# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.046 0.070 0.147 0.184 0.051 0.064 0.073 0.011 0.024 0.007 0.041 0.033 0.144 0.039 0.012 0.054 2 F 0.041 0.105 0.289 0.278 0.014 0.024 0.018 0.054 0.007 0.002 0.018 0.019 0.066 0.003 0.036 0.026 3 E 0.007 0.011 0.074 0.073 0.395 0.097 0.151 0.007 0.011 0.037 0.011 0.007 0.024 0.077 0.001 0.017 4 P 0.041 0.035 0.034 0.091 0.015 0.089 0.007 0.494 0.003 0.002 0.086 0.010 0.023 0.003 0.065 0.002 5 G 0.007 0.162 0.025 0.168 0.003 0.027 0.005 0.016 0.273 0.125 0.051 0.094 0.013 0.001 0.004 0.025 6 H 0.561 0.025 0.069 0.220 0.005 0.025 0.003 0.004 0.013 0.003 0.019 0.023 0.019 0.001 0.003 0.008 7 L 0.019 0.029 0.556 0.301 0.003 0.027 0.002 0.003 0.002 0.002 0.012 0.016 0.021 0.001 0.001 0.005 8 H 0.008 0.049 0.062 0.698 0.012 0.107 0.004 0.003 0.003 0.002 0.006 0.014 0.027 0.001 0.001 0.004 9 L 0.007 0.032 0.048 0.605 0.035 0.105 0.009 0.010 0.003 0.001 0.052 0.013 0.067 0.006 0.001 0.005 10 V 0.006 0.129 0.063 0.577 0.009 0.048 0.004 0.035 0.007 0.003 0.018 0.040 0.044 0.002 0.010 0.006 11 S 0.009 0.066 0.118 0.539 0.019 0.063 0.009 0.006 0.031 0.006 0.012 0.014 0.053 0.002 0.002 0.051 12 L 0.027 0.019 0.087 0.109 0.362 0.087 0.128 0.009 0.002 0.004 0.033 0.010 0.038 0.075 0.003 0.006 13 P 0.008 0.099 0.071 0.162 0.008 0.066 0.005 0.368 0.003 0.003 0.048 0.026 0.027 0.002 0.097 0.006 14 G 0.012 0.058 0.026 0.164 0.016 0.073 0.015 0.007 0.255 0.092 0.063 0.048 0.044 0.005 0.005 0.119 15 L 0.314 0.109 0.133 0.127 0.024 0.026 0.017 0.019 0.005 0.003 0.068 0.057 0.056 0.007 0.022 0.012 16 D 0.014 0.076 0.106 0.052 0.027 0.455 0.022 0.017 0.014 0.012 0.025 0.068 0.072 0.009 0.008 0.022 17 Q 0.045 0.070 0.078 0.071 0.024 0.060 0.022 0.034 0.014 0.002 0.426 0.027 0.069 0.012 0.018 0.028 18 Q 0.033 0.148 0.068 0.066 0.006 0.080 0.021 0.028 0.027 0.010 0.057 0.336 0.056 0.009 0.032 0.024 19 D 0.051 0.193 0.348 0.096 0.008 0.013 0.049 0.009 0.039 0.002 0.017 0.018 0.039 0.009 0.016 0.093 20 I 0.119 0.053 0.407 0.329 0.001 0.014 0.004 0.013 0.007 0.001 0.004 0.006 0.011 0.001 0.013 0.018 21 N 0.018 0.028 0.652 0.266 0.001 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 22 I 0.028 0.010 0.027 0.915 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 H 0.001 0.024 0.048 0.920 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.001 0.002 0.009 0.964 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 R 0.001 0.025 0.013 0.947 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 Y 0.001 0.003 0.004 0.962 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.001 0.036 0.036 0.766 0.034 0.106 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 28 V 0.002 0.012 0.005 0.440 0.033 0.391 0.004 0.007 0.001 0.002 0.071 0.015 0.015 0.001 0.001 0.001 29 R 0.002 0.397 0.021 0.243 0.010 0.073 0.005 0.035 0.006 0.002 0.069 0.074 0.049 0.002 0.011 0.004 30 Q 0.007 0.178 0.040 0.572 0.001 0.020 0.002 0.006 0.029 0.005 0.012 0.031 0.047 0.001 0.007 0.043 31 N 0.070 0.011 0.154 0.034 0.005 0.527 0.009 0.002 0.005 0.002 0.008 0.020 0.134 0.001 0.001 0.018 32 A 0.014 0.011 0.020 0.010 0.011 0.088 0.004 0.007 0.001 0.001 0.757 0.007 0.064 0.004 0.002 0.002 33 E 0.001 0.172 0.008 0.009 0.060 0.005 0.089 0.007 0.002 0.001 0.052 0.223 0.007 0.353 0.007 0.004 34 S 0.001 0.006 0.014 0.005 0.001 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.921 0.006 35 G 0.005 0.005 0.098 0.009 0.001 0.008 0.005 0.001 0.083 0.025 0.004 0.002 0.021 0.001 0.001 0.732 36 A 0.876 0.030 0.034 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 37 Y 0.006 0.028 0.644 0.256 0.001 0.051 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 38 V 0.006 0.035 0.191 0.759 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 H 0.001 0.006 0.027 0.948 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 F 0.001 0.008 0.025 0.913 0.016 0.028 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 D 0.001 0.030 0.007 0.832 0.055 0.058 0.001 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 M 0.006 0.045 0.005 0.498 0.239 0.119 0.009 0.033 0.006 0.005 0.027 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 43 D 0.002 0.197 0.038 0.602 0.003 0.007 0.001 0.122 0.008 0.004 0.004 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 44 G 0.033 0.007 0.036 0.723 0.010 0.025 0.001 0.001 0.052 0.085 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.010 45 E 0.061 0.055 0.244 0.237 0.281 0.065 0.005 0.005 0.002 0.001 0.019 0.012 0.008 0.002 0.001 0.005 46 I 0.001 0.001 0.002 0.020 0.911 0.010 0.020 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 47 D 0.001 0.022 0.005 0.018 0.003 0.012 0.001 0.847 0.003 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.077 0.001 48 G 0.003 0.009 0.004 0.031 0.001 0.003 0.001 0.002 0.820 0.066 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.044 49 K 0.929 0.006 0.041 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 50 P 0.023 0.012 0.478 0.070 0.006 0.381 0.002 0.002 0.002 0.002 0.009 0.006 0.005 0.001 0.001 0.004 51 F 0.010 0.134 0.044 0.406 0.029 0.166 0.003 0.010 0.002 0.001 0.163 0.021 0.008 0.001 0.001 0.002 52 S 0.005 0.329 0.017 0.193 0.018 0.186 0.006 0.022 0.010 0.003 0.033 0.154 0.018 0.002 0.003 0.002 53 D 0.012 0.051 0.117 0.236 0.028 0.091 0.015 0.026 0.024 0.004 0.253 0.044 0.067 0.008 0.008 0.015 54 S 0.032 0.147 0.302 0.216 0.008 0.017 0.013 0.014 0.020 0.003 0.019 0.139 0.020 0.009 0.014 0.027 55 F 0.044 0.020 0.323 0.428 0.004 0.018 0.014 0.007 0.010 0.003 0.006 0.011 0.035 0.002 0.025 0.051 56 E 0.021 0.027 0.453 0.408 0.005 0.016 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.048 57 L 0.033 0.025 0.060 0.433 0.040 0.355 0.003 0.007 0.002 0.006 0.014 0.005 0.011 0.001 0.001 0.004 58 P 0.002 0.027 0.009 0.042 0.025 0.716 0.002 0.019 0.001 0.001 0.124 0.017 0.011 0.001 0.001 0.001 59 R 0.002 0.061 0.003 0.038 0.002 0.063 0.001 0.019 0.004 0.001 0.629 0.152 0.020 0.001 0.003 0.001 60 D 0.003 0.017 0.011 0.011 0.001 0.017 0.002 0.001 0.004 0.002 0.047 0.795 0.083 0.001 0.002 0.004 61 T 0.008 0.005 0.036 0.012 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.045 0.089 0.775 0.001 0.004 0.010 62 A 0.002 0.004 0.029 0.015 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.026 0.066 0.830 0.002 0.002 0.009 63 F 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.936 0.004 0.003 0.001 64 N 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 65 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.031 0.944 0.001 0.001 0.001 66 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.969 0.004 0.001 0.001 67 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.991 0.001 0.002 0.001 68 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.986 0.001 0.001 0.004 69 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.982 0.002 0.001 0.001 70 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.001 0.001 71 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 73 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.013 0.001 0.002 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.953 0.001 0.003 76 H 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.935 0.009 77 G 0.002 0.001 0.027 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.006 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.926 78 L 0.920 0.014 0.021 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 0.001 0.005 0.006 79 H 0.006 0.027 0.239 0.033 0.020 0.564 0.017 0.005 0.004 0.009 0.005 0.018 0.042 0.005 0.001 0.007 80 P 0.011 0.023 0.015 0.083 0.009 0.080 0.003 0.033 0.001 0.001 0.679 0.013 0.041 0.002 0.005 0.002 81 K 0.003 0.098 0.008 0.040 0.013 0.026 0.025 0.006 0.026 0.006 0.056 0.645 0.022 0.017 0.003 0.007 82 F 0.051 0.029 0.153 0.121 0.002 0.021 0.020 0.040 0.006 0.002 0.044 0.076 0.239 0.003 0.175 0.018 83 G 0.014 0.034 0.235 0.072 0.001 0.069 0.007 0.003 0.027 0.030 0.037 0.066 0.279 0.002 0.004 0.121 84 A 0.131 0.040 0.054 0.173 0.002 0.060 0.004 0.002 0.003 0.001 0.091 0.058 0.360 0.003 0.002 0.017 85 I 0.011 0.037 0.162 0.162 0.004 0.132 0.009 0.003 0.002 0.001 0.040 0.136 0.276 0.010 0.005 0.011 86 T 0.004 0.079 0.083 0.187 0.001 0.046 0.008 0.004 0.002 0.001 0.027 0.057 0.478 0.001 0.009 0.014 87 R 0.003 0.009 0.032 0.178 0.007 0.060 0.013 0.002 0.002 0.001 0.043 0.025 0.602 0.005 0.002 0.015 88 V 0.010 0.039 0.055 0.096 0.002 0.048 0.007 0.007 0.001 0.001 0.057 0.078 0.573 0.007 0.009 0.011 89 H 0.002 0.015 0.016 0.038 0.001 0.167 0.004 0.002 0.003 0.001 0.030 0.102 0.601 0.001 0.007 0.009 90 K 0.004 0.006 0.006 0.009 0.001 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.188 0.026 0.727 0.002 0.001 0.005 91 E 0.002 0.013 0.004 0.007 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.055 0.260 0.616 0.010 0.004 0.005 92 Y 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.016 0.050 0.897 0.003 0.011 0.005 93 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.017 0.962 0.001 0.002 0.004 94 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 0.960 0.002 0.001 0.003 95 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.043 0.944 0.001 0.001 0.002 96 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 97 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 98 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 99 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 100 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.006 0.001 0.003 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.005 0.004 102 K 0.001 0.006 0.017 0.009 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.400 0.273 0.007 0.263 103 L 0.028 0.007 0.147 0.031 0.001 0.002 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.362 0.009 0.325 0.068 104 H 0.005 0.013 0.326 0.058 0.007 0.022 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.045 0.006 0.002 0.500 105 A 0.254 0.066 0.138 0.272 0.023 0.062 0.022 0.008 0.002 0.001 0.042 0.005 0.061 0.006 0.007 0.031 106 H 0.001 0.014 0.022 0.011 0.681 0.051 0.101 0.004 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.102 0.001 0.001 107 P 0.004 0.024 0.007 0.045 0.004 0.052 0.002 0.647 0.002 0.001 0.061 0.006 0.010 0.001 0.133 0.001 108 G 0.002 0.065 0.016 0.032 0.002 0.003 0.002 0.002 0.656 0.095 0.015 0.049 0.004 0.001 0.001 0.055 109 E 0.908 0.004 0.020 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 110 P 0.006 0.006 0.882 0.046 0.004 0.038 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 111 V 0.003 0.055 0.053 0.880 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 115 R 0.001 0.001 0.055 0.008 0.001 0.005 0.019 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.713 0.001 0.014 0.171 116 I 0.010 0.003 0.159 0.009 0.001 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.731 0.003 0.002 0.047 117 I 0.007 0.025 0.061 0.057 0.010 0.038 0.033 0.008 0.001 0.001 0.007 0.014 0.634 0.076 0.013 0.015 118 R 0.004 0.028 0.041 0.064 0.039 0.041 0.065 0.017 0.005 0.002 0.041 0.009 0.284 0.246 0.034 0.082 119 H 0.024 0.037 0.051 0.041 0.015 0.046 0.060 0.073 0.016 0.008 0.055 0.049 0.192 0.064 0.221 0.050 120 E 0.059 0.066 0.111 0.046 0.008 0.033 0.037 0.033 0.039 0.022 0.062 0.038 0.160 0.017 0.100 0.170