# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.004 0.033 0.047 0.126 0.144 0.033 0.607 2 F 0.050 0.010 0.046 0.072 0.104 0.131 0.057 0.529 3 E 0.177 0.042 0.038 0.084 0.088 0.120 0.069 0.382 4 P 0.027 0.025 0.032 0.026 0.057 0.110 0.025 0.697 5 G 0.049 0.073 0.099 0.068 0.141 0.103 0.048 0.420 6 H 0.119 0.100 0.071 0.070 0.109 0.092 0.092 0.348 7 L 0.029 0.026 0.156 0.122 0.125 0.071 0.131 0.340 8 H 0.051 0.044 0.090 0.145 0.233 0.069 0.078 0.289 9 L 0.194 0.020 0.068 0.051 0.082 0.088 0.068 0.431 10 V 0.013 0.009 0.064 0.123 0.136 0.109 0.054 0.493 11 S 0.038 0.012 0.014 0.014 0.033 0.071 0.019 0.798 12 L 0.205 0.020 0.022 0.047 0.038 0.112 0.102 0.453 13 P 0.062 0.018 0.023 0.034 0.035 0.117 0.041 0.671 14 G 0.092 0.015 0.016 0.013 0.032 0.108 0.062 0.660 15 L 0.035 0.004 0.024 0.023 0.017 0.117 0.045 0.735 16 D 0.330 0.012 0.012 0.013 0.019 0.073 0.081 0.460 17 Q 0.108 0.005 0.010 0.005 0.009 0.091 0.041 0.731 18 Q 0.026 0.004 0.045 0.020 0.065 0.175 0.039 0.626 19 D 0.008 0.002 0.043 0.018 0.052 0.091 0.038 0.748 20 I 0.011 0.004 0.142 0.136 0.172 0.123 0.041 0.372 21 N 0.008 0.005 0.214 0.080 0.164 0.059 0.065 0.405 22 I 0.008 0.008 0.219 0.212 0.240 0.052 0.039 0.221 23 H 0.009 0.009 0.374 0.121 0.203 0.037 0.046 0.201 24 I 0.018 0.029 0.179 0.237 0.226 0.045 0.047 0.219 25 R 0.013 0.026 0.222 0.150 0.284 0.042 0.071 0.192 26 Y 0.025 0.022 0.103 0.208 0.264 0.048 0.060 0.270 27 E 0.029 0.015 0.094 0.299 0.311 0.041 0.055 0.155 28 V 0.061 0.026 0.046 0.100 0.145 0.087 0.048 0.488 29 R 0.026 0.016 0.037 0.170 0.211 0.079 0.042 0.418 30 Q 0.018 0.004 0.011 0.034 0.042 0.073 0.045 0.773 31 N 0.328 0.034 0.011 0.045 0.032 0.064 0.210 0.276 32 A 0.324 0.017 0.006 0.010 0.016 0.087 0.027 0.512 33 E 0.098 0.009 0.006 0.007 0.014 0.075 0.018 0.774 34 S 0.041 0.013 0.010 0.015 0.048 0.120 0.021 0.732 35 G 0.020 0.012 0.022 0.041 0.136 0.112 0.061 0.597 36 A 0.009 0.007 0.055 0.244 0.402 0.058 0.045 0.182 37 Y 0.004 0.003 0.076 0.197 0.331 0.033 0.048 0.307 38 V 0.003 0.002 0.087 0.424 0.347 0.024 0.018 0.095 39 H 0.003 0.002 0.148 0.202 0.451 0.024 0.038 0.133 40 F 0.005 0.002 0.077 0.327 0.402 0.029 0.042 0.115 41 D 0.037 0.005 0.106 0.219 0.303 0.054 0.064 0.213 42 M 0.043 0.008 0.046 0.189 0.182 0.083 0.045 0.404 43 D 0.024 0.006 0.051 0.080 0.164 0.085 0.033 0.557 44 G 0.017 0.005 0.092 0.110 0.199 0.083 0.071 0.424 45 E 0.068 0.004 0.051 0.112 0.126 0.083 0.040 0.514 46 I 0.392 0.003 0.028 0.082 0.046 0.062 0.052 0.335 47 D 0.024 0.002 0.010 0.022 0.054 0.111 0.011 0.767 48 G 0.007 0.001 0.008 0.007 0.036 0.059 0.009 0.874 49 K 0.021 0.003 0.028 0.216 0.131 0.154 0.042 0.405 50 P 0.019 0.007 0.038 0.051 0.062 0.111 0.036 0.675 51 F 0.179 0.023 0.030 0.079 0.088 0.068 0.053 0.480 52 S 0.228 0.017 0.030 0.039 0.051 0.067 0.068 0.501 53 D 0.094 0.019 0.018 0.048 0.098 0.073 0.041 0.609 54 S 0.019 0.004 0.029 0.041 0.109 0.088 0.024 0.686 55 F 0.011 0.007 0.033 0.145 0.173 0.136 0.036 0.460 56 E 0.009 0.008 0.022 0.025 0.051 0.115 0.017 0.753 57 L 0.050 0.026 0.026 0.046 0.031 0.132 0.138 0.552 58 P 0.170 0.411 0.010 0.011 0.010 0.046 0.111 0.231 59 R 0.140 0.544 0.007 0.003 0.007 0.039 0.074 0.184 60 D 0.034 0.495 0.021 0.016 0.021 0.046 0.142 0.225 61 T 0.015 0.802 0.014 0.010 0.018 0.021 0.040 0.080 62 A 0.022 0.824 0.013 0.004 0.008 0.021 0.029 0.077 63 F 0.030 0.484 0.057 0.021 0.017 0.023 0.301 0.067 64 N 0.019 0.623 0.032 0.006 0.007 0.023 0.219 0.070 65 F 0.049 0.859 0.010 0.001 0.002 0.010 0.034 0.036 66 A 0.020 0.204 0.017 0.003 0.003 0.016 0.674 0.062 67 S 0.011 0.577 0.007 0.002 0.003 0.025 0.265 0.110 68 D 0.010 0.924 0.002 0.001 0.001 0.008 0.016 0.038 69 A 0.004 0.956 0.002 0.001 0.002 0.005 0.011 0.019 70 T 0.010 0.929 0.004 0.001 0.003 0.006 0.031 0.017 71 R 0.013 0.908 0.011 0.005 0.003 0.006 0.032 0.023 72 V 0.071 0.609 0.108 0.012 0.014 0.021 0.112 0.053 73 A 0.180 0.061 0.259 0.018 0.015 0.040 0.320 0.108 74 Q 0.604 0.018 0.022 0.007 0.007 0.031 0.024 0.288 75 K 0.089 0.002 0.008 0.002 0.003 0.027 0.011 0.859 76 H 0.006 0.001 0.006 0.003 0.007 0.137 0.005 0.835 77 G 0.005 0.001 0.012 0.010 0.019 0.095 0.014 0.843 78 L 0.024 0.005 0.010 0.023 0.009 0.089 0.014 0.825 79 H 0.291 0.037 0.041 0.022 0.018 0.086 0.072 0.433 80 P 0.137 0.033 0.018 0.010 0.010 0.094 0.029 0.669 81 K 0.151 0.088 0.020 0.005 0.010 0.057 0.038 0.631 82 F 0.052 0.077 0.028 0.009 0.014 0.098 0.159 0.563 83 G 0.030 0.188 0.056 0.033 0.056 0.111 0.177 0.349 84 A 0.078 0.321 0.041 0.026 0.042 0.066 0.076 0.351 85 I 0.036 0.334 0.058 0.042 0.053 0.066 0.129 0.283 86 T 0.054 0.459 0.042 0.022 0.040 0.044 0.083 0.256 87 R 0.050 0.427 0.038 0.033 0.027 0.060 0.133 0.233 88 V 0.027 0.588 0.018 0.007 0.009 0.039 0.136 0.175 89 H 0.043 0.815 0.007 0.002 0.003 0.012 0.070 0.047 90 K 0.010 0.905 0.003 0.002 0.002 0.009 0.019 0.050 91 E 0.007 0.916 0.003 0.001 0.001 0.005 0.036 0.031 92 Y 0.009 0.920 0.002 0.001 0.001 0.003 0.058 0.008 93 D 0.011 0.934 0.002 0.001 0.001 0.002 0.041 0.010 94 A 0.007 0.880 0.008 0.001 0.001 0.005 0.069 0.029 95 M 0.010 0.923 0.003 0.001 0.001 0.005 0.044 0.014 96 F 0.025 0.868 0.005 0.001 0.001 0.003 0.084 0.014 97 E 0.007 0.917 0.003 0.001 0.001 0.006 0.023 0.042 98 D 0.022 0.869 0.009 0.001 0.001 0.009 0.037 0.052 99 I 0.078 0.675 0.019 0.004 0.003 0.021 0.126 0.075 100 R 0.263 0.141 0.054 0.005 0.006 0.045 0.291 0.194 101 A 0.166 0.070 0.016 0.006 0.005 0.060 0.063 0.615 102 K 0.046 0.010 0.050 0.008 0.014 0.108 0.023 0.741 103 L 0.038 0.003 0.028 0.012 0.018 0.168 0.032 0.702 104 H 0.011 0.002 0.057 0.033 0.054 0.174 0.038 0.630 105 A 0.013 0.001 0.023 0.006 0.011 0.088 0.013 0.845 106 H 0.546 0.002 0.028 0.042 0.021 0.094 0.102 0.164 107 P 0.044 0.001 0.009 0.005 0.014 0.090 0.011 0.826 108 G 0.009 0.001 0.014 0.007 0.032 0.069 0.007 0.862 109 E 0.025 0.005 0.060 0.117 0.141 0.169 0.045 0.438 110 P 0.005 0.005 0.019 0.041 0.044 0.133 0.010 0.743 111 V 0.011 0.017 0.045 0.060 0.045 0.072 0.013 0.738 112 D 0.273 0.477 0.010 0.011 0.011 0.030 0.048 0.140 113 L 0.143 0.741 0.007 0.005 0.004 0.011 0.035 0.054 114 E 0.045 0.598 0.027 0.022 0.027 0.026 0.036 0.221 115 R 0.167 0.244 0.058 0.043 0.059 0.050 0.162 0.218 116 I 0.238 0.088 0.037 0.062 0.076 0.094 0.126 0.279 117 I 0.156 0.018 0.018 0.028 0.056 0.073 0.063 0.588 118 R 0.034 0.005 0.004 0.011 0.018 0.069 0.023 0.836 119 H 0.025 0.006 0.005 0.011 0.019 0.085 0.025 0.824 120 E 0.043 0.011 0.009 0.024 0.038 0.126 0.033 0.715