# TARGET T0482 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0482.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 5.74721 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.185 0.102 0.061 0.115 0.096 0.075 0.110 0.086 0.074 0.054 0.042 2 F 0.025 0.025 0.023 0.052 0.067 0.084 0.147 0.141 0.172 0.149 0.117 3 E 0.082 0.125 0.078 0.166 0.140 0.106 0.114 0.074 0.058 0.038 0.020 4 P 0.040 0.037 0.034 0.100 0.116 0.118 0.162 0.144 0.116 0.081 0.051 5 G 0.050 0.042 0.034 0.077 0.081 0.093 0.155 0.139 0.143 0.116 0.070 6 H 0.009 0.015 0.017 0.055 0.066 0.085 0.157 0.153 0.183 0.156 0.104 7 L 0.005 0.005 0.009 0.016 0.025 0.046 0.086 0.118 0.223 0.250 0.218 8 H 0.032 0.042 0.055 0.129 0.148 0.125 0.178 0.113 0.089 0.056 0.032 9 L 0.018 0.023 0.038 0.078 0.090 0.110 0.183 0.142 0.140 0.116 0.063 10 V 0.035 0.032 0.031 0.075 0.092 0.137 0.195 0.125 0.128 0.097 0.052 11 S 0.144 0.237 0.098 0.208 0.108 0.067 0.064 0.033 0.022 0.014 0.006 12 L 0.031 0.036 0.023 0.054 0.070 0.126 0.177 0.125 0.143 0.128 0.085 13 P 0.409 0.216 0.068 0.129 0.076 0.038 0.032 0.016 0.009 0.005 0.003 14 G 0.326 0.177 0.071 0.158 0.092 0.063 0.057 0.028 0.015 0.009 0.005 15 L 0.039 0.025 0.015 0.030 0.041 0.072 0.132 0.125 0.178 0.184 0.158 16 D 0.141 0.319 0.061 0.190 0.114 0.065 0.055 0.028 0.015 0.009 0.003 17 Q 0.173 0.171 0.093 0.187 0.129 0.094 0.066 0.039 0.023 0.016 0.008 18 Q 0.481 0.162 0.048 0.117 0.072 0.043 0.038 0.022 0.009 0.005 0.003 19 D 0.145 0.165 0.052 0.195 0.130 0.098 0.090 0.058 0.034 0.023 0.010 20 I 0.011 0.013 0.011 0.023 0.038 0.102 0.175 0.146 0.205 0.171 0.105 21 N 0.134 0.192 0.107 0.262 0.147 0.068 0.045 0.022 0.012 0.006 0.004 22 I 0.006 0.005 0.013 0.015 0.024 0.068 0.161 0.148 0.233 0.198 0.129 23 H 0.052 0.117 0.073 0.273 0.207 0.100 0.080 0.045 0.026 0.014 0.010 24 I 0.002 0.002 0.005 0.008 0.016 0.032 0.093 0.161 0.233 0.237 0.211 25 R 0.040 0.091 0.106 0.264 0.225 0.116 0.074 0.040 0.023 0.013 0.008 26 Y 0.008 0.004 0.015 0.021 0.035 0.066 0.193 0.213 0.198 0.155 0.092 27 E 0.044 0.115 0.127 0.295 0.191 0.101 0.066 0.030 0.017 0.009 0.005 28 V 0.004 0.003 0.009 0.008 0.015 0.023 0.088 0.117 0.224 0.238 0.272 29 R 0.048 0.059 0.098 0.208 0.205 0.140 0.122 0.057 0.033 0.021 0.009 30 Q 0.119 0.198 0.244 0.185 0.087 0.068 0.055 0.020 0.014 0.008 0.003 31 N 0.113 0.223 0.088 0.179 0.125 0.102 0.085 0.042 0.022 0.014 0.008 32 A 0.394 0.157 0.042 0.089 0.066 0.057 0.078 0.051 0.033 0.022 0.011 33 E 0.521 0.218 0.078 0.102 0.039 0.020 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 34 S 0.122 0.206 0.087 0.211 0.141 0.092 0.071 0.036 0.018 0.010 0.005 35 G 0.084 0.046 0.024 0.052 0.071 0.094 0.148 0.145 0.138 0.120 0.079 36 A 0.071 0.112 0.100 0.220 0.159 0.128 0.104 0.055 0.030 0.015 0.006 37 Y 0.013 0.021 0.051 0.097 0.105 0.164 0.189 0.125 0.109 0.083 0.043 38 V 0.002 0.004 0.007 0.013 0.021 0.045 0.104 0.133 0.231 0.224 0.215 39 H 0.010 0.018 0.030 0.090 0.127 0.116 0.172 0.152 0.129 0.093 0.063 40 F 0.006 0.005 0.016 0.020 0.031 0.055 0.123 0.155 0.213 0.204 0.172 41 D 0.030 0.064 0.067 0.207 0.206 0.126 0.125 0.075 0.049 0.029 0.023 42 M 0.009 0.009 0.010 0.015 0.026 0.038 0.114 0.163 0.207 0.209 0.202 43 D 0.159 0.191 0.070 0.244 0.164 0.071 0.044 0.024 0.016 0.009 0.006 44 G 0.196 0.057 0.035 0.065 0.068 0.080 0.156 0.121 0.106 0.069 0.047 45 E 0.205 0.234 0.066 0.249 0.131 0.051 0.034 0.015 0.008 0.004 0.003 46 I 0.014 0.015 0.009 0.011 0.018 0.029 0.080 0.102 0.189 0.227 0.305 47 D 0.154 0.341 0.081 0.253 0.118 0.027 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 48 G 0.488 0.128 0.040 0.078 0.054 0.051 0.063 0.037 0.030 0.021 0.010 49 K 0.284 0.161 0.058 0.191 0.118 0.074 0.053 0.029 0.018 0.009 0.006 50 P 0.198 0.324 0.063 0.165 0.087 0.059 0.051 0.027 0.015 0.008 0.004 51 F 0.031 0.030 0.020 0.049 0.069 0.091 0.163 0.156 0.157 0.122 0.110 52 S 0.418 0.247 0.091 0.129 0.057 0.025 0.017 0.008 0.004 0.002 0.001 53 D 0.141 0.117 0.106 0.213 0.131 0.110 0.092 0.044 0.027 0.014 0.005 54 S 0.160 0.226 0.089 0.195 0.119 0.077 0.063 0.035 0.019 0.011 0.005 55 F 0.059 0.034 0.027 0.061 0.071 0.107 0.190 0.170 0.139 0.093 0.048 56 E 0.184 0.240 0.188 0.214 0.089 0.044 0.023 0.010 0.006 0.003 0.002 57 L 0.018 0.014 0.028 0.044 0.071 0.069 0.159 0.202 0.156 0.126 0.114 58 P 0.084 0.123 0.108 0.170 0.138 0.096 0.099 0.075 0.052 0.037 0.017 59 R 0.065 0.082 0.105 0.174 0.141 0.128 0.143 0.072 0.050 0.027 0.013 60 D 0.115 0.082 0.136 0.190 0.139 0.106 0.097 0.063 0.036 0.023 0.012 61 T 0.053 0.081 0.067 0.138 0.127 0.128 0.175 0.102 0.072 0.040 0.018 62 A 0.013 0.013 0.026 0.038 0.052 0.059 0.128 0.161 0.192 0.175 0.143 63 F 0.014 0.015 0.038 0.062 0.082 0.124 0.198 0.152 0.141 0.114 0.058 64 N 0.036 0.067 0.146 0.196 0.160 0.120 0.119 0.066 0.046 0.027 0.016 65 F 0.005 0.007 0.016 0.022 0.043 0.048 0.131 0.195 0.192 0.170 0.171 66 A 0.007 0.008 0.017 0.037 0.059 0.084 0.162 0.156 0.189 0.161 0.121 67 S 0.095 0.064 0.157 0.173 0.147 0.110 0.131 0.057 0.038 0.018 0.010 68 D 0.051 0.086 0.101 0.223 0.194 0.116 0.121 0.057 0.028 0.014 0.009 69 A 0.002 0.003 0.005 0.006 0.011 0.016 0.057 0.089 0.220 0.284 0.307 70 T 0.029 0.047 0.067 0.171 0.205 0.175 0.158 0.069 0.042 0.025 0.011 71 R 0.025 0.041 0.320 0.184 0.127 0.118 0.090 0.042 0.028 0.018 0.008 72 V 0.008 0.013 0.034 0.065 0.089 0.170 0.266 0.140 0.109 0.068 0.037 73 A 0.001 0.001 0.003 0.005 0.007 0.013 0.052 0.096 0.231 0.294 0.297 74 Q 0.009 0.022 0.108 0.138 0.177 0.172 0.180 0.083 0.058 0.038 0.015 75 K 0.019 0.082 0.384 0.230 0.121 0.080 0.044 0.018 0.011 0.008 0.003 76 H 0.029 0.023 0.030 0.052 0.075 0.160 0.245 0.158 0.111 0.074 0.042 77 G 0.288 0.143 0.041 0.090 0.066 0.059 0.095 0.077 0.065 0.047 0.029 78 L 0.031 0.027 0.029 0.043 0.053 0.090 0.159 0.130 0.172 0.151 0.114 79 H 0.181 0.237 0.120 0.193 0.119 0.061 0.044 0.021 0.013 0.008 0.005 80 P 0.235 0.126 0.055 0.123 0.104 0.094 0.107 0.071 0.044 0.026 0.017 81 K 0.261 0.256 0.050 0.152 0.099 0.059 0.052 0.034 0.019 0.011 0.007 82 F 0.040 0.034 0.016 0.065 0.082 0.114 0.175 0.153 0.140 0.109 0.071 83 G 0.239 0.150 0.095 0.188 0.127 0.076 0.058 0.033 0.018 0.011 0.006 84 A 0.073 0.080 0.065 0.144 0.127 0.133 0.156 0.090 0.068 0.042 0.023 85 I 0.010 0.013 0.013 0.026 0.037 0.057 0.123 0.135 0.215 0.201 0.170 86 T 0.051 0.051 0.054 0.131 0.148 0.135 0.168 0.102 0.080 0.052 0.028 87 R 0.096 0.104 0.201 0.221 0.143 0.094 0.066 0.035 0.021 0.013 0.007 88 V 0.035 0.055 0.049 0.106 0.114 0.129 0.193 0.132 0.094 0.061 0.032 89 H 0.017 0.021 0.018 0.045 0.060 0.098 0.204 0.164 0.166 0.132 0.075 90 K 0.171 0.164 0.255 0.221 0.102 0.042 0.024 0.010 0.006 0.003 0.002 91 E 0.131 0.108 0.145 0.201 0.148 0.102 0.091 0.041 0.019 0.010 0.005 92 Y 0.009 0.013 0.016 0.024 0.034 0.061 0.158 0.162 0.207 0.198 0.119 93 D 0.042 0.054 0.092 0.154 0.157 0.164 0.158 0.080 0.052 0.032 0.015 94 A 0.095 0.093 0.317 0.206 0.125 0.072 0.050 0.023 0.011 0.006 0.003 95 M 0.012 0.030 0.042 0.060 0.082 0.100 0.228 0.181 0.128 0.093 0.045 96 F 0.006 0.008 0.011 0.027 0.045 0.102 0.242 0.179 0.188 0.130 0.062 97 E 0.303 0.133 0.337 0.149 0.047 0.017 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 98 D 0.030 0.030 0.099 0.130 0.184 0.136 0.210 0.111 0.037 0.021 0.013 99 I 0.004 0.010 0.016 0.018 0.026 0.041 0.119 0.144 0.240 0.260 0.123 100 R 0.019 0.016 0.057 0.112 0.157 0.210 0.232 0.096 0.056 0.034 0.010 101 A 0.009 0.049 0.689 0.152 0.050 0.029 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 102 K 0.006 0.017 0.055 0.124 0.172 0.181 0.239 0.124 0.048 0.024 0.010 103 L 0.003 0.002 0.004 0.002 0.004 0.013 0.056 0.104 0.229 0.319 0.263 104 H 0.032 0.124 0.283 0.348 0.157 0.034 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 105 A 0.024 0.012 0.059 0.025 0.042 0.052 0.138 0.144 0.150 0.176 0.178 106 H 0.091 0.312 0.102 0.191 0.128 0.080 0.050 0.021 0.014 0.007 0.004 107 P 0.562 0.219 0.030 0.075 0.036 0.021 0.025 0.015 0.009 0.004 0.003 108 G 0.541 0.095 0.028 0.078 0.062 0.047 0.046 0.037 0.028 0.022 0.017 109 E 0.201 0.222 0.047 0.163 0.107 0.088 0.087 0.044 0.025 0.011 0.005 110 P 0.056 0.103 0.043 0.135 0.135 0.142 0.145 0.099 0.066 0.047 0.030 111 V 0.030 0.016 0.013 0.029 0.052 0.073 0.153 0.179 0.185 0.138 0.132 112 D 0.150 0.484 0.086 0.180 0.055 0.021 0.013 0.006 0.004 0.002 0.001 113 L 0.009 0.007 0.008 0.032 0.066 0.096 0.174 0.157 0.193 0.132 0.126 114 E 0.692 0.143 0.053 0.070 0.024 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 115 R 0.024 0.042 0.065 0.199 0.177 0.169 0.187 0.074 0.038 0.017 0.009 116 I 0.007 0.005 0.013 0.013 0.022 0.038 0.090 0.129 0.214 0.241 0.228 117 I 0.028 0.065 0.117 0.219 0.178 0.133 0.141 0.061 0.033 0.018 0.005 118 R 0.017 0.097 0.450 0.189 0.095 0.071 0.041 0.018 0.011 0.007 0.003 119 H 0.182 0.174 0.134 0.193 0.128 0.075 0.061 0.031 0.012 0.006 0.003 120 E 0.568 0.148 0.052 0.079 0.045 0.031 0.035 0.023 0.011 0.005 0.003