# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.379 0.185 0.130 0.127 0.105 0.059 0.014 2 F 0.273 0.189 0.157 0.152 0.132 0.077 0.020 3 E 0.292 0.229 0.169 0.142 0.088 0.061 0.020 4 P 0.298 0.182 0.178 0.165 0.090 0.064 0.022 5 G 0.259 0.174 0.156 0.165 0.120 0.097 0.030 6 H 0.160 0.115 0.118 0.161 0.178 0.189 0.078 7 L 0.105 0.081 0.098 0.148 0.203 0.253 0.112 8 H 0.136 0.208 0.224 0.211 0.132 0.073 0.015 9 L 0.125 0.160 0.199 0.214 0.191 0.097 0.013 10 V 0.311 0.285 0.187 0.131 0.064 0.020 0.002 11 S 0.396 0.314 0.151 0.087 0.038 0.014 0.001 12 L 0.211 0.166 0.231 0.239 0.119 0.032 0.002 13 P 0.574 0.291 0.089 0.032 0.011 0.002 0.001 14 G 0.524 0.313 0.111 0.040 0.010 0.002 0.001 15 L 0.221 0.150 0.238 0.247 0.120 0.023 0.001 16 D 0.559 0.292 0.099 0.036 0.012 0.002 0.001 17 Q 0.604 0.262 0.090 0.033 0.009 0.002 0.001 18 Q 0.541 0.295 0.098 0.047 0.016 0.003 0.001 19 D 0.250 0.339 0.214 0.126 0.053 0.017 0.001 20 I 0.046 0.073 0.174 0.296 0.276 0.123 0.012 21 N 0.112 0.303 0.302 0.169 0.079 0.031 0.003 22 I 0.019 0.040 0.086 0.209 0.324 0.278 0.043 23 H 0.037 0.147 0.247 0.274 0.195 0.087 0.013 24 I 0.008 0.024 0.051 0.145 0.276 0.414 0.083 25 R 0.048 0.202 0.269 0.255 0.161 0.059 0.006 26 Y 0.013 0.053 0.107 0.216 0.333 0.258 0.021 27 E 0.028 0.162 0.284 0.290 0.182 0.050 0.003 28 V 0.015 0.038 0.095 0.229 0.362 0.249 0.012 29 R 0.098 0.273 0.335 0.199 0.084 0.011 0.001 30 Q 0.473 0.371 0.106 0.038 0.010 0.001 0.001 31 N 0.336 0.290 0.211 0.126 0.033 0.004 0.001 32 A 0.622 0.248 0.085 0.035 0.009 0.001 0.001 33 E 0.743 0.216 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 34 S 0.612 0.292 0.070 0.022 0.005 0.001 0.001 35 G 0.239 0.229 0.240 0.185 0.088 0.018 0.001 36 A 0.240 0.328 0.236 0.131 0.050 0.014 0.001 37 Y 0.089 0.154 0.247 0.251 0.168 0.079 0.012 38 V 0.037 0.052 0.083 0.156 0.275 0.314 0.082 39 H 0.044 0.102 0.165 0.230 0.214 0.190 0.055 40 F 0.033 0.060 0.100 0.179 0.267 0.278 0.082 41 D 0.087 0.200 0.241 0.231 0.145 0.076 0.020 42 M 0.030 0.047 0.080 0.175 0.319 0.294 0.055 43 D 0.174 0.285 0.229 0.163 0.099 0.044 0.006 44 G 0.201 0.219 0.198 0.198 0.126 0.053 0.004 45 E 0.289 0.331 0.211 0.112 0.043 0.013 0.001 46 I 0.173 0.130 0.218 0.269 0.163 0.045 0.002 47 D 0.587 0.301 0.074 0.025 0.010 0.002 0.001 48 G 0.687 0.232 0.056 0.019 0.005 0.001 0.001 49 K 0.568 0.285 0.098 0.038 0.010 0.001 0.001 50 P 0.480 0.348 0.126 0.037 0.008 0.001 0.001 51 F 0.106 0.093 0.257 0.346 0.171 0.027 0.001 52 S 0.661 0.276 0.049 0.011 0.003 0.001 0.001 53 D 0.578 0.298 0.077 0.035 0.010 0.002 0.001 54 S 0.503 0.346 0.105 0.035 0.010 0.002 0.001 55 F 0.096 0.100 0.212 0.326 0.208 0.054 0.003 56 E 0.346 0.385 0.175 0.061 0.027 0.006 0.001 57 L 0.097 0.107 0.184 0.282 0.218 0.101 0.012 58 P 0.204 0.232 0.204 0.163 0.135 0.054 0.007 59 R 0.178 0.242 0.236 0.191 0.099 0.045 0.008 60 D 0.261 0.222 0.204 0.161 0.102 0.042 0.009 61 T 0.085 0.152 0.216 0.244 0.171 0.106 0.025 62 A 0.034 0.043 0.067 0.136 0.231 0.339 0.150 63 F 0.030 0.059 0.119 0.206 0.279 0.242 0.064 64 N 0.070 0.189 0.268 0.244 0.148 0.066 0.016 65 F 0.013 0.027 0.051 0.128 0.258 0.375 0.148 66 A 0.015 0.035 0.064 0.167 0.254 0.346 0.120 67 S 0.076 0.201 0.301 0.242 0.118 0.054 0.008 68 D 0.046 0.166 0.327 0.300 0.112 0.041 0.008 69 A 0.015 0.022 0.038 0.127 0.310 0.409 0.079 70 T 0.039 0.131 0.195 0.297 0.224 0.104 0.009 71 R 0.092 0.249 0.267 0.219 0.115 0.054 0.005 72 V 0.038 0.112 0.208 0.302 0.238 0.092 0.009 73 A 0.045 0.058 0.095 0.214 0.316 0.234 0.037 74 Q 0.149 0.264 0.246 0.181 0.114 0.040 0.005 75 K 0.279 0.304 0.211 0.138 0.048 0.018 0.002 76 H 0.138 0.169 0.219 0.250 0.152 0.066 0.007 77 G 0.219 0.211 0.177 0.179 0.128 0.076 0.010 78 L 0.137 0.128 0.172 0.225 0.206 0.114 0.017 79 H 0.302 0.276 0.196 0.132 0.065 0.026 0.003 80 P 0.341 0.260 0.183 0.125 0.064 0.023 0.003 81 K 0.430 0.294 0.134 0.082 0.040 0.017 0.003 82 F 0.184 0.177 0.198 0.210 0.148 0.071 0.012 83 G 0.238 0.256 0.216 0.163 0.083 0.039 0.006 84 A 0.126 0.189 0.214 0.216 0.154 0.084 0.016 85 I 0.079 0.073 0.093 0.191 0.266 0.244 0.054 86 T 0.105 0.165 0.217 0.239 0.170 0.093 0.012 87 R 0.220 0.278 0.219 0.154 0.084 0.039 0.006 88 V 0.145 0.181 0.168 0.211 0.176 0.101 0.018 89 H 0.092 0.118 0.182 0.257 0.219 0.116 0.016 90 K 0.370 0.292 0.185 0.094 0.040 0.017 0.003 91 E 0.250 0.245 0.222 0.167 0.078 0.032 0.006 92 Y 0.101 0.097 0.112 0.192 0.261 0.200 0.036 93 D 0.162 0.205 0.226 0.200 0.133 0.067 0.008 94 A 0.286 0.290 0.203 0.133 0.058 0.026 0.004 95 M 0.109 0.104 0.139 0.200 0.218 0.185 0.046 96 F 0.092 0.086 0.123 0.202 0.268 0.190 0.040 97 E 0.390 0.358 0.143 0.062 0.032 0.012 0.002 98 D 0.234 0.269 0.204 0.169 0.086 0.032 0.006 99 I 0.060 0.068 0.096 0.168 0.278 0.275 0.054 100 R 0.107 0.149 0.235 0.270 0.167 0.064 0.009 101 A 0.422 0.355 0.128 0.058 0.026 0.010 0.001 102 K 0.210 0.236 0.233 0.203 0.084 0.031 0.004 103 L 0.137 0.104 0.161 0.231 0.235 0.119 0.012 104 H 0.292 0.360 0.202 0.093 0.038 0.013 0.001 105 A 0.190 0.128 0.177 0.240 0.180 0.076 0.010 106 H 0.298 0.259 0.192 0.135 0.083 0.031 0.003 107 P 0.407 0.264 0.136 0.104 0.058 0.028 0.004 108 G 0.412 0.245 0.153 0.108 0.057 0.021 0.003 109 E 0.329 0.306 0.169 0.113 0.058 0.023 0.002 110 P 0.231 0.227 0.212 0.169 0.107 0.047 0.008 111 V 0.137 0.111 0.191 0.271 0.202 0.078 0.011 112 D 0.349 0.356 0.174 0.073 0.033 0.012 0.001 113 L 0.140 0.143 0.204 0.275 0.167 0.064 0.006 114 E 0.466 0.359 0.101 0.046 0.022 0.006 0.001 115 R 0.168 0.271 0.258 0.204 0.074 0.024 0.001 116 I 0.115 0.094 0.197 0.272 0.242 0.076 0.004 117 I 0.446 0.330 0.147 0.055 0.019 0.003 0.001 118 R 0.629 0.242 0.083 0.035 0.009 0.002 0.001 119 H 0.776 0.167 0.039 0.014 0.004 0.001 0.001 120 E 0.824 0.143 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001