0.123 0.079 0.037 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 117 I 0.159 0.122 0.163 0.188 0.152 0.102 0.062 0.028 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 118 R 0.463 0.155 0.120 0.094 0.068 0.041 0.037 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 119 H 0.493 0.166 0.121 0.096 0.060 0.031 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.671 0.170 0.074 0.039 0.023 0.010 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001