# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.082 0.011 0.075 0.033 0.049 0.063 0.020 0.667 2 F 0.057 0.016 0.134 0.066 0.102 0.074 0.025 0.526 3 E 0.041 0.008 0.164 0.107 0.143 0.105 0.009 0.423 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 G 0.018 0.004 0.150 0.156 0.204 0.101 0.012 0.355 6 H 0.493 0.001 0.039 0.022 0.034 0.062 0.010 0.339 7 L 0.035 0.004 0.200 0.161 0.174 0.042 0.003 0.381 8 H 0.034 0.004 0.076 0.258 0.380 0.088 0.002 0.158 9 L 0.045 0.005 0.058 0.085 0.236 0.055 0.003 0.514 10 V 0.030 0.011 0.090 0.279 0.378 0.046 0.006 0.161 11 S 0.045 0.011 0.039 0.083 0.146 0.074 0.023 0.579 12 L 0.142 0.010 0.065 0.105 0.253 0.049 0.010 0.366 13 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 14 G 0.010 0.002 0.007 0.019 0.055 0.062 0.003 0.841 15 L 0.468 0.006 0.031 0.016 0.030 0.058 0.010 0.382 16 D 0.164 0.017 0.026 0.037 0.055 0.169 0.011 0.521 17 Q 0.151 0.015 0.041 0.022 0.050 0.071 0.008 0.642 18 Q 0.060 0.016 0.025 0.016 0.029 0.345 0.012 0.496 19 D 0.161 0.011 0.016 0.016 0.019 0.187 0.030 0.559 20 I 0.216 0.030 0.110 0.060 0.062 0.139 0.020 0.362 21 N 0.047 0.011 0.097 0.092 0.129 0.203 0.014 0.408 22 I 0.051 0.008 0.210 0.188 0.262 0.067 0.009 0.205 23 H 0.031 0.006 0.137 0.218 0.318 0.113 0.006 0.170 24 I 0.021 0.003 0.183 0.243 0.329 0.070 0.003 0.146 25 R 0.007 0.005 0.142 0.274 0.417 0.043 0.002 0.111 26 Y 0.008 0.005 0.117 0.266 0.410 0.034 0.003 0.157 27 E 0.010 0.004 0.090 0.312 0.383 0.042 0.003 0.156 28 V 0.006 0.004 0.026 0.119 0.252 0.042 0.001 0.549 29 R 0.010 0.015 0.063 0.237 0.486 0.047 0.002 0.140 30 Q 0.029 0.025 0.032 0.114 0.201 0.105 0.010 0.483 31 N 0.073 0.078 0.028 0.104 0.157 0.065 0.011 0.485 32 A 0.020 0.012 0.004 0.010 0.027 0.025 0.005 0.897 33 E 0.066 0.021 0.008 0.016 0.028 0.577 0.020 0.263 34 S 0.299 0.036 0.006 0.011 0.013 0.395 0.051 0.190 35 G 0.426 0.147 0.022 0.037 0.022 0.033 0.062 0.250 36 A 0.153 0.018 0.180 0.065 0.082 0.151 0.031 0.320 37 Y 0.028 0.005 0.060 0.091 0.137 0.091 0.005 0.584 38 V 0.028 0.005 0.076 0.238 0.549 0.033 0.003 0.067 39 H 0.016 0.003 0.085 0.272 0.475 0.029 0.002 0.118 40 F 0.006 0.003 0.103 0.311 0.429 0.020 0.002 0.126 41 D 0.007 0.004 0.064 0.289 0.443 0.036 0.003 0.153 42 M 0.018 0.006 0.074 0.230 0.403 0.055 0.006 0.208 43 D 0.027 0.005 0.044 0.158 0.363 0.133 0.006 0.264 44 G 0.075 0.008 0.042 0.245 0.205 0.066 0.021 0.338 45 E 0.119 0.007 0.072 0.095 0.181 0.151 0.011 0.364 46 I 0.024 0.013 0.055 0.168 0.188 0.088 0.005 0.458 47 D 0.017 0.012 0.035 0.107 0.196 0.105 0.010 0.519 48 G 0.104 0.015 0.026 0.052 0.098 0.057 0.060 0.588 49 K 0.524 0.004 0.053 0.050 0.056 0.156 0.008 0.149 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 51 F 0.011 0.003 0.036 0.105 0.524 0.077 0.003 0.240 52 S 0.044 0.003 0.020 0.027 0.050 0.072 0.004 0.780 53 D 0.055 0.010 0.010 0.023 0.054 0.080 0.005 0.763 54 S 0.286 0.030 0.026 0.026 0.048 0.180 0.010 0.394 55 F 0.373 0.051 0.039 0.073 0.059 0.080 0.034 0.290 56 E 0.111 0.049 0.112 0.104 0.146 0.073 0.023 0.382 57 L 0.053 0.022 0.053 0.127 0.183 0.059 0.006 0.498 58 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.993 59 R 0.007 0.011 0.022 0.046 0.139 0.146 0.003 0.625 60 D 0.100 0.071 0.028 0.024 0.039 0.137 0.008 0.593 61 T 0.181 0.201 0.021 0.024 0.044 0.150 0.010 0.369 62 A 0.138 0.459 0.035 0.027 0.041 0.095 0.010 0.195 63 F 0.055 0.677 0.032 0.021 0.030 0.031 0.009 0.146 64 N 0.060 0.631 0.014 0.015 0.022 0.037 0.014 0.207 65 F 0.031 0.797 0.017 0.007 0.013 0.018 0.009 0.107 66 A 0.033 0.818 0.009 0.005 0.014 0.030 0.008 0.082 67 S 0.040 0.778 0.007 0.005 0.006 0.042 0.012 0.111 68 D 0.071 0.766 0.004 0.003 0.002 0.016 0.010 0.129 69 A 0.036 0.882 0.011 0.002 0.003 0.011 0.007 0.048 70 T 0.013 0.919 0.007 0.004 0.004 0.011 0.007 0.035 71 R 0.012 0.906 0.011 0.005 0.006 0.007 0.004 0.050 72 V 0.009 0.914 0.008 0.004 0.007 0.007 0.003 0.048 73 A 0.009 0.938 0.007 0.005 0.008 0.006 0.004 0.022 74 Q 0.014 0.942 0.005 0.004 0.005 0.004 0.007 0.019 75 K 0.037 0.883 0.010 0.005 0.005 0.005 0.015 0.041 76 H 0.122 0.662 0.019 0.013 0.007 0.007 0.065 0.106 77 G 0.551 0.069 0.016 0.010 0.008 0.010 0.122 0.214 78 L 0.138 0.043 0.370 0.030 0.037 0.036 0.044 0.302 79 H 0.029 0.015 0.047 0.048 0.062 0.083 0.006 0.711 80 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 81 K 0.009 0.005 0.023 0.019 0.046 0.317 0.004 0.577 82 F 0.449 0.007 0.029 0.006 0.009 0.074 0.014 0.412 83 G 0.186 0.043 0.041 0.028 0.025 0.091 0.009 0.577 84 A 0.090 0.022 0.045 0.018 0.030 0.107 0.005 0.684 85 I 0.109 0.069 0.075 0.053 0.101 0.111 0.007 0.475 86 T 0.059 0.125 0.073 0.071 0.146 0.113 0.007 0.407 87 R 0.053 0.204 0.051 0.074 0.105 0.127 0.012 0.374 88 V 0.072 0.275 0.039 0.027 0.051 0.095 0.012 0.429 89 H 0.058 0.465 0.025 0.027 0.047 0.062 0.011 0.306 90 K 0.051 0.390 0.023 0.010 0.019 0.108 0.014 0.384 91 E 0.093 0.455 0.014 0.007 0.009 0.103 0.015 0.305 92 Y 0.070 0.753 0.018 0.005 0.007 0.027 0.011 0.109 93 D 0.035 0.809 0.016 0.005 0.007 0.022 0.010 0.097 94 A 0.017 0.870 0.020 0.004 0.006 0.018 0.005 0.061 95 M 0.030 0.824 0.008 0.003 0.006 0.061 0.009 0.060 96 F 0.086 0.810 0.009 0.003 0.005 0.020 0.012 0.055 97 E 0.036 0.799 0.012 0.003 0.003 0.040 0.008 0.098 98 D 0.049 0.753 0.005 0.003 0.003 0.030 0.011 0.146 99 I 0.031 0.821 0.006 0.002 0.007 0.009 0.006 0.118 100 R 0.006 0.921 0.002 0.002 0.006 0.014 0.002 0.047 101 A 0.023 0.893 0.002 0.002 0.003 0.013 0.013 0.051 102 K 0.155 0.760 0.003 0.002 0.002 0.006 0.022 0.049 103 L 0.047 0.881 0.012 0.011 0.005 0.002 0.017 0.025 104 H 0.242 0.243 0.061 0.054 0.042 0.025 0.109 0.224 105 A 0.075 0.080 0.167 0.041 0.048 0.018 0.051 0.520 106 H 0.106 0.040 0.133 0.166 0.151 0.115 0.013 0.278 107 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 108 G 0.009 0.016 0.118 0.065 0.117 0.068 0.019 0.588 109 E 0.798 0.001 0.045 0.010 0.009 0.031 0.006 0.101 110 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 111 V 0.026 0.001 0.240 0.106 0.309 0.086 0.002 0.231 112 D 0.015 0.001 0.012 0.011 0.011 0.054 0.001 0.896 113 L 0.020 0.003 0.018 0.017 0.141 0.027 0.001 0.773 114 E 0.021 0.003 0.010 0.007 0.020 0.645 0.001 0.293 115 R 0.150 0.011 0.003 0.003 0.006 0.652 0.007 0.168 116 I 0.223 0.540 0.012 0.018 0.023 0.029 0.005 0.150 117 I 0.035 0.597 0.028 0.033 0.064 0.050 0.011 0.182 118 R 0.120 0.395 0.027 0.039 0.067 0.047 0.033 0.272 119 H 0.183 0.320 0.028 0.025 0.060 0.032 0.041 0.311 120 E 0.137 0.132 0.021 0.021 0.031 0.061 0.043 0.554