# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.048 0.374 0.005 0.046 0.019 0.004 0.002 0.019 0.160 0.181 0.045 0.089 2 F 0.009 0.054 0.636 0.007 0.010 0.005 0.002 0.002 0.021 0.125 0.029 0.031 0.069 3 E 0.002 0.007 0.696 0.006 0.006 0.003 0.001 0.001 0.011 0.133 0.013 0.106 0.015 4 P 0.002 0.010 0.222 0.016 0.086 0.016 0.001 0.001 0.012 0.110 0.422 0.004 0.099 5 G 0.010 0.013 0.254 0.062 0.067 0.018 0.003 0.002 0.020 0.210 0.228 0.095 0.019 6 H 0.087 0.023 0.282 0.009 0.036 0.022 0.023 0.009 0.071 0.090 0.034 0.102 0.213 7 L 0.131 0.045 0.143 0.013 0.015 0.016 0.057 0.028 0.088 0.022 0.011 0.050 0.382 8 H 0.081 0.011 0.093 0.029 0.008 0.021 0.025 0.010 0.049 0.015 0.011 0.609 0.038 9 L 0.106 0.016 0.091 0.022 0.038 0.029 0.034 0.011 0.032 0.030 0.029 0.020 0.542 10 V 0.082 0.013 0.205 0.046 0.032 0.036 0.017 0.006 0.037 0.078 0.071 0.316 0.063 11 S 0.040 0.028 0.313 0.013 0.029 0.030 0.006 0.003 0.048 0.154 0.084 0.049 0.202 12 L 0.005 0.022 0.608 0.005 0.039 0.012 0.001 0.001 0.008 0.168 0.037 0.057 0.038 13 P 0.002 0.014 0.404 0.007 0.074 0.026 0.001 0.001 0.006 0.153 0.259 0.018 0.036 14 G 0.002 0.032 0.229 0.003 0.159 0.028 0.001 0.001 0.003 0.188 0.320 0.015 0.020 15 L 0.003 0.056 0.447 0.004 0.084 0.029 0.001 0.001 0.005 0.219 0.110 0.013 0.028 16 D 0.001 0.017 0.653 0.002 0.027 0.011 0.001 0.001 0.005 0.175 0.061 0.024 0.023 17 Q 0.001 0.021 0.317 0.006 0.121 0.034 0.001 0.001 0.004 0.135 0.323 0.007 0.031 18 Q 0.002 0.018 0.286 0.016 0.088 0.031 0.001 0.001 0.006 0.213 0.289 0.033 0.019 19 D 0.010 0.026 0.340 0.021 0.085 0.025 0.002 0.001 0.018 0.156 0.165 0.030 0.121 20 I 0.027 0.020 0.453 0.023 0.022 0.012 0.004 0.003 0.058 0.099 0.028 0.132 0.119 21 N 0.059 0.014 0.277 0.052 0.008 0.010 0.020 0.004 0.069 0.040 0.020 0.141 0.286 22 I 0.229 0.008 0.094 0.050 0.008 0.006 0.051 0.021 0.086 0.020 0.010 0.193 0.224 23 H 0.339 0.003 0.065 0.057 0.002 0.003 0.056 0.027 0.088 0.011 0.004 0.148 0.196 24 I 0.425 0.002 0.035 0.025 0.002 0.003 0.063 0.035 0.105 0.008 0.003 0.132 0.162 25 R 0.405 0.002 0.045 0.035 0.001 0.003 0.060 0.027 0.113 0.007 0.006 0.088 0.207 26 Y 0.350 0.004 0.053 0.041 0.003 0.006 0.078 0.020 0.090 0.013 0.006 0.162 0.173 27 E 0.358 0.003 0.067 0.018 0.003 0.012 0.040 0.011 0.096 0.012 0.007 0.199 0.173 28 V 0.191 0.008 0.066 0.021 0.012 0.025 0.041 0.005 0.054 0.015 0.019 0.062 0.481 29 R 0.097 0.009 0.146 0.046 0.016 0.057 0.017 0.002 0.031 0.041 0.056 0.348 0.135 30 Q 0.091 0.032 0.135 0.015 0.024 0.069 0.007 0.002 0.024 0.117 0.063 0.091 0.331 31 N 0.011 0.010 0.554 0.006 0.016 0.014 0.001 0.001 0.006 0.068 0.023 0.114 0.177 32 A 0.002 0.004 0.172 0.012 0.082 0.084 0.001 0.001 0.002 0.048 0.523 0.008 0.063 33 E 0.003 0.005 0.081 0.009 0.155 0.037 0.001 0.001 0.001 0.122 0.524 0.049 0.012 34 S 0.006 0.007 0.091 0.006 0.061 0.018 0.001 0.001 0.001 0.225 0.514 0.013 0.058 35 G 0.018 0.008 0.252 0.019 0.016 0.006 0.001 0.001 0.002 0.177 0.378 0.062 0.061 36 A 0.086 0.011 0.306 0.026 0.009 0.009 0.004 0.001 0.012 0.076 0.065 0.195 0.199 37 Y 0.390 0.005 0.041 0.008 0.003 0.003 0.014 0.002 0.009 0.006 0.008 0.082 0.429 38 V 0.646 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 0.019 0.002 0.003 0.001 0.001 0.209 0.097 39 H 0.668 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.025 0.001 0.003 0.001 0.001 0.122 0.162 40 F 0.688 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.110 0.166 41 D 0.467 0.002 0.025 0.020 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.004 0.003 0.177 0.280 42 M 0.330 0.003 0.041 0.029 0.003 0.002 0.008 0.001 0.008 0.021 0.016 0.354 0.185 43 D 0.166 0.005 0.094 0.122 0.007 0.003 0.006 0.001 0.009 0.043 0.094 0.100 0.350 44 G 0.087 0.009 0.082 0.030 0.017 0.005 0.004 0.001 0.004 0.080 0.040 0.473 0.168 45 E 0.185 0.031 0.120 0.006 0.005 0.004 0.007 0.003 0.027 0.020 0.010 0.094 0.485 46 I 0.117 0.054 0.148 0.013 0.017 0.013 0.010 0.003 0.016 0.068 0.082 0.309 0.150 47 D 0.006 0.005 0.125 0.039 0.006 0.007 0.001 0.001 0.007 0.074 0.642 0.053 0.036 48 G 0.001 0.011 0.107 0.004 0.009 0.003 0.001 0.001 0.002 0.296 0.541 0.006 0.020 49 K 0.002 0.014 0.466 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.007 0.180 0.012 0.282 0.027 50 P 0.002 0.051 0.363 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.010 0.042 0.008 0.012 0.502 51 F 0.006 0.033 0.466 0.037 0.025 0.022 0.001 0.001 0.011 0.060 0.026 0.261 0.050 52 S 0.006 0.015 0.404 0.032 0.109 0.055 0.002 0.001 0.017 0.099 0.101 0.048 0.111 53 D 0.007 0.007 0.170 0.010 0.353 0.090 0.002 0.001 0.007 0.070 0.203 0.025 0.054 54 S 0.013 0.019 0.220 0.019 0.331 0.068 0.007 0.002 0.016 0.066 0.128 0.039 0.072 55 F 0.027 0.043 0.268 0.007 0.096 0.046 0.011 0.003 0.032 0.116 0.107 0.138 0.107 56 E 0.019 0.058 0.464 0.006 0.025 0.028 0.005 0.003 0.033 0.126 0.081 0.039 0.113 57 L 0.002 0.031 0.669 0.002 0.006 0.011 0.001 0.001 0.007 0.170 0.024 0.055 0.021 58 P 0.001 0.008 0.690 0.004 0.024 0.045 0.001 0.001 0.005 0.127 0.057 0.006 0.033 59 R 0.001 0.006 0.118 0.004 0.140 0.296 0.001 0.001 0.003 0.141 0.282 0.006 0.004 60 D 0.001 0.007 0.165 0.004 0.299 0.341 0.001 0.001 0.004 0.080 0.083 0.003 0.012 61 T 0.002 0.010 0.094 0.002 0.213 0.536 0.001 0.001 0.005 0.047 0.067 0.011 0.012 62 A 0.005 0.047 0.065 0.003 0.063 0.653 0.003 0.003 0.012 0.033 0.081 0.005 0.028 63 F 0.007 0.020 0.051 0.003 0.090 0.697 0.001 0.001 0.005 0.048 0.040 0.030 0.007 64 N 0.004 0.006 0.042 0.001 0.038 0.724 0.001 0.001 0.002 0.027 0.142 0.003 0.011 65 F 0.001 0.004 0.032 0.001 0.035 0.812 0.001 0.001 0.001 0.023 0.087 0.001 0.002 66 A 0.001 0.002 0.033 0.001 0.020 0.891 0.001 0.001 0.001 0.017 0.034 0.001 0.002 67 S 0.001 0.001 0.014 0.001 0.015 0.920 0.001 0.001 0.001 0.018 0.032 0.001 0.001 68 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.016 0.952 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 69 A 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 70 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.042 0.826 0.001 0.001 0.001 0.006 0.116 0.001 0.001 76 H 0.001 0.002 0.031 0.001 0.018 0.237 0.001 0.001 0.001 0.044 0.661 0.002 0.002 77 G 0.001 0.011 0.268 0.001 0.013 0.054 0.001 0.001 0.002 0.136 0.507 0.004 0.004 78 L 0.001 0.023 0.716 0.001 0.005 0.017 0.001 0.001 0.004 0.186 0.040 0.004 0.005 79 H 0.001 0.010 0.807 0.001 0.009 0.009 0.001 0.001 0.004 0.139 0.012 0.004 0.005 80 P 0.001 0.015 0.250 0.002 0.299 0.140 0.001 0.001 0.006 0.071 0.208 0.002 0.006 81 K 0.001 0.013 0.267 0.004 0.208 0.156 0.001 0.001 0.010 0.127 0.203 0.005 0.005 82 F 0.001 0.014 0.238 0.004 0.263 0.264 0.001 0.001 0.012 0.078 0.105 0.003 0.018 83 G 0.001 0.018 0.256 0.004 0.068 0.271 0.001 0.001 0.029 0.214 0.098 0.025 0.014 84 A 0.006 0.030 0.258 0.004 0.062 0.370 0.003 0.002 0.028 0.076 0.069 0.016 0.077 85 I 0.008 0.028 0.125 0.008 0.073 0.558 0.004 0.004 0.021 0.043 0.073 0.017 0.038 86 T 0.007 0.009 0.064 0.007 0.074 0.694 0.002 0.001 0.009 0.037 0.057 0.023 0.017 87 R 0.006 0.007 0.055 0.003 0.072 0.705 0.001 0.001 0.010 0.035 0.073 0.009 0.022 88 V 0.004 0.009 0.075 0.005 0.033 0.725 0.001 0.001 0.005 0.035 0.084 0.006 0.019 89 H 0.001 0.003 0.135 0.003 0.021 0.720 0.001 0.001 0.002 0.039 0.065 0.005 0.006 90 K 0.001 0.001 0.031 0.001 0.036 0.840 0.001 0.001 0.001 0.022 0.064 0.001 0.003 91 E 0.001 0.002 0.023 0.001 0.020 0.877 0.001 0.001 0.001 0.025 0.047 0.001 0.003 92 Y 0.001 0.002 0.012 0.001 0.019 0.936 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.001 0.001 93 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.045 0.907 0.001 0.001 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 94 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 0.889 0.001 0.001 0.001 0.003 0.065 0.001 0.001 95 M 0.001 0.003 0.008 0.001 0.024 0.923 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.001 0.001 96 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 99 I 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.072 0.891 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.089 0.753 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.001 0.001 102 K 0.001 0.001 0.018 0.001 0.089 0.622 0.001 0.001 0.001 0.010 0.254 0.001 0.002 103 L 0.002 0.010 0.173 0.002 0.062 0.335 0.001 0.001 0.004 0.123 0.263 0.006 0.019 104 H 0.001 0.016 0.395 0.002 0.011 0.069 0.001 0.001 0.013 0.195 0.220 0.054 0.023 105 A 0.001 0.082 0.717 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.023 0.108 0.019 0.006 0.026 106 H 0.001 0.002 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.043 0.003 0.009 0.002 107 P 0.001 0.002 0.027 0.001 0.173 0.031 0.001 0.001 0.006 0.026 0.732 0.001 0.002 108 G 0.001 0.004 0.054 0.001 0.248 0.008 0.001 0.001 0.003 0.141 0.539 0.002 0.001 109 E 0.001 0.014 0.669 0.001 0.060 0.008 0.001 0.001 0.013 0.160 0.016 0.033 0.025 110 P 0.001 0.081 0.678 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.021 0.051 0.009 0.003 0.145 111 V 0.001 0.032 0.778 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.063 0.001 0.106 0.003 112 D 0.001 0.001 0.931 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.053 113 L 0.001 0.001 0.022 0.004 0.259 0.654 0.001 0.001 0.001 0.002 0.054 0.001 0.004 114 E 0.001 0.001 0.002 0.002 0.660 0.317 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.549 0.419 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.010 116 I 0.003 0.007 0.043 0.002 0.066 0.768 0.001 0.001 0.009 0.013 0.049 0.010 0.027 117 I 0.015 0.021 0.069 0.005 0.061 0.577 0.005 0.002 0.016 0.028 0.108 0.064 0.030 118 R 0.028 0.019 0.169 0.006 0.036 0.341 0.002 0.004 0.018 0.066 0.210 0.039 0.061 119 H 0.007 0.012 0.469 0.009 0.013 0.106 0.001 0.001 0.007 0.147 0.168 0.024 0.035 120 E 0.002 0.007 0.576 0.006 0.019 0.055 0.001 0.001 0.006 0.176 0.121 0.014 0.017