# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.074 0.061 0.198 0.213 0.013 0.021 0.030 0.025 0.064 0.017 0.027 0.023 0.091 0.007 0.027 0.110 2 F 0.167 0.032 0.280 0.336 0.010 0.020 0.008 0.005 0.023 0.013 0.006 0.020 0.036 0.002 0.004 0.039 3 E 0.029 0.009 0.069 0.087 0.545 0.054 0.130 0.002 0.001 0.003 0.007 0.005 0.010 0.045 0.001 0.004 4 P 0.005 0.032 0.029 0.170 0.011 0.030 0.002 0.637 0.002 0.001 0.019 0.004 0.007 0.001 0.049 0.001 5 G 0.004 0.058 0.013 0.174 0.002 0.038 0.001 0.010 0.325 0.288 0.017 0.025 0.011 0.001 0.001 0.034 6 H 0.550 0.041 0.040 0.218 0.004 0.036 0.003 0.003 0.007 0.002 0.036 0.029 0.024 0.001 0.001 0.004 7 L 0.016 0.030 0.483 0.282 0.003 0.060 0.002 0.010 0.001 0.001 0.040 0.033 0.031 0.001 0.003 0.003 8 H 0.005 0.090 0.091 0.579 0.005 0.115 0.002 0.004 0.003 0.003 0.012 0.035 0.048 0.001 0.001 0.005 9 L 0.009 0.024 0.031 0.471 0.032 0.207 0.013 0.003 0.003 0.001 0.082 0.016 0.098 0.006 0.001 0.003 10 V 0.003 0.295 0.133 0.358 0.007 0.027 0.008 0.019 0.002 0.001 0.024 0.040 0.062 0.002 0.010 0.009 11 S 0.009 0.058 0.112 0.660 0.005 0.021 0.004 0.004 0.014 0.004 0.003 0.009 0.036 0.002 0.004 0.057 12 L 0.031 0.008 0.171 0.110 0.238 0.205 0.157 0.002 0.001 0.004 0.011 0.003 0.034 0.020 0.001 0.005 13 P 0.007 0.165 0.040 0.102 0.006 0.088 0.003 0.377 0.002 0.002 0.139 0.014 0.022 0.002 0.029 0.003 14 G 0.007 0.075 0.010 0.116 0.021 0.073 0.009 0.008 0.299 0.076 0.078 0.128 0.027 0.010 0.002 0.063 15 L 0.227 0.095 0.158 0.143 0.021 0.017 0.045 0.026 0.006 0.002 0.059 0.079 0.074 0.009 0.026 0.012 16 D 0.011 0.033 0.212 0.064 0.012 0.272 0.018 0.065 0.012 0.024 0.027 0.070 0.104 0.005 0.037 0.033 17 Q 0.052 0.073 0.060 0.089 0.017 0.076 0.018 0.020 0.035 0.020 0.340 0.026 0.094 0.016 0.009 0.055 18 Q 0.100 0.132 0.077 0.118 0.006 0.066 0.017 0.021 0.015 0.006 0.064 0.266 0.066 0.005 0.029 0.013 19 D 0.042 0.166 0.384 0.115 0.002 0.014 0.012 0.004 0.029 0.003 0.006 0.017 0.039 0.004 0.012 0.151 20 I 0.121 0.021 0.367 0.385 0.001 0.029 0.006 0.004 0.003 0.002 0.011 0.006 0.024 0.001 0.003 0.015 21 N 0.025 0.093 0.514 0.318 0.001 0.022 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 0.007 22 I 0.008 0.005 0.028 0.933 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 23 H 0.002 0.049 0.130 0.810 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.002 0.010 0.965 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.001 0.065 0.085 0.830 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Y 0.001 0.002 0.004 0.977 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.021 0.045 0.849 0.019 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 28 V 0.001 0.016 0.007 0.630 0.041 0.257 0.002 0.008 0.001 0.001 0.020 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 29 R 0.001 0.320 0.013 0.332 0.040 0.184 0.005 0.025 0.005 0.002 0.035 0.019 0.013 0.002 0.001 0.003 30 Q 0.010 0.175 0.031 0.559 0.003 0.032 0.003 0.058 0.020 0.010 0.035 0.019 0.023 0.001 0.009 0.012 31 N 0.015 0.036 0.094 0.096 0.007 0.505 0.012 0.005 0.012 0.023 0.031 0.061 0.082 0.001 0.004 0.015 32 A 0.011 0.013 0.020 0.011 0.006 0.109 0.003 0.007 0.001 0.001 0.629 0.025 0.157 0.001 0.001 0.003 33 E 0.004 0.139 0.017 0.026 0.029 0.011 0.037 0.008 0.005 0.001 0.074 0.343 0.042 0.254 0.004 0.006 34 S 0.004 0.019 0.048 0.041 0.001 0.004 0.008 0.033 0.003 0.001 0.003 0.013 0.082 0.002 0.723 0.016 35 G 0.010 0.008 0.232 0.022 0.001 0.019 0.013 0.001 0.061 0.019 0.006 0.002 0.066 0.002 0.002 0.536 36 A 0.587 0.142 0.087 0.107 0.001 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.016 0.029 0.001 0.001 0.004 37 Y 0.011 0.030 0.369 0.536 0.001 0.020 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.004 0.010 0.001 0.001 0.007 38 V 0.005 0.010 0.222 0.742 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 39 H 0.001 0.009 0.053 0.918 0.006 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 40 F 0.002 0.005 0.016 0.937 0.011 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 41 D 0.002 0.057 0.023 0.716 0.037 0.144 0.001 0.005 0.003 0.004 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 42 M 0.006 0.036 0.009 0.644 0.107 0.102 0.005 0.014 0.003 0.003 0.062 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 43 D 0.004 0.367 0.057 0.440 0.006 0.015 0.001 0.057 0.016 0.002 0.004 0.017 0.002 0.001 0.009 0.001 44 G 0.013 0.010 0.061 0.712 0.014 0.035 0.002 0.007 0.051 0.031 0.019 0.003 0.007 0.001 0.001 0.032 45 E 0.137 0.041 0.210 0.355 0.158 0.047 0.007 0.005 0.003 0.004 0.011 0.009 0.008 0.002 0.001 0.004 46 I 0.001 0.001 0.002 0.010 0.871 0.011 0.056 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 47 D 0.001 0.012 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.081 0.001 48 G 0.001 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.836 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 49 K 0.972 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 P 0.003 0.012 0.502 0.129 0.009 0.330 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 51 F 0.002 0.107 0.009 0.451 0.014 0.218 0.001 0.009 0.002 0.002 0.170 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 52 S 0.006 0.453 0.015 0.256 0.004 0.071 0.001 0.005 0.016 0.002 0.012 0.149 0.007 0.001 0.001 0.001 53 D 0.019 0.036 0.171 0.338 0.005 0.126 0.006 0.013 0.008 0.004 0.161 0.026 0.066 0.003 0.006 0.012 54 S 0.017 0.182 0.424 0.244 0.002 0.013 0.006 0.004 0.005 0.001 0.011 0.038 0.027 0.003 0.006 0.018 55 F 0.032 0.012 0.156 0.625 0.007 0.044 0.011 0.004 0.003 0.003 0.016 0.010 0.051 0.002 0.004 0.020 56 E 0.014 0.078 0.341 0.503 0.008 0.014 0.004 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.013 0.001 0.001 0.014 57 L 0.013 0.020 0.048 0.681 0.037 0.151 0.009 0.004 0.001 0.006 0.005 0.005 0.013 0.001 0.001 0.003 58 P 0.003 0.038 0.021 0.073 0.022 0.684 0.002 0.035 0.001 0.004 0.085 0.009 0.020 0.001 0.001 0.001 59 R 0.002 0.045 0.002 0.025 0.002 0.100 0.001 0.017 0.011 0.006 0.681 0.073 0.031 0.001 0.001 0.002 60 D 0.006 0.078 0.011 0.021 0.001 0.010 0.002 0.002 0.006 0.001 0.030 0.770 0.053 0.001 0.005 0.002 61 T 0.009 0.008 0.080 0.033 0.001 0.035 0.004 0.003 0.002 0.001 0.046 0.066 0.671 0.001 0.009 0.030 62 A 0.008 0.016 0.106 0.023 0.003 0.026 0.011 0.001 0.001 0.001 0.057 0.052 0.667 0.006 0.002 0.020 63 F 0.005 0.010 0.020 0.032 0.002 0.031 0.008 0.003 0.001 0.001 0.021 0.060 0.797 0.003 0.005 0.003 64 N 0.001 0.007 0.007 0.019 0.001 0.036 0.003 0.002 0.001 0.001 0.024 0.027 0.859 0.001 0.003 0.008 65 F 0.003 0.005 0.004 0.009 0.001 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.055 0.055 0.833 0.002 0.002 0.012 66 A 0.002 0.003 0.010 0.004 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.025 0.056 0.881 0.004 0.002 0.003 67 S 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.956 0.001 0.002 0.002 68 D 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.956 0.001 0.001 0.008 69 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.016 0.952 0.002 0.001 0.001 70 T 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.029 0.951 0.001 0.003 0.002 71 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.978 0.001 0.001 0.005 72 V 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.973 0.001 0.001 0.002 73 A 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.963 0.002 0.002 0.004 74 Q 0.001 0.003 0.005 0.006 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.944 0.006 0.004 0.005 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.917 0.003 0.008 76 H 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.007 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.917 0.004 77 G 0.004 0.005 0.019 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.027 0.013 0.002 0.001 0.037 0.002 0.002 0.875 78 L 0.852 0.021 0.051 0.045 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.001 0.002 0.007 79 H 0.012 0.010 0.243 0.049 0.021 0.583 0.019 0.001 0.001 0.006 0.004 0.012 0.029 0.003 0.001 0.004 80 P 0.005 0.110 0.026 0.099 0.009 0.087 0.002 0.029 0.001 0.001 0.584 0.010 0.032 0.001 0.003 0.002 81 K 0.004 0.101 0.009 0.075 0.046 0.067 0.015 0.007 0.034 0.008 0.052 0.529 0.022 0.024 0.001 0.006 82 F 0.026 0.055 0.199 0.115 0.003 0.024 0.012 0.074 0.006 0.002 0.046 0.065 0.189 0.002 0.172 0.010 83 G 0.014 0.029 0.186 0.117 0.002 0.058 0.007 0.006 0.042 0.052 0.035 0.076 0.220 0.002 0.005 0.149 84 A 0.243 0.023 0.044 0.151 0.004 0.086 0.004 0.004 0.002 0.002 0.118 0.062 0.243 0.002 0.002 0.008 85 I 0.007 0.050 0.104 0.126 0.006 0.134 0.008 0.005 0.002 0.001 0.089 0.133 0.320 0.005 0.003 0.006 86 T 0.003 0.061 0.044 0.158 0.002 0.045 0.007 0.004 0.002 0.001 0.036 0.108 0.515 0.001 0.008 0.006 87 R 0.004 0.012 0.022 0.098 0.002 0.051 0.004 0.003 0.002 0.002 0.043 0.031 0.709 0.002 0.002 0.014 88 V 0.008 0.029 0.030 0.048 0.003 0.050 0.011 0.002 0.001 0.001 0.046 0.078 0.669 0.010 0.004 0.010 89 H 0.003 0.011 0.021 0.029 0.001 0.070 0.004 0.004 0.001 0.001 0.030 0.064 0.738 0.002 0.016 0.006 90 K 0.001 0.006 0.008 0.010 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.096 0.037 0.813 0.001 0.001 0.009 91 E 0.006 0.008 0.005 0.011 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.029 0.116 0.791 0.005 0.002 0.007 92 Y 0.001 0.003 0.009 0.003 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.023 0.932 0.001 0.004 0.003 93 D 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.027 0.940 0.001 0.001 0.002 94 A 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.014 0.924 0.001 0.002 0.004 95 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.921 0.001 0.001 0.003 96 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 97 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.024 0.960 0.001 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.985 0.001 0.001 0.002 99 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.974 0.005 0.003 0.003 101 A 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.923 0.013 0.021 0.029 102 K 0.004 0.005 0.026 0.002 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.449 0.295 0.009 0.146 103 L 0.014 0.008 0.161 0.009 0.001 0.005 0.073 0.008 0.001 0.001 0.004 0.006 0.495 0.011 0.178 0.027 104 H 0.009 0.054 0.159 0.041 0.002 0.014 0.026 0.003 0.016 0.004 0.005 0.004 0.192 0.011 0.009 0.453 105 A 0.342 0.038 0.199 0.226 0.011 0.009 0.013 0.003 0.004 0.002 0.010 0.006 0.075 0.005 0.010 0.048 106 H 0.004 0.004 0.078 0.014 0.385 0.056 0.307 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.006 0.136 0.001 0.002 107 P 0.002 0.017 0.004 0.021 0.002 0.027 0.002 0.745 0.001 0.001 0.027 0.002 0.005 0.001 0.143 0.001 108 G 0.001 0.047 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.842 0.023 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.062 109 E 0.937 0.002 0.025 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 110 P 0.003 0.002 0.928 0.042 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 111 V 0.002 0.074 0.016 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.021 0.006 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 0.856 0.003 0.008 0.085 116 I 0.009 0.006 0.305 0.012 0.001 0.006 0.057 0.001 0.001 0.001 0.012 0.013 0.519 0.010 0.004 0.044 117 I 0.015 0.036 0.142 0.062 0.007 0.022 0.064 0.012 0.001 0.001 0.008 0.014 0.523 0.037 0.022 0.033 118 R 0.009 0.024 0.118 0.120 0.027 0.074 0.076 0.014 0.011 0.007 0.016 0.008 0.313 0.057 0.029 0.095 119 H 0.017 0.044 0.089 0.044 0.055 0.103 0.106 0.025 0.008 0.008 0.090 0.021 0.250 0.056 0.033 0.051 120 E 0.025 0.147 0.079 0.037 0.018 0.045 0.062 0.061 0.012 0.007 0.155 0.085 0.117 0.046 0.060 0.044