# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.163 0.215 0.209 0.189 0.068 0.034 0.083 0.012 0.019 0.008 0.001 2 F 0.062 0.388 0.298 0.091 0.068 0.035 0.021 0.004 0.029 0.004 0.001 3 E 0.009 0.433 0.354 0.002 0.057 0.014 0.002 0.001 0.127 0.002 0.001 4 P 0.067 0.003 0.858 0.012 0.001 0.017 0.002 0.001 0.002 0.001 0.037 5 G 0.139 0.065 0.123 0.035 0.180 0.013 0.027 0.302 0.007 0.109 0.001 6 H 0.159 0.261 0.316 0.080 0.067 0.061 0.015 0.001 0.035 0.002 0.003 7 L 0.162 0.342 0.269 0.086 0.069 0.034 0.013 0.003 0.016 0.002 0.002 8 H 0.163 0.386 0.260 0.056 0.056 0.044 0.011 0.002 0.020 0.001 0.001 9 L 0.242 0.280 0.275 0.074 0.025 0.060 0.005 0.001 0.035 0.001 0.002 10 V 0.218 0.469 0.151 0.084 0.048 0.015 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 11 S 0.097 0.190 0.257 0.134 0.090 0.088 0.065 0.010 0.059 0.008 0.001 12 L 0.037 0.313 0.447 0.007 0.042 0.014 0.004 0.001 0.134 0.002 0.001 13 P 0.192 0.007 0.720 0.031 0.002 0.017 0.004 0.001 0.002 0.001 0.023 14 G 0.175 0.080 0.149 0.085 0.125 0.030 0.061 0.229 0.015 0.051 0.001 15 L 0.176 0.310 0.339 0.092 0.035 0.019 0.005 0.001 0.019 0.002 0.001 16 D 0.108 0.144 0.357 0.135 0.056 0.075 0.068 0.008 0.036 0.010 0.003 17 Q 0.370 0.116 0.279 0.102 0.045 0.032 0.018 0.012 0.015 0.009 0.003 18 Q 0.467 0.103 0.163 0.175 0.024 0.021 0.021 0.007 0.013 0.005 0.002 19 D 0.159 0.135 0.171 0.285 0.042 0.047 0.102 0.022 0.030 0.004 0.003 20 I 0.107 0.513 0.209 0.076 0.044 0.013 0.023 0.003 0.011 0.001 0.001 21 N 0.051 0.419 0.289 0.047 0.045 0.070 0.029 0.002 0.045 0.001 0.002 22 I 0.023 0.647 0.242 0.019 0.035 0.013 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 23 H 0.022 0.600 0.228 0.014 0.070 0.038 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 24 I 0.015 0.740 0.173 0.007 0.030 0.025 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 25 R 0.033 0.765 0.114 0.010 0.045 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 26 Y 0.008 0.743 0.029 0.003 0.202 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 27 E 0.038 0.522 0.279 0.007 0.056 0.066 0.004 0.001 0.028 0.001 0.001 28 V 0.067 0.565 0.223 0.017 0.015 0.084 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 29 R 0.140 0.478 0.172 0.073 0.063 0.046 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 30 Q 0.097 0.291 0.101 0.210 0.172 0.043 0.034 0.008 0.038 0.005 0.001 31 N 0.023 0.139 0.408 0.041 0.055 0.080 0.038 0.002 0.208 0.006 0.001 32 A 0.736 0.006 0.222 0.017 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 33 E 0.824 0.022 0.034 0.102 0.005 0.004 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 34 S 0.130 0.024 0.060 0.649 0.013 0.008 0.099 0.005 0.010 0.002 0.001 35 G 0.007 0.002 0.011 0.003 0.026 0.001 0.134 0.628 0.001 0.188 0.001 36 A 0.160 0.167 0.570 0.045 0.024 0.018 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 37 Y 0.048 0.615 0.182 0.033 0.074 0.028 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 38 V 0.031 0.779 0.106 0.014 0.040 0.022 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 39 H 0.013 0.837 0.060 0.009 0.052 0.015 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 40 F 0.015 0.772 0.064 0.008 0.116 0.013 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 41 D 0.040 0.330 0.321 0.029 0.064 0.109 0.016 0.002 0.088 0.001 0.001 42 M 0.166 0.317 0.275 0.079 0.070 0.040 0.019 0.005 0.023 0.006 0.001 43 D 0.156 0.241 0.267 0.183 0.071 0.026 0.021 0.001 0.031 0.002 0.001 44 G 0.072 0.085 0.140 0.024 0.308 0.017 0.046 0.166 0.008 0.132 0.001 45 E 0.160 0.367 0.319 0.044 0.056 0.030 0.008 0.001 0.013 0.002 0.001 46 I 0.081 0.560 0.240 0.035 0.026 0.020 0.003 0.001 0.032 0.001 0.001 47 D 0.100 0.072 0.313 0.294 0.025 0.041 0.126 0.005 0.017 0.002 0.005 48 G 0.008 0.006 0.017 0.021 0.036 0.011 0.109 0.729 0.005 0.057 0.001 49 K 0.005 0.488 0.379 0.002 0.040 0.006 0.001 0.001 0.078 0.001 0.001 50 P 0.032 0.006 0.858 0.004 0.001 0.037 0.001 0.001 0.003 0.001 0.058 51 F 0.242 0.296 0.251 0.071 0.079 0.028 0.006 0.005 0.017 0.004 0.001 52 S 0.368 0.117 0.270 0.099 0.071 0.034 0.008 0.003 0.021 0.006 0.003 53 D 0.451 0.098 0.155 0.161 0.038 0.033 0.032 0.011 0.011 0.006 0.003 54 S 0.339 0.227 0.118 0.237 0.036 0.013 0.014 0.002 0.011 0.002 0.001 55 F 0.137 0.375 0.170 0.110 0.116 0.025 0.036 0.008 0.018 0.004 0.001 56 E 0.073 0.456 0.297 0.043 0.026 0.051 0.012 0.001 0.038 0.001 0.002 57 L 0.011 0.188 0.585 0.002 0.013 0.031 0.002 0.001 0.167 0.001 0.001 58 P 0.129 0.004 0.801 0.006 0.002 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.024 59 R 0.833 0.021 0.089 0.028 0.009 0.009 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 60 D 0.832 0.014 0.046 0.071 0.007 0.018 0.005 0.002 0.004 0.001 0.001 61 T 0.832 0.028 0.022 0.089 0.009 0.011 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 62 A 0.896 0.029 0.019 0.030 0.011 0.010 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 63 F 0.919 0.021 0.024 0.018 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 64 N 0.895 0.009 0.016 0.035 0.004 0.029 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 65 F 0.918 0.008 0.010 0.048 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 A 0.965 0.003 0.004 0.022 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 S 0.976 0.002 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.960 0.002 0.003 0.026 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 69 A 0.980 0.001 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 T 0.990 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 R 0.992 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 A 0.975 0.002 0.003 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.974 0.002 0.004 0.014 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.895 0.003 0.004 0.090 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 76 H 0.105 0.004 0.012 0.812 0.002 0.002 0.060 0.002 0.002 0.001 0.001 77 G 0.017 0.001 0.011 0.012 0.017 0.001 0.208 0.626 0.001 0.106 0.001 78 L 0.168 0.152 0.522 0.100 0.012 0.027 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 79 H 0.039 0.135 0.619 0.008 0.028 0.045 0.003 0.001 0.117 0.004 0.001 80 P 0.548 0.003 0.389 0.021 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 81 K 0.490 0.088 0.097 0.227 0.027 0.024 0.021 0.010 0.013 0.003 0.001 82 F 0.299 0.096 0.171 0.304 0.032 0.031 0.035 0.003 0.025 0.002 0.002 83 G 0.286 0.058 0.157 0.048 0.148 0.019 0.095 0.094 0.010 0.085 0.001 84 A 0.470 0.129 0.247 0.052 0.029 0.054 0.005 0.001 0.011 0.001 0.001 85 I 0.499 0.202 0.155 0.057 0.016 0.048 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 86 T 0.560 0.169 0.100 0.078 0.047 0.025 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 87 R 0.530 0.108 0.123 0.076 0.078 0.042 0.019 0.004 0.017 0.002 0.001 88 V 0.673 0.062 0.094 0.116 0.013 0.025 0.007 0.001 0.009 0.001 0.001 89 H 0.618 0.079 0.119 0.104 0.021 0.023 0.014 0.001 0.019 0.001 0.001 90 K 0.874 0.019 0.043 0.031 0.008 0.014 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 91 E 0.839 0.031 0.037 0.063 0.009 0.015 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 92 Y 0.830 0.048 0.036 0.046 0.009 0.015 0.004 0.001 0.012 0.001 0.001 93 D 0.860 0.009 0.032 0.036 0.003 0.032 0.013 0.001 0.014 0.001 0.001 94 A 0.944 0.003 0.008 0.039 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 M 0.939 0.005 0.006 0.046 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 F 0.963 0.005 0.007 0.013 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 97 E 0.991 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.983 0.001 0.003 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.990 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 R 0.992 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.948 0.002 0.003 0.041 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.748 0.012 0.013 0.209 0.002 0.004 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 103 L 0.411 0.086 0.140 0.321 0.009 0.006 0.013 0.001 0.011 0.001 0.001 104 H 0.261 0.174 0.259 0.164 0.018 0.040 0.065 0.002 0.015 0.001 0.001 105 A 0.151 0.290 0.312 0.162 0.020 0.039 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 106 H 0.005 0.490 0.244 0.001 0.052 0.004 0.001 0.001 0.201 0.001 0.001 107 P 0.060 0.001 0.805 0.007 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.120 108 G 0.004 0.001 0.005 0.003 0.009 0.001 0.011 0.942 0.001 0.023 0.001 109 E 0.004 0.216 0.622 0.003 0.036 0.006 0.001 0.001 0.109 0.002 0.001 110 P 0.026 0.005 0.770 0.004 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.172 111 V 0.013 0.772 0.144 0.016 0.037 0.007 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 112 D 0.007 0.050 0.741 0.003 0.022 0.052 0.001 0.001 0.121 0.001 0.002 113 L 0.748 0.004 0.195 0.011 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 114 E 0.895 0.014 0.021 0.053 0.006 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 115 R 0.734 0.046 0.033 0.132 0.017 0.013 0.012 0.003 0.008 0.001 0.001 116 I 0.673 0.111 0.139 0.041 0.008 0.013 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 117 I 0.707 0.091 0.118 0.033 0.007 0.029 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 118 R 0.579 0.080 0.084 0.174 0.018 0.032 0.016 0.002 0.014 0.001 0.001 119 H 0.332 0.067 0.101 0.318 0.038 0.026 0.083 0.015 0.015 0.004 0.001 120 E 0.338 0.077 0.155 0.156 0.045 0.026 0.124 0.047 0.018 0.014 0.001