# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.004 0.001 0.039 0.026 0.068 0.124 0.001 0.001 0.026 0.704 2 F 0.011 0.006 0.001 0.024 0.040 0.040 0.115 0.001 0.001 0.027 0.735 3 E 0.106 0.034 0.002 0.036 0.136 0.110 0.107 0.007 0.001 0.061 0.400 4 P 0.035 0.028 0.001 0.039 0.044 0.088 0.119 0.004 0.001 0.048 0.594 5 G 0.018 0.037 0.004 0.067 0.118 0.271 0.081 0.004 0.001 0.047 0.352 6 H 0.059 0.036 0.002 0.066 0.156 0.274 0.063 0.007 0.001 0.050 0.285 7 L 0.028 0.018 0.007 0.076 0.173 0.209 0.067 0.005 0.003 0.071 0.343 8 H 0.031 0.012 0.003 0.110 0.150 0.271 0.055 0.005 0.002 0.058 0.303 9 L 0.098 0.006 0.001 0.043 0.059 0.110 0.078 0.003 0.001 0.080 0.522 10 V 0.008 0.005 0.001 0.067 0.104 0.128 0.102 0.002 0.001 0.034 0.548 11 S 0.024 0.016 0.001 0.039 0.030 0.060 0.082 0.003 0.001 0.024 0.720 12 L 0.246 0.025 0.003 0.014 0.042 0.034 0.084 0.017 0.002 0.087 0.445 13 P 0.070 0.014 0.001 0.016 0.023 0.028 0.097 0.005 0.001 0.038 0.707 14 G 0.097 0.013 0.001 0.012 0.011 0.026 0.095 0.003 0.001 0.048 0.693 15 L 0.048 0.006 0.002 0.014 0.024 0.021 0.119 0.003 0.001 0.046 0.716 16 D 0.159 0.016 0.002 0.013 0.014 0.021 0.104 0.006 0.001 0.047 0.616 17 Q 0.118 0.007 0.002 0.011 0.011 0.014 0.106 0.003 0.001 0.049 0.679 18 Q 0.038 0.006 0.001 0.022 0.022 0.039 0.137 0.002 0.001 0.029 0.702 19 D 0.021 0.004 0.001 0.026 0.017 0.040 0.119 0.002 0.001 0.044 0.726 20 I 0.010 0.003 0.001 0.067 0.168 0.166 0.120 0.001 0.001 0.043 0.421 21 N 0.005 0.003 0.001 0.103 0.074 0.219 0.072 0.001 0.001 0.057 0.466 22 I 0.002 0.002 0.001 0.104 0.329 0.324 0.034 0.001 0.001 0.024 0.181 23 H 0.003 0.004 0.001 0.292 0.156 0.286 0.027 0.001 0.001 0.079 0.151 24 I 0.004 0.006 0.001 0.137 0.331 0.291 0.026 0.001 0.001 0.056 0.147 25 R 0.007 0.009 0.001 0.188 0.229 0.314 0.031 0.002 0.001 0.054 0.164 26 Y 0.009 0.011 0.002 0.103 0.255 0.390 0.028 0.002 0.001 0.045 0.155 27 E 0.029 0.012 0.004 0.105 0.223 0.341 0.039 0.005 0.002 0.080 0.160 28 V 0.113 0.009 0.002 0.054 0.156 0.178 0.064 0.005 0.001 0.096 0.322 29 R 0.023 0.014 0.003 0.072 0.119 0.201 0.112 0.004 0.001 0.049 0.403 30 Q 0.018 0.017 0.002 0.033 0.034 0.098 0.095 0.002 0.001 0.060 0.640 31 N 0.216 0.021 0.036 0.009 0.031 0.031 0.075 0.018 0.027 0.298 0.236 32 A 0.283 0.008 0.001 0.008 0.015 0.017 0.069 0.009 0.001 0.035 0.555 33 E 0.242 0.008 0.001 0.008 0.005 0.013 0.064 0.003 0.001 0.027 0.629 34 S 0.008 0.006 0.001 0.025 0.016 0.039 0.115 0.001 0.001 0.015 0.774 35 G 0.011 0.009 0.001 0.028 0.027 0.099 0.132 0.002 0.001 0.054 0.637 36 A 0.004 0.004 0.001 0.047 0.467 0.297 0.030 0.001 0.001 0.032 0.118 37 Y 0.007 0.003 0.001 0.152 0.103 0.230 0.050 0.001 0.001 0.087 0.366 38 V 0.002 0.002 0.001 0.106 0.369 0.370 0.019 0.001 0.001 0.037 0.092 39 H 0.004 0.002 0.001 0.158 0.229 0.371 0.026 0.001 0.001 0.051 0.158 40 F 0.003 0.002 0.001 0.081 0.351 0.395 0.018 0.001 0.001 0.031 0.117 41 D 0.036 0.006 0.001 0.096 0.185 0.267 0.044 0.003 0.001 0.101 0.261 42 M 0.027 0.005 0.001 0.069 0.217 0.333 0.067 0.004 0.001 0.058 0.217 43 D 0.014 0.004 0.001 0.067 0.104 0.229 0.084 0.002 0.001 0.039 0.458 44 G 0.004 0.002 0.006 0.068 0.140 0.369 0.077 0.001 0.005 0.051 0.279 45 E 0.054 0.002 0.001 0.079 0.111 0.168 0.089 0.003 0.001 0.067 0.425 46 I 0.732 0.001 0.001 0.010 0.011 0.014 0.027 0.004 0.001 0.060 0.142 47 D 0.004 0.001 0.001 0.037 0.009 0.035 0.099 0.001 0.001 0.015 0.799 48 G 0.007 0.002 0.001 0.007 0.007 0.033 0.063 0.001 0.001 0.026 0.856 49 K 0.006 0.002 0.001 0.017 0.491 0.094 0.057 0.001 0.001 0.040 0.292 50 P 0.025 0.005 0.001 0.038 0.047 0.064 0.101 0.001 0.001 0.088 0.629 51 F 0.046 0.010 0.002 0.024 0.063 0.086 0.130 0.006 0.001 0.056 0.576 52 S 0.218 0.010 0.003 0.013 0.021 0.040 0.099 0.009 0.002 0.063 0.522 53 D 0.069 0.010 0.001 0.029 0.050 0.144 0.119 0.004 0.001 0.051 0.522 54 S 0.017 0.004 0.001 0.029 0.034 0.086 0.090 0.002 0.001 0.044 0.693 55 F 0.005 0.003 0.001 0.077 0.253 0.194 0.067 0.001 0.001 0.035 0.366 56 E 0.008 0.011 0.001 0.059 0.095 0.133 0.075 0.001 0.001 0.049 0.567 57 L 0.024 0.019 0.002 0.055 0.155 0.082 0.107 0.002 0.001 0.107 0.447 58 P 0.064 0.247 0.002 0.024 0.021 0.021 0.079 0.010 0.001 0.184 0.347 59 R 0.081 0.605 0.001 0.005 0.005 0.009 0.037 0.016 0.001 0.036 0.204 60 D 0.034 0.415 0.004 0.018 0.012 0.014 0.057 0.003 0.001 0.244 0.198 61 T 0.016 0.686 0.004 0.009 0.013 0.016 0.025 0.004 0.001 0.127 0.100 62 A 0.051 0.811 0.003 0.004 0.004 0.004 0.015 0.013 0.001 0.027 0.067 63 F 0.015 0.242 0.006 0.024 0.005 0.011 0.033 0.003 0.001 0.575 0.084 64 N 0.006 0.626 0.007 0.006 0.005 0.004 0.029 0.002 0.001 0.219 0.095 65 F 0.021 0.891 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.042 0.025 66 A 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.944 0.005 67 S 0.001 0.779 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.192 0.017 68 D 0.004 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.007 69 A 0.002 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.014 0.008 70 T 0.002 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.008 71 R 0.009 0.886 0.003 0.003 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.054 0.033 72 V 0.032 0.735 0.024 0.004 0.002 0.002 0.018 0.009 0.006 0.136 0.032 73 A 0.056 0.059 0.385 0.008 0.003 0.003 0.047 0.015 0.162 0.190 0.072 74 Q 0.695 0.018 0.004 0.003 0.002 0.004 0.040 0.006 0.002 0.020 0.208 75 K 0.030 0.007 0.001 0.005 0.001 0.004 0.056 0.002 0.001 0.010 0.883 76 H 0.032 0.003 0.002 0.019 0.005 0.008 0.150 0.001 0.001 0.016 0.765 77 G 0.009 0.005 0.001 0.009 0.006 0.019 0.122 0.001 0.001 0.042 0.785 78 L 0.010 0.005 0.001 0.007 0.009 0.004 0.084 0.001 0.001 0.006 0.873 79 H 0.539 0.040 0.006 0.063 0.006 0.007 0.056 0.014 0.003 0.061 0.205 80 P 0.137 0.030 0.001 0.013 0.002 0.004 0.087 0.005 0.001 0.036 0.683 81 K 0.117 0.076 0.001 0.040 0.002 0.005 0.066 0.004 0.001 0.027 0.660 82 F 0.048 0.054 0.001 0.036 0.013 0.017 0.120 0.003 0.001 0.145 0.562 83 G 0.015 0.160 0.003 0.044 0.016 0.026 0.123 0.002 0.001 0.133 0.478 84 A 0.055 0.358 0.002 0.026 0.057 0.032 0.062 0.007 0.001 0.104 0.296 85 I 0.054 0.488 0.003 0.037 0.014 0.028 0.058 0.010 0.001 0.063 0.244 86 T 0.046 0.496 0.003 0.040 0.018 0.028 0.052 0.005 0.001 0.096 0.215 87 R 0.036 0.486 0.007 0.028 0.017 0.031 0.068 0.003 0.001 0.075 0.246 88 V 0.036 0.601 0.007 0.014 0.010 0.009 0.046 0.009 0.001 0.054 0.214 89 H 0.081 0.789 0.003 0.005 0.003 0.004 0.020 0.009 0.001 0.027 0.058 90 K 0.028 0.820 0.002 0.005 0.003 0.004 0.020 0.003 0.001 0.016 0.098 91 E 0.011 0.909 0.003 0.002 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.009 0.051 92 Y 0.030 0.864 0.004 0.004 0.001 0.002 0.010 0.009 0.001 0.039 0.037 93 D 0.032 0.866 0.003 0.003 0.002 0.002 0.013 0.003 0.001 0.027 0.049 94 A 0.018 0.719 0.006 0.005 0.004 0.003 0.024 0.002 0.001 0.049 0.169 95 M 0.006 0.920 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.017 0.042 96 F 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.004 97 E 0.013 0.882 0.003 0.001 0.002 0.001 0.006 0.002 0.001 0.055 0.035 98 D 0.022 0.863 0.014 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.002 0.030 0.054 99 I 0.152 0.700 0.017 0.002 0.001 0.002 0.013 0.061 0.004 0.019 0.029 100 R 0.217 0.192 0.107 0.005 0.004 0.006 0.043 0.020 0.073 0.092 0.240 101 A 0.404 0.035 0.004 0.006 0.004 0.009 0.050 0.004 0.001 0.018 0.464 102 K 0.031 0.017 0.001 0.013 0.003 0.012 0.103 0.007 0.001 0.023 0.789 103 L 0.055 0.002 0.006 0.033 0.039 0.036 0.154 0.002 0.001 0.051 0.621 104 H 0.005 0.001 0.001 0.010 0.009 0.024 0.087 0.001 0.001 0.027 0.835 105 A 0.005 0.001 0.001 0.013 0.006 0.006 0.074 0.001 0.001 0.011 0.884 106 H 0.784 0.001 0.001 0.012 0.004 0.003 0.038 0.002 0.001 0.037 0.118 107 P 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.079 0.001 0.001 0.008 0.898 108 G 0.007 0.002 0.001 0.011 0.001 0.005 0.079 0.001 0.001 0.008 0.886 109 E 0.038 0.005 0.001 0.065 0.153 0.061 0.133 0.001 0.001 0.050 0.492 110 P 0.008 0.004 0.001 0.016 0.006 0.016 0.131 0.001 0.001 0.009 0.808 111 V 0.005 0.014 0.001 0.088 0.057 0.040 0.107 0.001 0.001 0.005 0.683 112 D 0.343 0.549 0.001 0.003 0.007 0.007 0.011 0.016 0.001 0.014 0.049 113 L 0.158 0.710 0.001 0.001 0.003 0.003 0.016 0.020 0.001 0.011 0.078 114 E 0.054 0.547 0.006 0.004 0.012 0.011 0.030 0.003 0.001 0.034 0.299 115 R 0.189 0.268 0.006 0.015 0.025 0.065 0.055 0.011 0.003 0.092 0.270 116 I 0.140 0.071 0.037 0.015 0.029 0.029 0.115 0.017 0.016 0.118 0.413 117 I 0.257 0.012 0.004 0.013 0.031 0.043 0.055 0.003 0.002 0.038 0.541 118 R 0.018 0.004 0.001 0.007 0.004 0.011 0.061 0.001 0.001 0.009 0.885 119 H 0.034 0.005 0.002 0.013 0.008 0.013 0.145 0.002 0.001 0.021 0.757 120 E 0.051 0.007 0.002 0.009 0.011 0.015 0.145 0.003 0.001 0.035 0.722