# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.193 0.155 0.043 0.018 0.266 0.015 0.036 0.060 0.040 0.101 0.072 2 F 0.129 0.212 0.129 0.042 0.230 0.031 0.026 0.033 0.032 0.077 0.059 3 E 0.084 0.223 0.280 0.058 0.207 0.038 0.032 0.030 0.015 0.014 0.018 4 P 0.087 0.093 0.040 0.066 0.082 0.048 0.104 0.125 0.187 0.107 0.061 5 G 0.041 0.135 0.149 0.114 0.087 0.068 0.054 0.080 0.068 0.169 0.035 6 H 0.196 0.162 0.033 0.009 0.347 0.005 0.016 0.050 0.034 0.066 0.080 7 L 0.236 0.164 0.026 0.004 0.381 0.010 0.011 0.048 0.041 0.026 0.053 8 H 0.129 0.192 0.042 0.012 0.345 0.028 0.055 0.092 0.043 0.024 0.038 9 L 0.276 0.094 0.022 0.013 0.288 0.014 0.021 0.080 0.068 0.053 0.072 10 V 0.062 0.213 0.077 0.035 0.169 0.050 0.102 0.140 0.063 0.060 0.029 11 S 0.144 0.126 0.095 0.020 0.158 0.013 0.031 0.047 0.037 0.218 0.112 12 L 0.067 0.401 0.236 0.017 0.207 0.008 0.007 0.016 0.015 0.013 0.013 13 P 0.032 0.184 0.098 0.066 0.058 0.111 0.142 0.117 0.127 0.043 0.021 14 G 0.088 0.055 0.047 0.043 0.095 0.017 0.053 0.086 0.089 0.334 0.096 15 L 0.085 0.221 0.079 0.038 0.195 0.028 0.031 0.091 0.071 0.111 0.051 16 D 0.090 0.239 0.182 0.066 0.151 0.036 0.034 0.054 0.028 0.072 0.048 17 Q 0.078 0.075 0.070 0.053 0.105 0.041 0.040 0.165 0.210 0.114 0.049 18 Q 0.034 0.145 0.096 0.046 0.071 0.068 0.114 0.204 0.130 0.071 0.020 19 D 0.176 0.065 0.028 0.014 0.140 0.012 0.022 0.050 0.051 0.305 0.137 20 I 0.143 0.240 0.049 0.008 0.390 0.020 0.030 0.029 0.024 0.033 0.035 21 N 0.346 0.087 0.011 0.006 0.423 0.015 0.034 0.013 0.009 0.016 0.041 22 I 0.227 0.086 0.009 0.003 0.644 0.004 0.005 0.003 0.002 0.004 0.012 23 H 0.273 0.063 0.003 0.002 0.626 0.003 0.006 0.003 0.001 0.002 0.017 24 I 0.348 0.043 0.003 0.001 0.577 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 25 R 0.287 0.075 0.006 0.007 0.521 0.012 0.017 0.006 0.003 0.008 0.057 26 Y 0.251 0.131 0.020 0.003 0.557 0.002 0.002 0.003 0.001 0.003 0.026 27 E 0.204 0.152 0.013 0.004 0.568 0.004 0.007 0.008 0.003 0.006 0.031 28 V 0.324 0.103 0.015 0.009 0.309 0.008 0.008 0.039 0.026 0.020 0.138 29 R 0.126 0.098 0.041 0.048 0.171 0.060 0.081 0.198 0.065 0.050 0.063 30 Q 0.054 0.269 0.179 0.036 0.137 0.029 0.038 0.127 0.054 0.054 0.023 31 N 0.150 0.171 0.053 0.010 0.430 0.009 0.013 0.087 0.028 0.024 0.025 32 A 0.024 0.027 0.015 0.004 0.022 0.007 0.028 0.476 0.375 0.015 0.008 33 E 0.015 0.008 0.015 0.014 0.012 0.065 0.244 0.422 0.134 0.055 0.015 34 S 0.020 0.601 0.159 0.045 0.059 0.017 0.056 0.016 0.007 0.015 0.004 35 G 0.032 0.009 0.018 0.083 0.012 0.022 0.007 0.023 0.023 0.377 0.394 36 A 0.029 0.521 0.093 0.011 0.206 0.011 0.046 0.026 0.019 0.026 0.012 37 Y 0.393 0.052 0.003 0.002 0.504 0.004 0.005 0.004 0.003 0.003 0.026 38 V 0.138 0.128 0.014 0.007 0.669 0.009 0.011 0.006 0.003 0.003 0.011 39 H 0.375 0.039 0.003 0.001 0.545 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.029 40 F 0.195 0.247 0.034 0.004 0.451 0.005 0.003 0.003 0.002 0.007 0.050 41 D 0.328 0.115 0.035 0.011 0.396 0.008 0.011 0.004 0.003 0.015 0.073 42 M 0.181 0.136 0.068 0.066 0.259 0.059 0.053 0.027 0.035 0.045 0.069 43 D 0.060 0.118 0.063 0.266 0.072 0.127 0.114 0.018 0.030 0.086 0.046 44 G 0.050 0.195 0.296 0.112 0.104 0.030 0.017 0.019 0.030 0.110 0.036 45 E 0.174 0.228 0.049 0.006 0.412 0.003 0.009 0.028 0.022 0.021 0.048 46 I 0.205 0.111 0.041 0.055 0.134 0.093 0.046 0.046 0.067 0.047 0.156 47 D 0.011 0.066 0.056 0.311 0.022 0.276 0.197 0.024 0.020 0.012 0.006 48 G 0.021 0.007 0.015 0.050 0.010 0.008 0.006 0.005 0.014 0.765 0.099 49 K 0.014 0.506 0.350 0.009 0.099 0.003 0.002 0.004 0.004 0.005 0.003 50 P 0.172 0.303 0.088 0.009 0.315 0.008 0.011 0.012 0.011 0.015 0.056 51 F 0.186 0.192 0.068 0.043 0.166 0.035 0.044 0.047 0.080 0.043 0.096 52 S 0.060 0.106 0.069 0.064 0.098 0.158 0.103 0.157 0.091 0.057 0.036 53 D 0.075 0.149 0.080 0.020 0.139 0.020 0.036 0.146 0.172 0.123 0.040 54 S 0.140 0.103 0.030 0.009 0.219 0.017 0.031 0.133 0.122 0.140 0.056 55 F 0.114 0.221 0.037 0.007 0.414 0.013 0.025 0.056 0.038 0.038 0.036 56 E 0.150 0.143 0.056 0.014 0.211 0.025 0.050 0.043 0.042 0.193 0.073 57 L 0.035 0.462 0.292 0.013 0.131 0.006 0.007 0.019 0.010 0.014 0.011 58 P 0.068 0.427 0.191 0.011 0.169 0.006 0.010 0.068 0.026 0.012 0.012 59 R 0.007 0.019 0.005 0.003 0.014 0.008 0.029 0.575 0.314 0.020 0.006 60 D 0.025 0.040 0.016 0.005 0.040 0.010 0.025 0.607 0.136 0.074 0.021 61 T 0.021 0.042 0.013 0.002 0.041 0.005 0.015 0.693 0.092 0.062 0.014 62 A 0.038 0.022 0.005 0.002 0.036 0.004 0.017 0.747 0.078 0.036 0.015 63 F 0.022 0.026 0.006 0.004 0.043 0.009 0.010 0.716 0.136 0.019 0.009 64 N 0.011 0.017 0.009 0.004 0.019 0.012 0.056 0.787 0.061 0.018 0.006 65 F 0.016 0.038 0.014 0.003 0.017 0.003 0.022 0.717 0.082 0.077 0.010 66 A 0.006 0.005 0.002 0.001 0.009 0.001 0.002 0.811 0.142 0.018 0.004 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.914 0.075 0.002 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.955 0.028 0.009 0.001 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.039 0.005 0.001 70 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.042 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.972 0.019 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.915 0.070 0.004 0.001 74 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.819 0.149 0.006 0.001 75 K 0.008 0.010 0.010 0.002 0.009 0.009 0.204 0.594 0.098 0.042 0.013 76 H 0.014 0.491 0.184 0.020 0.052 0.020 0.114 0.037 0.020 0.036 0.011 77 G 0.040 0.019 0.021 0.049 0.024 0.015 0.014 0.029 0.031 0.491 0.268 78 L 0.036 0.372 0.190 0.032 0.115 0.009 0.014 0.032 0.047 0.122 0.033 79 H 0.092 0.365 0.183 0.008 0.293 0.005 0.004 0.014 0.009 0.008 0.018 80 P 0.040 0.154 0.114 0.017 0.077 0.032 0.071 0.250 0.206 0.021 0.017 81 K 0.069 0.061 0.058 0.022 0.073 0.027 0.140 0.282 0.107 0.124 0.037 82 F 0.059 0.155 0.060 0.070 0.102 0.034 0.036 0.154 0.116 0.163 0.052 83 G 0.026 0.070 0.095 0.204 0.038 0.060 0.035 0.221 0.098 0.115 0.037 84 A 0.080 0.104 0.040 0.017 0.173 0.008 0.023 0.296 0.091 0.125 0.044 85 I 0.147 0.081 0.013 0.006 0.178 0.010 0.018 0.346 0.122 0.042 0.037 86 T 0.051 0.105 0.039 0.011 0.108 0.030 0.034 0.429 0.136 0.035 0.023 87 R 0.061 0.102 0.055 0.009 0.120 0.012 0.050 0.450 0.083 0.038 0.020 88 V 0.052 0.117 0.033 0.009 0.062 0.013 0.049 0.394 0.107 0.129 0.036 89 H 0.057 0.064 0.026 0.008 0.107 0.007 0.009 0.498 0.154 0.047 0.023 90 K 0.003 0.009 0.005 0.001 0.006 0.005 0.017 0.784 0.160 0.009 0.002 91 E 0.007 0.015 0.006 0.001 0.012 0.002 0.017 0.832 0.071 0.033 0.004 92 Y 0.021 0.014 0.003 0.002 0.021 0.003 0.010 0.770 0.106 0.036 0.014 93 D 0.004 0.006 0.003 0.001 0.007 0.003 0.006 0.860 0.097 0.011 0.003 94 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.920 0.054 0.006 0.001 95 M 0.003 0.013 0.005 0.001 0.005 0.001 0.011 0.894 0.045 0.018 0.003 96 F 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.909 0.075 0.006 0.002 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.932 0.063 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.945 0.039 0.006 0.001 99 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.893 0.082 0.010 0.001 100 R 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.008 0.836 0.138 0.006 0.001 101 A 0.005 0.019 0.005 0.001 0.014 0.005 0.077 0.737 0.105 0.028 0.003 102 K 0.087 0.033 0.014 0.003 0.074 0.007 0.103 0.391 0.121 0.105 0.062 103 L 0.091 0.302 0.052 0.005 0.340 0.016 0.025 0.050 0.035 0.045 0.038 104 H 0.193 0.079 0.011 0.008 0.242 0.018 0.055 0.067 0.035 0.190 0.102 105 A 0.132 0.217 0.078 0.019 0.308 0.010 0.020 0.045 0.054 0.075 0.043 106 H 0.054 0.222 0.443 0.023 0.190 0.018 0.014 0.019 0.006 0.004 0.007 107 P 0.022 0.112 0.025 0.014 0.036 0.015 0.139 0.319 0.283 0.016 0.020 108 G 0.013 0.028 0.038 0.043 0.015 0.023 0.026 0.044 0.062 0.637 0.072 109 E 0.021 0.512 0.201 0.014 0.143 0.007 0.010 0.019 0.017 0.035 0.020 110 P 0.274 0.130 0.032 0.008 0.224 0.011 0.020 0.043 0.034 0.086 0.137 111 V 0.052 0.356 0.138 0.044 0.193 0.052 0.036 0.038 0.022 0.040 0.029 112 D 0.123 0.407 0.185 0.006 0.240 0.001 0.001 0.008 0.002 0.006 0.020 113 L 0.005 0.008 0.002 0.001 0.009 0.003 0.006 0.544 0.406 0.011 0.003 114 E 0.005 0.009 0.005 0.004 0.009 0.008 0.024 0.723 0.191 0.021 0.002 115 R 0.012 0.011 0.003 0.001 0.019 0.002 0.007 0.718 0.127 0.090 0.010 116 I 0.043 0.015 0.004 0.002 0.038 0.005 0.026 0.674 0.126 0.047 0.020 117 I 0.018 0.061 0.026 0.006 0.043 0.018 0.037 0.569 0.176 0.038 0.008 118 R 0.036 0.076 0.036 0.013 0.066 0.024 0.124 0.338 0.118 0.139 0.030 119 H 0.043 0.237 0.202 0.023 0.127 0.022 0.071 0.122 0.061 0.070 0.022 120 E 0.075 0.143 0.078 0.025 0.114 0.028 0.058 0.150 0.087 0.170 0.071