# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.314 0.108 0.053 0.121 0.102 0.080 0.096 0.052 0.036 0.023 0.014 2 F 0.068 0.044 0.031 0.074 0.080 0.097 0.139 0.132 0.148 0.115 0.073 3 E 0.152 0.240 0.080 0.167 0.123 0.073 0.074 0.037 0.028 0.017 0.010 4 P 0.132 0.079 0.040 0.098 0.110 0.096 0.131 0.112 0.093 0.067 0.043 5 G 0.108 0.077 0.039 0.106 0.123 0.129 0.145 0.095 0.088 0.057 0.033 6 H 0.029 0.047 0.035 0.137 0.133 0.100 0.173 0.123 0.108 0.070 0.044 7 L 0.008 0.008 0.010 0.019 0.020 0.034 0.094 0.133 0.229 0.234 0.210 8 H 0.036 0.060 0.060 0.188 0.187 0.128 0.139 0.075 0.064 0.038 0.025 9 L 0.019 0.037 0.044 0.110 0.092 0.114 0.169 0.110 0.133 0.096 0.075 10 V 0.074 0.054 0.051 0.137 0.156 0.117 0.156 0.091 0.075 0.055 0.032 11 S 0.177 0.229 0.091 0.200 0.128 0.059 0.057 0.028 0.016 0.010 0.004 12 L 0.025 0.034 0.020 0.071 0.066 0.135 0.192 0.156 0.140 0.094 0.065 13 P 0.459 0.209 0.074 0.116 0.056 0.031 0.026 0.013 0.008 0.006 0.002 14 G 0.380 0.201 0.059 0.158 0.087 0.046 0.036 0.016 0.009 0.005 0.002 15 L 0.051 0.037 0.020 0.051 0.058 0.092 0.133 0.122 0.161 0.137 0.138 16 D 0.151 0.360 0.072 0.185 0.121 0.043 0.039 0.013 0.008 0.005 0.003 17 Q 0.222 0.195 0.093 0.146 0.127 0.068 0.061 0.041 0.023 0.014 0.009 18 Q 0.438 0.207 0.074 0.123 0.067 0.042 0.026 0.010 0.007 0.004 0.002 19 D 0.227 0.207 0.049 0.235 0.128 0.077 0.048 0.016 0.008 0.004 0.002 20 I 0.024 0.020 0.013 0.034 0.049 0.076 0.163 0.201 0.174 0.139 0.108 21 N 0.092 0.202 0.084 0.292 0.200 0.073 0.034 0.011 0.007 0.004 0.001 22 I 0.006 0.006 0.014 0.015 0.015 0.033 0.086 0.105 0.217 0.259 0.244 23 H 0.056 0.117 0.075 0.307 0.256 0.088 0.051 0.019 0.016 0.010 0.005 24 I 0.004 0.008 0.012 0.017 0.018 0.038 0.085 0.125 0.228 0.238 0.228 25 R 0.025 0.071 0.083 0.337 0.272 0.100 0.057 0.021 0.017 0.013 0.005 26 Y 0.007 0.010 0.022 0.028 0.036 0.056 0.144 0.204 0.209 0.168 0.116 27 E 0.046 0.118 0.147 0.305 0.214 0.067 0.051 0.022 0.016 0.011 0.003 28 V 0.004 0.009 0.018 0.023 0.021 0.055 0.154 0.141 0.224 0.220 0.131 29 R 0.038 0.055 0.089 0.264 0.233 0.111 0.110 0.047 0.029 0.019 0.006 30 Q 0.218 0.203 0.195 0.151 0.098 0.046 0.045 0.020 0.013 0.008 0.003 31 N 0.138 0.246 0.083 0.154 0.122 0.096 0.090 0.033 0.020 0.012 0.006 32 A 0.277 0.108 0.046 0.098 0.092 0.097 0.140 0.071 0.039 0.020 0.012 33 E 0.614 0.175 0.096 0.077 0.023 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 34 S 0.141 0.167 0.094 0.201 0.143 0.107 0.086 0.034 0.016 0.007 0.003 35 G 0.092 0.049 0.029 0.075 0.093 0.134 0.188 0.115 0.109 0.066 0.047 36 A 0.062 0.113 0.103 0.214 0.176 0.161 0.106 0.029 0.021 0.011 0.005 37 Y 0.019 0.043 0.106 0.142 0.136 0.142 0.149 0.107 0.080 0.049 0.028 38 V 0.003 0.005 0.010 0.014 0.020 0.037 0.117 0.191 0.208 0.220 0.176 39 H 0.008 0.029 0.055 0.133 0.129 0.127 0.153 0.123 0.107 0.082 0.054 40 F 0.004 0.008 0.028 0.026 0.028 0.053 0.110 0.136 0.202 0.226 0.180 41 D 0.027 0.061 0.075 0.226 0.221 0.125 0.110 0.055 0.046 0.040 0.014 42 M 0.007 0.009 0.009 0.018 0.019 0.045 0.100 0.165 0.217 0.218 0.193 43 D 0.093 0.278 0.058 0.296 0.157 0.056 0.030 0.013 0.010 0.007 0.003 44 G 0.238 0.099 0.038 0.067 0.079 0.065 0.113 0.087 0.089 0.074 0.052 45 E 0.157 0.249 0.044 0.256 0.203 0.043 0.024 0.010 0.007 0.004 0.002 46 I 0.012 0.011 0.008 0.018 0.013 0.034 0.077 0.088 0.227 0.244 0.269 47 D 0.119 0.468 0.056 0.216 0.109 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 48 G 0.426 0.208 0.036 0.120 0.074 0.047 0.040 0.024 0.015 0.007 0.004 49 K 0.318 0.160 0.048 0.138 0.131 0.078 0.058 0.024 0.022 0.016 0.007 50 P 0.188 0.290 0.060 0.197 0.107 0.061 0.059 0.020 0.011 0.006 0.002 51 F 0.012 0.016 0.016 0.037 0.044 0.083 0.164 0.181 0.184 0.142 0.119 52 S 0.211 0.293 0.121 0.223 0.097 0.028 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 53 D 0.379 0.192 0.096 0.136 0.079 0.047 0.038 0.017 0.009 0.005 0.002 54 S 0.251 0.165 0.058 0.211 0.154 0.076 0.044 0.018 0.013 0.007 0.003 55 F 0.018 0.016 0.020 0.041 0.049 0.105 0.194 0.162 0.185 0.126 0.085 56 E 0.071 0.128 0.207 0.278 0.185 0.058 0.040 0.017 0.009 0.006 0.002 57 L 0.020 0.030 0.065 0.062 0.063 0.089 0.162 0.138 0.163 0.126 0.081 58 P 0.094 0.122 0.104 0.190 0.154 0.105 0.100 0.045 0.042 0.030 0.013 59 R 0.114 0.097 0.074 0.164 0.145 0.126 0.134 0.060 0.047 0.026 0.013 60 D 0.117 0.070 0.088 0.149 0.148 0.117 0.116 0.068 0.060 0.042 0.024 61 T 0.038 0.074 0.065 0.180 0.187 0.150 0.159 0.070 0.046 0.022 0.009 62 A 0.007 0.009 0.023 0.029 0.029 0.038 0.099 0.131 0.219 0.221 0.195 63 F 0.006 0.010 0.028 0.059 0.082 0.127 0.209 0.156 0.151 0.107 0.065 64 N 0.026 0.086 0.206 0.255 0.193 0.081 0.071 0.036 0.025 0.016 0.005 65 F 0.003 0.006 0.013 0.020 0.022 0.052 0.153 0.177 0.206 0.196 0.151 66 A 0.011 0.010 0.022 0.038 0.038 0.064 0.147 0.140 0.210 0.183 0.138 67 S 0.069 0.084 0.183 0.201 0.153 0.108 0.098 0.047 0.029 0.020 0.008 68 D 0.033 0.081 0.116 0.232 0.193 0.146 0.120 0.040 0.022 0.011 0.005 69 A 0.002 0.002 0.005 0.005 0.006 0.012 0.058 0.121 0.253 0.287 0.249 70 T 0.016 0.033 0.075 0.171 0.180 0.166 0.193 0.075 0.050 0.031 0.011 71 R 0.028 0.047 0.369 0.194 0.108 0.094 0.076 0.033 0.025 0.017 0.008 72 V 0.008 0.014 0.060 0.093 0.108 0.177 0.275 0.105 0.086 0.045 0.028 73 A 0.002 0.003 0.012 0.008 0.009 0.015 0.066 0.127 0.212 0.259 0.287 74 Q 0.007 0.017 0.169 0.196 0.208 0.149 0.125 0.060 0.033 0.027 0.009 75 K 0.037 0.053 0.367 0.231 0.167 0.067 0.046 0.016 0.009 0.005 0.002 76 H 0.040 0.027 0.037 0.054 0.069 0.130 0.261 0.154 0.110 0.078 0.039 77 G 0.390 0.147 0.047 0.079 0.052 0.056 0.084 0.046 0.049 0.032 0.019 78 L 0.049 0.039 0.038 0.048 0.043 0.062 0.121 0.117 0.181 0.160 0.142 79 H 0.156 0.172 0.089 0.170 0.143 0.078 0.084 0.046 0.030 0.018 0.013 80 P 0.244 0.127 0.050 0.096 0.085 0.081 0.100 0.074 0.061 0.048 0.035 81 K 0.291 0.256 0.059 0.156 0.095 0.057 0.037 0.019 0.014 0.010 0.006 82 F 0.087 0.045 0.023 0.079 0.091 0.131 0.166 0.147 0.103 0.073 0.055 83 G 0.282 0.173 0.079 0.161 0.113 0.067 0.055 0.030 0.021 0.015 0.006 84 A 0.061 0.095 0.074 0.170 0.152 0.126 0.134 0.079 0.057 0.036 0.017 85 I 0.017 0.016 0.020 0.029 0.032 0.048 0.125 0.149 0.207 0.201 0.155 86 T 0.028 0.037 0.051 0.135 0.147 0.168 0.184 0.096 0.077 0.051 0.026 87 R 0.112 0.132 0.224 0.185 0.118 0.068 0.063 0.038 0.030 0.021 0.009 88 V 0.040 0.054 0.054 0.106 0.106 0.131 0.199 0.115 0.093 0.066 0.035 89 H 0.021 0.019 0.027 0.048 0.058 0.100 0.181 0.178 0.166 0.122 0.079 90 K 0.185 0.124 0.255 0.211 0.104 0.053 0.034 0.017 0.009 0.007 0.002 91 E 0.072 0.084 0.186 0.204 0.149 0.129 0.098 0.040 0.022 0.012 0.004 92 Y 0.024 0.020 0.031 0.038 0.048 0.071 0.165 0.173 0.188 0.157 0.085 93 D 0.056 0.052 0.135 0.142 0.144 0.151 0.158 0.070 0.048 0.033 0.011 94 A 0.067 0.075 0.412 0.166 0.108 0.058 0.054 0.029 0.018 0.011 0.003 95 M 0.016 0.030 0.069 0.055 0.055 0.111 0.228 0.126 0.149 0.110 0.051 96 F 0.011 0.012 0.030 0.044 0.064 0.123 0.246 0.161 0.154 0.103 0.053 97 E 0.131 0.072 0.436 0.194 0.090 0.031 0.023 0.011 0.007 0.004 0.001 98 D 0.018 0.029 0.150 0.119 0.133 0.178 0.218 0.079 0.045 0.023 0.009 99 I 0.009 0.015 0.042 0.028 0.026 0.047 0.168 0.121 0.210 0.198 0.136 100 R 0.008 0.013 0.097 0.116 0.158 0.197 0.211 0.087 0.060 0.038 0.014 101 A 0.041 0.044 0.623 0.150 0.085 0.029 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 102 K 0.019 0.039 0.080 0.183 0.196 0.193 0.202 0.045 0.026 0.012 0.005 103 L 0.014 0.007 0.014 0.013 0.017 0.035 0.128 0.149 0.237 0.182 0.204 104 H 0.124 0.174 0.202 0.265 0.191 0.022 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 105 A 0.036 0.038 0.119 0.096 0.063 0.090 0.129 0.076 0.144 0.111 0.098 106 H 0.153 0.247 0.059 0.200 0.167 0.064 0.059 0.020 0.017 0.009 0.005 107 P 0.328 0.329 0.040 0.096 0.070 0.039 0.049 0.024 0.014 0.007 0.004 108 G 0.468 0.164 0.042 0.104 0.078 0.046 0.036 0.023 0.019 0.013 0.007 109 E 0.177 0.260 0.047 0.141 0.121 0.091 0.090 0.034 0.022 0.012 0.005 110 P 0.120 0.093 0.040 0.204 0.155 0.088 0.120 0.080 0.051 0.030 0.019 111 V 0.028 0.023 0.017 0.041 0.061 0.095 0.168 0.165 0.162 0.130 0.109 112 D 0.048 0.479 0.094 0.201 0.106 0.029 0.023 0.008 0.006 0.004 0.002 113 L 0.014 0.012 0.008 0.037 0.054 0.136 0.212 0.209 0.149 0.089 0.079 114 E 0.603 0.119 0.107 0.125 0.028 0.008 0.004 0.002 0.002 0.002 0.001 115 R 0.017 0.053 0.044 0.248 0.228 0.156 0.141 0.063 0.032 0.013 0.006 116 I 0.004 0.007 0.014 0.016 0.017 0.025 0.076 0.101 0.221 0.268 0.252 117 I 0.014 0.035 0.126 0.230 0.274 0.141 0.118 0.033 0.017 0.010 0.003 118 R 0.030 0.106 0.453 0.152 0.091 0.057 0.051 0.025 0.019 0.012 0.005 119 H 0.213 0.143 0.086 0.161 0.132 0.103 0.100 0.032 0.017 0.009 0.004 120 E 0.686 0.113 0.044 0.054 0.031 0.021 0.023 0.014 0.008 0.004 0.002