# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.125 0.092 0.099 0.123 0.137 0.126 0.108 0.073 0.054 0.029 0.020 0.008 0.004 0.002 2 F 0.068 0.061 0.082 0.115 0.132 0.159 0.143 0.099 0.059 0.038 0.024 0.011 0.006 0.002 3 E 0.146 0.116 0.121 0.127 0.137 0.104 0.085 0.060 0.042 0.026 0.019 0.010 0.004 0.003 4 P 0.064 0.050 0.071 0.094 0.137 0.139 0.116 0.091 0.078 0.069 0.047 0.025 0.013 0.005 5 G 0.084 0.055 0.062 0.103 0.116 0.120 0.111 0.087 0.088 0.071 0.050 0.030 0.015 0.008 6 H 0.039 0.034 0.046 0.083 0.111 0.119 0.132 0.121 0.117 0.085 0.059 0.033 0.012 0.008 7 L 0.030 0.021 0.026 0.047 0.064 0.101 0.108 0.150 0.140 0.121 0.103 0.053 0.029 0.007 8 H 0.062 0.072 0.083 0.130 0.123 0.121 0.124 0.093 0.074 0.048 0.040 0.019 0.007 0.005 9 L 0.045 0.041 0.059 0.080 0.112 0.123 0.130 0.136 0.116 0.078 0.053 0.019 0.005 0.003 10 V 0.084 0.079 0.104 0.120 0.142 0.151 0.101 0.093 0.057 0.036 0.021 0.008 0.004 0.001 11 S 0.228 0.176 0.134 0.140 0.126 0.066 0.046 0.035 0.025 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 12 L 0.091 0.084 0.117 0.157 0.169 0.128 0.095 0.068 0.050 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 13 P 0.357 0.197 0.153 0.119 0.077 0.047 0.024 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 14 G 0.419 0.206 0.168 0.093 0.061 0.027 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.168 0.097 0.108 0.181 0.197 0.116 0.061 0.039 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 16 D 0.395 0.268 0.139 0.101 0.051 0.024 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 Q 0.411 0.213 0.152 0.099 0.063 0.030 0.015 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 Q 0.339 0.206 0.156 0.121 0.084 0.048 0.024 0.011 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 19 D 0.169 0.158 0.153 0.140 0.155 0.091 0.057 0.035 0.024 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 20 I 0.017 0.015 0.028 0.074 0.137 0.177 0.158 0.150 0.084 0.093 0.040 0.015 0.010 0.003 21 N 0.037 0.053 0.068 0.126 0.168 0.135 0.122 0.090 0.078 0.052 0.033 0.022 0.008 0.007 22 I 0.008 0.004 0.007 0.015 0.024 0.049 0.067 0.088 0.138 0.232 0.156 0.127 0.060 0.023 23 H 0.007 0.013 0.020 0.054 0.083 0.081 0.122 0.194 0.171 0.108 0.066 0.046 0.022 0.014 24 I 0.002 0.001 0.002 0.005 0.008 0.026 0.039 0.079 0.117 0.227 0.229 0.153 0.081 0.031 25 R 0.006 0.013 0.025 0.053 0.103 0.091 0.132 0.159 0.155 0.120 0.066 0.044 0.016 0.017 26 Y 0.007 0.006 0.008 0.017 0.024 0.050 0.064 0.101 0.130 0.201 0.219 0.096 0.051 0.026 27 E 0.013 0.026 0.050 0.101 0.142 0.136 0.167 0.149 0.106 0.053 0.027 0.017 0.006 0.006 28 V 0.008 0.008 0.011 0.024 0.046 0.085 0.110 0.235 0.174 0.158 0.086 0.032 0.019 0.004 29 R 0.045 0.080 0.129 0.182 0.192 0.146 0.094 0.066 0.037 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 30 Q 0.299 0.169 0.135 0.130 0.113 0.060 0.037 0.023 0.016 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 31 N 0.209 0.179 0.177 0.173 0.136 0.062 0.031 0.015 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 32 A 0.353 0.208 0.142 0.131 0.074 0.044 0.023 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 E 0.456 0.240 0.148 0.076 0.044 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 S 0.392 0.191 0.159 0.095 0.075 0.045 0.022 0.011 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 35 G 0.153 0.122 0.118 0.145 0.182 0.117 0.073 0.047 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 36 A 0.084 0.081 0.090 0.144 0.158 0.130 0.111 0.088 0.051 0.033 0.017 0.008 0.003 0.002 37 Y 0.038 0.033 0.042 0.068 0.112 0.129 0.139 0.169 0.115 0.074 0.040 0.025 0.010 0.004 38 V 0.016 0.011 0.019 0.037 0.053 0.092 0.099 0.125 0.126 0.149 0.135 0.080 0.042 0.016 39 H 0.023 0.023 0.034 0.069 0.105 0.114 0.130 0.095 0.128 0.100 0.072 0.066 0.020 0.020 40 F 0.026 0.013 0.017 0.030 0.037 0.070 0.086 0.112 0.147 0.159 0.160 0.083 0.044 0.017 41 D 0.039 0.047 0.061 0.093 0.127 0.113 0.138 0.137 0.113 0.052 0.038 0.022 0.011 0.008 42 M 0.015 0.012 0.019 0.037 0.059 0.112 0.116 0.152 0.127 0.162 0.110 0.047 0.024 0.009 43 D 0.079 0.091 0.136 0.157 0.197 0.117 0.081 0.048 0.051 0.022 0.011 0.007 0.002 0.002 44 G 0.172 0.086 0.078 0.144 0.125 0.118 0.087 0.062 0.045 0.044 0.025 0.008 0.004 0.002 45 E 0.199 0.189 0.143 0.155 0.126 0.077 0.053 0.028 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 46 I 0.078 0.056 0.081 0.128 0.147 0.170 0.135 0.098 0.051 0.030 0.017 0.004 0.003 0.001 47 D 0.368 0.239 0.182 0.097 0.055 0.030 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 G 0.389 0.164 0.155 0.099 0.092 0.050 0.024 0.011 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 49 K 0.393 0.203 0.123 0.124 0.085 0.035 0.019 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 50 P 0.373 0.212 0.164 0.096 0.068 0.040 0.023 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 F 0.087 0.055 0.083 0.143 0.208 0.189 0.110 0.064 0.035 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 52 S 0.365 0.221 0.164 0.116 0.073 0.031 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 53 D 0.570 0.200 0.101 0.059 0.034 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.184 0.147 0.137 0.160 0.171 0.091 0.053 0.027 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 55 F 0.048 0.036 0.064 0.120 0.162 0.197 0.153 0.116 0.049 0.034 0.013 0.004 0.002 0.001 56 E 0.305 0.182 0.156 0.125 0.102 0.059 0.036 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 57 L 0.088 0.056 0.078 0.138 0.166 0.162 0.103 0.086 0.055 0.042 0.017 0.007 0.003 0.001 58 P 0.085 0.072 0.080 0.142 0.158 0.151 0.124 0.091 0.057 0.023 0.010 0.006 0.002 0.001 59 R 0.067 0.070 0.096 0.132 0.159 0.153 0.118 0.101 0.053 0.030 0.013 0.005 0.002 0.001 60 D 0.206 0.164 0.141 0.135 0.121 0.087 0.057 0.038 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 61 T 0.080 0.075 0.110 0.140 0.150 0.173 0.121 0.072 0.038 0.020 0.012 0.005 0.002 0.001 62 A 0.023 0.017 0.028 0.065 0.132 0.156 0.194 0.167 0.130 0.054 0.019 0.009 0.003 0.002 63 F 0.060 0.068 0.087 0.129 0.139 0.182 0.152 0.087 0.050 0.022 0.014 0.006 0.003 0.001 64 N 0.180 0.202 0.180 0.143 0.121 0.074 0.044 0.026 0.016 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 65 F 0.021 0.023 0.044 0.101 0.140 0.192 0.220 0.153 0.062 0.028 0.010 0.004 0.001 0.001 66 A 0.015 0.019 0.045 0.086 0.169 0.222 0.201 0.122 0.077 0.033 0.008 0.003 0.001 0.001 67 S 0.214 0.210 0.180 0.144 0.117 0.061 0.038 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 68 D 0.056 0.097 0.139 0.194 0.199 0.137 0.096 0.054 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 69 A 0.008 0.008 0.022 0.049 0.093 0.187 0.286 0.216 0.092 0.030 0.007 0.002 0.001 0.001 70 T 0.033 0.068 0.135 0.186 0.245 0.163 0.091 0.042 0.023 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 71 R 0.305 0.229 0.170 0.124 0.089 0.040 0.019 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 72 V 0.042 0.050 0.081 0.194 0.193 0.174 0.148 0.084 0.021 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 73 A 0.026 0.020 0.043 0.072 0.127 0.176 0.223 0.153 0.111 0.033 0.011 0.003 0.001 0.001 74 Q 0.235 0.225 0.168 0.171 0.093 0.055 0.030 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 75 K 0.513 0.231 0.142 0.050 0.030 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 H 0.124 0.088 0.118 0.176 0.215 0.130 0.074 0.038 0.021 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 77 G 0.211 0.146 0.137 0.122 0.124 0.100 0.078 0.048 0.021 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 78 L 0.147 0.090 0.097 0.155 0.184 0.138 0.078 0.052 0.030 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 79 H 0.337 0.173 0.150 0.121 0.086 0.053 0.036 0.018 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 80 P 0.282 0.126 0.137 0.123 0.119 0.090 0.048 0.032 0.021 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 81 K 0.249 0.163 0.132 0.139 0.126 0.076 0.047 0.031 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 82 F 0.093 0.072 0.090 0.131 0.163 0.157 0.115 0.076 0.045 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 83 G 0.274 0.168 0.138 0.127 0.098 0.069 0.054 0.031 0.020 0.010 0.007 0.003 0.001 0.001 84 A 0.105 0.076 0.106 0.134 0.159 0.146 0.105 0.070 0.044 0.025 0.018 0.007 0.003 0.002 85 I 0.036 0.023 0.033 0.066 0.118 0.157 0.158 0.150 0.121 0.068 0.037 0.019 0.010 0.003 86 T 0.087 0.088 0.094 0.158 0.152 0.139 0.109 0.075 0.044 0.027 0.017 0.007 0.003 0.001 87 R 0.307 0.191 0.161 0.118 0.084 0.054 0.036 0.021 0.013 0.006 0.006 0.002 0.001 0.001 88 V 0.082 0.067 0.090 0.161 0.188 0.166 0.106 0.063 0.045 0.020 0.008 0.002 0.001 0.001 89 H 0.097 0.096 0.134 0.180 0.179 0.134 0.082 0.045 0.033 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 90 K 0.516 0.218 0.123 0.070 0.037 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 E 0.373 0.233 0.157 0.100 0.064 0.037 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 92 Y 0.080 0.075 0.104 0.149 0.219 0.178 0.099 0.055 0.026 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 93 D 0.290 0.210 0.175 0.124 0.100 0.047 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 94 A 0.362 0.158 0.141 0.115 0.091 0.066 0.032 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 95 M 0.056 0.045 0.051 0.134 0.205 0.196 0.118 0.067 0.081 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 96 F 0.043 0.064 0.079 0.209 0.201 0.173 0.113 0.050 0.042 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 97 E 0.581 0.272 0.097 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 D 0.212 0.199 0.247 0.131 0.104 0.055 0.030 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 I 0.028 0.022 0.049 0.103 0.221 0.214 0.176 0.106 0.054 0.019 0.005 0.001 0.001 0.001 100 R 0.146 0.155 0.174 0.206 0.174 0.071 0.036 0.019 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 101 A 0.713 0.170 0.059 0.030 0.013 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 K 0.082 0.114 0.128 0.228 0.240 0.103 0.051 0.021 0.020 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 103 L 0.053 0.034 0.070 0.114 0.162 0.201 0.164 0.112 0.048 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 104 H 0.255 0.169 0.178 0.143 0.121 0.067 0.035 0.015 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 105 A 0.124 0.040 0.054 0.104 0.138 0.150 0.120 0.087 0.069 0.066 0.029 0.013 0.006 0.001 106 H 0.151 0.136 0.135 0.172 0.158 0.104 0.062 0.039 0.023 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 107 P 0.224 0.113 0.105 0.132 0.134 0.107 0.068 0.048 0.033 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 108 G 0.162 0.116 0.115 0.151 0.161 0.113 0.072 0.045 0.036 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 109 E 0.220 0.168 0.145 0.168 0.115 0.079 0.048 0.024 0.016 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 110 P 0.158 0.114 0.136 0.121 0.151 0.119 0.090 0.042 0.040 0.014 0.010 0.003 0.001 0.001 111 V 0.092 0.057 0.090 0.142 0.160 0.177 0.116 0.070 0.036 0.027 0.019 0.006 0.004 0.001 112 D 0.271 0.190 0.145 0.129 0.112 0.058 0.044 0.020 0.017 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 113 L 0.039 0.030 0.047 0.090 0.139 0.163 0.131 0.136 0.093 0.079 0.036 0.011 0.006 0.001 114 E 0.304 0.213 0.140 0.129 0.087 0.049 0.036 0.019 0.011 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 115 R 0.168 0.141 0.170 0.153 0.135 0.088 0.056 0.038 0.025 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 116 I 0.063 0.034 0.052 0.105 0.182 0.187 0.139 0.128 0.063 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 117 I 0.145 0.130 0.153 0.209 0.160 0.086 0.055 0.031 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 118 R 0.475 0.152 0.111 0.099 0.072 0.042 0.021 0.011 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 119 H 0.436 0.202 0.142 0.105 0.063 0.027 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 120 E 0.571 0.193 0.118 0.055 0.031 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001