# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.034 0.006 0.002 0.033 0.024 0.049 0.039 0.001 0.001 0.003 0.808 2 F 0.063 0.005 0.003 0.088 0.041 0.109 0.094 0.001 0.001 0.008 0.589 3 E 0.031 0.001 0.001 0.026 0.014 0.018 0.176 0.001 0.001 0.001 0.732 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 5 G 0.018 0.003 0.001 0.101 0.197 0.323 0.059 0.001 0.001 0.005 0.294 6 H 0.233 0.009 0.002 0.088 0.080 0.086 0.067 0.001 0.001 0.006 0.429 7 L 0.060 0.013 0.001 0.112 0.233 0.334 0.045 0.001 0.001 0.006 0.195 8 H 0.028 0.017 0.001 0.135 0.226 0.266 0.090 0.001 0.001 0.004 0.233 9 L 0.020 0.030 0.001 0.127 0.170 0.272 0.057 0.001 0.001 0.003 0.319 10 V 0.030 0.030 0.002 0.121 0.173 0.259 0.099 0.001 0.001 0.007 0.279 11 S 0.035 0.018 0.003 0.040 0.047 0.100 0.109 0.003 0.001 0.007 0.639 12 L 0.103 0.025 0.007 0.066 0.101 0.203 0.078 0.002 0.001 0.005 0.410 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.986 14 G 0.021 0.004 0.002 0.016 0.027 0.061 0.090 0.001 0.001 0.002 0.777 15 L 0.429 0.025 0.003 0.046 0.033 0.067 0.051 0.001 0.001 0.007 0.340 16 D 0.088 0.030 0.002 0.034 0.036 0.045 0.162 0.003 0.001 0.012 0.589 17 Q 0.112 0.015 0.002 0.033 0.020 0.031 0.070 0.002 0.001 0.013 0.702 18 Q 0.030 0.008 0.002 0.020 0.011 0.015 0.383 0.002 0.001 0.004 0.526 19 D 0.174 0.008 0.004 0.026 0.024 0.028 0.236 0.003 0.001 0.025 0.473 20 I 0.202 0.022 0.012 0.094 0.101 0.120 0.105 0.002 0.001 0.013 0.326 21 N 0.046 0.005 0.008 0.117 0.091 0.091 0.194 0.002 0.001 0.015 0.431 22 I 0.063 0.005 0.005 0.176 0.217 0.243 0.060 0.001 0.001 0.006 0.225 23 H 0.014 0.003 0.001 0.197 0.158 0.252 0.103 0.001 0.001 0.006 0.266 24 I 0.012 0.003 0.001 0.214 0.241 0.288 0.055 0.001 0.001 0.003 0.182 25 R 0.006 0.003 0.001 0.224 0.160 0.328 0.055 0.001 0.001 0.003 0.221 26 Y 0.010 0.005 0.001 0.124 0.246 0.361 0.043 0.001 0.001 0.003 0.208 27 E 0.007 0.007 0.001 0.086 0.204 0.302 0.095 0.001 0.001 0.004 0.295 28 V 0.018 0.015 0.001 0.086 0.146 0.254 0.058 0.001 0.001 0.003 0.418 29 R 0.039 0.048 0.001 0.068 0.228 0.378 0.055 0.001 0.001 0.004 0.179 30 Q 0.075 0.081 0.003 0.022 0.094 0.118 0.170 0.005 0.001 0.006 0.425 31 N 0.159 0.100 0.005 0.024 0.080 0.176 0.081 0.011 0.001 0.007 0.356 32 A 0.039 0.010 0.002 0.008 0.010 0.023 0.029 0.003 0.001 0.008 0.869 33 E 0.019 0.008 0.007 0.004 0.008 0.010 0.615 0.001 0.001 0.007 0.320 34 S 0.346 0.029 0.002 0.006 0.006 0.012 0.413 0.003 0.001 0.034 0.148 35 G 0.543 0.113 0.012 0.016 0.022 0.029 0.020 0.011 0.001 0.044 0.189 36 A 0.128 0.033 0.172 0.068 0.132 0.105 0.155 0.003 0.001 0.010 0.194 37 Y 0.043 0.010 0.016 0.080 0.121 0.108 0.101 0.002 0.001 0.005 0.514 38 V 0.015 0.005 0.001 0.055 0.279 0.597 0.012 0.001 0.001 0.001 0.036 39 H 0.011 0.010 0.001 0.123 0.242 0.404 0.029 0.001 0.001 0.001 0.178 40 F 0.004 0.004 0.001 0.111 0.322 0.493 0.010 0.001 0.001 0.001 0.054 41 D 0.006 0.004 0.001 0.053 0.287 0.439 0.030 0.001 0.001 0.001 0.178 42 M 0.008 0.005 0.001 0.056 0.278 0.449 0.044 0.001 0.001 0.003 0.155 43 D 0.009 0.007 0.001 0.039 0.165 0.273 0.197 0.001 0.001 0.006 0.303 44 G 0.082 0.007 0.002 0.037 0.134 0.215 0.093 0.002 0.001 0.030 0.396 45 E 0.137 0.012 0.006 0.035 0.155 0.180 0.121 0.001 0.001 0.005 0.350 46 I 0.022 0.012 0.002 0.030 0.278 0.246 0.096 0.001 0.001 0.003 0.309 47 D 0.022 0.009 0.001 0.020 0.149 0.363 0.062 0.001 0.001 0.003 0.370 48 G 0.067 0.007 0.002 0.024 0.044 0.137 0.084 0.003 0.001 0.018 0.614 49 K 0.379 0.005 0.014 0.043 0.065 0.053 0.151 0.001 0.001 0.005 0.284 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.977 51 F 0.008 0.001 0.001 0.028 0.159 0.548 0.031 0.001 0.001 0.001 0.223 52 S 0.052 0.006 0.001 0.040 0.077 0.150 0.068 0.001 0.001 0.004 0.602 53 D 0.059 0.005 0.001 0.017 0.044 0.068 0.101 0.001 0.001 0.006 0.700 54 S 0.094 0.013 0.001 0.024 0.040 0.043 0.297 0.001 0.001 0.006 0.482 55 F 0.177 0.029 0.002 0.043 0.152 0.213 0.065 0.001 0.001 0.011 0.307 56 E 0.087 0.031 0.016 0.044 0.108 0.232 0.106 0.002 0.001 0.008 0.367 57 L 0.067 0.014 0.007 0.036 0.153 0.174 0.123 0.001 0.001 0.003 0.422 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.987 59 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.021 0.063 0.001 0.001 0.001 0.907 60 D 0.059 0.010 0.001 0.008 0.008 0.018 0.156 0.001 0.001 0.007 0.733 61 T 0.333 0.109 0.003 0.017 0.013 0.018 0.153 0.001 0.001 0.024 0.330 62 A 0.145 0.446 0.006 0.022 0.013 0.023 0.117 0.002 0.001 0.006 0.220 63 F 0.076 0.585 0.004 0.016 0.011 0.023 0.061 0.002 0.001 0.003 0.220 64 N 0.064 0.553 0.004 0.007 0.005 0.007 0.030 0.005 0.001 0.004 0.320 65 F 0.071 0.648 0.016 0.007 0.003 0.007 0.032 0.008 0.001 0.002 0.206 66 A 0.043 0.773 0.016 0.010 0.003 0.007 0.029 0.005 0.001 0.001 0.113 67 S 0.026 0.761 0.004 0.003 0.003 0.004 0.018 0.004 0.001 0.001 0.175 68 D 0.035 0.791 0.004 0.002 0.001 0.002 0.018 0.007 0.001 0.001 0.139 69 A 0.043 0.858 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.001 0.001 0.075 70 T 0.009 0.927 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.047 71 R 0.011 0.923 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.055 72 V 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 73 A 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 74 Q 0.007 0.976 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 75 K 0.037 0.930 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.009 76 H 0.266 0.566 0.005 0.002 0.001 0.002 0.004 0.113 0.001 0.001 0.041 77 G 0.507 0.121 0.088 0.008 0.003 0.005 0.006 0.147 0.001 0.008 0.108 78 L 0.034 0.009 0.826 0.008 0.001 0.002 0.027 0.005 0.001 0.001 0.086 79 H 0.042 0.006 0.017 0.057 0.014 0.016 0.114 0.002 0.001 0.004 0.727 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.992 81 K 0.013 0.004 0.001 0.046 0.017 0.043 0.230 0.001 0.001 0.002 0.645 82 F 0.341 0.018 0.001 0.037 0.008 0.016 0.084 0.001 0.001 0.011 0.484 83 G 0.195 0.088 0.004 0.057 0.039 0.047 0.105 0.001 0.001 0.015 0.450 84 A 0.071 0.048 0.005 0.042 0.022 0.025 0.108 0.001 0.001 0.005 0.673 85 I 0.051 0.115 0.004 0.079 0.073 0.132 0.091 0.001 0.001 0.004 0.450 86 T 0.047 0.183 0.003 0.050 0.059 0.115 0.134 0.002 0.001 0.005 0.402 87 R 0.046 0.303 0.003 0.035 0.054 0.059 0.077 0.004 0.001 0.004 0.414 88 V 0.044 0.393 0.005 0.024 0.027 0.061 0.099 0.005 0.001 0.002 0.339 89 H 0.103 0.462 0.006 0.032 0.022 0.052 0.046 0.005 0.001 0.004 0.269 90 K 0.059 0.403 0.009 0.011 0.009 0.010 0.061 0.006 0.001 0.004 0.428 91 E 0.094 0.450 0.016 0.011 0.008 0.009 0.139 0.008 0.001 0.004 0.261 92 Y 0.117 0.632 0.012 0.010 0.002 0.009 0.027 0.010 0.001 0.001 0.180 93 D 0.044 0.713 0.010 0.012 0.003 0.008 0.017 0.004 0.001 0.002 0.187 94 A 0.033 0.712 0.014 0.006 0.004 0.003 0.036 0.004 0.001 0.002 0.186 95 M 0.056 0.773 0.006 0.003 0.001 0.002 0.041 0.006 0.001 0.001 0.109 96 F 0.053 0.855 0.005 0.004 0.001 0.002 0.008 0.006 0.001 0.001 0.067 97 E 0.019 0.847 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.111 98 D 0.026 0.828 0.006 0.001 0.001 0.001 0.015 0.007 0.001 0.001 0.115 99 I 0.034 0.911 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.039 100 R 0.006 0.967 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 101 A 0.017 0.937 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.030 102 K 0.229 0.708 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.021 103 L 0.109 0.823 0.008 0.002 0.004 0.002 0.002 0.032 0.001 0.001 0.019 104 H 0.103 0.316 0.201 0.024 0.019 0.018 0.015 0.077 0.001 0.003 0.224 105 A 0.123 0.102 0.084 0.104 0.027 0.035 0.045 0.024 0.001 0.003 0.452 106 H 0.073 0.029 0.005 0.069 0.041 0.041 0.235 0.011 0.001 0.002 0.494 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.996 108 G 0.016 0.003 0.012 0.109 0.060 0.170 0.081 0.002 0.001 0.014 0.534 109 E 0.825 0.001 0.002 0.037 0.017 0.016 0.021 0.001 0.001 0.002 0.079 110 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.972 111 V 0.071 0.002 0.001 0.238 0.189 0.265 0.039 0.001 0.001 0.004 0.190 112 D 0.009 0.002 0.001 0.052 0.015 0.018 0.316 0.001 0.001 0.003 0.585 113 L 0.028 0.004 0.001 0.078 0.023 0.067 0.076 0.001 0.001 0.009 0.716 114 E 0.005 0.010 0.001 0.020 0.009 0.017 0.601 0.001 0.001 0.011 0.327 115 R 0.126 0.020 0.001 0.008 0.006 0.013 0.666 0.001 0.001 0.013 0.147 116 I 0.224 0.521 0.003 0.018 0.019 0.031 0.029 0.005 0.001 0.004 0.146 117 I 0.045 0.514 0.017 0.022 0.078 0.068 0.074 0.004 0.001 0.003 0.176 118 R 0.076 0.443 0.011 0.014 0.068 0.058 0.047 0.013 0.001 0.003 0.267 119 H 0.183 0.286 0.003 0.007 0.027 0.088 0.025 0.034 0.001 0.004 0.342 120 E 0.197 0.086 0.015 0.009 0.012 0.021 0.054 0.029 0.001 0.005 0.571