# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.019 0.028 0.421 0.009 0.036 0.061 0.004 0.003 0.023 0.121 0.092 0.095 0.089 2 F 0.015 0.031 0.478 0.011 0.024 0.048 0.003 0.002 0.019 0.142 0.075 0.041 0.110 3 E 0.007 0.017 0.506 0.011 0.012 0.034 0.001 0.001 0.015 0.189 0.056 0.110 0.041 4 P 0.008 0.013 0.341 0.019 0.041 0.050 0.002 0.001 0.010 0.124 0.226 0.012 0.152 5 G 0.013 0.014 0.288 0.028 0.035 0.056 0.003 0.002 0.011 0.218 0.156 0.153 0.024 6 H 0.041 0.022 0.306 0.013 0.044 0.077 0.007 0.003 0.027 0.064 0.050 0.050 0.297 7 L 0.113 0.025 0.205 0.036 0.062 0.073 0.017 0.006 0.032 0.037 0.032 0.151 0.212 8 H 0.107 0.016 0.185 0.053 0.047 0.085 0.017 0.005 0.035 0.047 0.049 0.226 0.130 9 L 0.105 0.017 0.144 0.021 0.075 0.080 0.014 0.003 0.024 0.036 0.067 0.047 0.366 10 V 0.063 0.016 0.194 0.033 0.043 0.054 0.010 0.002 0.030 0.062 0.082 0.349 0.063 11 S 0.025 0.037 0.304 0.007 0.036 0.034 0.006 0.002 0.024 0.117 0.118 0.034 0.257 12 L 0.005 0.018 0.636 0.006 0.018 0.015 0.001 0.001 0.010 0.160 0.030 0.064 0.035 13 P 0.003 0.014 0.484 0.007 0.085 0.030 0.001 0.001 0.008 0.137 0.174 0.016 0.041 14 G 0.002 0.032 0.276 0.003 0.182 0.035 0.001 0.001 0.006 0.155 0.279 0.010 0.019 15 L 0.001 0.030 0.497 0.003 0.113 0.029 0.001 0.001 0.008 0.199 0.082 0.018 0.018 16 D 0.001 0.029 0.574 0.003 0.058 0.016 0.001 0.001 0.005 0.181 0.091 0.010 0.032 17 Q 0.001 0.016 0.406 0.009 0.125 0.028 0.001 0.001 0.003 0.185 0.207 0.008 0.011 18 Q 0.001 0.010 0.187 0.017 0.160 0.027 0.001 0.001 0.004 0.185 0.382 0.015 0.011 19 D 0.006 0.015 0.377 0.015 0.097 0.015 0.002 0.001 0.015 0.133 0.224 0.014 0.086 20 I 0.026 0.012 0.452 0.030 0.011 0.006 0.005 0.003 0.060 0.140 0.019 0.179 0.058 21 N 0.085 0.010 0.238 0.033 0.002 0.004 0.034 0.010 0.115 0.044 0.012 0.087 0.325 22 I 0.222 0.004 0.047 0.023 0.001 0.003 0.074 0.043 0.160 0.012 0.003 0.208 0.200 23 H 0.312 0.002 0.025 0.094 0.001 0.002 0.135 0.081 0.134 0.006 0.001 0.102 0.105 24 I 0.312 0.001 0.009 0.010 0.001 0.002 0.171 0.076 0.161 0.002 0.001 0.097 0.158 25 R 0.332 0.001 0.025 0.102 0.001 0.006 0.106 0.046 0.137 0.004 0.003 0.114 0.123 26 Y 0.407 0.001 0.027 0.030 0.004 0.008 0.072 0.026 0.068 0.006 0.004 0.124 0.222 27 E 0.311 0.002 0.031 0.039 0.008 0.015 0.038 0.011 0.078 0.007 0.007 0.301 0.154 28 V 0.342 0.004 0.032 0.013 0.021 0.016 0.022 0.004 0.022 0.008 0.009 0.049 0.458 29 R 0.175 0.012 0.114 0.032 0.027 0.026 0.012 0.002 0.029 0.027 0.031 0.428 0.085 30 Q 0.082 0.027 0.167 0.006 0.021 0.021 0.004 0.001 0.008 0.082 0.058 0.070 0.453 31 N 0.010 0.016 0.592 0.008 0.024 0.023 0.001 0.001 0.003 0.124 0.052 0.056 0.093 32 A 0.003 0.007 0.175 0.007 0.084 0.033 0.001 0.001 0.001 0.127 0.514 0.018 0.031 33 E 0.002 0.006 0.159 0.006 0.069 0.024 0.001 0.001 0.001 0.153 0.551 0.016 0.013 34 S 0.001 0.004 0.109 0.007 0.046 0.017 0.001 0.001 0.001 0.198 0.593 0.008 0.015 35 G 0.005 0.008 0.287 0.011 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.338 0.288 0.022 0.027 36 A 0.059 0.016 0.362 0.021 0.003 0.002 0.003 0.001 0.009 0.102 0.012 0.263 0.146 37 Y 0.224 0.004 0.037 0.007 0.001 0.001 0.031 0.005 0.022 0.007 0.004 0.065 0.591 38 V 0.525 0.001 0.010 0.057 0.001 0.001 0.061 0.010 0.013 0.003 0.001 0.256 0.062 39 H 0.627 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 0.084 0.009 0.011 0.001 0.001 0.054 0.188 40 F 0.552 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.040 0.007 0.011 0.001 0.001 0.230 0.141 41 D 0.530 0.002 0.026 0.018 0.001 0.001 0.038 0.004 0.020 0.003 0.002 0.142 0.214 42 M 0.281 0.002 0.067 0.021 0.002 0.001 0.009 0.001 0.022 0.012 0.005 0.398 0.179 43 D 0.206 0.004 0.098 0.126 0.007 0.003 0.016 0.001 0.017 0.031 0.040 0.094 0.357 44 G 0.192 0.011 0.099 0.015 0.008 0.003 0.010 0.002 0.011 0.039 0.028 0.383 0.199 45 E 0.194 0.023 0.090 0.005 0.007 0.004 0.012 0.003 0.015 0.017 0.012 0.167 0.453 46 I 0.128 0.015 0.141 0.018 0.018 0.006 0.012 0.005 0.017 0.022 0.035 0.212 0.370 47 D 0.009 0.006 0.113 0.041 0.011 0.005 0.003 0.001 0.008 0.137 0.481 0.139 0.046 48 G 0.005 0.012 0.174 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.261 0.425 0.013 0.091 49 K 0.007 0.018 0.351 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.195 0.017 0.376 0.022 50 P 0.010 0.049 0.326 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.007 0.044 0.018 0.011 0.522 51 F 0.017 0.084 0.372 0.039 0.040 0.031 0.006 0.003 0.017 0.101 0.077 0.161 0.052 52 S 0.017 0.025 0.338 0.112 0.078 0.035 0.006 0.002 0.012 0.097 0.104 0.043 0.133 53 D 0.027 0.013 0.204 0.029 0.157 0.053 0.005 0.002 0.010 0.109 0.186 0.135 0.071 54 S 0.035 0.013 0.180 0.022 0.166 0.055 0.008 0.002 0.013 0.078 0.234 0.028 0.165 55 F 0.037 0.027 0.257 0.005 0.044 0.023 0.008 0.002 0.025 0.134 0.099 0.277 0.060 56 E 0.021 0.100 0.402 0.003 0.015 0.019 0.006 0.002 0.024 0.098 0.030 0.038 0.241 57 L 0.002 0.038 0.730 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.011 0.112 0.009 0.052 0.029 58 P 0.001 0.015 0.562 0.008 0.034 0.088 0.001 0.001 0.007 0.118 0.131 0.004 0.031 59 R 0.001 0.007 0.112 0.005 0.159 0.334 0.001 0.001 0.003 0.077 0.293 0.005 0.004 60 D 0.001 0.004 0.070 0.004 0.252 0.459 0.001 0.001 0.003 0.074 0.120 0.003 0.008 61 T 0.005 0.007 0.061 0.003 0.165 0.600 0.001 0.002 0.006 0.044 0.087 0.008 0.013 62 A 0.012 0.009 0.036 0.003 0.120 0.698 0.005 0.005 0.012 0.021 0.049 0.005 0.024 63 F 0.013 0.007 0.033 0.007 0.090 0.749 0.003 0.004 0.007 0.024 0.043 0.009 0.012 64 N 0.008 0.005 0.036 0.006 0.069 0.753 0.001 0.001 0.004 0.027 0.070 0.008 0.011 65 F 0.002 0.002 0.018 0.001 0.025 0.877 0.001 0.001 0.002 0.016 0.049 0.002 0.006 66 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.014 0.932 0.001 0.001 0.001 0.010 0.020 0.001 0.001 67 S 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 0.906 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.001 0.001 76 H 0.001 0.001 0.015 0.001 0.034 0.299 0.001 0.001 0.001 0.023 0.626 0.001 0.001 77 G 0.001 0.003 0.109 0.001 0.013 0.049 0.001 0.001 0.002 0.081 0.739 0.002 0.002 78 L 0.001 0.017 0.775 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 0.008 0.144 0.026 0.006 0.005 79 H 0.001 0.013 0.862 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.007 0.083 0.013 0.003 0.007 80 P 0.001 0.014 0.476 0.004 0.119 0.060 0.001 0.001 0.010 0.146 0.162 0.002 0.006 81 K 0.001 0.012 0.263 0.005 0.142 0.075 0.001 0.001 0.014 0.151 0.327 0.005 0.004 82 F 0.001 0.016 0.314 0.004 0.156 0.141 0.001 0.001 0.021 0.171 0.155 0.004 0.016 83 G 0.001 0.021 0.390 0.011 0.055 0.169 0.001 0.003 0.046 0.180 0.081 0.028 0.011 84 A 0.007 0.034 0.279 0.007 0.065 0.301 0.004 0.007 0.057 0.083 0.053 0.020 0.083 85 I 0.015 0.029 0.188 0.011 0.084 0.395 0.008 0.009 0.065 0.046 0.054 0.026 0.070 86 T 0.013 0.011 0.128 0.018 0.080 0.587 0.005 0.003 0.018 0.037 0.043 0.025 0.032 87 R 0.007 0.009 0.124 0.007 0.049 0.598 0.002 0.001 0.014 0.048 0.077 0.030 0.033 88 V 0.003 0.007 0.101 0.004 0.043 0.689 0.001 0.001 0.006 0.039 0.075 0.006 0.025 89 H 0.001 0.003 0.066 0.003 0.032 0.811 0.001 0.001 0.003 0.031 0.040 0.006 0.004 90 K 0.001 0.002 0.027 0.001 0.027 0.846 0.001 0.001 0.001 0.022 0.066 0.002 0.004 91 E 0.001 0.003 0.027 0.001 0.031 0.834 0.001 0.001 0.001 0.019 0.077 0.001 0.003 92 Y 0.001 0.002 0.029 0.001 0.032 0.884 0.001 0.001 0.002 0.018 0.027 0.001 0.003 93 D 0.001 0.001 0.025 0.004 0.073 0.827 0.001 0.001 0.002 0.020 0.043 0.002 0.002 94 A 0.002 0.002 0.014 0.001 0.085 0.790 0.001 0.001 0.004 0.014 0.077 0.002 0.007 95 M 0.002 0.002 0.021 0.002 0.045 0.864 0.001 0.001 0.002 0.016 0.040 0.001 0.004 96 F 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.976 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 99 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.029 0.921 0.001 0.001 0.001 0.002 0.044 0.001 0.001 102 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.031 0.886 0.001 0.001 0.001 0.005 0.068 0.001 0.001 103 L 0.009 0.005 0.140 0.004 0.031 0.474 0.001 0.001 0.005 0.066 0.225 0.014 0.027 104 H 0.010 0.018 0.339 0.005 0.024 0.136 0.001 0.001 0.016 0.057 0.316 0.048 0.028 105 A 0.006 0.060 0.610 0.002 0.008 0.022 0.001 0.003 0.049 0.099 0.073 0.010 0.057 106 H 0.001 0.006 0.808 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.031 0.111 0.009 0.018 0.006 107 P 0.001 0.002 0.127 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.013 0.091 0.743 0.001 0.005 108 G 0.001 0.002 0.145 0.005 0.014 0.001 0.001 0.001 0.003 0.289 0.538 0.002 0.001 109 E 0.001 0.015 0.471 0.002 0.016 0.003 0.001 0.001 0.054 0.336 0.031 0.066 0.005 110 P 0.001 0.192 0.422 0.001 0.011 0.004 0.001 0.002 0.060 0.047 0.049 0.001 0.209 111 V 0.001 0.149 0.465 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.092 0.050 0.002 0.225 0.004 112 D 0.001 0.018 0.692 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.030 0.001 0.002 0.234 113 L 0.001 0.008 0.078 0.009 0.155 0.678 0.001 0.001 0.003 0.024 0.032 0.006 0.006 114 E 0.001 0.001 0.011 0.010 0.298 0.595 0.001 0.001 0.002 0.005 0.072 0.004 0.002 115 R 0.003 0.002 0.028 0.001 0.314 0.579 0.001 0.001 0.003 0.009 0.036 0.006 0.018 116 I 0.007 0.006 0.055 0.003 0.117 0.729 0.001 0.001 0.006 0.010 0.041 0.005 0.018 117 I 0.016 0.010 0.060 0.005 0.093 0.603 0.001 0.001 0.003 0.023 0.144 0.026 0.016 118 R 0.008 0.016 0.113 0.006 0.093 0.343 0.001 0.001 0.003 0.047 0.293 0.011 0.066 119 H 0.004 0.008 0.223 0.006 0.039 0.151 0.001 0.001 0.003 0.197 0.325 0.016 0.028 120 E 0.002 0.006 0.514 0.005 0.017 0.055 0.001 0.001 0.003 0.160 0.202 0.020 0.017